bin/MCview/PDBfile.js

   1 Clazz.declarePackage ("MCview");
   2 Clazz.load (["jalview.io.AlignFile"], "MCview.PDBfile", ["MCview.Atom", "$.PDBChain", "jalview.analysis.AlignSeq", "jalview.datamodel.Alignment", "$.AlignmentI", "$.PDBEntry", "jalview.io.FileParse", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Color", "java.io.IOException", "java.util.ArrayList", "$.Hashtable", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.chains = null;
   5 this.id = null;
   6 this.visibleChainAnnotation = false;
   7 this.$predictSecondaryStructure = true;
   8 this.externalSecondaryStructure = false;
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);
  10 }, MCview, "PDBfile", jalview.io.AlignFile);
  11 Clazz.makeConstructor (c$,
  12 function (addAlignmentAnnotations, predictSecondaryStructure, externalSecStr) {
  13 Clazz.superConstructor (this, MCview.PDBfile);
  14 this.visibleChainAnnotation = addAlignmentAnnotations;
  15 this.$predictSecondaryStructure = predictSecondaryStructure;
  16 this.externalSecondaryStructure = externalSecStr;
  17 }, "~B,~B,~B");
  18 Clazz.makeConstructor (c$,
  19 function (addAlignmentAnnotations, predictSecondaryStructure, externalSecStr, file, protocol) {
  20 Clazz.superConstructor (this, MCview.PDBfile, [false, file, protocol]);
  21 this.visibleChainAnnotation = addAlignmentAnnotations;
  22 this.$predictSecondaryStructure = predictSecondaryStructure;
  23 this.externalSecondaryStructure = externalSecStr;
  24 this.doParse ();
  25 }, "~B,~B,~B,~S,~S");
  26 Clazz.makeConstructor (c$,
  27 function (addAlignmentAnnotations, predictSecondaryStructure, externalSecStr, source) {
  28 Clazz.superConstructor (this, MCview.PDBfile, [false, source]);
  29 this.visibleChainAnnotation = addAlignmentAnnotations;
  30 this.$predictSecondaryStructure = predictSecondaryStructure;
  31 this.externalSecondaryStructure = externalSecStr;
  32 this.doParse ();
  33 }, "~B,~B,~B,jalview.io.FileParse");
  34 Clazz.overrideMethod (c$, "print",
  35 function () {
  36 return null;
  37 });
  38 Clazz.overrideMethod (c$, "parse",
  39 function () {
  40 this.id = this.safeName (this.getDataName ());
  41 this.chains =  new java.util.Vector ();
  42 var rna =  new java.util.ArrayList ();
  43 var prot =  new java.util.ArrayList ();
  44 var tmpchain;
  45 var line = null;
  46 var modelFlag = false;
  47 var terFlag = false;
  48 var lastID = "";
  49 var indexx = 0;
  50 var atomnam = null;
  51 try {
  52 while ((line = this.nextLine ()) != null) {
  53 if (line.indexOf ("HEADER") == 0) {
  54 if (line.length > 62) {
  55 var tid;
  56 if (line.length > 67) {
  57 tid = line.substring (62, 67).trim ();
  58 } else {
  59 tid = line.substring (62).trim ();
  60 }if (tid.length > 0) {
  61 this.id = tid;
  62 }continue;
  63 }}if (line.indexOf ("SEQRES") == 0) {
  64 }if (line.indexOf ("MODEL") == 0) {
  65 modelFlag = true;
  66 }if (line.indexOf ("TER") == 0) {
  67 terFlag = true;
  68 }if (modelFlag && line.indexOf ("ENDMDL") == 0) {
  69 break;
  70 }if (line.indexOf ("ATOM") == 0 || (line.indexOf ("HETATM") == 0 && !terFlag)) {
  71 terFlag = false;
  72 atomnam = line.substring (12, 15).trim ();
  73 if (!atomnam.equals ("CA") && !atomnam.equals ("P")) {
  74 continue;
  75 }var tmpatom =  new MCview.Atom (line);
