bin/jalview/analysis/AlignmentAnnotationUtils.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils", ["java.util.ArrayList", "$.Arrays", "$.BitSet", "$.Collections", "$.HashMap"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "AlignmentAnnotationUtils");
   4 c$.getShownHiddenTypes = Clazz.defineMethod (c$, "getShownHiddenTypes",
   5 function (shownTypes, hiddenTypes, annotations, forSequences) {
   6 var visibleGraphGroups = jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils.getVisibleLineGraphGroups (annotations);
   7 var groupLabels =  new java.util.HashMap ();
   8 var addedToShown =  new java.util.ArrayList ();
   9 var addedToHidden =  new java.util.ArrayList ();
  10 for (var aa, $aa = annotations.iterator (); $aa.hasNext () && ((aa = $aa.next ()) || true);) {
  11 if (aa.annotations == null) {
  12 continue;
  13 }if (forSequences != null && (aa.sequenceRef != null && forSequences.contains (aa.sequenceRef))) {
  14 var calcId = aa.getCalcId ();
  15 var labelAsList =  new java.util.ArrayList ();
  16 var displayLabel = aa.label;
  17 labelAsList.add (displayLabel);
  18 if (aa.graph == 2 && aa.graphGroup > -1) {
  19 if (!groupLabels.containsKey (calcId)) {
  20 groupLabels.put (calcId,  new java.util.HashMap ());
  21 }var groupLabelsForCalcId = groupLabels.get (calcId);
  22 if (groupLabelsForCalcId.containsKey (new Integer (aa.graphGroup))) {
  23 if (!groupLabelsForCalcId.get (new Integer (aa.graphGroup)).contains (displayLabel)) {
  24 groupLabelsForCalcId.get (new Integer (aa.graphGroup)).add (displayLabel);
  25 }} else {
  26 groupLabelsForCalcId.put (new Integer (aa.graphGroup), labelAsList);
  27 }} else {
  28 var rememberAs = calcId + "!" + displayLabel;
  29 if (aa.visible && !addedToShown.contains (rememberAs)) {
  30 if (!shownTypes.containsKey (calcId)) {
  31 shownTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());
  32 }shownTypes.get (calcId).add (labelAsList);
  33 addedToShown.add (rememberAs);
  34 } else {
  35 if (!aa.visible && !addedToHidden.contains (rememberAs)) {
  36 if (!hiddenTypes.containsKey (calcId)) {
  37 hiddenTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());
  38 }hiddenTypes.get (calcId).add (labelAsList);
  39 addedToHidden.add (rememberAs);
  40 }}}}}
  41 for (var calcId, $calcId = groupLabels.keySet ().iterator (); $calcId.hasNext () && ((calcId = $calcId.next ()) || true);) {
  42 for (var group, $group = groupLabels.get (calcId).keySet ().iterator (); $group.hasNext () && ((group = $group.next ()) || true);) {
  43 var groupLabel = groupLabels.get (calcId).get (new Integer (group));
  44 java.util.Collections.sort (groupLabel);
  45 if (visibleGraphGroups.get (group)) {
  46 if (!shownTypes.containsKey (calcId)) {
  47 shownTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());
  48 }if (!shownTypes.get (calcId).contains (groupLabel)) {
  49 shownTypes.get (calcId).add (groupLabel);
  50 }} else {
  51 if (!hiddenTypes.containsKey (calcId)) {
  52 hiddenTypes.put (calcId,  new java.util.ArrayList ());
  53 }if (!hiddenTypes.get (calcId).contains (groupLabel)) {
  54 hiddenTypes.get (calcId).add (groupLabel);
  55 }}}
  56 }
  57 }, "java.util.Map,java.util.Map,java.util.List,java.util.List");
  58 c$.getVisibleLineGraphGroups = Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleLineGraphGroups",
  59 function (annotations) {
  60 var result =  new java.util.BitSet ();
  61 for (var ann, $ann = annotations.iterator (); $ann.hasNext () && ((ann = $ann.next ()) || true);) {
  62 if (ann.graph == 2 && ann.visible) {
  63 var gg = ann.graphGroup;
  64 if (gg > -1) {
  65 result.set (gg);
  66 }}}
  67 return result;
  68 }, "java.util.List");
  69 c$.asList = Clazz.defineMethod (c$, "asList",
  70 function (anns) {
  71 return (anns == null ? java.util.Collections.emptyList () : java.util.Arrays.asList (anns));
  72 }, "~A");
  73 });