bin/jalview/appletgui/AlignmentPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "jalview.api.AlignmentViewPanel", "java.awt.event.AdjustmentListener", "awt2swing.Scrollbar"], "jalview.appletgui.AlignmentPanel", ["awt2swing.Frame", "jalview.analysis.AnnotationSorter", "jalview.appletgui.AnnotationLabels", "$.AnnotationPanel", "$.FeatureRenderer", "$.IdPanel", "$.IdwidthAdjuster", "$.PaintRefresher", "$.ScalePanel", "$.SeqPanel", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.structure.StructureSelectionManager", "java.awt.BorderLayout", "$.Color", "$.Dimension", "java.awt.event.ComponentAdapter", "java.beans.PropertyChangeListener"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.av = null;
   5 this.overviewPanel = null;
   6 this.seqPanel = null;
   7 this.idPanel = null;
   8 this.idwidthAdjuster = null;
   9 this.alignFrame = null;
  10 this.scalePanel = null;
  11 this.annotationPanel = null;
  12 this.alabels = null;
  13 this.fastPaint = true;
  14 this.hextent = 0;
  15 this.vextent = 0;
  16 this.sequenceHolderPanel = null;
  17 this.vscroll = null;
  18 this.hscroll = null;
  19 this.seqPanelHolder = null;
  20 this.scalePanelHolder = null;
  21 this.idPanelHolder = null;
  22 this.idSpaceFillerPanel1 = null;
  23 this.annotationSpaceFillerHolder = null;
  24 this.hscrollFillerPanel = null;
  25 this.annotationPanelHolder = null;
  26 this.apvscroll = null;
  27 this.followingComplementScroll = false;
  28 Clazz.instantialize (this, arguments);
  29 }, jalview.appletgui, "AlignmentPanel", awt2swing.Panel, [java.awt.event.AdjustmentListener, jalview.api.AlignmentViewPanel]);
  30 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  31 this.sequenceHolderPanel =  new awt2swing.Panel ();
  32 this.vscroll =  new awt2swing.Scrollbar ();
  33 this.hscroll =  new awt2swing.Scrollbar ();
  34 this.seqPanelHolder =  new awt2swing.Panel ();
  35 this.scalePanelHolder =  new awt2swing.Panel ();
  36 this.idPanelHolder =  new awt2swing.Panel ();
  37 this.idSpaceFillerPanel1 =  new awt2swing.Panel ();
  38 this.annotationSpaceFillerHolder =  new awt2swing.Panel ();
  39 this.hscrollFillerPanel =  new awt2swing.Panel ();
  40 this.annotationPanelHolder =  new awt2swing.Panel ();
  41 this.apvscroll =  new awt2swing.Scrollbar ();
  42 });
  43 Clazz.overrideMethod (c$, "finalize",
  44 function () {
  45 this.alignFrame = null;
  46 this.av = null;
  47 this.seqPanel = null;
  48 this.seqPanelHolder = null;
  49 this.sequenceHolderPanel = null;
  50 this.scalePanel = null;
  51 this.scalePanelHolder = null;
  52 this.annotationPanel = null;
  53 this.annotationPanelHolder = null;
  54 this.annotationSpaceFillerHolder = null;
  55 });
  56 Clazz.makeConstructor (c$,
  57 function (af, av) {
  58 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AlignmentPanel, []);
  59 this.setName ("alignmentPanel");
  60 try {
  61 this.jbInit ();
  62 } catch (e) {
  63 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  64 e.printStackTrace ();
  65 } else {
  66 throw e;
  67 }
  68 }
  69 this.alignFrame = af;
  70 this.av = av;
  71 this.seqPanel =  new jalview.appletgui.SeqPanel (av, this);
  72 this.idPanel =  new jalview.appletgui.IdPanel (av, this);
  73 this.scalePanel =  new jalview.appletgui.ScalePanel (av, this);
  74 this.idwidthAdjuster =  new jalview.appletgui.IdwidthAdjuster (this);
  75 this.annotationPanel =  new jalview.appletgui.AnnotationPanel (this);
  76 this.annotationPanelHolder.add (this.annotationPanel, "Center");
  77 this.sequenceHolderPanel.add (this.annotationPanelHolder, "South");
