bin/jalview/analysis/NJTree.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (["java.util.Vector"], ["jalview.analysis.Cluster", "$.NJTree"], ["jalview.analysis.SequenceIdMatcher", "jalview.datamodel.AlignmentView", "$.CigarArray", "$.NodeTransformI", "$.SeqCigar", "$.Sequence", "$.SequenceI", "$.SequenceNode", "jalview.io.NewickFile", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Format", "java.lang.StringBuffer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.$cluster = null;
   5 this.sequence = null;
   6 this.seqData = null;
   7 this.done = null;
   8 this.noseqs = 0;
   9 this.noClus = 0;
  10 this.distance = null;
  11 this.mini = 0;
  12 this.minj = 0;
  13 this.ri = 0;
  14 this.rj = 0;
  15 this.groups = null;
  16 this.maxdist = null;
  17 this.top = null;
  18 this.maxDistValue = 0;
  19 this.maxheight = 0;
  20 this.ycount = 0;
  21 this.node = null;
  22 this.type = null;
  23 this.pwtype = null;
  24 this.found = null;
  25 this.leaves = null;
  26 this.hasDistances = true;
  27 this.hasBootstrap = false;
  28 this.hasRootDistance = true;
  29 this._lycount = 0;
  30 this._lylimit = 0;
  31 Clazz.instantialize (this, arguments);
  32 }, jalview.analysis, "NJTree");
  33 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  34 this.groups =  new java.util.Vector ();
  35 });
  36 Clazz.makeConstructor (c$,
  37 function (seqs, odata, treefile) {
  38 this.construct (seqs, treefile);
  39 if (odata != null) {
  40 this.seqData = odata;
  41 }}, "~A,jalview.datamodel.AlignmentView,jalview.io.NewickFile");
  42 Clazz.makeConstructor (c$,
  43 function (seqs, treefile) {
  44 this.sequence = seqs;
  45 this.top = treefile.getTree ();
  46 this.hasDistances = treefile.HasDistances ();
  47 this.hasBootstrap = treefile.HasBootstrap ();
  48 this.hasRootDistance = treefile.HasRootDistance ();
  49 this.maxheight = this.findHeight (this.top);
  50 var algnIds =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (seqs);
  51 var leaves =  new java.util.Vector ();
  52 this.findLeaves (this.top, leaves);
  53 var i = 0;
  54 var namesleft = seqs.length;
  55 var j;
  56 var nam;
  57 var realnam;
  58 var one2many =  new java.util.Vector ();
  59 var countOne2Many = 0;
  60 while (i < leaves.size ()) {
  61 j = leaves.elementAt (i++);
  62 realnam = j.getName ();
  63 nam = null;
  64 if (namesleft > -1) {
  65 nam = algnIds.findIdMatch (realnam);
  66 }if (nam != null) {
  67 j.setElement (nam);
  68 if (one2many.contains (nam)) {
  69 countOne2Many++;
  70 } else {
  71 one2many.addElement (nam);
  72 namesleft--;
  73 }} else {
  74 j.setElement ( new jalview.datamodel.Sequence (realnam, "THISISAPLACEHLDER"));
  75 j.setPlaceholder (true);
  76 }}
  77 }, "~A,jalview.io.NewickFile");
  78 Clazz.makeConstructor (c$,
  79 function (sequence, seqData, type, pwtype, sm, start, end) {
  80 this.sequence = sequence;
  81 this.node =  new java.util.Vector ();
  82 this.type = type;
  83 this.pwtype = pwtype;
  84 if (seqData != null) {
  85 this.seqData = seqData;
  86 } else {
  87 var seqs =  new Array (sequence.length);
  88 for (var i = 0; i < sequence.length; i++) {
  89 seqs[i] =  new jalview.datamodel.SeqCigar (sequence[i], start, end);
  90 }
  91 var sdata =  new jalview.datamodel.CigarArray (seqs);
  92 sdata.addOperation ('M', end - start + 1);
