bin/jalview/analysis/StructureFrequency.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.StructureFrequency", ["jalview.datamodel.Annotation", "jalview.util.Format", "$.QuickSort", "java.lang.Float", "java.util.Hashtable", "javajs.util.AU"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "StructureFrequency");\r
   4 c$.findPair = Clazz.defineMethod (c$, "findPair", \r
   5 function (pairs, indice) {\r
   6 for (var i = 0; i < pairs.length; i++) {\r
   7 if (pairs[i].getBegin () == indice) {\r
   8 return pairs[i].getEnd ();\r
   9 }}\r
  10 return -1;\r
  11 }, "~A,~N");\r
  12 c$.calculate = Clazz.defineMethod (c$, "calculate", \r
  13 function (sequences, start, end, result, profile, rnaStruc) {\r
  14 var residueHash;\r
  15 var maxResidue;\r
  16 var struc = rnaStruc.getRNAStruc ().toCharArray ();\r
  17 var rna = rnaStruc._rnasecstr;\r
  18 var c;\r
  19 var s;\r
  20 var cEnd;\r
  21 var count = 0;\r
  22 var nonGap = 0;\r
  23 var i;\r
  24 var bpEnd = -1;\r
  25 var j;\r
  26 var jSize = sequences.length;\r
  27 var values;\r
  28 var pairs;\r
  29 var percentage;\r
  30 var wooble = true;\r
  31 for (i = start; i < end; i++) {\r
  32 residueHash =  new java.util.Hashtable ();\r
  33 maxResidue = "-";\r
  34 values =  Clazz.newIntArray (255, 0);\r
  35 pairs =  Clazz.newIntArray (255, 255, 0);\r
  36 bpEnd = -1;\r
  37 if (i < struc.length) {\r
  38 s = struc[i];\r
  39 } else {\r
  40 s = '-';\r
  41 }if (s == '.' || s == ' ') {\r
  42 s = '-';\r
  43 }if (s != '(' && s != '[') {\r
  44 if (s == '-') {\r
  45 values['-'.charCodeAt (0)]++;\r
  46 }} else {\r
  47 bpEnd = jalview.analysis.StructureFrequency.findPair (rna, i);\r
  48 if (bpEnd > -1) {\r
  49 for (j = 0; j < jSize; j++) {\r
  50 if (sequences[j] == null) {\r
  51 System.err.println ("WARNING: Consensus skipping null sequence - possible race condition.");\r
  52 continue;\r
  53 }c = sequences[j].getCharAt (i);\r
  54 if (c == '.' || c == ' ') {\r
  55 c = '-';\r
  56 }if (c == '-') {\r
  57 values['-'.charCodeAt (0)]++;\r
  58 continue;\r
  59 }cEnd = sequences[j].getCharAt (bpEnd);\r
  60 if (jalview.analysis.StructureFrequency.checkBpType (c, cEnd) == true) {\r
  61 values['('.charCodeAt (0)]++;\r
  62 maxResidue = "(";\r
  63 wooble = true;\r
  64 }if (jalview.analysis.StructureFrequency.checkBpType (c, cEnd) == false) {\r
  65 wooble = false;\r
  66 values['['.charCodeAt (0)]++;\r
  67 maxResidue = "[";\r
  68 }pairs[c.charCodeAt (0)][cEnd.charCodeAt (0)]++;\r
  69 }\r
  70 }}if (profile) {\r
  71 residueHash.put ("P",  Clazz.newArray (-1, [values,  Clazz.newIntArray (-1, [jSize, (jSize - values['-'.charCodeAt (0)])])]));\r
  72 residueHash.put ("B", pairs);\r
  73 }if (wooble == true) {\r
  74 count = values['('.charCodeAt (0)];\r
  75 }if (wooble == false) {\r
  76 count = values['['.charCodeAt (0)];\r
  77 }residueHash.put ("C",  new Integer (count));\r
  78 residueHash.put ("R", maxResidue);\r
  79 percentage = (count * 100) / jSize;\r