  78 this.alabels =  new jalview.appletgui.AnnotationLabels (this);
  79 this.setAnnotationVisible (av.isShowAnnotation ());
  80 this.idPanelHolder.add (this.idPanel, "Center");
  81 this.idSpaceFillerPanel1.add (this.idwidthAdjuster, "Center");
  82 this.annotationSpaceFillerHolder.add (this.alabels, "Center");
  83 this.scalePanelHolder.add (this.scalePanel, "Center");
  84 this.seqPanelHolder.add (this.seqPanel, "Center");
  85 this.fontChanged ();
  86 this.setScrollValues (0, 0);
  87 this.apvscroll.addAdjustmentListener (this);
  88 this.hscroll.addAdjustmentListener (this);
  89 this.vscroll.addAdjustmentListener (this);
  90 this.addComponentListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AlignmentPanel$1") ? 0 : jalview.appletgui.AlignmentPanel.$AlignmentPanel$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AlignmentPanel$1, this, Clazz.cloneFinals ("av", av))));
  91 var d = this.calculateIdWidth ();
  92 this.idPanel.idCanvas.setSize (d);
  93 this.hscrollFillerPanel.setSize (d.width, this.annotationPanel.getSize ().height);
  94 this.idPanel.idCanvas.setSize (d.width, this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().height);
  95 this.annotationSpaceFillerHolder.setSize (d.width, this.annotationPanel.getSize ().height);
  96 this.alabels.setSize (d.width, this.annotationPanel.getSize ().height);
  97 var ap = this;
  98 av.addPropertyChangeListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AlignmentPanel$2") ? 0 : jalview.appletgui.AlignmentPanel.$AlignmentPanel$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AlignmentPanel$2, this, Clazz.cloneFinals ("ap", ap, "av", av))));
  99 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,jalview.appletgui.AlignViewport");
 100 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignViewport",
 101 function () {
 102 return this.av;
 103 });
 104 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceRenderer",
 105 function () {
 106 return this.seqPanel.seqCanvas.sr;
 107 });
 108 Clazz.overrideMethod (c$, "getFeatureRenderer",
 109 function () {
 110 return this.seqPanel.seqCanvas.fr;
 111 });
 112 Clazz.overrideMethod (c$, "cloneFeatureRenderer",
 113 function () {
 114 var nfr =  new jalview.appletgui.FeatureRenderer (this.av);
 115 nfr.transferSettings (this.seqPanel.seqCanvas.fr);
 116 return nfr;
 117 });
 118 Clazz.defineMethod (c$, "alignmentChanged",
 119 function () {
 120 this.av.alignmentChanged (this);
 121 if (this.overviewPanel != null) {
 122 this.overviewPanel.updateOverviewImage ();
 123 }this.alignFrame.updateEditMenuBar ();
 124 this.repaint ();
 125 });
 126 Clazz.defineMethod (c$, "fontChanged",
 127 function () {
 128 this.idPanel.idCanvas.image = null;
 129 var fm = this.getFontMetrics (this.av.getFont ());
 130 this.scalePanel.setSize ( new java.awt.Dimension (10, this.av.getCharHeight () + fm.getDescent ()));
 131 this.idwidthAdjuster.setSize ( new java.awt.Dimension (10, this.av.getCharHeight () + fm.getDescent ()));
 132 this.av.updateSequenceIdColours ();
 133 this.annotationPanel.image = null;
 134 var ap = this.annotationPanel.adjustPanelHeight (false);
 135 var d = this.calculateIdWidth ();
 136 d.setSize (d.width + 4, this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().height);
 137 this.alabels.setSize (d.width + 4, ap);
 138 this.idPanel.idCanvas.setSize (d);
 139 this.hscrollFillerPanel.setSize (d);
 140 this.validateAnnotationDimensions (false);
 141 this.annotationPanel.repaint ();
 142 this.validate ();
 143 this.repaint ();
 144 if (this.overviewPanel != null) {
 145 this.overviewPanel.updateOverviewImage ();
 146 }});
