bin/jalview/appletgui/AlignViewport.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["jalview.structure.CommandListener", "$.SelectionSource", "$.VamsasSource", "jalview.viewmodel.AlignmentViewport", "java.awt.Font"], "jalview.appletgui.AlignViewport", ["awt2swing.Frame", "jalview.api.AlignViewportI", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.datamodel.ColumnSelection", "$.SearchResults", "$.Sequence", "$.SequenceGroup", "jalview.schemes.ColourSchemeProperty", "jalview.structure.StructureSelectionManager", "jalview.util.Platform", "jalview.workers.AlignCalcManager", "java.lang.Float", "$.StringBuilder"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.cursorMode = false;
   5 this.font = null;
   6 this.validCharWidth = true;
   7 this.currentTree = null;
   8 this.applet = null;
   9 this.MAC = false;
  10 this.annotationColumnSelectionState = null;
  11 this.nullFrame = null;
  12 this.featureSettings = null;
  13 this.heightScale = 1;
  14 this.widthScale = 1;
  15 this.centreColumnLabels = false;
  16 this.followSelection = true;
  17 Clazz.instantialize (this, arguments);
  18 }, jalview.appletgui, "AlignViewport", jalview.viewmodel.AlignmentViewport, [jalview.structure.SelectionSource, jalview.structure.VamsasSource, jalview.structure.CommandListener]);
  19 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  20 this.font =  new java.awt.Font ("SansSerif", 0, 10);
  21 });
  22 Clazz.overrideMethod (c$, "finalize",
  23 function () {
  24 this.applet = null;
  25 this.quality = null;
  26 this.alignment = null;
  27 this.colSel = null;
  28 });
  29 Clazz.makeConstructor (c$,
  30 function (al, applet) {
  31 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AlignViewport);
  32 this.calculator =  new jalview.workers.AlignCalcManager ();
  33 this.applet = applet;
  34 this.alignment = al;
  35 this.setPadGaps (true);
  36 this.startRes = 0;
  37 this.endRes = al.getWidth () - 1;
  38 this.startSeq = 0;
  39 this.endSeq = al.getHeight () - 1;
  40 if (applet != null) {
  41 var param = applet.widthScale;
  42 if (param != null) {
  43 try {
  44 this.widthScale =  new Float (param).floatValue ();
  45 } catch (e) {
  46 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  47 } else {
  48 throw e;
  49 }
  50 }
  51 if (this.widthScale <= 1.0) {
  52 System.err.println ("Invalid alignment character width scaling factor (" + this.widthScale + "). Ignoring.");
  53 this.widthScale = 1;
  54 }if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
  55 System.err.println ("Alignment character width scaling factor is now " + this.widthScale);
  56 }}param = applet.heightScale;
  57 if (param != null) {
  58 try {
  59 this.heightScale =  new Float (param).floatValue ();
  60 } catch (e) {
  61 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  62 } else {
  63 throw e;
  64 }
  65 }
  66 if (this.heightScale <= 1.0) {
  67 System.err.println ("Invalid alignment character height scaling factor (" + this.heightScale + "). Ignoring.");
  68 this.heightScale = 1;
  69 }if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
  70 System.err.println ("Alignment character height scaling factor is now " + this.heightScale);
  71 }}}this.setFont (this.font);
  72 this.MAC = jalview.util.Platform.isAMac ();
  73 if (applet != null) {
  74 this.setShowJVSuffix (applet.getDefaultParameter ("showFullId", this.getShowJVSuffix ()));
  75 this.setShowAnnotation (applet.getDefaultParameter ("showAnnotation", this.isShowAnnotation ()));
  76 this.showConservation = applet.getDefaultParameter ("showConservation", this.showConservation);
  77 this.showQuality = applet.getDefaultParameter ("showQuality", this.showQuality);
