bin/jalview/appletgui/AnnotationColourChooser.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "$.AdjustmentListener", "$.ItemListener", "$.MouseListener", "awt2swing.Button", "$.Checkbox", "$.Choice", "$.Scrollbar", "$.TextField", "java.awt.BorderLayout", "$.FlowLayout"], "jalview.appletgui.AnnotationColourChooser", ["awt2swing.Frame", "jalview.appletgui.UserDefinedColours", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.datamodel.GraphLine", "jalview.schemes.AnnotationColourGradient", "$.ColourSchemeI", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Color", "$.Dimension", "$.Font", "java.lang.Error", "$.Float", "java.util.Hashtable", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.frame = null;
   5 this.av = null;
   6 this.ap = null;
   7 this.oldcs = null;
   8 this.oldgroupColours = null;
   9 this.currentAnnotation = null;
  10 this.adjusting = false;
  11 this.annotations = null;
  12 this.minColour = null;
  13 this.maxColour = null;
  14 this.ok = null;
  15 this.cancel = null;
  16 this.defColours = null;
  17 this.jPanel1 = null;
  18 this.jPanel2 = null;
  19 this.threshold = null;
  20 this.flowLayout1 = null;
  21 this.jPanel3 = null;
  22 this.slider = null;
  23 this.thresholdValue = null;
  24 this.currentColours = null;
  25 this.borderLayout1 = null;
  26 this.thresholdIsMin = null;
  27 Clazz.instantialize (this, arguments);
  28 }, jalview.appletgui, "AnnotationColourChooser", awt2swing.Panel, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.AdjustmentListener, java.awt.event.ItemListener, java.awt.event.MouseListener]);
  29 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  30 this.annotations =  new awt2swing.Choice ();
  31 this.minColour =  new awt2swing.Button ();
  32 this.maxColour =  new awt2swing.Button ();
  33 this.ok =  new awt2swing.Button ();
  34 this.cancel =  new awt2swing.Button ();
  35 this.defColours =  new awt2swing.Button ();
  36 this.jPanel1 =  new awt2swing.Panel ();
  37 this.jPanel2 =  new awt2swing.Panel ();
  38 this.threshold =  new awt2swing.Choice ();
  39 this.flowLayout1 =  new java.awt.FlowLayout ();
  40 this.jPanel3 =  new awt2swing.Panel ();
  41 this.slider =  new awt2swing.Scrollbar (0);
  42 this.thresholdValue =  new awt2swing.TextField (20);
  43 this.currentColours =  new awt2swing.Checkbox ();
  44 this.borderLayout1 =  new java.awt.BorderLayout ();
  45 this.thresholdIsMin =  new awt2swing.Checkbox ();
  46 });
  47 Clazz.makeConstructor (c$,
  48 function (av, ap) {
  49 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationColourChooser, []);
  50 try {
  51 this.jbInit ();
  52 } catch (ex) {
  53 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  54 } else {
  55 throw ex;
  56 }
  57 }
  58 this.oldcs = av.getGlobalColourScheme ();
  59 if (av.getAlignment ().getGroups () != null) {
  60 this.oldgroupColours =  new java.util.Hashtable ();
  61 for (var sg, $sg = ap.av.getAlignment ().getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
  62 if (sg.cs != null) {
  63 this.oldgroupColours.put (sg, sg.cs);
  64 } else {
  65 this.oldgroupColours.put (sg, "null");
  66 }}
  67 }this.av = av;
  68 this.ap = ap;
  69 this.slider.addAdjustmentListener (this);
  70 this.slider.addMouseListener (this);
  71 if (av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation () == null) {
  72 return;
  73 }this.setDefaultMinMax ();
  74 this.adjusting = true;
  75 if (Clazz.instanceOf (this.oldcs, jalview.schemes.AnnotationColourGradient)) {
  76 var acg = this.oldcs;
  77 this.currentColours.setState (acg.isPredefinedColours () || acg.getBaseColour () != null);
  78 if (!acg.isPredefinedColours () && acg.getBaseColour () == null) {
  79 this.minColour.setBackground (acg.getMinColour ());
  80 this.maxColour.setBackground (acg.getMaxColour ());
  81 }}var list =  new java.util.Vector ();
  82 var index = 1;
  83 for (var i = 0; i < av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length; i++) {
  84 var label = av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[i].label;
  85 if (!list.contains (label)) {
  86 list.addElement (label);
