bin/jalview/analysis/AAFrequency.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.AAFrequency", ["jalview.analysis.CodingUtils", "jalview.datamodel.Annotation", "jalview.util.Format", "$.MappingUtils", "$.QuickSort", "java.lang.Float", "$.StringBuilder", "java.util.Arrays", "$.Hashtable"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "AAFrequency");
   4 c$.calculate = Clazz.defineMethod (c$, "calculate",
   5 function (list, start, end) {
   6 return jalview.analysis.AAFrequency.calculate (list, start, end, false);
   7 }, "java.util.List,~N,~N");
   8 c$.calculate = Clazz.defineMethod (c$, "calculate",
   9 function (sequences, start, end, profile) {
  10 var seqs =  new Array (sequences.size ());
  11 var width = 0;
  12 {
  13 for (var i = 0; i < sequences.size (); i++) {
  14 seqs[i] = sequences.get (i);
  15 if (seqs[i].getLength () > width) {
  16 width = seqs[i].getLength ();
  17 }}
  18 var reply =  new Array (width);
  19 if (end >= width) {
  20 end = width;
  21 }jalview.analysis.AAFrequency.calculate (seqs, start, end, reply, profile);
  22 return reply;
  23 }}, "java.util.List,~N,~N,~B");
  24 c$.calculate = Clazz.defineMethod (c$, "calculate",
  25 function (sequences, start, end, result, profile) {
  26 var residueHash;
  27 var maxCount;
  28 var nongap;
  29 var i;
  30 var j;
  31 var v;
  32 var jSize = sequences.length;
  33 var maxResidue;
  34 var c = '-';
  35 var percentage;
  36 var values =  Clazz.newIntArray (255, 0);
  37 var seq;
  38 for (i = start; i < end; i++) {
  39 residueHash =  new java.util.Hashtable ();
  40 maxCount = 0;
  41 maxResidue = "";
  42 nongap = 0;
  43 values =  Clazz.newIntArray (255, 0);
  44 for (j = 0; j < jSize; j++) {
  45 if (sequences[j] == null) {
  46 System.err.println ("WARNING: Consensus skipping null sequence - possible race condition.");
  47 continue;
  48 }seq = sequences[j].getSequence ();
  49 if (seq.length > i) {
  50 c = seq[i];
  51 if (c == '.' || c == ' ') {
  52 c = '-';
  53 }if (c == '-') {
  54 values['-'.charCodeAt (0)]++;
  55 continue;
  56 } else if ('a' <= c && c <= 'z') {
  57 c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) + -32);
  58 }nongap++;
  59 values[c.charCodeAt (0)]++;
  60 } else {
  61 values['-'.charCodeAt (0)]++;
  62 }}
  63 if (jSize == 1) {
  64 maxResidue = String.valueOf (c);
  65 maxCount = 1;
  66 } else {
  67 for (v = 65; v <= 90; v++) {
  68 if (values[v] < 1 || values[v] < maxCount) {
  69 continue;
  70 }if (values[v] > maxCount) {
  71 maxResidue = jalview.analysis.AAFrequency.CHARS[v - 65];
  72 } else if (values[v] == maxCount) {
  73 maxResidue += jalview.analysis.AAFrequency.CHARS[v - 65];
  74 }maxCount = values[v];
  75 }
  76 }if (maxResidue.length == 0) {
  77 maxResidue = "-";
  78 }if (profile) {
  79 residueHash.put ("P",  Clazz.newArray (-1, [values,  Clazz.newIntArray (-1, [jSize, nongap])]));
  80 }residueHash.put ("C",  new Integer (maxCount));
  81 residueHash.put ("R", maxResidue);
  82 percentage = (maxCount * 100) / jSize;
  83 residueHash.put ("G",  new Float (percentage));
  84 if (nongap > 0) {
  85 percentage = (maxCount * 100) / nongap;
  86 }residueHash.put ("N",  new Float (percentage));
  87 result[i] = residueHash;
  88 }
  89 }, "~A,~N,~N,~A,~B");
  90 c$.completeConsensus = Clazz.defineMethod (c$, "completeConsensus",