  93 this.seqData =  new jalview.datamodel.AlignmentView (sdata, start);
  94 }if (!(type.equals ("NJ"))) {
  95 type = "AV";
  96 }if (sm == null && !(pwtype.equals ("PID"))) {
  97 if (jalview.schemes.ResidueProperties.getScoreMatrix (pwtype) == null) {
  98 pwtype = "BLOSUM62";
  99 }}var i = 0;
 100 this.done =  Clazz.newIntArray (sequence.length, 0);
 101 while ((i < sequence.length) && (sequence[i] != null)) {
 102 this.done[i] = 0;
 103 i++;
 104 }
 105 this.noseqs = i++;
 106 this.distance = this.findDistances (sm);
 107 this.makeLeaves ();
 108 this.noClus = this.$cluster.size ();
 109 this.cluster ();
 110 }, "~A,jalview.datamodel.AlignmentView,~S,~S,jalview.api.analysis.ScoreModelI,~N,~N");
 111 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
 112 function () {
 113 var fout =  new jalview.io.NewickFile (this.getTopNode ());
 114 return fout.print (this.isHasBootstrap (), this.isHasDistances (), this.isHasRootDistance ());
 115 });
 116 Clazz.defineMethod (c$, "UpdatePlaceHolders",
 117 function (list) {
 118 var leaves =  new java.util.Vector ();
 119 this.findLeaves (this.top, leaves);
 120 var sz = leaves.size ();
 121 var seqmatcher = null;
 122 var i = 0;
 123 while (i < sz) {
 124 var leaf = leaves.elementAt (i++);
 125 if (list.contains (leaf.element ())) {
 126 leaf.setPlaceholder (false);
 127 } else {
 128 if (seqmatcher == null) {
 129 var seqs =  new Array (list.size ());
 130 for (var j = 0; j < seqs.length; j++) {
 131 seqs[j] = list.get (j);
 132 }
 133 seqmatcher =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (seqs);
 134 }var nam = seqmatcher.findIdMatch (leaf.getName ());
 135 if (nam != null) {
 136 if (!leaf.isPlaceholder ()) {
 137 }leaf.setPlaceholder (false);
 138 leaf.setElement (nam);
 139 } else {
 140 if (!leaf.isPlaceholder ()) {
 141 leaf.setElement ( new jalview.datamodel.Sequence (leaf.getName (), "THISISAPLACEHLDER"));
 142 }leaf.setPlaceholder (true);
 143 }}}
 144 }, "java.util.List");
 145 Clazz.defineMethod (c$, "renameAssociatedNodes",
 146 function () {
 147 this.applyToNodes (((Clazz.isClassDefined ("jalview.analysis.NJTree$1") ? 0 : jalview.analysis.NJTree.$NJTree$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.NJTree$1, this, null)));
 148 });
 149 Clazz.defineMethod (c$, "cluster",
 150 function () {
 151 while (this.noClus > 2) {
 152 if (this.type.equals ("NJ")) {
 153 this.findMinNJDistance ();
 154 } else {
 155 this.findMinDistance ();
 156 }var c = this.joinClusters (this.mini, this.minj);
 157 this.done[this.minj] = 1;
 158 this.$cluster.setElementAt (null, this.minj);
 159 this.$cluster.setElementAt (c, this.mini);
 160 this.noClus--;
 161 }
 162 var onefound = false;
 163 var one = -1;
 164 var two = -1;
 165 for (var i = 0; i < this.noseqs; i++) {
 166 if (this.done[i] != 1) {
 167 if (onefound == false) {
 168 two = i;
 169 onefound = true;
 170 } else {
 171 one = i;
 172 }}}
 173 this.joinClusters (one, two);
 174 this.top = (this.node.elementAt (one));
 175 this.reCount (this.top);
 176 this.findHeight (this.top);
 177 this.findMaxDist (this.top);
 178 });
 179 Clazz.defineMethod (c$, "joinClusters",
 180 function (i, j) {
 181 var dist = this.distance[i][j];
 182 var noi = (this.$cluster.elementAt (i)).value.length;
 183 var noj = (this.$cluster.elementAt (j)).value.length;
