bin/jalview/analysis/ParseProperties.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.ParseProperties", ["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "jalview.jsdev.RegExp", "java.lang.Double"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.al = null;
   5 Clazz.instantialize (this, arguments);
   6 }, jalview.analysis, "ParseProperties");
   7 Clazz.makeConstructor (c$,
   8 function (al) {
   9 this.al = al;
  10 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
  11 Clazz.defineMethod (c$, "getScoresFromDescription",
  12 function (ScoreName, ScoreDescriptions, regex, repeat) {
  13 return this.getScoresFromDescription ( Clazz.newArray (-1, [ScoreName]),  Clazz.newArray (-1, [ScoreDescriptions]), regex, repeat);
  14 }, "~S,~S,~S,~B");
  15 Clazz.defineMethod (c$, "getScoresFromDescription",
  16 function (ScoreNames, ScoreDescriptions, regex, repeat) {
  17 return this.getScoresFromDescription (this.al.getSequencesArray (), ScoreNames, ScoreDescriptions, regex, repeat);
  18 }, "~A,~A,~S,~B");
  19 Clazz.defineMethod (c$, "getScoresFromDescription",
  20 function (seqs, ScoreNames, ScoreDescriptions, regex, repeat) {
  21 var count = 0;
  22 var pattern = jalview.jsdev.RegExp.newRegex ([regex]);
  23 if (pattern.numSubs () > ScoreNames.length) {
  24 var onamelen = ScoreNames.length;
  25 var tnames =  new Array (pattern.numSubs () + 1);
  26 System.arraycopy (ScoreNames, 0, tnames, 0, ScoreNames.length);
  27 var base = tnames[ScoreNames.length - 1];
  28 ScoreNames = tnames;
  29 var descrbase = ScoreDescriptions[onamelen - 1];
  30 if (descrbase == null) {
  31 descrbase = "Score parsed from (" + regex + ")";
  32 }tnames =  new Array (pattern.numSubs () + 1);
  33 System.arraycopy (ScoreDescriptions, 0, tnames, 0, ScoreDescriptions.length);
  34 ScoreDescriptions = tnames;
  35 for (var i = onamelen; i < ScoreNames.length; i++) {
  36 ScoreNames[i] = base + "_" + i;
  37 ScoreDescriptions[i] = descrbase + " (column " + i + ")";
  38 }
  39 }for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {
  40 var descr = seqs[i].getDescription ();
  41 if (descr == null) {
  42 continue;
  43 }var pos = 0;
  44 var added = false;
  45 var reps = 0;
  46 while ((repeat || pos == 0) && pattern.searchFrom (descr, pos)) {
  47 pos = pattern.matchedTo ();
  48 for (var cols = 0; cols < pattern.numSubs (); cols++) {
  49 var sstring = pattern.stringMatchedI (cols + 1);
  50 var score = NaN;
  51 try {
  52 score =  new Double (sstring).doubleValue ();
  53 } catch (e) {
  54 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  55 continue;
  56 } else {
  57 throw e;
  58 }
  59 }
  60 var an =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (ScoreNames[cols] + ((reps > 0) ? "_" + reps : ""), ScoreDescriptions[cols], null);
  61 an.setScore (score);
  62 System.out.println (seqs[i].getName () + " score: '" + ScoreNames[cols] + "' = " + score);
  63 an.setSequenceRef (seqs[i]);
  64 seqs[i].addAlignmentAnnotation (an);
  65 this.al.addAnnotation (an);
  66 added = true;
  67 }
  68 reps++;
  69 }
  70 if (added) {
  71 count++;
  72 }}
  73 return count;
  74 }, "~A,~A,~A,~S,~B");
  75 });