  78 this.showConsensus = applet.getDefaultParameter ("showConsensus", this.showConsensus);
  79 this.setShowUnconserved (applet.getDefaultParameter ("showUnconserved", this.getShowUnconserved ()));
  80 this.setScaleProteinAsCdna (applet.getDefaultParameter ("scaleProteinAsCdna", this.isScaleProteinAsCdna ()));
  81 var param = applet.upperCase;
  82 if (param != null) {
  83 if (param.equalsIgnoreCase ("bold")) {
  84 this.setUpperCasebold (true);
  85 }}this.sortByTree = applet.getDefaultParameter ("sortByTree", this.sortByTree);
  86 this.setFollowHighlight (applet.getDefaultParameter ("automaticScrolling", this.isFollowHighlight ()));
  87 this.followSelection = this.isFollowHighlight ();
  88 this.showSequenceLogo = applet.getDefaultParameter ("showSequenceLogo", this.showSequenceLogo);
  89 this.normaliseSequenceLogo = applet.getDefaultParameter ("normaliseSequenceLogo", applet.getDefaultParameter ("normaliseLogo", this.normaliseSequenceLogo));
  90 this.showGroupConsensus = applet.getDefaultParameter ("showGroupConsensus", this.showGroupConsensus);
  91 this.showGroupConservation = applet.getDefaultParameter ("showGroupConservation", this.showGroupConservation);
  92 this.showConsensusHistogram = applet.getDefaultParameter ("showConsensusHistogram", this.showConsensusHistogram);
  93 }if (applet != null) {
  94 var colour = applet.defaultColour;
  95 if (colour == null) {
  96 colour = applet.userDefinedColour;
  97 if (colour != null) {
  98 colour = "User Defined";
  99 }}if (colour != null) {
 100 this.globalColourScheme = jalview.schemes.ColourSchemeProperty.getColour (this.alignment, colour);
 101 if (this.globalColourScheme != null) {
 102 this.globalColourScheme.setConsensus (this.hconsensus);
 103 }}if (applet.userDefinedColour != null) {
 104 (this.globalColourScheme).parseAppletParameter (applet.userDefinedColour);
 105 }}this.initAutoAnnotation ();
 106 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.bin.JalviewLite");
 107 Clazz.defineMethod (c$, "getConsensusSeq",
 108 function () {
 109 if (this.consensus == null) {
 110 this.updateConsensus (null);
 111 }if (this.consensus == null) {
 112 return null;
 113 }var seqs =  new StringBuilder (this.consensus.annotations.length);
 114 for (var i = 0; i < this.consensus.annotations.length; i++) {
 115 if (this.consensus.annotations[i] != null) {
 116 if (this.consensus.annotations[i].description.charAt (0) == '[') {
 117 seqs.append (this.consensus.annotations[i].description.charAt (1));
 118 } else {
 119 seqs.append (this.consensus.annotations[i].displayCharacter);
 120 }}}
 121 var sq =  new jalview.datamodel.Sequence ("Consensus", seqs.toString ());
 122 sq.setDescription ("Percentage Identity Consensus " + ((this.ignoreGapsInConsensusCalculation) ? " without gaps" : ""));
 123 return sq;
 124 });
 125 Clazz.defineMethod (c$, "setFont",
 126 function (f) {
 127 this.font = f;
 128 if (this.nullFrame == null) {
 129 this.nullFrame =  new awt2swing.Frame ();
 130 this.nullFrame.addNotify ();
 131 this.nullFrame.setFont (this.font);
 132 }var fm = this.nullFrame.getGraphics ().getFontMetrics (this.font);
 133 this.setCharHeight (Clazz.floatToInt (this.heightScale * fm.getHeight ()));
 134 this.setCharWidth (Clazz.floatToInt (this.widthScale * fm.charWidth ('M')));
 135 if (this.isUpperCasebold ()) {
 136 var f2 =  new java.awt.Font (f.getName (), 1, f.getSize ());
 137 fm = this.nullFrame.getGraphics ().getFontMetrics (f2);
 138 this.setCharWidth (Clazz.floatToInt (this.widthScale * (Clazz.doubleToInt (fm.stringWidth ("MMMMMMMMMMM") / 10))));
 139 }}, "java.awt.Font");
 140 Clazz.defineMethod (c$, "getFont",
 141 function () {
 142 return this.font;
 143 });