  80 residueHash.put ("G",  new Float (percentage));\r
  81 if (result[i] == null) {\r
  82 result[i] = residueHash;\r
  83 }if (bpEnd > 0) {\r
  84 values[')'.charCodeAt (0)] = values['('.charCodeAt (0)];\r
  85 values[']'.charCodeAt (0)] = values['['.charCodeAt (0)];\r
  86 values['('.charCodeAt (0)] = 0;\r
  87 values['['.charCodeAt (0)] = 0;\r
  88 residueHash =  new java.util.Hashtable ();\r
  89 if (wooble == true) {\r
  90 maxResidue = ")";\r
  91 }if (wooble == false) {\r
  92 maxResidue = "]";\r
  93 }if (profile) {\r
  94 residueHash.put ("P",  Clazz.newArray (-1, [values,  Clazz.newIntArray (-1, [jSize, (jSize - values['-'.charCodeAt (0)])])]));\r
  95 residueHash.put ("B", pairs);\r
  96 }residueHash.put ("C",  new Integer (count));\r
  97 residueHash.put ("R", maxResidue);\r
  98 percentage = (count * 100) / jSize;\r
  99 residueHash.put ("G",  new Float (percentage));\r
 100 result[bpEnd] = residueHash;\r
 101 }}\r
 102 }, "~A,~N,~N,~A,~B,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 103 c$.checkBpType = Clazz.defineMethod (c$, "checkBpType", \r
 104 function (up, down) {\r
 105 if (up > 'Z') {\r
 106 up = String.fromCharCode (up.charCodeAt (0) - 32);\r
 107 }if (down > 'Z') {\r
 108 down = String.fromCharCode (down.charCodeAt (0) - 32);\r
 109 }switch (up) {\r
 110 case 'A':\r
 111 switch (down) {\r
 112 case 'T':\r
 113 return true;\r
 114 case 'U':\r
 115 return true;\r
 116 }\r
 117 break;\r
 118 case 'C':\r
 119 switch (down) {\r
 120 case 'G':\r
 121 return true;\r
 122 }\r
 123 break;\r
 124 case 'T':\r
 125 switch (down) {\r
 126 case 'A':\r
 127 return true;\r
 128 case 'G':\r
 129 return true;\r
 130 }\r
 131 break;\r
 132 case 'G':\r
 133 switch (down) {\r
 134 case 'C':\r
 135 return true;\r
 136 case 'T':\r
 137 return true;\r
 138 case 'U':\r
 139 return true;\r
 140 }\r
 141 break;\r
 142 case 'U':\r
 143 switch (down) {\r
 144 case 'A':\r
 145 return true;\r
 146 case 'G':\r
 147 return true;\r
 148 }\r
 149 break;\r
 150 }\r
 151 return false;\r
 152 }, "~S,~S");\r
 153 c$.completeConsensus = Clazz.defineMethod (c$, "completeConsensus", \r
 154 function (consensus, hconsensus, iStart, width, ignoreGapsInConsensusCalculation, includeAllConsSymbols, nseq) {\r
 155 var tval;\r
 156 var value;\r
 157 if (consensus == null || consensus.annotations == null || consensus.annotations.length < width) {\r
 158 return;\r
 159 }var fmtstr = "%3.1f";\r
 160 var precision = 2;\r
 161 while (nseq > 100) {\r
 162 precision++;\r
 163 nseq /= 10;\r
 164 }\r
 165 if (precision > 2) {\r
 166 fmtstr = "%" + (2 + precision) + "." + precision + "f";\r
 167 }var fmt =  new jalview.util.Format (fmtstr);\r
 168 for (var i = iStart; i < width; i++) {\r
 169 var hci;\r
 170 if (i >= hconsensus.length || ((hci = hconsensus[i]) == null)) {\r
 171 consensus.annotations[i] = null;\r
 172 continue;\r
 173 }value = 0;\r
 174 var fv;\r
 175 if (ignoreGapsInConsensusCalculation) {\r
 176 fv = hci.get ("N");\r
 177 } else {\r
 178 fv = hci.get ("G");\r