  76 tmpchain = this.findChain (tmpatom.chain);
  77 if (tmpchain != null) {
  78 if (tmpatom.resNumIns.trim ().equals (lastID)) {
  79 continue;
  80 }tmpchain.atoms.addElement (tmpatom);
  81 } else {
  82 tmpchain =  new MCview.PDBChain (this.id, tmpatom.chain);
  83 this.chains.addElement (tmpchain);
  84 tmpchain.atoms.addElement (tmpatom);
  85 }lastID = tmpatom.resNumIns.trim ();
  86 }this.index++;
  87 }
  88 this.makeResidueList ();
  89 this.makeCaBondList ();
  90 if (this.id == null) {
  91 this.id = this.inFile.getName ();
  92 }for (var chain, $chain = this.chains.iterator (); $chain.hasNext () && ((chain = $chain.next ()) || true);) {
  93 var chainseq = this.postProcessChain (chain);
  94 if (MCview.PDBfile.isRNA (chainseq)) {
  95 rna.add (chainseq);
  96 } else {
  97 prot.add (chainseq);
  98 }}
  99 if (this.$predictSecondaryStructure) {
 100 this.predictSecondaryStructure (rna, prot);
 101 }} catch (e$$) {
 102 if (Clazz.exceptionOf (e$$, OutOfMemoryError)) {
 103 var er = e$$;
 104 {
 105 System.out.println ("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 106 throw  new java.io.IOException (jalview.util.MessageManager.getString ("exception.outofmemory_loading_pdb_file"));
 107 }
 108 } else if (Clazz.exceptionOf (e$$, NumberFormatException)) {
 109 var ex = e$$;
 110 {
 111 if (line != null) {
 112 System.err.println ("Couldn't read number from line:");
 113 System.err.println (line);
 114 }}
 115 } else {
 116 throw e$$;
 117 }
 118 }
 119 this.markCalcIds ();
 120 });
 121 Clazz.defineMethod (c$, "predictSecondaryStructure",
 122 function (rnaSequences, proteinSequences) {
 123 if (this.externalSecondaryStructure && rnaSequences.size () > 0) {
 124 try {
 125 this.processPdbFileWithAnnotate3d (rnaSequences);
 126 } catch (x) {
 127 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {
 128 System.err.println ("Exceptions when dealing with RNA in pdb file");
 129 x.printStackTrace ();
 130 } else {
 131 throw x;
 132 }
 133 }
 134 }if (proteinSequences.size () > 0) {
 135 try {
 136 this.processPdbFileWithJmol (proteinSequences);
 137 } catch (x) {
 138 if (Clazz.exceptionOf (x, Exception)) {
 139 System.err.println ("Exceptions from Jmol when processing data in pdb file");
 140 x.printStackTrace ();
 141 } else {
 142 throw x;
 143 }
 144 }
 145 }}, "java.util.List,java.util.List");
 146 Clazz.defineMethod (c$, "postProcessChain",
 147 function (chain) {
 148 var dataset = chain.sequence;
 149 dataset.setName (this.id + "|" + dataset.getName ());
 150 var entry =  new jalview.datamodel.PDBEntry ();
 151 entry.setId (this.id);
 152 entry.setType (jalview.datamodel.PDBEntry.Type.PDB);
 153 entry.setProperty ( new java.util.Hashtable ());
 154 if (chain.id != null) {
 155 entry.setChainCode (String.valueOf (chain.id));
 156 }if (this.inFile != null) {
 157 entry.setFile (this.inFile.getAbsolutePath ());
 158 } else {
 159 entry.setFile (this.getDataName ());
 160 }dataset.addPDBId (entry);
 161 var chainseq = dataset.deriveSequence ();
 162 this.seqs.addElement (chainseq);
 163 var chainannot = chainseq.getAnnotation ();
 164 if (chainannot != null && this.visibleChainAnnotation) {
 165 for (var ai = 0; ai < chainannot.length; ai++) {
 166 chainannot[ai].visible = this.visibleChainAnnotation;
 167 this.annotations.addElement (chainannot[ai]);
 168 }