 144 Clazz.defineMethod (c$, "resetSeqLimits",
 145 function (height) {
 146 this.setEndSeq (Clazz.doubleToInt (height / this.getCharHeight ()));
 147 }, "~N");
 148 Clazz.defineMethod (c$, "setCurrentTree",
 149 function (tree) {
 150 this.currentTree = tree;
 151 }, "jalview.analysis.NJTree");
 152 Clazz.defineMethod (c$, "getCurrentTree",
 153 function () {
 154 return this.currentTree;
 155 });
 156 Clazz.defineMethod (c$, "getCentreColumnLabels",
 157 function () {
 158 return this.centreColumnLabels;
 159 });
 160 Clazz.defineMethod (c$, "getFollowSelection",
 161 function () {
 162 return this.followSelection;
 163 });
 164 Clazz.overrideMethod (c$, "sendSelection",
 165 function () {
 166 this.getStructureSelectionManager ().sendSelection ( new jalview.datamodel.SequenceGroup (this.getSelectionGroup ()),  new jalview.datamodel.ColumnSelection (this.getColumnSelection ()), this);
 167 });
 168 Clazz.overrideMethod (c$, "getStructureSelectionManager",
 169 function () {
 170 return jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.applet);
 171 });
 172 Clazz.defineMethod (c$, "expandColSelection",
 173 function (sg, wholewidth) {
 174 var sgs;
 175 var sge;
 176 if (sg != null && (sgs = sg.getStartRes ()) >= 0 && sg.getStartRes () <= (sge = sg.getEndRes ()) && (this.colSel == null || this.colSel.getSelected () == null || this.colSel.getSelected ().size () == 0)) {
 177 if (!wholewidth && this.alignment.getWidth () == (1 + sge - sgs)) {
 178 return;
 179 }if (this.colSel == null) {
 180 this.colSel =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();
 181 }for (var cspos = sg.getStartRes (); cspos <= sg.getEndRes (); cspos++) {
 182 this.colSel.addElement (cspos);
 183 }
 184 }}, "jalview.datamodel.SequenceGroup,~B");
 185 Clazz.overrideMethod (c$, "isNormaliseSequenceLogo",
 186 function () {
 187 return this.normaliseSequenceLogo;
 188 });
 189 Clazz.defineMethod (c$, "setNormaliseSequenceLogo",
 190 function (state) {
 191 this.normaliseSequenceLogo = state;
 192 }, "~B");
 193 Clazz.overrideMethod (c$, "isValidCharWidth",
 194 function () {
 195 return this.validCharWidth;
 196 });
 197 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotationColumnSelectionState",
 198 function () {
 199 return this.annotationColumnSelectionState;
 200 });
 201 Clazz.defineMethod (c$, "setAnnotationColumnSelectionState",
 202 function (annotationColumnSelectionState) {
 203 this.annotationColumnSelectionState = annotationColumnSelectionState;
 204 }, "jalview.appletgui.AnnotationColumnChooser");
 205 Clazz.overrideMethod (c$, "mirrorCommand",
 206 function (command, undo, ssm, source) {
 207 if (Clazz.instanceOf (source, jalview.api.AlignViewportI) && (source).getCodingComplement () === this) {
 208 } else {
 209 return;
 210 }var mappedCommand = ssm.mapCommand (command, undo, this.getAlignment (), this.getGapCharacter ());
 211 if (mappedCommand != null) {
 212 mappedCommand.doCommand (null);
 213 this.firePropertyChange ("alignment", null, this.getAlignment ().getSequences ());
 214 }}, "jalview.commands.CommandI,~B,jalview.structure.StructureSelectionManager,jalview.structure.VamsasSource");
 215 Clazz.overrideMethod (c$, "getVamsasSource",
 216 function () {
 217 return this;
 218 });
 219 Clazz.defineMethod (c$, "scrollComplementaryAlignment",
 220 function (complementPanel) {
 221 if (complementPanel == null) {
 222 return;
 223 }var sr =  new jalview.datamodel.SearchResults ();
 224 var seqOffset = this.findComplementScrollTarget (sr);
 225 if (!sr.isEmpty ()) {
 226 complementPanel.setFollowingComplementScroll (true);
 227 complementPanel.scrollToCentre (sr, seqOffset);
 228 }}, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");
 229 });