 147 Clazz.defineMethod (c$, "setIdWidth",
 148 function (w, h) {
 149 this.idPanel.idCanvas.setSize (w, h);
 150 this.idPanelHolder.setSize (w, this.idPanelHolder.getSize ().height);
 151 this.annotationSpaceFillerHolder.setSize (w, this.annotationSpaceFillerHolder.getSize ().height);
 152 this.alabels.setSize (w, this.alabels.getSize ().height);
 153 this.validate ();
 154 }, "~N,~N");
 155 Clazz.defineMethod (c$, "calculateIdWidth",
 156 function () {
 157 if (this.av.nullFrame == null) {
 158 this.av.nullFrame =  new awt2swing.Frame ();
 159 this.av.nullFrame.addNotify ();
 160 this.av.nullFrame.setFont (this.av.font);
 161 }var g = this.av.nullFrame.getGraphics ();
 162 var fm = g.getFontMetrics (this.av.font);
 163 var al = this.av.getAlignment ();
 164 var i = 0;
 165 var idWidth = 0;
 166 var id;
 167 while (i < al.getHeight () && al.getSequenceAt (i) != null) {
 168 var s = al.getSequenceAt (i);
 169 id = s.getDisplayId (this.av.getShowJVSuffix ());
 170 if (fm.stringWidth (id) > idWidth) {
 171 idWidth = fm.stringWidth (id);
 172 }i++;
 173 }
 174 i = 0;
 175 if (al.getAlignmentAnnotation () != null) {
 176 fm = g.getFontMetrics (this.av.nullFrame.getFont ());
 177 while (i < al.getAlignmentAnnotation ().length) {
 178 var label = al.getAlignmentAnnotation ()[i].label;
 179 if (fm.stringWidth (label) > idWidth) {
 180 idWidth = fm.stringWidth (label);
 181 }i++;
 182 }
 183 }return  new java.awt.Dimension (idWidth, this.idPanel.idCanvas.getSize ().height);
 184 });
 185 Clazz.defineMethod (c$, "highlightSearchResults",
 186 function (results) {
 187 this.scrollToPosition (results);
 188 this.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults (results);
 189 }, "jalview.datamodel.SearchResults");
 190 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToPosition",
 191 function (results) {
 192 return this.scrollToPosition (results, true);
 193 }, "jalview.datamodel.SearchResults");
 194 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToPosition",
 195 function (results, redrawOverview) {
 196 return this.scrollToPosition (results, redrawOverview, false);
 197 }, "jalview.datamodel.SearchResults,~B");
 198 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToPosition",
 199 function (results, redrawOverview, centre) {
 200 if (results != null && results.getSize () > 0) {
 201 var alignment = this.av.getAlignment ();
 202 var seqIndex = alignment.findIndex (results);
 203 if (seqIndex == -1) {
 204 return false;
 205 }var seq = alignment.getSequenceAt (seqIndex);
 206 var r = results.getResults (seq, 0, alignment.getWidth ());
 207 if (r == null) {
 208 if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 209 System.out.println ("DEBUG: scroll didn't happen - results not within alignment : " + seq.getStart () + "," + seq.getEnd ());
 210 }return false;
 211 }if (jalview.bin.JalviewLite.debug) {
 212 }var start = r[0];
 213 var end = r[1];
 214 if (centre) {
 215 var offset = Clazz.doubleToInt ((this.av.getEndRes () - this.av.getStartRes () + 1) / 2) - 1;
 216 start = Math.max (start - offset, 0);
 217 end = Math.min (end + offset, seq.getEnd () - 1);
 218 }if (start < 0) {
 219 return false;
 220 }if (end == seq.getEnd ()) {
 221 return false;
 222 }return this.scrollTo (start, end, seqIndex, false, redrawOverview);
 223 }return true;
 224 }, "jalview.datamodel.SearchResults,~B,~B");
 225 Clazz.defineMethod (c$, "scrollTo",
 226 function (ostart, end, seqIndex, scrollToNearest, redrawOverview) {
 227 var startv;
 228 var endv;
 229 var starts;
 230 var ends;
 231 var width;
 232 var start = -1;