 169 }return chainseq;
 170 }, "MCview.PDBChain");
 171 c$.isCalcIdHandled = Clazz.defineMethod (c$, "isCalcIdHandled",
 172 function (calcId) {
 173 return calcId != null && (MCview.PDBfile.CALC_ID_PREFIX.equals (calcId));
 174 }, "~S");
 175 c$.isCalcIdForFile = Clazz.defineMethod (c$, "isCalcIdForFile",
 176 function (alan, pdbFile) {
 177 return alan.getCalcId () != null && MCview.PDBfile.CALC_ID_PREFIX.equals (alan.getCalcId ()) && pdbFile.equals (alan.getProperty ("PDBID"));
 178 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~S");
 179 c$.relocateCalcId = Clazz.defineMethod (c$, "relocateCalcId",
 180 function (calcId, alreadyLoadedPDB) {
 181 var s = MCview.PDBfile.CALC_ID_PREFIX.length;
 182 var end = calcId.indexOf (MCview.PDBfile.CALC_ID_PREFIX, s);
 183 var between = calcId.substring (s, end - 1);
 184 return MCview.PDBfile.CALC_ID_PREFIX + alreadyLoadedPDB.get (between) + ":" + calcId.substring (end);
 185 }, "~S,java.util.Hashtable");
 186 Clazz.defineMethod (c$, "markCalcIds",
 187 ($fz = function () {
 188 for (var sq, $sq = this.seqs.iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {
 189 if (sq.getAnnotation () != null) {
 190 for (var aa, $aa = 0, $$aa = sq.getAnnotation (); $aa < $$aa.length && ((aa = $$aa[$aa]) || true); $aa++) {
 191 var oldId = aa.getCalcId ();
 192 if (oldId == null) {
 193 oldId = "";
 194 }aa.setCalcId (MCview.PDBfile.CALC_ID_PREFIX);
 195 aa.setProperty ("PDBID", this.id);
 196 aa.setProperty ("oldCalcId", oldId);
 197 }
 198 }}
 199 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 200 Clazz.defineMethod (c$, "processPdbFileWithJmol",
 201 ($fz = function (prot) {
 202 try {
 203 var cl = Class.forName ("jalview.ext.jmol.PDBFileWithJmol");
 204 if (cl != null) {
 205 var constructor = cl.getConstructor ( Clazz.newArray (-1, [jalview.io.FileParse]));
 206 var args =  Clazz.newArray (-1, [ new jalview.io.FileParse (this.getDataName (), this.type)]);
 207 var jmf = constructor.newInstance (args);
 208 var al =  new jalview.datamodel.Alignment (cl.getMethod ("getSeqsAsArray",  Clazz.newArray (-1, [])).invoke (jmf, []));
 209 cl.getMethod ("addAnnotations",  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.AlignmentI])).invoke (jmf, [al]);
 210 for (var sq, $sq = al.getSequences ().iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {
 211 if (sq.getDatasetSequence () != null) {
 212 sq.getDatasetSequence ().getPDBId ().clear ();
 213 } else {
 214 sq.getPDBId ().clear ();
 215 }}
 216 this.replaceAndUpdateChains (prot, al, "pep", false);
 217 }} catch (q) {
 218 if (Clazz.exceptionOf (q, ClassNotFoundException)) {
 219 } else {
 220 throw q;
 221 }
 222 }
 223 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.util.List");
 224 Clazz.defineMethod (c$, "replaceAndUpdateChains",
 225 ($fz = function (prot, al, pep, b) {
 226 var replaced = jalview.analysis.AlignSeq.replaceMatchingSeqsWith (this.seqs, this.annotations, prot, al, pep, false);
 227 for (var ch, $ch = this.chains.iterator (); $ch.hasNext () && ((ch = $ch.next ()) || true);) {
 228 var p = 0;
 229 for (var sq, $sq = replaced.get (0).iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {
 230 p++;
 231 if (sq === ch.sequence || sq.getDatasetSequence () === ch.sequence) {
 232 p = -p;
 233 break;
 234 }}
 235 if (p < 0) {
 236 p = -p - 1;