 179 }if (fv == null) {\r
 180 consensus.annotations[i] = null;\r
 181 continue;\r
 182 }value = fv.floatValue ();\r
 183 var maxRes = hci.get ("R").toString ();\r
 184 var mouseOver = hci.get ("R") + " ";\r
 185 if (maxRes.length > 1) {\r
 186 mouseOver = "[" + maxRes + "] ";\r
 187 maxRes = "+";\r
 188 }var profile = hci.get ("P");\r
 189 var pairs = hci.get ("B");\r
 190 if (pairs != null && includeAllConsSymbols) {\r
 191 mouseOver = "";\r
 192 var ca = javajs.util.AU.newInt2 (625);\r
 193 var vl =  Clazz.newFloatArray (625, 0);\r
 194 var x = 0;\r
 195 for (var c = 65; c < 90; c++) {\r
 196 for (var d = 65; d < 90; d++) {\r
 197 ca[x] =  Clazz.newIntArray (-1, [c, d]);\r
 198 vl[x] = pairs[c][d];\r
 199 x++;\r
 200 }\r
 201 }\r
 202 jalview.util.QuickSort.sortFloatObject (vl, ca);\r
 203 var p = 0;\r
 204 var divisor = profile[1][ignoreGapsInConsensusCalculation ? 1 : 0];\r
 205 for (var c = 624; c > 0; c--) {\r
 206 if (vl[c] > 0) {\r
 207 tval = (vl[c] * 100 / divisor);\r
 208 mouseOver += ((p == 0) ? "" : "; ") + String.fromCharCode (ca[c][0]) + String.fromCharCode (ca[c][1]) + " " + fmt.formDouble (tval) + "%";\r
 209 p++;\r
 210 }}\r
 211 } else {\r
 212 mouseOver += (fmt.formDouble (value) + "%");\r
 213 }consensus.annotations[i] =  new jalview.datamodel.Annotation (maxRes, mouseOver, ' ', value);\r
 214 }\r
 215 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A,~N,~N,~B,~B,~N");\r
 216 c$.extractProfile = Clazz.defineMethod (c$, "extractProfile", \r
 217 function (hconsensus, ignoreGapsInConsensusCalculation) {\r
 218 var rtnval =  Clazz.newIntArray (74, 0);\r
 219 var profile = hconsensus.get ("P");\r
 220 var pairs = hconsensus.get ("B");\r
 221 if (profile == null) {\r
 222 return null;\r
 223 }var ca = javajs.util.AU.newInt2 (625);\r
 224 var vl =  Clazz.newFloatArray (625, 0);\r
 225 var x = 0;\r
 226 for (var c = 65; c < 90; c++) {\r
 227 for (var d = 65; d < 90; d++) {\r
 228 ca[x] =  Clazz.newIntArray (-1, [c, d]);\r
 229 vl[x] = pairs[c][d];\r
 230 x++;\r
 231 }\r
 232 }\r
 233 jalview.util.QuickSort.sortFloatObject (vl, ca);\r
 234 var valuesCount = 0;\r
 235 rtnval[1] = 0;\r
 236 var offset = 2;\r
 237 var divisor = profile[1][ignoreGapsInConsensusCalculation ? 1 : 0];\r
 238 for (var c = 624; c > 0; c--) {\r
 239 if (vl[c] > 0) {\r
 240 rtnval[offset++] = ca[c][0];\r
 241 rtnval[offset++] = ca[c][1];\r
 242 rtnval[offset] = Clazz.floatToInt (vl[c] * 100 / divisor);\r
 243 rtnval[1] += rtnval[offset++];\r
 244 valuesCount++;\r
 245 }}\r
 246 rtnval[0] = valuesCount;\r
 247 var result =  Clazz.newIntArray (rtnval.length + 1, 0);\r
 248 result[0] = 1;\r
 249 System.arraycopy (rtnval, 0, result, 1, rtnval.length);\r
 250 return result;\r
 251 }, "java.util.Hashtable,~B");\r
 252 Clazz.defineStatics (c$,\r
 253 "STRUCTURE_PROFILE_LENGTH", 74,\r
 254 "MAXCOUNT", "C",\r
 255 "MAXRESIDUE", "R",\r
 256 "PID_GAPS", "G",\r
 257 "PID_NOGAPS", "N",\r
 258 "PROFILE", "P",\r
 259 "PAIRPROFILE", "B");\r
 260 });\r