 233 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 234 start = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (ostart);
 235 end = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (end);
 236 if (start == end) {
 237 if (!scrollToNearest && !this.av.getColumnSelection ().isVisible (ostart)) {
 238 return false;
 239 }}} else {
 240 start = ostart;
 241 }if (!this.av.getWrapAlignment ()) {
 242 if ((startv = this.av.getStartRes ()) >= start) {
 243 this.setScrollValues (start - 1, seqIndex);
 244 } else if ((endv = this.av.getEndRes ()) <= end) {
 245 this.setScrollValues (startv + 1 + end - endv, seqIndex);
 246 } else if ((starts = this.av.getStartSeq ()) > seqIndex) {
 247 this.setScrollValues (this.av.getStartRes (), seqIndex);
 248 } else if ((ends = this.av.getEndSeq ()) <= seqIndex) {
 249 this.setScrollValues (this.av.getStartRes (), starts + seqIndex - ends + 1);
 250 }} else {
 251 this.scrollToWrappedVisible (start);
 252 }if (redrawOverview && this.overviewPanel != null) {
 253 this.overviewPanel.setBoxPosition ();
 254 }this.paintAlignment (redrawOverview);
 255 return true;
 256 }, "~N,~N,~N,~B,~B");
 257 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToWrappedVisible",
 258 function (res) {
 259 var cwidth = this.seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().width);
 260 if (res <= this.av.getStartRes () || res >= (this.av.getStartRes () + cwidth)) {
 261 this.vscroll.setValue (Clazz.doubleToInt (res / cwidth));
 262 this.av.startRes = this.vscroll.getValue () * cwidth;
 263 }}, "~N");
 264 Clazz.defineMethod (c$, "getOverviewPanel",
 265 function () {
 266 return this.overviewPanel;
 267 });
 268 Clazz.defineMethod (c$, "setOverviewPanel",
 269 function (op) {
 270 this.overviewPanel = op;
 271 }, "jalview.appletgui.OverviewPanel");
 272 Clazz.defineMethod (c$, "setAnnotationVisible",
 273 function (b) {
 274 if (!this.av.getWrapAlignment ()) {
 275 this.annotationSpaceFillerHolder.setVisible (b);
 276 this.annotationPanelHolder.setVisible (b);
 277 } else {
 278 this.annotationSpaceFillerHolder.setVisible (false);
 279 this.annotationPanelHolder.setVisible (false);
 280 }this.validate ();
 281 this.repaint ();
 282 }, "~B");
 283 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustAnnotationHeight",
 284 function () {
 285 if (this.alignFrame.getSize ().height == 0) {
 286 System.out.println ("adjustAnnotationHeight frame size zero NEEDS FIXING");
 287 }this.fontChanged ();
 288 this.validateAnnotationDimensions (true);
 289 this.apvscroll.addNotify ();
 290 this.hscroll.addNotify ();
 291 this.validate ();
 292 this.paintAlignment (true);
 293 });
 294 Clazz.defineMethod (c$, "validateAnnotationDimensions",
 295 function (adjustPanelHeight) {
 296 var rowHeight = this.av.getCharHeight ();
 297 var alignmentHeight = rowHeight * this.av.getAlignment ().getHeight ();
 298 var annotationHeight = this.av.calcPanelHeight ();
 299 var mheight = annotationHeight;
 300 var d = this.sequenceHolderPanel.getSize ();
 301 var availableHeight = d.height - this.scalePanelHolder.getHeight ();
 302 if (adjustPanelHeight) {
 303 if (annotationHeight + alignmentHeight > availableHeight) {
 304 annotationHeight = Math.min (annotationHeight, availableHeight - 2 * rowHeight);
 305 }} else {
 306 annotationHeight = this.annotationPanelHolder.getSize ().height;
 307 }if (availableHeight - annotationHeight < 5) {
 308 annotationHeight = availableHeight;
 309 }this.annotationPanel.setSize ( new java.awt.Dimension (d.width, annotationHeight));
 310 this.annotationPanelHolder.setSize ( new java.awt.Dimension (d.width, annotationHeight));