  91 function (consensus, hconsensus, iStart, width, ignoreGapsInConsensusCalculation, includeAllConsSymbols, nseq) {
  92 jalview.analysis.AAFrequency.completeConsensus (consensus, hconsensus, iStart, width, ignoreGapsInConsensusCalculation, includeAllConsSymbols, null, nseq);
  93 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A,~N,~N,~B,~B,~N");
  94 c$.completeConsensus = Clazz.defineMethod (c$, "completeConsensus",
  95 function (consensus, hconsensus, iStart, width, ignoreGapsInConsensusCalculation, includeAllConsSymbols, alphabet, nseq) {
  96 if (consensus == null || consensus.annotations == null || consensus.annotations.length < width) {
  97 return;
  98 }var fmt = jalview.analysis.AAFrequency.getPercentageFormat (nseq);
  99 for (var i = iStart; i < width; i++) {
 100 var hci;
 101 if (i >= hconsensus.length || ((hci = hconsensus[i]) == null)) {
 102 consensus.annotations[i] = null;
 103 continue;
 104 }var fv = hci.get (ignoreGapsInConsensusCalculation ? "N" : "G");
 105 if (fv == null) {
 106 consensus.annotations[i] = null;
 107 continue;
 108 }var value = fv.floatValue ();
 109 var maxRes = hci.get ("R").toString ();
 110 var mouseOver =  new StringBuilder (64);
 111 if (maxRes.length > 1) {
 112 mouseOver.append ("[").append (maxRes).append ("] ");
 113 maxRes = "+";
 114 } else {
 115 mouseOver.append (hci.get ("R") + " ");
 116 }var profile = hci.get ("P");
 117 if (profile != null && includeAllConsSymbols) {
 118 var sequenceCount = profile[1][0];
 119 var nonGappedCount = profile[1][1];
 120 var normalisedBy = ignoreGapsInConsensusCalculation ? nonGappedCount : sequenceCount;
 121 mouseOver.setLength (0);
 122 if (alphabet != null) {
 123 for (var c = 0; c < alphabet.length; c++) {
 124 var tval = profile[0][alphabet[c].charCodeAt (0)] * 100 / normalisedBy;
 125 mouseOver.append (((c == 0) ? "" : "; ")).append (alphabet[c]).append (" ").append (((fmt != null) ? fmt.formDouble (tval) : (Clazz.floatToInt (tval)))).append ("%");
 126 }
 127 } else {
 128 var ca =  Clazz.newCharArray (profile[0].length, '\0');
 129 var vl =  Clazz.newFloatArray (profile[0].length, 0);
 130 for (var c = 0; c < ca.length; c++) {
 131 ca[c] = String.fromCharCode (c);
 132 vl[c] = profile[0][c];
 133 }
 134 jalview.util.QuickSort.sortFloatChar (vl, ca);
 135 for (var p = 0, c = ca.length - 1; profile[0][ca[c].charCodeAt (0)] > 0; c--) {
 136 var residue = ca[c];
 137 if (residue != '-') {
 138 var tval = profile[0][residue.charCodeAt (0)] * 100 / normalisedBy;
 139 mouseOver.append ((((p == 0) ? "" : "; "))).append (residue).append (" ").append (((fmt != null) ? fmt.formDouble (tval) : (Clazz.floatToInt (tval)))).append ("%");
 140 p++;
 141 }}
 142 }} else {
 143 mouseOver.append ((((fmt != null) ? fmt.formDouble (value) : (Clazz.floatToInt (value))))).append ("%");
 144 }consensus.annotations[i] =  new jalview.datamodel.Annotation (maxRes, mouseOver.toString (), ' ', value);
 145 }
 146 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A,~N,~N,~B,~B,~A,~N");
 147 c$.getPercentageFormat = Clazz.defineMethod (c$, "getPercentageFormat",
 148 function (nseq) {
 149 var scale = 0;
 150 while (nseq >= 10) {
 151 scale++;
 152 nseq /= 10;
 153 }
 154 return scale <= 1 ? null :  new jalview.util.Format ("%3." + (scale - 1) + "f");
 155 }, "~N");
 156 c$.extractProfile = Clazz.defineMethod (c$, "extractProfile",
 157 function (hconsensus, ignoreGaps) {
 158 var rtnval =  Clazz.newIntArray (64, 0);
