bin/jalview/analysis/Grouping.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.Grouping", ["jalview.datamodel.SequenceGroup", "java.lang.StringBuilder", "java.util.ArrayList", "$.HashMap"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "Grouping");
   4 c$.makeGroupsFrom = Clazz.defineMethod (c$, "makeGroupsFrom",
   5 function (sequences, selectedChars, list) {
   6 var gps =  new java.util.HashMap ();
   7 var width = 0;
   8 var i;
   9 var pgroup =  new java.util.HashMap ();
  10 if (list != null) {
  11 for (var sg, $sg = list.iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
  12 for (var sq, $sq = sg.getSequences (null).iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {
  13 pgroup.put (sq.toString (), sg);
  14 }
  15 }
  16 }for (i = 0; i < sequences.length; i++) {
  17 var schar = selectedChars[i];
  18 var pgp = pgroup.get ((sequences[i]).toString ());
  19 if (pgp != null) {
  20 schar = pgp.getName () + ":" + schar;
  21 }var svec = gps.get (schar);
  22 if (svec == null) {
  23 svec =  new java.util.ArrayList ();
  24 gps.put (schar, svec);
  25 }if (width < sequences[i].getLength ()) {
  26 width = sequences[i].getLength ();
  27 }svec.add (sequences[i]);
  28 }
  29 var groups =  new Array (gps.size ());
  30 i = 0;
  31 for (var key, $key = gps.keySet ().iterator (); $key.hasNext () && ((key = $key.next ()) || true);) {
  32 var group =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (gps.get (key), "Subseq: " + key, null, true, true, false, 0, width - 1);
  33 groups[i++] = group;
  34 }
  35 gps.clear ();
  36 pgroup.clear ();
  37 return groups;
  38 }, "~A,~A,java.util.List");
  39 c$.makeGroupsFromCols = Clazz.defineMethod (c$, "makeGroupsFromCols",
  40 function (sequences, cs, list) {
  41 var gps =  new java.util.HashMap ();
  42 var pgroup =  new java.util.HashMap ();
  43 if (list != null) {
  44 for (var sg, $sg = list.iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
  45 for (var sq, $sq = sg.getSequences (null).iterator (); $sq.hasNext () && ((sq = $sq.next ()) || true);) {
  46 pgroup.put (sq.toString (), sg);
  47 }
  48 }
  49 }var spos =  Clazz.newIntArray (cs.getSelected ().size (), 0);
  50 var width = -1;
  51 var i = 0;
  52 for (var pos, $pos = cs.getSelected ().iterator (); $pos.hasNext () && ((pos = $pos.next ()) || true);) {
  53 spos[i++] = pos.intValue ();
  54 }
  55 ;for (i = 0; i < sequences.length; i++) {
  56 var slen = sequences[i].getLength ();
  57 if (width < slen) {
  58 width = slen;
  59 }var pgp = pgroup.get ((sequences[i]).toString ());
  60 var schar =  new StringBuilder ();
  61 if (pgp != null) {
  62 schar.append (pgp.getName () + ":");
  63 }for (var p, $p = 0, $$p = spos; $p < $$p.length && ((p = $$p[$p]) || true); $p++) {
  64 if (p >= slen) {
  65 schar.append ("~");
  66 } else {
  67 schar.append (sequences[i].getCharAt (p));
  68 }}
  69 var svec = gps.get (schar.toString ());
  70 if (svec == null) {
  71 svec =  new java.util.ArrayList ();
  72 gps.put (schar.toString (), svec);
  73 }svec.add (sequences[i]);
  74 }
  75 var groups =  new Array (gps.size ());
  76 i = 0;
  77 for (var key, $key = gps.keySet ().iterator (); $key.hasNext () && ((key = $key.next ()) || true);) {
  78 var group =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (gps.get (key), "Subseq: " + key, null, true, true, false, 0, width - 1);
  79 groups[i++] = group;
  80 }
  81 gps.clear ();
  82 pgroup.clear ();
  83 return groups;
  84 }, "~A,jalview.datamodel.ColumnSelection,java.util.List");
  85 c$.divideByFeature = Clazz.defineMethod (c$, "divideByFeature",
  86 function (featureLabels, groupLabels, start, stop, sequences, exgroups, method) {
  87 }, "~A,~A,~N,~N,~A,java.util.Vector,~S");
  88 });