 311 this.seqPanel.seqCanvas.setSize (d.width, this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().height);
 312 var e = this.idPanel.getSize ();
 313 this.alabels.setSize ( new java.awt.Dimension (e.width, annotationHeight));
 314 this.annotationSpaceFillerHolder.setSize ( new java.awt.Dimension (e.width, annotationHeight));
 315 var s = this.apvscroll.getValue ();
 316 if (s > mheight - annotationHeight) {
 317 s = 0;
 318 }this.apvscroll.setValues (s, annotationHeight, 0, mheight);
 319 this.annotationPanel.setScrollOffset (this.apvscroll.getValue (), false);
 320 this.alabels.setScrollOffset (this.apvscroll.getValue (), false);
 321 }, "~B");
 322 Clazz.defineMethod (c$, "setWrapAlignment",
 323 function (wrap) {
 324 this.av.startSeq = 0;
 325 this.av.startRes = 0;
 326 this.scalePanelHolder.setVisible (!wrap);
 327 this.hscroll.setVisible (!wrap);
 328 this.idwidthAdjuster.setVisible (!wrap);
 329 if (wrap) {
 330 this.annotationPanelHolder.setVisible (false);
 331 this.annotationSpaceFillerHolder.setVisible (false);
 332 } else if (this.av.isShowAnnotation ()) {
 333 this.annotationPanelHolder.setVisible (true);
 334 this.annotationSpaceFillerHolder.setVisible (true);
 335 }this.idSpaceFillerPanel1.setVisible (!wrap);
 336 this.fontChanged ();
 337 this.validate ();
 338 this.sequenceHolderPanel.validate ();
 339 this.repaint ();
 340 }, "~B");
 341 Clazz.defineMethod (c$, "scrollUp",
 342 function (up) {
 343 if (up) {
 344 if (this.vscroll.getValue () < 1) {
 345 return false;
 346 }this.setScrollValues (this.hscroll.getValue (), this.vscroll.getValue () - 1);
 347 } else {
 348 if (this.vextent + this.vscroll.getValue () >= this.av.getAlignment ().getHeight ()) {
 349 return false;
 350 }this.setScrollValues (this.hscroll.getValue (), this.vscroll.getValue () + 1);
 351 }this.repaint ();
 352 return true;
 353 }, "~B");
 354 Clazz.defineMethod (c$, "scrollRight",
 355 function (right) {
 356 if (!right) {
 357 if (this.hscroll.getValue () < 1) {
 358 return false;
 359 }this.setScrollValues (this.hscroll.getValue () - 1, this.vscroll.getValue ());
 360 } else {
 361 if (this.hextent + this.hscroll.getValue () >= this.av.getAlignment ().getWidth ()) {
 362 return false;
 363 }this.setScrollValues (this.hscroll.getValue () + 1, this.vscroll.getValue ());
 364 }this.repaint ();
 365 return true;
 366 }, "~B");
 367 Clazz.defineMethod (c$, "setScrollValues",
 368 function (x, y) {
 369 var width = this.av.getAlignment ().getWidth ();
 370 var height = this.av.getAlignment ().getHeight ();
 371 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 372 width = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (width);
 373 }if (x < 0) {
 374 x = 0;
 375 };this.hextent = Clazz.doubleToInt (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().width / this.av.getCharWidth ());
 376 this.vextent = Clazz.doubleToInt (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().height / this.av.getCharHeight ());
 377 if (this.hextent > width) {
 378 this.hextent = width;
 379 }if (this.vextent > height) {
 380 this.vextent = height;
 381 }if ((this.hextent + x) > width) {
 382 System.err.println ("hextent was " + this.hextent + " and x was " + x);
 383 x = width - this.hextent;
 384 }if ((this.vextent + y) > height) {
 385 y = height - this.vextent;
 386 }if (y < 0) {
 387 y = 0;
 388 }if (x < 0) {
 389 System.err.println ("x was " + x);
 390 x = 0;
 391 }this.av.setStartSeq (y);
 392 var endSeq = y + this.vextent;
 393 if (endSeq > this.av.getAlignment ().getHeight ()) {
 394 endSeq = this.av.getAlignment ().getHeight ();
 395 }this.av.setEndSeq (endSeq);