 159 var profile = hconsensus.get ("P");
 160 if (profile == null) {
 161 return null;
 162 }var ca =  Clazz.newCharArray (profile[0].length, '\0');
 163 var vl =  Clazz.newFloatArray (profile[0].length, 0);
 164 for (var c = 0; c < ca.length; c++) {
 165 ca[c] = String.fromCharCode (c);
 166 vl[c] = profile[0][c];
 167 }
 168 jalview.util.QuickSort.sortFloatChar (vl, ca);
 169 var nextArrayPos = 2;
 170 var totalPercentage = 0;
 171 var distinctValuesCount = 0;
 172 var divisor = profile[1][ignoreGaps ? 1 : 0];
 173 for (var c = ca.length - 1; profile[0][ca[c].charCodeAt (0)] > 0; c--) {
 174 if (ca[c] != '-') {
 175 rtnval[nextArrayPos++] = (ca[c]).charCodeAt (0);
 176 var percentage = Clazz.floatToInt (profile[0][ca[c].charCodeAt (0)] * 100 / divisor);
 177 rtnval[nextArrayPos++] = percentage;
 178 totalPercentage += percentage;
 179 distinctValuesCount++;
 180 }}
 181 rtnval[0] = distinctValuesCount;
 182 rtnval[1] = totalPercentage;
 183 var result =  Clazz.newIntArray (rtnval.length + 1, 0);
 184 result[0] = 0;
 185 System.arraycopy (rtnval, 0, result, 1, rtnval.length);
 186 return result;
 187 }, "java.util.Hashtable,~B");
 188 c$.extractCdnaProfile = Clazz.defineMethod (c$, "extractCdnaProfile",
 189 function (hashtable, ignoreGaps) {
 190 var codonCounts = hashtable.get ("P");
 191 var sortedCounts =  Clazz.newIntArray (codonCounts.length - 2, 0);
 192 System.arraycopy (codonCounts, 2, sortedCounts, 0, codonCounts.length - 2);
 193 var result =  Clazz.newIntArray (3 + 2 * sortedCounts.length, 0);
 194 result[0] = 2;
 195 var codons =  Clazz.newCharArray (sortedCounts.length, '\0');
 196 for (var i = 0; i < codons.length; i++) {
 197 codons[i] = String.fromCharCode (i);
 198 }
 199 jalview.util.QuickSort.sortIntChar (sortedCounts, codons);
 200 var totalPercentage = 0;
 201 var distinctValuesCount = 0;
 202 var j = 3;
 203 var divisor = ignoreGaps ? codonCounts[1] : codonCounts[0];
 204 for (var i = codons.length - 1; i >= 0; i--) {
 205 var codonCount = sortedCounts[i];
 206 if (codonCount == 0) {
 207 break;
 208 }distinctValuesCount++;
 209 result[j++] = (codons[i]).charCodeAt (0);
 210 var percentage = Clazz.doubleToInt (codonCount * 100 / divisor);
 211 result[j++] = percentage;
 212 totalPercentage += percentage;
 213 }
 214 result[2] = totalPercentage;
 215 result[1] = distinctValuesCount;
 216 return java.util.Arrays.copyOfRange (result, 0, j);
 217 }, "java.util.Hashtable,~B");
 218 c$.calculateCdna = Clazz.defineMethod (c$, "calculateCdna",
 219 function (alignment, mappings, hconsensus, col0, col1) {
 220 var gapCharacter = alignment.getGapCharacter ();
 221 for (var col = col0; col < col1; col++) {
 222 var columnHash =  new java.util.Hashtable ();
 223 var codonCounts =  Clazz.newIntArray (66, 0);
 224 codonCounts[0] = alignment.getSequences ().size ();
 225 var ungappedCount = 0;
 226 for (var seq, $seq = alignment.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 227 if (seq.getCharAt (col) == gapCharacter) {
 228 continue;
 229 }var codon = jalview.util.MappingUtils.findCodonFor (seq, col, mappings);
 230 var codonEncoded = jalview.analysis.CodingUtils.encodeCodon (codon);
 231 if (codonEncoded >= 0) {
 232 codonCounts[codonEncoded + 2]++;
 233 ungappedCount++;
 234 }}
 235 codonCounts[1] = ungappedCount;
 236 columnHash.put ("P", codonCounts);
 237 hconsensus[col] = columnHash;
 238 }
