bin/jalview/analysis/scoremodels/PIDScoreModel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis.scoremodels");
   2 Clazz.load (["jalview.api.analysis.ScoreModelI"], "jalview.analysis.scoremodels.PIDScoreModel", ["jalview.util.Comparison"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.analysis.scoremodels, "PIDScoreModel", null, jalview.api.analysis.ScoreModelI);
   4 Clazz.overrideMethod (c$, "findDistances",
   5 function (seqData) {
   6 var sequenceString = seqData.getSequenceStrings (jalview.util.Comparison.GapChars.charAt (0));
   7 var noseqs = sequenceString.length;
   8 var distance =  Clazz.newFloatArray (noseqs, noseqs, 0);
   9 for (var i = 0; i < (noseqs - 1); i++) {
  10 for (var j = i; j < noseqs; j++) {
  11 if (j == i) {
  12 distance[i][i] = 0;
  13 } else {
  14 distance[i][j] = 100 - jalview.util.Comparison.PID (sequenceString[i], sequenceString[j]);
  15 distance[j][i] = distance[i][j];
  16 }}
  17 }
  18 return distance;
  19 }, "jalview.datamodel.AlignmentView");
  20 Clazz.overrideMethod (c$, "getName",
  21 function () {
  22 return "PID";
  23 });
  24 Clazz.overrideMethod (c$, "isDNA",
  25 function () {
  26 return true;
  27 });
  28 Clazz.overrideMethod (c$, "isProtein",
  29 function () {
  30 return true;
  31 });
  32 });