bin/MCview/Atom.js

   1 Clazz.declarePackage ("MCview");\r
   2 Clazz.load (["java.awt.Color"], "MCview.Atom", ["java.lang.Float"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.x = 0;\r
   5 this.y = 0;\r
   6 this.z = 0;\r
   7 this.number = 0;\r
   8 this.name = null;\r
   9 this.resName = null;\r
  10 this.resNumber = 0;\r
  11 this.insCode = ' ';\r
  12 this.resNumIns = null;\r
  13 this.type = 0;\r
  14 this.color = null;\r
  15 this.chain = null;\r
  16 this.alignmentMapping = -1;\r
  17 this.atomIndex = 0;\r
  18 this.occupancy = 0;\r
  19 this.tfactor = 0;\r
  20 this.isSelected = false;\r
  21 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  22 }, MCview, "Atom");\r
  23 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  24 this.color = java.awt.Color.lightGray;\r
  25 });\r
  26 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  27 function (str) {\r
  28 this.atomIndex = Integer.parseInt (str.substring (6, 11).trim ());\r
  29 this.name = str.substring (12, 15).trim ();\r
  30 this.resName = str.substring (17, 20);\r
  31 this.chain = str.substring (21, 22);\r
  32 this.resNumber = Integer.parseInt (str.substring (22, 26).trim ());\r
  33 this.resNumIns = str.substring (22, 27).trim ();\r
  34 this.insCode = str.substring (26, 27).charAt (0);\r
  35 this.x = ( new Float (str.substring (30, 38).trim ()).floatValue ());\r
  36 this.y = ( new Float (str.substring (38, 46).trim ()).floatValue ());\r
  37 this.z = ( new Float (str.substring (47, 55).trim ()).floatValue ());\r
  38 var tm = str.substring (54, 60).trim ();\r
  39 if (tm.length > 0) {\r
  40 this.occupancy = ( new Float (tm)).floatValue ();\r
  41 } else {\r
  42 this.occupancy = 1;\r
  43 }tm = str.substring (60, 66).trim ();\r
  44 if (tm.length > 0) {\r
  45 this.tfactor = ( new Float (tm).floatValue ());\r
  46 } else {\r
  47 this.tfactor = 1;\r
  48 }}, "~S");\r
  49 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  50 function (x, y, z) {\r
  51 this.x = x;\r
  52 this.y = y;\r
  53 this.z = z;\r
  54 }, "~N,~N,~N");\r
  55 });\r