 184 var value =  Clazz.newIntArray (noi + noj, 0);
 185 for (var ii = 0; ii < noi; ii++) {
 186 value[ii] = (this.$cluster.elementAt (i)).value[ii];
 187 }
 188 for (var ii = noi; ii < (noi + noj); ii++) {
 189 value[ii] = (this.$cluster.elementAt (j)).value[ii - noi];
 190 }
 191 var c =  new jalview.analysis.Cluster (value);
 192 this.ri = this.findr (i, j);
 193 this.rj = this.findr (j, i);
 194 if (this.type.equals ("NJ")) {
 195 this.findClusterNJDistance (i, j);
 196 } else {
 197 this.findClusterDistance (i, j);
 198 }var sn =  new jalview.datamodel.SequenceNode ();
 199 sn.setLeft ((this.node.elementAt (i)));
 200 sn.setRight ((this.node.elementAt (j)));
 201 var tmpi = (this.node.elementAt (i));
 202 var tmpj = (this.node.elementAt (j));
 203 if (this.type.equals ("NJ")) {
 204 this.findNewNJDistances (tmpi, tmpj, dist);
 205 } else {
 206 this.findNewDistances (tmpi, tmpj, dist);
 207 }tmpi.setParent (sn);
 208 tmpj.setParent (sn);
 209 this.node.setElementAt (sn, i);
 210 return c;
 211 }, "~N,~N");
 212 Clazz.defineMethod (c$, "findNewNJDistances",
 213 function (tmpi, tmpj, dist) {
 214 tmpi.dist = ((dist + this.ri) - this.rj) / 2;
 215 tmpj.dist = (dist - tmpi.dist);
 216 if (tmpi.dist < 0) {
 217 tmpi.dist = 0;
 218 }if (tmpj.dist < 0) {
 219 tmpj.dist = 0;
 220 }}, "jalview.datamodel.SequenceNode,jalview.datamodel.SequenceNode,~N");
 221 Clazz.defineMethod (c$, "findNewDistances",
 222 function (tmpi, tmpj, dist) {
 223 var ih = 0;
 224 var jh = 0;
 225 var sni = tmpi;
 226 var snj = tmpj;
 227 while (sni != null) {
 228 ih = ih + sni.dist;
 229 sni = sni.left ();
 230 }
 231 while (snj != null) {
 232 jh = jh + snj.dist;
 233 snj = snj.left ();
 234 }
 235 tmpi.dist = ((dist / 2) - ih);
 236 tmpj.dist = ((dist / 2) - jh);
 237 }, "jalview.datamodel.SequenceNode,jalview.datamodel.SequenceNode,~N");
 238 Clazz.defineMethod (c$, "findClusterDistance",
 239 function (i, j) {
 240 var noi = (this.$cluster.elementAt (i)).value.length;
 241 var noj = (this.$cluster.elementAt (j)).value.length;
 242 var newdist =  Clazz.newFloatArray (this.noseqs, 0);
 243 for (var l = 0; l < this.noseqs; l++) {
 244 if ((l != i) && (l != j)) {
 245 newdist[l] = ((this.distance[i][l] * noi) + (this.distance[j][l] * noj)) / (noi + noj);
 246 } else {
 247 newdist[l] = 0;
 248 }}
 249 for (var ii = 0; ii < this.noseqs; ii++) {
 250 this.distance[i][ii] = newdist[ii];
 251 this.distance[ii][i] = newdist[ii];
 252 }
 253 }, "~N,~N");
 254 Clazz.defineMethod (c$, "findClusterNJDistance",
 255 function (i, j) {
 256 var newdist =  Clazz.newFloatArray (this.noseqs, 0);
 257 for (var l = 0; l < this.noseqs; l++) {
 258 if ((l != i) && (l != j)) {
 259 newdist[l] = ((this.distance[i][l] + this.distance[j][l]) - this.distance[i][j]) / 2;
 260 } else {
 261 newdist[l] = 0;
 262 }}
 263 for (var ii = 0; ii < this.noseqs; ii++) {
 264 this.distance[i][ii] = newdist[ii];
 265 this.distance[ii][i] = newdist[ii];
 266 }
 267 }, "~N,~N");
 268 Clazz.defineMethod (c$, "findr",
 269 function (i, j) {
 270 var tmp = 1;
 271 for (var k = 0; k < this.noseqs; k++) {
 272 if ((k != i) && (k != j) && (this.done[k] != 1)) {
 273 tmp = tmp + this.distance[i][k];
 274 }}
 275 if (this.noClus > 2) {
 276 tmp = tmp / (this.noClus - 2);
 277 }return tmp;
 278 }, "~N,~N");
 279 Clazz.defineMethod (c$, "findMinNJDistance",
 280 function () {