 237 ch.shadow = replaced.get (1).get (p);
 238 ch.shadowMap = (replaced.get (2).get (p)).getMappingFromS1 (false);
 239 }}
 240 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.util.List,jalview.datamodel.AlignmentI,~S,~B");
 241 Clazz.defineMethod (c$, "processPdbFileWithAnnotate3d",
 242 ($fz = function (rna) {
 243 try {
 244 var cl = Class.forName ("jalview.ws.jws1.Annotate3D");
 245 if (cl != null) {
 246 var annotate3d = cl.getConstructor ( Clazz.newArray (-1, [])).newInstance ( Clazz.newArray (-1, []));
 247 var al = (cl.getMethod ("getRNAMLFor",  Clazz.newArray (-1, [jalview.io.FileParse])).invoke (annotate3d,  Clazz.newArray (-1, [ new jalview.io.FileParse (this.getDataName (), this.type)])));
 248 for (var sq, $sq = al.getSequences ().iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {
 249 if (sq.getDatasetSequence () != null) {
 250 if (sq.getDatasetSequence ().getPDBId () != null) {
 251 sq.getDatasetSequence ().getPDBId ().clear ();
 252 }} else {
 253 if (sq.getPDBId () != null) {
 254 sq.getPDBId ().clear ();
 255 }}}
 256 this.replaceAndUpdateChains (rna, al, "dna", false);
 257 }} catch (x) {
 258 if (Clazz.exceptionOf (x, ClassNotFoundException)) {
 259 } else {
 260 throw x;
 261 }
 262 }
 263 ;}, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.util.List");
 264 Clazz.defineMethod (c$, "safeName",
 265 ($fz = function (dataName) {
 266 var p = 0;
 267 while ((p = dataName.indexOf ("/")) > -1 && p < dataName.length) {
 268 dataName = dataName.substring (p + 1);
 269 }
 270 return dataName;
 271 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");
 272 Clazz.defineMethod (c$, "makeResidueList",
 273 function () {
 274 for (var i = 0; i < this.chains.size (); i++) {
 275 this.chains.elementAt (i).makeResidueList (this.visibleChainAnnotation);
 276 }
 277 });
 278 Clazz.defineMethod (c$, "makeCaBondList",
 279 function () {
 280 for (var i = 0; i < this.chains.size (); i++) {
 281 this.chains.elementAt (i).makeCaBondList ();
 282 }
 283 });
 284 Clazz.defineMethod (c$, "findChain",
 285 function (id) {
 286 for (var i = 0; i < this.chains.size (); i++) {
 287 if (this.chains.elementAt (i).id.equals (id)) {
 288 return this.chains.elementAt (i);
 289 }}
 290 return null;
 291 }, "~S");
 292 Clazz.defineMethod (c$, "setChargeColours",
 293 function () {
 294 for (var i = 0; i < this.chains.size (); i++) {
 295 this.chains.elementAt (i).setChargeColours ();
 296 }
 297 });
 298 Clazz.defineMethod (c$, "setColours",
 299 function (cs) {
 300 for (var i = 0; i < this.chains.size (); i++) {
 301 this.chains.elementAt (i).setChainColours (cs);
 302 }
 303 }, "jalview.schemes.ColourSchemeI");
 304 Clazz.defineMethod (c$, "setChainColours",
 305 function () {
 306 for (var i = 0; i < this.chains.size (); i++) {
 307 this.chains.elementAt (i).setChainColours (java.awt.Color.getHSBColor (1.0 / i, .4, 1.0));
 308 }
 309 });
 310 c$.isRNA = Clazz.defineMethod (c$, "isRNA",
 311 function (seq) {
 312 for (var c, $c = 0, $$c = seq.getSequence (); $c < $$c.length && ((c = $$c[$c]) || true); $c++) {
 313 if ((c != 'A') && (c != 'C') && (c != 'G') && (c != 'U')) {
 314 return false;
 315 }}
 316 return true;
 317 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 318 Clazz.defineStatics (c$,
 319 "CALC_ID_PREFIX", "JalviewPDB");
 320 });