bin/jalview/analysis/SeqsetUtils.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.SeqsetUtils", ["jalview.analysis.AlignSeq", "$.SequenceIdMatcher", "jalview.datamodel.Sequence", "jalview.util.Comparison", "java.util.Hashtable", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "SeqsetUtils");\r
   4 c$.SeqCharacterHash = Clazz.defineMethod (c$, "SeqCharacterHash", \r
   5 function (seq) {\r
   6 var sqinfo =  new java.util.Hashtable ();\r
   7 sqinfo.put ("Name", seq.getName ());\r
   8 sqinfo.put ("Start",  new Integer (seq.getStart ()));\r
   9 sqinfo.put ("End",  new Integer (seq.getEnd ()));\r
  10 if (seq.getDescription () != null) {\r
  11 sqinfo.put ("Description", seq.getDescription ());\r
  12 }var sfeat =  new java.util.Vector ();\r
  13 var sfarray = seq.getSequenceFeatures ();\r
  14 if (sfarray != null && sfarray.length > 0) {\r
  15 for (var i = 0; i < sfarray.length; i++) {\r
  16 sfeat.addElement (sfarray[i]);\r
  17 }\r
  18 }sqinfo.put ("SeqFeatures", sfeat);\r
  19 sqinfo.put ("PdbId", (seq.getPDBId () != null) ? seq.getPDBId () :  new java.util.Vector ());\r
  20 sqinfo.put ("datasetSequence", (seq.getDatasetSequence () != null) ? seq.getDatasetSequence () :  new jalview.datamodel.Sequence ("THISISAPLACEHOLDER", ""));\r
  21 return sqinfo;\r
  22 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
  23 c$.SeqCharacterUnhash = Clazz.defineMethod (c$, "SeqCharacterUnhash", \r
  24 function (sq, sqinfo) {\r
  25 var namePresent = true;\r
  26 if (sqinfo == null) {\r
  27 return false;\r
  28 }var oldname = sqinfo.get ("Name");\r
  29 var start = sqinfo.get ("Start");\r
  30 var end = sqinfo.get ("End");\r
  31 var sfeatures = sqinfo.get ("SeqFeatures");\r
  32 var pdbid = sqinfo.get ("PdbId");\r
  33 var description = sqinfo.get ("Description");\r
  34 var seqds = sqinfo.get ("datasetSequence");\r
  35 if (oldname == null) {\r
  36 namePresent = false;\r
  37 } else {\r
  38 sq.setName (oldname);\r
  39 }if (pdbid != null && pdbid.size () > 0) {\r
  40 sq.setPDBId (pdbid);\r
  41 }if ((start != null) && (end != null)) {\r
  42 sq.setStart (start.intValue ());\r
  43 sq.setEnd (end.intValue ());\r
  44 }if ((sfeatures != null) && (sfeatures.size () > 0)) {\r
  45 var sfarray =  new Array (sfeatures.size ());\r
  46 for (var is = 0, isize = sfeatures.size (); is < isize; is++) {\r
  47 sfarray[is] = sfeatures.elementAt (is);\r
  48 }\r
  49 sq.setSequenceFeatures (sfarray);\r
  50 }if (description != null) {\r
  51 sq.setDescription (description);\r
  52 }if ((seqds != null) && !(seqds.getName ().equals ("THISISAPLACEHOLDER") && seqds.getLength () == 0)) {\r
  53 sq.setDatasetSequence (seqds);\r
  54 }return namePresent;\r
  55 }, "jalview.datamodel.SequenceI,java.util.Hashtable");\r
  56 c$.unique_name = Clazz.defineMethod (c$, "unique_name", \r
  57 function (i) {\r
  58 return  String.instantialize ("Sequence" + i);\r
  59 }, "~N");\r
  60 c$.uniquify = Clazz.defineMethod (c$, "uniquify", \r
  61 function (sequences, write_names) {\r
  62 var map =  new java.util.Hashtable ();\r
  63 for (var i = 0; i < sequences.length; i++) {\r
  64 var safename = jalview.analysis.SeqsetUtils.unique_name (i);\r
  65 map.put (safename, jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterHash (sequences[i]));\r
  66 if (write_names) {\r
  67 sequences[i].setName (safename);\r
  68 }}\r
  69 return map;\r
  70 }, "~A,~B");\r
  71 c$.deuniquify = Clazz.defineMethod (c$, "deuniquify", \r
  72 function (map, sequences) {\r
  73 return jalview.analysis.SeqsetUtils.deuniquify (map, sequences, true);\r
  74 }, "java.util.Hashtable,~A");\r
  75 c$.deuniquify = Clazz.defineMethod (c$, "deuniquify", \r
  76 function (map, sequences, quiet) {\r
  77 var matcher =  new jalview.analysis.SequenceIdMatcher (sequences);\r
  78 var msq = null;\r
  79 var keys = map.keys ();\r
  80 var unmatched =  new java.util.Vector ();\r
  81 for (var i = 0, j = sequences.length; i < j; i++) {\r
  82 unmatched.addElement (sequences[i]);\r
  83 }\r
  84 while (keys.hasMoreElements ()) {\r
  85 var key = keys.nextElement ();\r
  86 if (Clazz.instanceOf (key, String)) {\r
  87 if ((msq = matcher.findIdMatch (key)) != null) {\r
  88 var sqinfo = map.get (key);\r
  89 unmatched.removeElement (msq);\r
  90 jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash (msq, sqinfo);\r
  91 } else {\r
  92 if (!quiet) {\r
  93 System.err.println ("Can't find '" + (key) + "' in uniquified alignment");\r
  94 }}}}\r
  95 if (unmatched.size () > 0 && !quiet) {\r
  96 System.err.println ("Did not find matches for :");\r
  97 for (var i = unmatched.elements (); i.hasMoreElements (); System.out.println ((i.nextElement ()).getName ())) {\r
  98 ;}\r
  99 return false;\r
 100 }return true;\r
 101 }, "java.util.Hashtable,~A,~B");\r
 102 c$.getNonEmptySequenceSet = Clazz.defineMethod (c$, "getNonEmptySequenceSet", \r
 103 function (sequences) {\r
 104 var ungapped =  Clazz.newBooleanArray (sequences.length, false);\r
 105 var msflen = 0;\r
 106 for (var i = 0, j = sequences.length; i < j; i++) {\r
 107 var tempseq = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars, sequences[i].getSequenceAsString ());\r
 108 if (tempseq.length == 0) {\r
 109 ungapped[i] = false;\r
 110 } else {\r
 111 ungapped[i] = true;\r
 112 msflen++;\r
 113 }}\r
 114 if (msflen == 0) {\r
 115 return null;\r
 116 }var mset =  new Array (msflen);\r
 117 for (var i = 0, j = sequences.length, k = 0; i < j; i++) {\r
 118 if (ungapped[i]) {\r
 119 mset[k++] = sequences[i];\r
 120 }}\r
 121 ungapped = null;\r
 122 return mset;\r
 123 }, "~A");\r
 124 });\r