 396 this.av.setStartRes (x);
 397 this.av.setEndRes ((x + (Clazz.doubleToInt (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().width / this.av.getCharWidth ()))) - 1);
 398 this.hscroll.setValues (x, this.hextent, 0, width);
 399 this.vscroll.setValues (y, this.vextent, 0, height);
 400 if (this.overviewPanel != null) {
 401 this.overviewPanel.setBoxPosition ();
 402 }this.sendViewPosition ();
 403 }, "~N,~N");
 404 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged",
 405 function (evt) {
 406 if (this.annotationPanel == null) return;
 407 var oldX = this.av.getStartRes ();
 408 var oldY = this.av.getStartSeq ();
 409 if (evt == null || evt.getSource () === this.apvscroll) {
 410 this.annotationPanel.setScrollOffset (this.apvscroll.getValue (), false);
 411 this.alabels.setScrollOffset (this.apvscroll.getValue (), false);
 412 }if (evt == null || evt.getSource () === this.hscroll) {
 413 var x = this.hscroll.getValue ();
 414 this.av.setStartRes (x);
 415 this.av.setEndRes (x + Clazz.doubleToInt (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().width / this.av.getCharWidth ()) - 1);
 416 }if (evt == null || evt.getSource () === this.vscroll) {
 417 var offy = this.vscroll.getValue ();
 418 if (this.av.getWrapAlignment ()) {
 419 var rowSize = this.seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().width);
 420 this.av.setStartRes (this.vscroll.getValue () * rowSize);
 421 this.av.setEndRes ((this.vscroll.getValue () + 1) * rowSize);
 422 } else {
 423 this.av.setStartSeq (offy);
 424 this.av.setEndSeq (offy + Clazz.doubleToInt (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().height / this.av.getCharHeight ()));
 425 }}if (this.overviewPanel != null) {
 426 this.overviewPanel.setBoxPosition ();
 427 }var scrollX = this.av.startRes - oldX;
 428 var scrollY = this.av.startSeq - oldY;
 429 if (this.av.getWrapAlignment () || !this.fastPaint || this.av.MAC) {
 430 this.repaint ();
 431 } else {
 432 if (scrollX > this.av.endRes - this.av.startRes) {
 433 scrollX = this.av.endRes - this.av.startRes;
 434 } else if (scrollX < this.av.startRes - this.av.endRes) {
 435 scrollX = this.av.startRes - this.av.endRes;
 436 }this.idPanel.idCanvas.fastPaint (scrollY);
 437 this.seqPanel.seqCanvas.fastPaint (scrollX, scrollY);
 438 this.scalePanel.repaint ();
 439 if (this.av.isShowAnnotation ()) {
 440 this.annotationPanel.fastPaint (this.av.getStartRes () - oldX);
 441 }}this.sendViewPosition ();
 442 if (this.isFollowingComplementScroll ()) {
 443 this.setFollowingComplementScroll (false);
 444 } else {
 445 var ap = this.getComplementPanel ();
 446 this.av.scrollComplementaryAlignment (ap);
 447 }}, "java.awt.event.AdjustmentEvent");
 448 Clazz.defineMethod (c$, "getComplementPanel",
 449 ($fz = function () {
 450 var ap = null;
 451 if (this.alignFrame != null) {
 452 var sf = this.alignFrame.getSplitFrame ();
 453 if (sf != null) {
 454 var other = sf.getComplement (this.alignFrame);
 455 if (other != null) {
 456 ap = other.alignPanel;
 457 }}}return ap;
 458 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 459 Clazz.defineMethod (c$, "scrollToCentre",
 460 function (sr, seqOffset) {
 461 var mappedTo = sr.getResultSequence (0);
 462 var seqs = this.av.getAlignment ().getSequences ();
 463 var sequenceIndex = 0;
 464 var matched = false;
 465 for (var seq, $seq = seqs.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 466 if (mappedTo === seq.getDatasetSequence ()) {
 467 matched = true;
 468 break;
 469 }sequenceIndex++;
 470 }
 471 if (!matched) {
 472 return;
 473 }sequenceIndex = Math.max (0, sequenceIndex - seqOffset);
