bin/jalview/analysis/SecStrConsensus.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.SecStrConsensus", ["java.util.ArrayList", "$.Hashtable"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "SecStrConsensus");\r
   4 c$.extractConsensus = Clazz.defineMethod (c$, "extractConsensus", \r
   5 function (bps) {\r
   6 var maxlength = 0;\r
   7 for (var strs, $strs = bps.iterator (); $strs.hasNext () && ((strs = $strs.next ()) || true);) {\r
   8 for (var bp, $bp = strs.iterator (); $bp.hasNext () && ((bp = $bp.next ()) || true);) {\r
   9 maxlength = Math.max (1 + Math.max (bp.bp5, bp.bp3), maxlength);\r
  10 }\r
  11 }\r
  12 var seq =  new java.util.ArrayList ();\r
  13 for (var i = 0; i < maxlength; i++) {\r
  14 seq.add ( new java.util.Hashtable ());\r
  15 }\r
  16 for (var strs, $strs = bps.iterator (); $strs.hasNext () && ((strs = $strs.next ()) || true);) {\r
  17 for (var bp, $bp = strs.iterator (); $bp.hasNext () && ((bp = $bp.next ()) || true);) {\r
  18 var i = bp.bp5;\r
  19 var j = bp.bp3;\r
  20 var h = seq.get (i);\r
  21 if (!h.containsKey (new Integer (j))) {\r
  22 h.put (new Integer (j), new Double (0.0));\r
  23 }h.put (new Integer (j), new Double ((h.get (new Integer (j))).doubleValue () + 1.));\r
  24 }\r
  25 }\r
  26 var mat = jalview.analysis.SecStrConsensus.fillMatrix (seq);\r
  27 var res = jalview.analysis.SecStrConsensus.backtrack (mat, seq);\r
  28 var finalres =  Clazz.newIntArray (seq.size (), 0);\r
  29 for (var i = 0; i < seq.size (); i++) {\r
  30 finalres[i] = -1;\r
  31 }\r
  32 for (var bp, $bp = res.iterator (); $bp.hasNext () && ((bp = $bp.next ()) || true);) {\r
  33 finalres[bp.bp5] = bp.bp3;\r
  34 finalres[bp.bp3] = bp.bp5;\r
  35 }\r
  36 return finalres;\r
  37 }, "java.util.ArrayList");\r
  38 c$.canBasePair = Clazz.defineMethod (c$, "canBasePair", \r
  39 ($fz = function (seq, i, k) {\r
  40 return seq.get (i).containsKey (new Integer (k));\r
  41 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.util.ArrayList,~N,~N");\r
  42 c$.basePairScore = Clazz.defineMethod (c$, "basePairScore", \r
  43 ($fz = function (seq, i, k) {\r
  44 return seq.get (i).get (new Integer (k));\r
  45 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.util.ArrayList,~N,~N");\r
  46 c$.fillMatrix = Clazz.defineMethod (c$, "fillMatrix", \r
  47 ($fz = function (seq) {\r
  48 var n = seq.size ();\r
  49 var tab =  Clazz.newDoubleArray (n, n, 0);\r
  50 for (var m = 1; m <= n; m++) {\r
  51 for (var i = 0; i < n - m + 1; i++) {\r
  52 var j = i + m - 1;\r
  53 tab[i][j] = 0;\r
  54 if (i < j) {\r
  55 tab[i][j] = Math.max (tab[i][j], tab[i + 1][j]);\r
  56 for (var k = i + 1; k <= j; k++) {\r
  57 if (jalview.analysis.SecStrConsensus.canBasePair (seq, i, k)) {\r
  58 var fact1 = 0;\r
  59 if (k > i + 1) {\r
  60 fact1 = tab[i + 1][k - 1];\r
  61 }var fact2 = 0;\r
  62 if (k < j) {\r
  63 fact2 = tab[k + 1][j];\r
  64 }tab[i][j] = Math.max (tab[i][j], jalview.analysis.SecStrConsensus.basePairScore (seq, i, k) + fact1 + fact2);\r
  65 }}\r
  66 }}\r
  67 }\r
  68 return tab;\r
  69 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.util.ArrayList");\r
  70 c$.backtrack = Clazz.defineMethod (c$, "backtrack", \r
  71 ($fz = function (tab, seq) {\r
  72 return jalview.analysis.SecStrConsensus.backtrack (tab, seq, 0, seq.size () - 1);\r
  73 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~A,java.util.ArrayList");\r
  74 c$.backtrack = Clazz.defineMethod (c$, "backtrack", \r
  75 ($fz = function (tab, seq, i, j) {\r
  76 var result =  new java.util.ArrayList ();\r
  77 if (i < j) {\r
  78 var indices =  new java.util.ArrayList ();\r
  79 indices.add (new Integer (-1));\r
  80 for (var k = i + 1; k <= j; k++) {\r
  81 indices.add (new Integer (k));\r
  82 }\r
  83 for (var k, $k = indices.iterator (); $k.hasNext () && ((k = $k.next ()) || true);) {\r
  84 if (k == -1) {\r
  85 if (tab[i][j] == tab[i + 1][j]) {\r
  86 result = jalview.analysis.SecStrConsensus.backtrack (tab, seq, i + 1, j);\r
  87 }} else {\r
  88 if (jalview.analysis.SecStrConsensus.canBasePair (seq, i, k)) {\r
  89 var fact1 = 0;\r
  90 if (k > i + 1) {\r
  91 fact1 = tab[i + 1][k - 1];\r
  92 }var fact2 = 0;\r
  93 if (k < j) {\r
  94 fact2 = tab[k + 1][j];\r
  95 }if (tab[i][j] == jalview.analysis.SecStrConsensus.basePairScore (seq, i, k) + fact1 + fact2) {\r
  96 result = jalview.analysis.SecStrConsensus.backtrack (tab, seq, i + 1, k - 1);\r
  97 result.addAll (jalview.analysis.SecStrConsensus.backtrack (tab, seq, k + 1, j));\r
  98 result.add ( new jalview.analysis.SecStrConsensus.SimpleBP (i, k));\r
  99 }}}}\r
 100 } else if (i == j) {\r
 101 } else {\r
 102 }return result;\r
 103 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~A,java.util.ArrayList,~N,~N");\r
 104 Clazz.pu$h ();\r
 105 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 106 this.bp5 = 0;\r
 107 this.bp3 = 0;\r
 108 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 109 }, jalview.analysis.SecStrConsensus, "SimpleBP");\r
 110 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 111 function () {\r
 112 });\r
 113 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 114 function (a, b) {\r
 115 this.bp5 = a;\r
 116 this.bp3 = b;\r
 117 }, "~N,~N");\r
 118 Clazz.defineMethod (c$, "setBP5", \r
 119 function (a) {\r
 120 this.bp5 = a;\r
 121 }, "~N");\r
 122 Clazz.defineMethod (c$, "setBP3", \r
 123 function (a) {\r
 124 this.bp3 = a;\r
 125 }, "~N");\r
 126 Clazz.defineMethod (c$, "getBP5", \r
 127 function () {\r
 128 return this.bp5;\r
 129 });\r
 130 Clazz.defineMethod (c$, "getBP3", \r
 131 function () {\r
 132 return this.bp3;\r
 133 });\r
 134 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
 135 function () {\r
 136 return "(" + this.bp5 + "," + this.bp3 + ")";\r
 137 });\r
 138 c$ = Clazz.p0p ();\r
 139 });\r