bin/jalview/analysis/StructureFrequency.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");
   2 Clazz.load (null, "jalview.analysis.StructureFrequency", ["jalview.datamodel.Annotation", "jalview.util.Format", "$.QuickSort", "java.lang.Float", "java.util.Hashtable", "javajs.util.AU"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis, "StructureFrequency");
   4 c$.findPair = Clazz.defineMethod (c$, "findPair",
   5 function (pairs, indice) {
   6 for (var i = 0; i < pairs.length; i++) {
   7 if (pairs[i].getBegin () == indice) {
   8 return pairs[i].getEnd ();
   9 }}
  10 return -1;
  11 }, "~A,~N");
  12 c$.calculate = Clazz.defineMethod (c$, "calculate",
  13 function (sequences, start, end, result, profile, rnaStruc) {
  14 var residueHash;
  15 var maxResidue;
  16 var struc = rnaStruc.getRNAStruc ().toCharArray ();
  17 var rna = rnaStruc._rnasecstr;
  18 var c;
  19 var s;
  20 var cEnd;
  21 var count = 0;
  22 var nonGap = 0;
  23 var i;
  24 var bpEnd = -1;
  25 var j;
  26 var jSize = sequences.length;
  27 var values;
  28 var pairs;
  29 var percentage;
  30 var wooble = true;
  31 for (i = start; i < end; i++) {
  32 residueHash =  new java.util.Hashtable ();
  33 maxResidue = "-";
  34 values =  Clazz.newIntArray (255, 0);
  35 pairs =  Clazz.newIntArray (255, 255, 0);
  36 bpEnd = -1;
  37 if (i < struc.length) {
  38 s = struc[i];
  39 } else {
  40 s = '-';
  41 }if (s == '.' || s == ' ') {
  42 s = '-';
  43 }if (s != '(' && s != '[') {
  44 if (s == '-') {
  45 values['-'.charCodeAt (0)]++;
  46 }} else {
  47 bpEnd = jalview.analysis.StructureFrequency.findPair (rna, i);
  48 if (bpEnd > -1) {
  49 for (j = 0; j < jSize; j++) {
  50 if (sequences[j] == null) {
  51 System.err.println ("WARNING: Consensus skipping null sequence - possible race condition.");
  52 continue;
  53 }c = sequences[j].getCharAt (i);
  54 if (c == '.' || c == ' ') {
  55 c = '-';
  56 }if (c == '-') {
  57 values['-'.charCodeAt (0)]++;
  58 continue;
  59 }cEnd = sequences[j].getCharAt (bpEnd);
  60 if (jalview.analysis.StructureFrequency.checkBpType (c, cEnd) == true) {
  61 values['('.charCodeAt (0)]++;
  62 maxResidue = "(";
  63 wooble = true;
  64 }if (jalview.analysis.StructureFrequency.checkBpType (c, cEnd) == false) {
  65 wooble = false;
  66 values['['.charCodeAt (0)]++;
  67 maxResidue = "[";
  68 }pairs[c.charCodeAt (0)][cEnd.charCodeAt (0)]++;
  69 }
  70 }}if (profile) {
  71 residueHash.put ("P",  Clazz.newArray (-1, [values,  Clazz.newIntArray (-1, [jSize, (jSize - values['-'.charCodeAt (0)])])]));
  72 residueHash.put ("B", pairs);
  73 }if (wooble == true) {
  74 count = values['('.charCodeAt (0)];
  75 }if (wooble == false) {
  76 count = values['['.charCodeAt (0)];
  77 }residueHash.put ("C",  new Integer (count));
  78 residueHash.put ("R", maxResidue);
  79 percentage = (count * 100) / jSize;
  80 residueHash.put ("G",  new Float (percentage));
  81 if (result[i] == null) {
  82 result[i] = residueHash;
  83 }if (bpEnd > 0) {
  84 values[')'.charCodeAt (0)] = values['('.charCodeAt (0)];
  85 values[']'.charCodeAt (0)] = values['['.charCodeAt (0)];
  86 values['('.charCodeAt (0)] = 0;
  87 values['['.charCodeAt (0)] = 0;
  88 residueHash =  new java.util.Hashtable ();
  89 if (wooble == true) {
  90 maxResidue = ")";
  91 }if (wooble == false) {
  92 maxResidue = "]";
  93 }if (profile) {
  94 residueHash.put ("P",  Clazz.newArray (-1, [values,  Clazz.newIntArray (-1, [jSize, (jSize - values['-'.charCodeAt (0)])])]));
  95 residueHash.put ("B", pairs);
  96 }residueHash.put ("C",  new Integer (count));
  97 residueHash.put ("R", maxResidue);
  98 percentage = (count * 100) / jSize;
  99 residueHash.put ("G",  new Float (percentage));
 100 result[bpEnd] = residueHash;
 101 }}
 102 }, "~A,~N,~N,~A,~B,jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 103 c$.checkBpType = Clazz.defineMethod (c$, "checkBpType",
 104 function (up, down) {
 105 if (up > 'Z') {
 106 up = String.fromCharCode (up.charCodeAt (0) - 32);
 107 }if (down > 'Z') {
 108 down = String.fromCharCode (down.charCodeAt (0) - 32);
 109 }switch (up) {
 110 case 'A':
 111 switch (down) {
 112 case 'T':
 113 return true;
 114 case 'U':
 115 return true;
 116 }
 117 break;
 118 case 'C':
