JAL-3760 refactor nucleotide proportion test to per-sequence and return false if any sequence appears protein-like

Merge branch 'portforward/JAL-3765_patch_to_2112' into develop

JAL-3765 fix test

fix for JAL-3765

JAL-3248 Added step to create the eclipse files before project import. Noted non-fatal NPEs during build with gradle 6.6+

Cherry pick from release, generated new building.html as it's a different process. Also added in a "**/*.md" into build.gradle (wasn't finding anything with "*.md")

Merge branch 'develop' into blocker/JAL-3611_space_character_in_jalview_install_path

JAL-3753 ensure correct dependencies for shadowJar task

Merge branch 'develop' into bug/JAL-3753_resources_duplicated_in_jalview_jar

JAL-3577 Removed default JALVIEW_VERSION from gradle.properties. Now being set by build.gradle

JAL-3577 Quick fix adding quotation marks for findProperty("JALVIEW_VERSION")==null...

Merge branch 'develop' into bug/JAL-3753_resources_duplicated_in_jalview_jar

JAL-3477 Added 10k leeway to amount of memory reserved for OS test for float rounding errors (needed to fix failing test)

JAL-3753 Resources seen in tests and appropriate filters now being used as file opt-in rather than opt-out.

Merge branch 'merge_review/JAL-3490_2_11_2_develop' into develop

JAL-3753 put resources in gradle run and test path

JAL-3753 JAL-3754 first rejig

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3718 force re-initialise of getdown.txt file when new getdown.txt downloaded from appbase. getdown jar and version files

JAL-3718 force re-initialise of getdown.txt file when new getdown.txt downloaded from appbase. getdown src files

Merge branch 'feature/JAL-3615gzipXfam' into develop

JAL-3609 HiDPI scale setting done via system prop in getdown or halview.bin.Launcher

JAL-3679 Added externally specified plugins dir to J2sPlugin check

JAL-3746 bump release version for 2.11.2 series (currently on develop)

JAL-3518 removed unneeded override in ChimeraCommands

JAL-3679 Added externally specified plugins dir to J2sPlugin check

JAL-3648 resize annotation panel after dragging to resize graph height

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3680 merged description of individual cursor key actions

JAL-3732 - sequences can be moved up/down in cursor mode via alt-up/down arrow
JAL-3733 TODO - provide an undo for sequence/group up/down moves

JAL-3018 Ensembl reviewed REST version updated to 13.0

JAL-1191 use Cache.log for logging

JAL-1191 reduce logging level for warnings

JAL-3018 updated reviewed REST version to 12.0

JAL-3615 code tidy, improve unit test

JAL-2656 better read of (potential) gzip magic bytes

JAL-2656 Java 8 compatible test for gzipped, refactored for unit test

JAL-3490 don't init the combo box's history cache for JS execution

JAL-3490 merged with 2.11.2 develop

Merge branch 'task/JAL-3597memoryLeakTest' into develop

JAL-3597 Increased heap passmark to <= 45MB and report smallest of failed attempts heap size

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview into develop

Merge branch 'task/JAL-3608_property_set_laf_and_tests' into develop

JAL-3691 Changed .toUppoerCase().startsWith(...) to .regionMatches(true,...) as upper-cased 'i' in Turkish is not 'I'.

JAL-3477 Improved command line arguments description in memory.html

JAL-3477 Added -help text for jvmmempc and jvmmemmax. Fixed typo and slight rewording in help/memory.html

JAL-3477 added help documentation for executable jar command line arguments -jvmmempc and -jvmmemmax

Merge branch 'bug/JAL-2983negativeSliderMin' into develop

 Conflicts:
src/jalview/gui/FeatureSettings.java
src/jalview/gui/FeatureTypeSettings.java

JAL-3371 JAL-2983 don't modify 'extent' of slider - this is managed by look and feel