 239 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.Set,~A,~N,~N");
 240 c$.completeCdnaConsensus = Clazz.defineMethod (c$, "completeCdnaConsensus",
 241 function (consensusAnnotation, consensusData, showProfileLogo, nseqs) {
 242 if (consensusAnnotation == null || consensusAnnotation.annotations == null || consensusAnnotation.annotations.length < consensusData.length) {
 243 return;
 244 }consensusAnnotation.scaleColLabel = true;
 245 for (var col = 0; col < consensusData.length; col++) {
 246 var hci = consensusData[col];
 247 if (hci == null) {
 248 continue;
 249 }var codonCounts = hci.get ("P");
 250 var totalCount = 0;
 251 var codons =  Clazz.newCharArray (codonCounts.length - 2, '\0');
 252 for (var j = 2; j < codonCounts.length; j++) {
 253 var codonCount = codonCounts[j];
 254 codons[j - 2] = String.fromCharCode (j - 2);
 255 totalCount += codonCount;
 256 }
 257 var sortedCodonCounts =  Clazz.newIntArray (codonCounts.length - 2, 0);
 258 System.arraycopy (codonCounts, 2, sortedCodonCounts, 0, codonCounts.length - 2);
 259 jalview.util.QuickSort.sortIntChar (sortedCodonCounts, codons);
 260 var modalCodonEncoded = (codons[codons.length - 1]).charCodeAt (0);
 261 var modalCodonCount = sortedCodonCounts[codons.length - 1];
 262 var modalCodon = String.valueOf (jalview.analysis.CodingUtils.decodeCodon (modalCodonEncoded));
 263 if (sortedCodonCounts.length > 1 && sortedCodonCounts[codons.length - 2] == modalCodonEncoded) {
 264 modalCodon = "+";
 265 }var pid = sortedCodonCounts[sortedCodonCounts.length - 1] * 100 / totalCount;
 266 var mouseOver =  new StringBuilder (32);
 267 var samePercent =  new StringBuilder ();
 268 var percent = null;
 269 var lastPercent = null;
 270 var fmt = jalview.analysis.AAFrequency.getPercentageFormat (nseqs);
 271 for (var j = codons.length - 1; j >= 0; j--) {
 272 var codonCount = sortedCodonCounts[j];
 273 if (codonCount == 0) {
 274 if (samePercent.length () > 0) {
 275 mouseOver.append (samePercent).append (": ").append (percent).append ("% ");
 276 }break;
 277 }var codonEncoded = (codons[j]).charCodeAt (0);
 278 var pct = Clazz.doubleToInt (codonCount * 100 / totalCount);
 279 var codon = String.valueOf (jalview.analysis.CodingUtils.decodeCodon (codonEncoded));
 280 percent = fmt == null ? Integer.toString (pct) : fmt.formLong (pct);
 281 if (showProfileLogo || codonCount == modalCodonCount) {
 282 if (percent.equals (lastPercent) && j > 0) {
 283 samePercent.append (samePercent.length () == 0 ? "" : ", ");
 284 samePercent.append (codon);
 285 } else {
 286 if (samePercent.length () > 0) {
 287 mouseOver.append (samePercent).append (": ").append (lastPercent).append ("% ");
 288 }samePercent.setLength (0);
 289 samePercent.append (codon);
 290 }lastPercent = percent;
 291 }}
 292 consensusAnnotation.annotations[col] =  new jalview.datamodel.Annotation (modalCodon, mouseOver.toString (), ' ', pid);
 293 }
 294 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A,~B,~N");
 295 Clazz.defineStatics (c$,
 296 "TO_UPPER_CASE", -32,
 297 "MAXCOUNT", "C",
 298 "MAXRESIDUE", "R",
 299 "PID_GAPS", "G",
 300 "PID_NOGAPS", "N",
 301 "PROFILE", "P",
 302 "ENCODED_CHARS", "E");
 303 c$.CHARS = c$.prototype.CHARS =  new Array (26);
 304 {
 305 for (var c = 'A'; c <= 'Z'; c = String.fromCharCode (c.charCodeAt (0) + 1)) {
 306 jalview.analysis.AAFrequency.CHARS[c.charCodeAt (0) - 65] = String.valueOf (c);
 307 }
 308 }});