 474 sr.getResults ().get (0).setSequence (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (sequenceIndex));
 475 this.setFollowingComplementScroll (true);
 476 this.scrollToPosition (sr, true, true);
 477 }, "jalview.datamodel.SearchResults,~N");
 478 Clazz.defineMethod (c$, "sendViewPosition",
 479 ($fz = function () {
 480 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.av.applet).sendViewPosition (this, this.av.startRes, this.av.endRes, this.av.startSeq, this.av.endSeq);
 481 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 482 Clazz.overrideMethod (c$, "paintAlignment",
 483 function (updateOverview) {
 484 var sorter =  new jalview.analysis.AnnotationSorter (this.getAlignment (), this.av.isShowAutocalculatedAbove ());
 485 sorter.sort (this.getAlignment ().getAlignmentAnnotation (), this.av.getSortAnnotationsBy ());
 486 this.repaint ();
 487 if (updateOverview) {
 488 jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.av.applet).sequenceColoursChanged (this);
 489 if (this.overviewPanel != null) {
 490 this.overviewPanel.updateOverviewImage ();
 491 }}}, "~B");
 492 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent",
 493 function (g) {
 494 System.out.println ("alignframe paintcomp");
 495 this.invalidate ();
 496 var d = this.idPanel.idCanvas.getSize ();
 497 var canvasHeight = this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().height;
 498 if (canvasHeight != d.height) {
 499 this.idPanel.idCanvas.setSize (d.width, canvasHeight);
 500 }if (this.av.getWrapAlignment ()) {
 501 var maxwidth = this.av.getAlignment ().getWidth ();
 502 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 503 maxwidth = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (maxwidth) - 1;
 504 }var canvasWidth = this.seqPanel.seqCanvas.getWrappedCanvasWidth (this.seqPanel.seqCanvas.getSize ().width);
 505 if (canvasWidth > 0) {
 506 var max = Clazz.doubleToInt (maxwidth / canvasWidth);
 507 this.vscroll.setMaximum (1 + max);
 508 this.vscroll.setUnitIncrement (1);
 509 this.vscroll.setVisibleAmount (1);
 510 }} else {
 511 this.setScrollValues (this.av.getStartRes (), this.av.getStartSeq ());
 512 }}, "java.awt.Graphics");
 513 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit",
 514 ($fz = function () {
 515 this.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
 516 this.sequenceHolderPanel.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
 517 this.seqPanelHolder.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
 518 this.scalePanelHolder.setBackground (java.awt.Color.white);
 519 this.scalePanelHolder.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
 520 this.idPanelHolder.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
 521 this.idSpaceFillerPanel1.setBackground (java.awt.Color.white);
 522 this.idSpaceFillerPanel1.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
 523 this.annotationSpaceFillerHolder.setBackground (java.awt.Color.white);
 524 this.annotationSpaceFillerHolder.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
 525 this.hscroll.setOrientation (0);
 526 var hscrollHolder =  new awt2swing.Panel ();
 527 hscrollHolder.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
 528 this.hscrollFillerPanel.setBackground (java.awt.Color.white);
 529 this.apvscroll.setOrientation (1);
 530 this.apvscroll.setVisible (true);
 531 this.apvscroll.addAdjustmentListener (this);
 532 this.annotationPanelHolder.setBackground (java.awt.Color.white);
 533 this.annotationPanelHolder.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