  87 } else {
  88 list.addElement (label + "_" + (index++));
  89 }}
  90 for (var i = 0; i < list.size (); i++) {
  91 this.annotations.addItem (list.elementAt (i).toString ());
  92 }
  93 this.threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_no_thereshold"));
  94 this.threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_above_thereshold"));
  95 this.threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_below_thereshold"));
  96 if (Clazz.instanceOf (this.oldcs, jalview.schemes.AnnotationColourGradient)) {
  97 var acg = this.oldcs;
  98 this.annotations.select (acg.getAnnotation ());
  99 switch (acg.getAboveThreshold ()) {
 100 case -1:
 101 this.threshold.select (new Integer (0));
 102 break;
 103 case 1:
 104 this.threshold.select (new Integer (1));
 105 break;
 106 case 0:
 107 this.threshold.select (new Integer (1));
 108 break;
 109 default:
 110 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_dont_know_thereshold_annotationcolourgradient"));
 111 }
 112 this.thresholdIsMin.setState (acg.thresholdIsMinMax);
 113 this.thresholdValue.setText ("" + acg.getAnnotationThreshold ());
 114 }this.adjusting = false;
 115 this.changeColour ();
 116 this.frame =  new awt2swing.Frame ();
 117 this.frame.add (this);
 118 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this.frame, jalview.util.MessageManager.getString ("label.colour_by_annotation"), 560, 175);
 119 this.validate ();
 120 }, "jalview.appletgui.AlignViewport,jalview.appletgui.AlignmentPanel");
 121 Clazz.defineMethod (c$, "setDefaultMinMax",
 122 ($fz = function () {
 123 this.minColour.setBackground (this.av.applet.getDefaultColourParameter ("ANNOTATIONCOLOUR_MIN", java.awt.Color.orange));
 124 this.maxColour.setBackground (this.av.applet.getDefaultColourParameter ("ANNOTATIONCOLOUR_MAX", java.awt.Color.red));
 125 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 126 Clazz.makeConstructor (c$,
 127 function () {
 128 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationColourChooser, []);
 129 try {
 130 this.jbInit ();
 131 } catch (ex) {
 132 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 133 ex.printStackTrace ();
 134 } else {
 135 throw ex;
 136 }
 137 }
 138 });
 139 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit",
 140 ($fz = function () {
 141 this.minColour.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 142 this.minColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.min_colour"));
 143 this.minColour.addActionListener (this);
 144 this.maxColour.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 145 this.maxColour.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.max_colour"));
 146 this.maxColour.addActionListener (this);
 147 this.thresholdIsMin.addItemListener (this);
 148 this.ok.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.ok"));
 149 this.ok.addActionListener (this);
 150 this.cancel.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.cancel"));
 151 this.cancel.addActionListener (this);
 152 this.defColours.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.set_defaults"));
 153 this.defColours.addActionListener (this);
 154 this.annotations.addItemListener (this);
 155 this.thresholdValue.addActionListener (this);
 156 this.slider.setBackground (java.awt.Color.white);
 157 this.slider.setPreferredSize ( new java.awt.Dimension (193, 21));
 158 this.slider.setEnabled (false);
 159 this.thresholdValue.setPreferredSize ( new java.awt.Dimension (79, 22));
 160 this.thresholdValue.setEnabled (false);
 161 this.thresholdValue.setColumns (5);
 162 this.currentColours.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 163 this.currentColours.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.use_original_colours"));
 164 this.currentColours.addItemListener (this);
 165 this.thresholdIsMin.setBackground (java.awt.Color.white);
 166 this.thresholdIsMin.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_minmax"));
 167 this.setLayout (this.borderLayout1);
 168 this.jPanel1.setBackground (java.awt.Color.white);
 169 this.jPanel2.setLayout ( new java.awt.FlowLayout ());
