bin/jalview/analysis/SecStrConsensus.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.SecStrConsensus", ["java.util.ArrayList", "$.Hashtable"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "SecStrConsensus");
   4 c$.extractConsensus = Clazz.defineMethod (c$, "extractConsensus",
   5 function (bps) {
   6 var maxlength = 0;
   7 for (var strs, $strs = bps.iterator (); $strs.hasNext () && ((strs = $strs.next ()) || true);) {
   8 for (var bp, $bp = strs.iterator (); $bp.hasNext () && ((bp = $bp.next ()) || true);) {
   9 maxlength = Math.max (1 + Math.max (bp.bp5, bp.bp3), maxlength);
  10 }
  11 }
  12 var seq =  new java.util.ArrayList ();
  13 for (var i = 0; i < maxlength; i++) {
  14 seq.add ( new java.util.Hashtable ());
  15 }
  16 for (var strs, $strs = bps.iterator (); $strs.hasNext () && ((strs = $strs.next ()) || true);) {
  17 for (var bp, $bp = strs.iterator (); $bp.hasNext () && ((bp = $bp.next ()) || true);) {
  18 var i = bp.bp5;
  19 var j = bp.bp3;
  20 var h = seq.get (i);
  21 if (!h.containsKey (new Integer (j))) {
  22 h.put (new Integer (j), new Double (0.0));
  23 }h.put (new Integer (j), new Double ((h.get (new Integer (j))).doubleValue () + 1.));
  24 }
  25 }
  26 var mat = jalview.analysis.SecStrConsensus.fillMatrix (seq);
  27 var res = jalview.analysis.SecStrConsensus.backtrack (mat, seq);
  28 var finalres =  Clazz.newIntArray (seq.size (), 0);
  29 for (var i = 0; i < seq.size (); i++) {
  30 finalres[i] = -1;
  31 }
  32 for (var bp, $bp = res.iterator (); $bp.hasNext () && ((bp = $bp.next ()) || true);) {
  33 finalres[bp.bp5] = bp.bp3;
  34 finalres[bp.bp3] = bp.bp5;
  35 }
  36 return finalres;
  37 }, "java.util.ArrayList");
  38 c$.canBasePair = Clazz.defineMethod (c$, "canBasePair",
  39 ($fz = function (seq, i, k) {
  40 return seq.get (i).containsKey (new Integer (k));
  41 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.util.ArrayList,~N,~N");
  42 c$.basePairScore = Clazz.defineMethod (c$, "basePairScore",
  43 ($fz = function (seq, i, k) {
  44 return seq.get (i).get (new Integer (k));
  45 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.util.ArrayList,~N,~N");
  46 c$.fillMatrix = Clazz.defineMethod (c$, "fillMatrix",
  47 ($fz = function (seq) {
  48 var n = seq.size ();
  49 var tab =  Clazz.newDoubleArray (n, n, 0);
  50 for (var m = 1; m <= n; m++) {
  51 for (var i = 0; i < n - m + 1; i++) {
  52 var j = i + m - 1;
  53 tab[i][j] = 0;
  54 if (i < j) {
  55 tab[i][j] = Math.max (tab[i][j], tab[i + 1][j]);
  56 for (var k = i + 1; k <= j; k++) {
  57 if (jalview.analysis.SecStrConsensus.canBasePair (seq, i, k)) {
  58 var fact1 = 0;
  59 if (k > i + 1) {
  60 fact1 = tab[i + 1][k - 1];
  61 }var fact2 = 0;
  62 if (k < j) {
  63 fact2 = tab[k + 1][j];
  64 }tab[i][j] = Math.max (tab[i][j], jalview.analysis.SecStrConsensus.basePairScore (seq, i, k) + fact1 + fact2);
  65 }}
  66 }}
  67 }
  68 return tab;
  69 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "java.util.ArrayList");
  70 c$.backtrack = Clazz.defineMethod (c$, "backtrack",
  71 ($fz = function (tab, seq) {
  72 return jalview.analysis.SecStrConsensus.backtrack (tab, seq, 0, seq.size () - 1);
  73 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~A,java.util.ArrayList");
  74 c$.backtrack = Clazz.defineMethod (c$, "backtrack",
  75 ($fz = function (tab, seq, i, j) {
  76 var result =  new java.util.ArrayList ();
  77 if (i < j) {
  78 var indices =  new java.util.ArrayList ();
  79 indices.add (new Integer (-1));
  80 for (var k = i + 1; k <= j; k++) {
  81 indices.add (new Integer (k));
  82 }
  83 for (var k, $k = indices.iterator (); $k.hasNext () && ((k = $k.next ()) || true);) {
  84 if (k == -1) {
  85 if (tab[i][j] == tab[i + 1][j]) {
  86 result = jalview.analysis.SecStrConsensus.backtrack (tab, seq, i + 1, j);
  87 }} else {
  88 if (jalview.analysis.SecStrConsensus.canBasePair (seq, i, k)) {
  89 var fact1 = 0;
  90 if (k > i + 1) {
  91 fact1 = tab[i + 1][k - 1];
  92 }var fact2 = 0;
  93 if (k < j) {
  94 fact2 = tab[k + 1][j];
  95 }if (tab[i][j] == jalview.analysis.SecStrConsensus.basePairScore (seq, i, k) + fact1 + fact2) {
  96 result = jalview.analysis.SecStrConsensus.backtrack (tab, seq, i + 1, k - 1);
  97 result.addAll (jalview.analysis.SecStrConsensus.backtrack (tab, seq, k + 1, j));
  98 result.add ( new jalview.analysis.SecStrConsensus.SimpleBP (i, k));
  99 }}}}
 100 } else if (i == j) {
 101 } else {
 102 }return result;
 103 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~A,java.util.ArrayList,~N,~N");
 104 Clazz.pu$h ();
 105 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 106 this.bp5 = 0;
 107 this.bp3 = 0;
 108 Clazz.instantialize (this, arguments);
 109 }, jalview.analysis.SecStrConsensus, "SimpleBP");
 110 Clazz.makeConstructor (c$,
 111 function () {
 112 });
 113 Clazz.makeConstructor (c$,
 114 function (a, b) {
 115 this.bp5 = a;
 116 this.bp3 = b;
 117 }, "~N,~N");
 118 Clazz.defineMethod (c$, "setBP5",
 119 function (a) {
 120 this.bp5 = a;
 121 }, "~N");
 122 Clazz.defineMethod (c$, "setBP3",
 123 function (a) {
 124 this.bp3 = a;
 125 }, "~N");
 126 Clazz.defineMethod (c$, "getBP5",
 127 function () {
 128 return this.bp5;
 129 });
 130 Clazz.defineMethod (c$, "getBP3",
 131 function () {
 132 return this.bp3;
 133 });
 134 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
 135 function () {
 136 return "(" + this.bp5 + "," + this.bp3 + ")";
 137 });
 138 c$ = Clazz.p0p ();
 139 });