 534 this.annotationPanelHolder.add (this.apvscroll, "East");
 535 hscrollHolder.setBackground (java.awt.Color.white);
 536 this.seqPanelHolder.setBackground (java.awt.Color.white);
 537 this.idPanelHolder.setBackground (java.awt.Color.white);
 538 this.sequenceHolderPanel.add (this.scalePanelHolder, "North");
 539 this.sequenceHolderPanel.add (this.seqPanelHolder, "Center");
 540 this.seqPanelHolder.add (this.vscroll, "East");
 541 this.add (this.idPanelHolder, "West");
 542 this.idPanelHolder.add (this.idSpaceFillerPanel1, "North");
 543 this.idPanelHolder.add (this.annotationSpaceFillerHolder, "South");
 544 this.add (hscrollHolder, "South");
 545 hscrollHolder.add (this.hscroll, "Center");
 546 hscrollHolder.add (this.hscrollFillerPanel, "West");
 547 this.add (this.sequenceHolderPanel, "Center");
 548 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 549 Clazz.defineMethod (c$, "updateAnnotation",
 550 function () {
 551 this.updateAnnotation (false);
 552 });
 553 Clazz.defineMethod (c$, "updateAnnotation",
 554 function (applyGlobalSettings) {
 555 this.updateAnnotation (applyGlobalSettings, false);
 556 }, "~B");
 557 Clazz.defineMethod (c$, "updateAnnotation",
 558 function (applyGlobalSettings, preserveNewGroupSettings) {
 559 this.av.updateGroupAnnotationSettings (applyGlobalSettings, preserveNewGroupSettings);
 560 this.adjustAnnotationHeight ();
 561 }, "~B,~B");
 562 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignment",
 563 function () {
 564 return this.av.getAlignment ();
 565 });
 566 Clazz.overrideMethod (c$, "getViewName",
 567 function () {
 568 return this.getName ();
 569 });
 570 Clazz.overrideMethod (c$, "getStructureSelectionManager",
 571 function () {
 572 return jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (this.av.applet);
 573 });
 574 Clazz.overrideMethod (c$, "raiseOOMWarning",
 575 function (string, error) {
 576 System.err.println ("Out of memory whilst '" + string + "'");
 577 error.printStackTrace ();
 578 }, "~S,OutOfMemoryError");
 579 Clazz.defineMethod (c$, "setFollowingComplementScroll",
 580 function (b) {
 581 this.followingComplementScroll = b;
 582 }, "~B");
 583 Clazz.defineMethod (c$, "isFollowingComplementScroll",
 584 function () {
 585 return this.followingComplementScroll;
 586 });
 587 c$.$AlignmentPanel$1$ = function () {
 588 Clazz.pu$h ();
 589 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AlignmentPanel$1", java.awt.event.ComponentAdapter);
 590 Clazz.overrideMethod (c$, "componentResized",
 591 function (evt) {
 592 this.b$["jalview.appletgui.AlignmentPanel"].setScrollValues (this.f$.av.getStartRes (), this.f$.av.getStartSeq ());
 593 if (this.b$["jalview.appletgui.AlignmentPanel"].getSize ().height > 0 && this.b$["jalview.appletgui.AlignmentPanel"].annotationPanelHolder.getSize ().height > 0) {
 594 this.b$["jalview.appletgui.AlignmentPanel"].validateAnnotationDimensions (false);
 595 }this.b$["jalview.appletgui.AlignmentPanel"].repaint ();
 596 }, "java.awt.event.ComponentEvent");
 597 c$ = Clazz.p0p ();
 598 };
 599 c$.$AlignmentPanel$2$ = function () {
 600 Clazz.pu$h ();
 601 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AlignmentPanel$2", null, java.beans.PropertyChangeListener);
 602 Clazz.overrideMethod (c$, "propertyChange",
 603 function (evt) {
 604 if (evt.getPropertyName ().equals ("alignment")) {
 605 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this.f$.ap, this.f$.av.getSequenceSetId (), true, true);
 606 this.b$["jalview.appletgui.AlignmentPanel"].alignmentChanged ();
 607 }}, "java.beans.PropertyChangeEvent");
 608 c$ = Clazz.p0p ();
 609 };
 610 });