 170 this.jPanel2.setBackground (java.awt.Color.white);
 171 this.threshold.addItemListener (this);
 172 this.jPanel3.setLayout ( new java.awt.FlowLayout ());
 173 this.jPanel3.setBackground (java.awt.Color.white);
 174 var jPanel4 =  new awt2swing.Panel ();
 175 jPanel4.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
 176 jPanel4.setBackground (java.awt.Color.white);
 177 this.jPanel1.add (this.ok);
 178 this.jPanel1.add (this.cancel);
 179 this.jPanel2.add (this.annotations);
 180 this.jPanel2.add (this.currentColours);
 181 this.jPanel2.add (this.minColour);
 182 this.jPanel2.add (this.maxColour);
 183 jPanel4.add (this.thresholdIsMin, "West");
 184 jPanel4.add (this.slider, "Center");
 185 jPanel4.add (this.thresholdValue, "East");
 186 var jPanel34 =  new awt2swing.Panel ();
 187 jPanel34.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
 188 jPanel34.setBackground (java.awt.Color.white);
 189 jPanel34.add (this.jPanel2, "North");
 190 jPanel34.add (this.threshold, "West");
 191 this.jPanel3.add (this.defColours);
 192 jPanel34.add (this.jPanel3, "East");
 193 jPanel34.add (jPanel4, "South");
 194 this.add (jPanel34, "Center");
 195 this.add (this.jPanel1, "South");
 196 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 197 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 198 function (evt) {
 199 if (evt.getSource () === this.thresholdValue) {
 200 try {
 201 var f =  new Float (this.thresholdValue.getText ()).floatValue ();
 202 this.slider.setValue (Clazz.floatToInt (f * 1000));
 203 this.adjustmentValueChanged (null);
 204 } catch (ex) {
 205 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 206 } else {
 207 throw ex;
 208 }
 209 }
 210 } else if (evt.getSource () === this.minColour) {
 211 this.minColour_actionPerformed (null);
 212 } else if (evt.getSource () === this.maxColour) {
 213 this.maxColour_actionPerformed (null);
 214 } else if (evt.getSource () === this.defColours) {
 215 this.defColour_actionPerformed ();
 216 } else if (evt.getSource () === this.ok) {
 217 this.changeColour ();
 218 this.frame.setVisible (false);
 219 } else if (evt.getSource () === this.cancel) {
 220 this.reset ();
 221 this.ap.paintAlignment (true);
 222 this.frame.setVisible (false);
 223 } else {
 224 this.changeColour ();
 225 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
 226 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 227 function (evt) {
 228 if (evt.getSource () === this.currentColours) {
 229 if (this.currentColours.getState ()) {
 230 this.reset ();
 231 }this.maxColour.setEnabled (!this.currentColours.getState ());
 232 this.minColour.setEnabled (!this.currentColours.getState ());
 233 }this.changeColour ();
 234 }, "java.awt.event.ItemEvent");
 235 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged",
 236 function (evt) {
 237 if (!this.adjusting) {
 238 this.thresholdValue.setText ((this.slider.getValue () / 1000) + "");
 239 if (this.currentColours.getState () && !(Clazz.instanceOf (this.av.getGlobalColourScheme (), jalview.schemes.AnnotationColourGradient))) {
 240 this.changeColour ();
 241 }this.currentAnnotation.threshold.value = this.slider.getValue () / 1000;
 242 this.ap.paintAlignment (false);
 243 }}, "java.awt.event.AdjustmentEvent");
 244 Clazz.defineMethod (c$, "minColour_actionPerformed",
 245 function (newCol) {
 246 if (newCol != null) {
 247 this.minColour.setBackground (newCol);
 248 this.minColour.repaint ();
 249 this.changeColour ();
 250 } else {
 251  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this, "Min Colour", this.minColour.getBackground ());
 252 }}, "java.awt.Color");
 253 Clazz.defineMethod (c$, "maxColour_actionPerformed",
 254 function (newCol) {
 255 if (newCol != null) {
 256 this.maxColour.setBackground (newCol);
 257 this.maxColour.repaint ();
 258 this.changeColour ();
 259 } else {
 260  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this, "Max Colour", this.maxColour.getBackground ());
 261 }}, "java.awt.Color");
 262 Clazz.defineMethod (c$, "defColour_actionPerformed",
 263 function () {
 264 this.setDefaultMinMax ();