 281 var min = 100000;
 282 for (var i = 0; i < (this.noseqs - 1); i++) {
 283 for (var j = i + 1; j < this.noseqs; j++) {
 284 if ((this.done[i] != 1) && (this.done[j] != 1)) {
 285 var tmp = this.distance[i][j] - (this.findr (i, j) + this.findr (j, i));
 286 if (tmp < min) {
 287 this.mini = i;
 288 this.minj = j;
 289 min = tmp;
 290 }}}
 291 }
 292 return min;
 293 });
 294 Clazz.defineMethod (c$, "findMinDistance",
 295 function () {
 296 var min = 100000;
 297 for (var i = 0; i < (this.noseqs - 1); i++) {
 298 for (var j = i + 1; j < this.noseqs; j++) {
 299 if ((this.done[i] != 1) && (this.done[j] != 1)) {
 300 if (this.distance[i][j] < min) {
 301 this.mini = i;
 302 this.minj = j;
 303 min = this.distance[i][j];
 304 }}}
 305 }
 306 return min;
 307 });
 308 Clazz.defineMethod (c$, "findDistances",
 309 function (_pwmatrix) {
 310 var distance =  Clazz.newFloatArray (this.noseqs, this.noseqs, 0);
 311 if (_pwmatrix == null) {
 312 _pwmatrix = jalview.schemes.ResidueProperties.getScoreModel (this.pwtype);
 313 if (_pwmatrix == null) {
 314 _pwmatrix = jalview.schemes.ResidueProperties.getScoreMatrix ("BLOSUM62");
 315 }}distance = _pwmatrix.findDistances (this.seqData);
 316 return distance;
 317 }, "jalview.api.analysis.ScoreModelI");
 318 Clazz.defineMethod (c$, "makeLeaves",
 319 function () {
 320 this.$cluster =  new java.util.Vector ();
 321 for (var i = 0; i < this.noseqs; i++) {
 322 var sn =  new jalview.datamodel.SequenceNode ();
 323 sn.setElement (this.sequence[i]);
 324 sn.setName (this.sequence[i].getName ());
 325 this.node.addElement (sn);
 326 var value =  Clazz.newIntArray (1, 0);
 327 value[0] = i;
 328 var c =  new jalview.analysis.Cluster (value);
 329 this.$cluster.addElement (c);
 330 }
 331 });
 332 Clazz.defineMethod (c$, "findLeaves",
 333 function (node, leaves) {
 334 if (node == null) {
 335 return leaves;
 336 }if ((node.left () == null) && (node.right () == null)) {
 337 leaves.addElement (node);
 338 return leaves;
 339 } else {
 340 this.findLeaves (node.left (), leaves);
 341 this.findLeaves (node.right (), leaves);
 342 }return leaves;
 343 }, "jalview.datamodel.SequenceNode,java.util.Vector");
 344 Clazz.defineMethod (c$, "findLeaf",
 345 function (node, count) {
 346 this.found = this._findLeaf (node, count);
 347 return this.found;
 348 }, "jalview.datamodel.SequenceNode,~N");
 349 Clazz.defineMethod (c$, "_findLeaf",
 350 function (node, count) {
 351 if (node == null) {
 352 return null;
 353 }if (node.ycount == count) {
 354 this.found = node.element ();
 355 return this.found;
 356 } else {
 357 this._findLeaf (node.left (), count);
 358 this._findLeaf (node.right (), count);
 359 }return this.found;
 360 }, "jalview.datamodel.SequenceNode,~N");
 361 Clazz.defineMethod (c$, "printNode",
 362 function (node) {
 363 if (node == null) {
 364 return;
 365 }if ((node.left () == null) && (node.right () == null)) {
 366 System.out.println ("Leaf = " + (node.element ()).getName ());
 367 System.out.println ("Dist " + node.dist);
 368 System.out.println ("Boot " + node.getBootstrap ());
 369 } else {
 370 System.out.println ("Dist " + node.dist);
 371 this.printNode (node.left ());
 372 this.printNode (node.right ());
 373 }}, "jalview.datamodel.SequenceNode");
 374 Clazz.defineMethod (c$, "findMaxDist",
 375 function (node) {
 376 if (node == null) {