 119 switch (down) {
 120 case 'G':
 121 return true;
 122 }
 123 break;
 124 case 'T':
 125 switch (down) {
 126 case 'A':
 127 return true;
 128 case 'G':
 129 return true;
 130 }
 131 break;
 132 case 'G':
 133 switch (down) {
 134 case 'C':
 135 return true;
 136 case 'T':
 137 return true;
 138 case 'U':
 139 return true;
 140 }
 141 break;
 142 case 'U':
 143 switch (down) {
 144 case 'A':
 145 return true;
 146 case 'G':
 147 return true;
 148 }
 149 break;
 150 }
 151 return false;
 152 }, "~S,~S");
 153 c$.completeConsensus = Clazz.defineMethod (c$, "completeConsensus",
 154 function (consensus, hconsensus, iStart, width, ignoreGapsInConsensusCalculation, includeAllConsSymbols, nseq) {
 155 var tval;
 156 var value;
 157 if (consensus == null || consensus.annotations == null || consensus.annotations.length < width) {
 158 return;
 159 }var fmtstr = "%3.1f";
 160 var precision = 2;
 161 while (nseq > 100) {
 162 precision++;
 163 nseq /= 10;
 164 }
 165 if (precision > 2) {
 166 fmtstr = "%" + (2 + precision) + "." + precision + "f";
 167 }var fmt =  new jalview.util.Format (fmtstr);
 168 for (var i = iStart; i < width; i++) {
 169 var hci;
 170 if (i >= hconsensus.length || ((hci = hconsensus[i]) == null)) {
 171 consensus.annotations[i] = null;
 172 continue;
 173 }value = 0;
 174 var fv;
 175 if (ignoreGapsInConsensusCalculation) {
 176 fv = hci.get ("N");
 177 } else {
 178 fv = hci.get ("G");
 179 }if (fv == null) {
 180 consensus.annotations[i] = null;
 181 continue;
 182 }value = fv.floatValue ();
 183 var maxRes = hci.get ("R").toString ();
 184 var mouseOver = hci.get ("R") + " ";
 185 if (maxRes.length > 1) {
 186 mouseOver = "[" + maxRes + "] ";
 187 maxRes = "+";
 188 }var profile = hci.get ("P");
 189 var pairs = hci.get ("B");
 190 if (pairs != null && includeAllConsSymbols) {
 191 mouseOver = "";
 192 var ca = javajs.util.AU.newInt2 (625);
 193 var vl =  Clazz.newFloatArray (625, 0);
 194 var x = 0;
 195 for (var c = 65; c < 90; c++) {
 196 for (var d = 65; d < 90; d++) {
 197 ca[x] =  Clazz.newIntArray (-1, [c, d]);
 198 vl[x] = pairs[c][d];
 199 x++;
 200 }
 201 }
 202 jalview.util.QuickSort.sortFloatObject (vl, ca);
 203 var p = 0;
 204 var divisor = profile[1][ignoreGapsInConsensusCalculation ? 1 : 0];
 205 for (var c = 624; c > 0; c--) {
 206 if (vl[c] > 0) {
 207 tval = (vl[c] * 100 / divisor);
 208 mouseOver += ((p == 0) ? "" : "; ") + String.fromCharCode (ca[c][0]) + String.fromCharCode (ca[c][1]) + " " + fmt.formDouble (tval) + "%";
 209 p++;
 210 }}
 211 } else {
 212 mouseOver += (fmt.formDouble (value) + "%");
 213 }consensus.annotations[i] =  new jalview.datamodel.Annotation (maxRes, mouseOver, ' ', value);
 214 }
 215 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~A,~N,~N,~B,~B,~N");
 216 c$.extractProfile = Clazz.defineMethod (c$, "extractProfile",
 217 function (hconsensus, ignoreGapsInConsensusCalculation) {
 218 var rtnval =  Clazz.newIntArray (74, 0);
 219 var profile = hconsensus.get ("P");
 220 var pairs = hconsensus.get ("B");
 221 if (profile == null) {
 222 return null;
 223 }var ca = javajs.util.AU.newInt2 (625);
 224 var vl =  Clazz.newFloatArray (625, 0);
 225 var x = 0;
 226 for (var c = 65; c < 90; c++) {
 227 for (var d = 65; d < 90; d++) {
 228 ca[x] =  Clazz.newIntArray (-1, [c, d]);
 229 vl[x] = pairs[c][d];
 230 x++;
 231 }
 232 }
 233 jalview.util.QuickSort.sortFloatObject (vl, ca);
 234 var valuesCount = 0;
 235 rtnval[1] = 0;
 236 var offset = 2;
 237 var divisor = profile[1][ignoreGapsInConsensusCalculation ? 1 : 0];
 238 for (var c = 624; c > 0; c--) {
 239 if (vl[c] > 0) {
 240 rtnval[offset++] = ca[c][0];
 241 rtnval[offset++] = ca[c][1];
 242 rtnval[offset] = Clazz.floatToInt (vl[c] * 100 / divisor);
 243 rtnval[1] += rtnval[offset++];
 244 valuesCount++;
 245 }}
 246 rtnval[0] = valuesCount;
 247 var result =  Clazz.newIntArray (rtnval.length + 1, 0);
 248 result[0] = 1;
 249 System.arraycopy (rtnval, 0, result, 1, rtnval.length);
 250 return result;
 251 }, "java.util.Hashtable,~B");
 252 Clazz.defineStatics (c$,
 253 "STRUCTURE_PROFILE_LENGTH", 74,
 254 "MAXCOUNT", "C",
 255 "MAXRESIDUE", "R",
 256 "PID_GAPS", "G",
 257 "PID_NOGAPS", "N",
 258 "PROFILE", "P",
 259 "PAIRPROFILE", "B");
 260 });