 265 this.minColour.repaint ();
 266 this.maxColour.repaint ();
 267 this.changeColour ();
 268 });
 269 Clazz.defineMethod (c$, "changeColour",
 270 function () {
 271 if (this.adjusting) {
 272 return;
 273 }this.currentAnnotation = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[this.annotations.getSelectedIndex ()];
 274 var aboveThreshold = -1;
 275 if (this.threshold.getSelectedIndex () == 1) {
 276 aboveThreshold = 1;
 277 } else if (this.threshold.getSelectedIndex () == 2) {
 278 aboveThreshold = 0;
 279 }this.slider.setEnabled (true);
 280 this.thresholdValue.setEnabled (true);
 281 this.thresholdIsMin.setEnabled (true);
 282 if (aboveThreshold == -1) {
 283 this.slider.setEnabled (false);
 284 this.thresholdValue.setEnabled (false);
 285 this.thresholdIsMin.setEnabled (false);
 286 this.thresholdValue.setText ("");
 287 } else if (aboveThreshold != -1 && this.currentAnnotation.threshold == null) {
 288 this.currentAnnotation.setThreshold ( new jalview.datamodel.GraphLine ((this.currentAnnotation.graphMax - this.currentAnnotation.graphMin) / 2, "Threshold", java.awt.Color.black));
 289 }if (aboveThreshold != -1) {
 290 this.adjusting = true;
 291 this.slider.setMinimum (Clazz.floatToInt (this.currentAnnotation.graphMin * 1000));
 292 this.slider.setMaximum (Clazz.floatToInt (this.currentAnnotation.graphMax * 1000));
 293 this.slider.setValue (Clazz.floatToInt (this.currentAnnotation.threshold.value * 1000));
 294 this.thresholdValue.setText (this.currentAnnotation.threshold.value + "");
 295 this.slider.setEnabled (true);
 296 this.thresholdValue.setEnabled (true);
 297 this.adjusting = false;
 298 }var acg = null;
 299 if (this.currentColours.getState ()) {
 300 acg =  new jalview.schemes.AnnotationColourGradient (this.currentAnnotation, this.av.getGlobalColourScheme (), aboveThreshold);
 301 } else {
 302 acg =  new jalview.schemes.AnnotationColourGradient (this.currentAnnotation, this.minColour.getBackground (), this.maxColour.getBackground (), aboveThreshold);
 303 }if (this.currentAnnotation.graphMin == 0 && this.currentAnnotation.graphMax == 0) {
 304 acg.setPredefinedColours (true);
 305 }acg.thresholdIsMinMax = this.thresholdIsMin.getState ();
 306 this.av.setGlobalColourScheme (acg);
 307 if (this.av.getAlignment ().getGroups () != null) {
 308 for (var sg, $sg = this.ap.av.getAlignment ().getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
 309 if (sg.cs == null) {
 310 continue;
 311 }if (this.currentColours.getState ()) {
 312 sg.cs =  new jalview.schemes.AnnotationColourGradient (this.currentAnnotation, sg.cs, aboveThreshold);
 313 } else {
 314 sg.cs =  new jalview.schemes.AnnotationColourGradient (this.currentAnnotation, this.minColour.getBackground (), this.maxColour.getBackground (), aboveThreshold);
 315 }}
 316 }this.ap.alignmentChanged ();
 317 this.ap.paintAlignment (true);
 318 });
 319 Clazz.defineMethod (c$, "reset",
 320 function () {
 321 this.av.setGlobalColourScheme (this.oldcs);
 322 if (this.av.getAlignment ().getGroups () != null) {
 323 for (var sg, $sg = this.ap.av.getAlignment ().getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
 324 var cs = this.oldgroupColours.get (sg);
 325 if (Clazz.instanceOf (cs, jalview.schemes.ColourSchemeI)) {
 326 sg.cs = cs;
 327 } else {
 328 sg.cs = null;
 329 }}
 330 }this.ap.paintAlignment (true);
 331 });
 332 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked",
 333 function (evt) {
 334 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 335 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
 336 function (evt) {
 337 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 338 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
 339 function (evt) {
 340 this.ap.paintAlignment (true);
 341 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 342 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered",
 343 function (evt) {
 344 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 345 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited",
 346 function (evt) {
 347 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 348 });