bin/jalview/analysis/CodonComparator.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "CodonComparator", null, java.util.Comparator);
   3 Clazz.overrideMethod (c$, "compare",
   4 function (ac1, ac2) {
   5 if (ac1 == null || ac2 == null || ac1.equals (ac2)) {
   6 return 0;
   7 }if (ac1.pos1 < ac2.pos1 && ac1.pos3 <= ac2.pos3) {
   8 return -1;
   9 }if (ac2.pos1 < ac1.pos1 && ac2.pos3 <= ac1.pos3) {
  10 return 1;
  11 }if (ac1.pos3 > ac2.pos3 && ac1.pos1 >= ac2.pos1) {
  12 return 1;
  13 }if (ac2.pos3 > ac1.pos3 && ac2.pos1 >= ac1.pos1) {
  14 return -1;
  15 }if (ac1.pos1 == ac2.pos1 && ac1.pos3 == ac2.pos3) {
  16 return Integer.compare (ac1.pos2, ac2.pos2);
  17 }var compareMiddles = Integer.compare (ac1.pos2, ac2.pos2);
  18 if (compareMiddles != 0) {
  19 return compareMiddles;
  20 }return Integer.compare (ac1.pos1, ac2.pos1);
  21 }, "jalview.datamodel.AlignedCodon,jalview.datamodel.AlignedCodon");