 377 return;
 378 }if ((node.left () == null) && (node.right () == null)) {
 379 var dist = node.dist;
 380 if (dist > this.maxDistValue) {
 381 this.maxdist = node;
 382 this.maxDistValue = dist;
 383 }} else {
 384 this.findMaxDist (node.left ());
 385 this.findMaxDist (node.right ());
 386 }}, "jalview.datamodel.SequenceNode");
 387 Clazz.defineMethod (c$, "getGroups",
 388 function () {
 389 return this.groups;
 390 });
 391 Clazz.defineMethod (c$, "getMaxHeight",
 392 function () {
 393 return this.maxheight;
 394 });
 395 Clazz.defineMethod (c$, "groupNodes",
 396 function (node, threshold) {
 397 if (node == null) {
 398 return;
 399 }if ((node.height / this.maxheight) > threshold) {
 400 this.groups.addElement (node);
 401 } else {
 402 this.groupNodes (node.left (), threshold);
 403 this.groupNodes (node.right (), threshold);
 404 }}, "jalview.datamodel.SequenceNode,~N");
 405 Clazz.defineMethod (c$, "findHeight",
 406 function (node) {
 407 if (node == null) {
 408 return this.maxheight;
 409 }if ((node.left () == null) && (node.right () == null)) {
 410 node.height = (node.parent ()).height + node.dist;
 411 if (node.height > this.maxheight) {
 412 return node.height;
 413 } else {
 414 return this.maxheight;
 415 }} else {
 416 if (node.parent () != null) {
 417 node.height = (node.parent ()).height + node.dist;
 418 } else {
 419 this.maxheight = 0;
 420 node.height = 0.0;
 421 }this.maxheight = this.findHeight ((node.left ()));
 422 this.maxheight = this.findHeight ((node.right ()));
 423 }return this.maxheight;
 424 }, "jalview.datamodel.SequenceNode");
 425 Clazz.defineMethod (c$, "reRoot",
 426 function () {
 427 if (this.maxdist != null) {
 428 this.ycount = 0;
 429 var tmpdist = this.maxdist.dist;
 430 var sn =  new jalview.datamodel.SequenceNode ();
 431 sn.setParent (null);
 432 var snr = this.maxdist.parent ();
 433 this.changeDirection (snr, this.maxdist);
 434 System.out.println ("Printing reversed tree");
 435 this.printN (snr);
 436 snr.dist = tmpdist / 2;
 437 this.maxdist.dist = tmpdist / 2;
 438 snr.setParent (sn);
 439 this.maxdist.setParent (sn);
 440 sn.setRight (snr);
 441 sn.setLeft (this.maxdist);
 442 this.top = sn;
 443 this.ycount = 0;
 444 this.reCount (this.top);
 445 this.findHeight (this.top);
 446 }return this.top;
 447 });
 448 Clazz.defineMethod (c$, "hasOriginalSequenceData",
 449 function () {
 450 return this.seqData != null;
 451 });
 452 Clazz.defineMethod (c$, "printOriginalSequenceData",
 453 function (gapChar) {
 454 if (this.seqData == null) {
 455 return null;
 456 }var sb =  new StringBuffer ();
 457 var seqdatas = this.seqData.getSequenceStrings (gapChar);
 458 for (var i = 0; i < seqdatas.length; i++) {
 459 sb.append ( new jalview.util.Format ("%-15s").form (this.sequence[i].getName ()));
 460 sb.append (" " + seqdatas[i] + "\n");
 461 }
 462 return sb.toString ();
 463 }, "~S");
 464 Clazz.defineMethod (c$, "printN",
 465 function (node) {
 466 if (node == null) {
 467 return;
 468 }if ((node.left () != null) && (node.right () != null)) {
 469 this.printN (node.left ());
 470 this.printN (node.right ());
 471 } else {
 472 System.out.println (" name = " + (node.element ()).getName ());
 473 }System.out.println (" dist = " + node.dist + " " + node.count + " " + node.height);
 474 }, "jalview.datamodel.SequenceNode");