Merge branch 'feature/JAL-3615gzipXfam' into develop

JAL-3615 JAL-2656 missing import after cherrypick

JAL-2656 recognise non-HTTP URI input streams as gzipped by detecting the gzip magic header

JAL-2656 recognise Gzipped file input streams by their content, not their filename

Conflicts:
src/jalview/io/FileParse.java
cherypicked from 2.11.1.1 release patch

JAL-3615 update tests for Rfam/Pfam specific gzip endpoints

JAL-3697 show total number of features not shown

JAL-3696 log the error message from the exception to the console

JAL-3695 htsjdk 2.12 -> 2.23 (library change only, no code change. needs gradle refresh in eclipse)

JAL-3597 slight tidying of code and Javadoc, passmark now heap <= 38MB

JAL-1421 last change tidied up properly

JAL-1421 types added to nameHash and nodeHash maps

JAL-3597 additional references nulled, bug in test corrected

JAL-3608 Changes from code review  CR-JAL-236

JAL-1424 streamlined message checker, corrected applet lookup keys

JAL-1424 slight tidying of reporting

JAL-3311 JAL-3141 JAL-3144 tidying obsolete message bundle entries

JAL-3518 Spanish text for 'write features'

JAL-3570 JAL-3187 spanish translations for tabbed feature settings

JAL-3570 updated external help links

JAL-2656 JAL-3615 check response headers to test for gzipped url reply

JAL-3615 used gzip endpoints for Pfam and Rfam

Merge branch 'develop' of source.jalview.org/git/jalview into develop

JAL-3675 2.11.1.1 release notes

JAL-3493 clear search highlights when escape/deselect all

JAL-3493 failing test - creates a highlight and column selection and then called the deselect all alignfjame action and checks if highlight and selection are still present.
 Conflicts:
test/jalview/gui/SeqCanvasTest.java

JAL-3674 more finessed asynchronous structure commands

Merge branch 'develop' of https://source.jalview.org/git/jalview.git into develop

JAL-3518 corrected pulled up focusView() command

JAL-3518 corrected action on pulled up closeViewer()

JAL-3551 PyMOL command constants tidied

JAL-3551 fit to window (zoom) command for PyMOL

JAL-3673 make sure font metrics are updated if dealing with reference sequence font !

JAL-3518 fix highlighting in Jalview for selections in ChimeraX
- needed to thread off the subsequent POST back to ChimeraX so ChimeraX can first hangup its GET to Jalview’s Rest API

JAL-3672 debug=false means no debug output

JAL-3672 more efficient when debug not enabled

JAL-3671 hardwire log4j.root logger to INFO to supress jetty and httpclient log output

JAL-3518 tidy up asynchronous structure command execution

JAL-2010 unused prototype method removed

JAL-3518 pull up [get|list]ResidueAttributes to StructureCommandsI

JAL-3518 separation of ChimeraXManager, pull up of closeViewer etc

JAL-3518 pull up closeViewer() and external viewer process monitor

JAL-3446 new Jmol 15.1.3 jar added to j11lib, old j11lib Jmol-14.29.17-no_netscape.jar removed

JAL-3225 Minor change to building.md for flexmark, and html output files from the process, handy to have in repo for developers

JAL-3225 Removed dependency on command line pandoc to convert .md files to .html.  Now all files in doc/*.md will get converted to doc/*.html using flexmark within gradle process.

JAL-3225 Using Gradle Git-Version plugin to set gitHash and gitBranch

Using Gradle Git-Version instead of exec to run git directly allows
buildship to successfully import the project into eclipse without a
command line git installed.  Essential for development within Eclipse in
Windows without having to install either gradle or git as command line
tools.

JAL-3225 small fixes for building within Eclipse

JAL-3225 some fixes to build.gradle for working in Eclipse and not always changing doc/building.html

JAL-3518 test result corrected

JAL-3518 add alwaysRun = true [sigh]

JAL-3518 more test coverage for structure commands

JAL-2422 test updated

Merge branch 'feature/JAL-3551Pymol' into develop