 475 Clazz.defineMethod (c$, "reCount",
 476 function (node) {
 477 this.ycount = 0;
 478 this._lycount = 0;
 479 this._reCount (node);
 480 }, "jalview.datamodel.SequenceNode");
 481 Clazz.defineMethod (c$, "_reCount",
 482 function (node) {
 483 if (node == null) {
 484 return;
 485 }this._lycount++;
 486 if ((node.left () != null) && (node.right () != null)) {
 487 this._reCount (node.left ());
 488 this._reCount (node.right ());
 489 var l = node.left ();
 490 var r = node.right ();
 491 node.count = l.count + r.count;
 492 node.ycount = (l.ycount + r.ycount) / 2;
 493 } else {
 494 node.count = 1;
 495 node.ycount = this.ycount++;
 496 }this._lycount--;
 497 }, "jalview.datamodel.SequenceNode");
 498 Clazz.defineMethod (c$, "swapNodes",
 499 function (node) {
 500 if (node == null) {
 501 return;
 502 }var tmp = node.left ();
 503 node.setLeft (node.right ());
 504 node.setRight (tmp);
 505 }, "jalview.datamodel.SequenceNode");
 506 Clazz.defineMethod (c$, "changeDirection",
 507 function (node, dir) {
 508 if (node == null) {
 509 return;
 510 }if (node.parent () !== this.top) {
 511 this.changeDirection (node.parent (), node);
 512 var tmp = node.parent ();
 513 if (dir === node.left ()) {
 514 node.setParent (dir);
 515 node.setLeft (tmp);
 516 } else if (dir === node.right ()) {
 517 node.setParent (dir);
 518 node.setRight (tmp);
 519 }} else {
 520 if (dir === node.left ()) {
 521 node.setParent (node.left ());
 522 if (this.top.left () === node) {
 523 node.setRight (this.top.right ());
 524 } else {
 525 node.setRight (this.top.left ());
 526 }} else {
 527 node.setParent (node.right ());
 528 if (this.top.left () === node) {
 529 node.setLeft (this.top.right ());
 530 } else {
 531 node.setLeft (this.top.left ());
 532 }}}}, "jalview.datamodel.SequenceNode,jalview.datamodel.SequenceNode");
 533 Clazz.defineMethod (c$, "getMaxDist",
 534 function () {
 535 return this.maxdist;
 536 });
 537 Clazz.defineMethod (c$, "getTopNode",
 538 function () {
 539 return this.top;
 540 });
 541 Clazz.defineMethod (c$, "isHasDistances",
 542 function () {
 543 return this.hasDistances;
 544 });
 545 Clazz.defineMethod (c$, "isHasBootstrap",
 546 function () {
 547 return this.hasBootstrap;
 548 });
 549 Clazz.defineMethod (c$, "isHasRootDistance",
 550 function () {
 551 return this.hasRootDistance;
 552 });
 553 Clazz.defineMethod (c$, "applyToNodes",
 554 function (nodeTransformI) {
 555 for (var nodes = this.node.elements (); nodes.hasMoreElements (); nodeTransformI.transform (nodes.nextElement ())) {
 556 ;}
 557 }, "jalview.datamodel.NodeTransformI");
 558 c$.$NJTree$1$ = function () {
 559 Clazz.pu$h ();
 560 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.analysis, "NJTree$1", null, jalview.datamodel.NodeTransformI);
 561 Clazz.defineMethod (c$, "transform",
 562 function (node) {
 563 var el = node.element ();
 564 if (el != null && Clazz.instanceOf (el, jalview.datamodel.SequenceI)) {
 565 node.setName ((el).getName ());
 566 }}, "jalview.datamodel.BinaryNode");
 567 c$ = Clazz.p0p ();
 568 };
 569 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 570 this.value = null;
 571 Clazz.instantialize (this, arguments);
 572 }, jalview.analysis, "Cluster");
 573 Clazz.makeConstructor (c$,
 574 function (value) {
 575 this.value = value;
 576 }, "~A");
 577 });