bin/jalview/appletgui/AnnotationLabels.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "$.MouseListener", "$.MouseMotionListener"], "jalview.appletgui.AnnotationLabels", ["awt2swing.Checkbox", "$.CheckboxMenuItem", "$.Frame", "$.MenuItem", "$.PopupMenu", "jalview.analysis.AlignmentUtils", "jalview.appletgui.AlignFrame", "$.CutAndPasteTransfer", "$.EditNameDialog", "$.PaintRefresher", "$.Tooltip", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.SequenceGroup", "jalview.util.MessageManager", "$.ParseHtmlBodyAndLinks", "java.awt.Color", "$.Dimension", "$.FlowLayout", "java.awt.event.ItemListener", "java.lang.StringBuffer", "java.util.Arrays", "$.Collections", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.image = null;
   5 this.active = false;
   6 this.ap = null;
   7 this.av = null;
   8 this.resizing = false;
   9 this.oldY = 0;
  10 this.mouseX = 0;
  11 this.scrollOffset = 0;
  12 this.selectedRow = -1;
  13 this.tooltip = null;
  14 this.hasHiddenRows = false;
  15 this.resizePanel = false;
  16 this.dragEvent = null;
  17 this.dragCancelled = false;
  18 Clazz.instantialize (this, arguments);
  19 }, jalview.appletgui, "AnnotationLabels", awt2swing.Panel, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.MouseListener, java.awt.event.MouseMotionListener]);
  20 Clazz.makeConstructor (c$,
  21 function (ap) {
  22 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationLabels, []);
  23 this.ap = ap;
  24 this.av = ap.av;
  25 this.setLayout (null);
  26 this.addMouseListener (this);
  27 this.addMouseMotionListener (this);
  28 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");
  29 Clazz.makeConstructor (c$,
  30 function (av) {
  31 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationLabels, []);
  32 this.av = av;
  33 }, "jalview.appletgui.AlignViewport");
  34 Clazz.defineMethod (c$, "setScrollOffset",
  35 function (y, repaint) {
  36 this.scrollOffset = y;
  37 if (repaint) {
  38 this.repaint ();
  39 }}, "~N,~B");
  40 Clazz.defineMethod (c$, "getSelectedRow",
  41 function (y) {
  42 var row = -2;
  43 var aa = this.ap.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
  44 if (aa == null) {
  45 return row;
  46 }var height = 0;
  47 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {
  48 row = -1;
  49 if (!aa[i].visible) {
  50 continue;
  51 }height += aa[i].height;
  52 if (y < height) {
  53 row = i;
  54 break;
  55 }}
  56 return row;
  57 }, "~N");
  58 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
  59 function (evt) {
  60 var aa = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
  61 if (evt.getActionCommand ().equals (jalview.appletgui.AnnotationLabels.ADDNEW)) {
  62 var newAnnotation =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("", null,  new Array (this.ap.av.getAlignment ().getWidth ()));
  63 if (!this.editLabelDescription (newAnnotation)) {
  64 return;
  65 }this.ap.av.getAlignment ().addAnnotation (newAnnotation);
  66 this.ap.av.getAlignment ().setAnnotationIndex (newAnnotation, 0);
  67 } else if (evt.getActionCommand ().equals (jalview.appletgui.AnnotationLabels.EDITNAME)) {
  68 this.editLabelDescription (aa[this.selectedRow]);
  69 } else if (evt.getActionCommand ().equals (jalview.appletgui.AnnotationLabels.HIDE)) {
  70 aa[this.selectedRow].visible = false;
  71 } else if (evt.getActionCommand ().equals (jalview.appletgui.AnnotationLabels.SHOWALL)) {
  72 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {
  73 aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;
  74 }
  75 } else if (evt.getActionCommand ().equals (jalview.appletgui.AnnotationLabels.OUTPUT_TEXT)) {
  76 var cap =  new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer (false, this.ap.alignFrame);
  77 var frame =  new awt2swing.Frame ();
  78 frame.add (cap);
  79 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (frame, this.ap.alignFrame.getTitle () + " - " + aa[this.selectedRow].label, 500, 100);
  80 cap.setText (aa[this.selectedRow].toString ());
  81 } else if (evt.getActionCommand ().equals (jalview.appletgui.AnnotationLabels.COPYCONS_SEQ)) {
  82 var cons = this.av.getConsensusSeq ();
  83 if (cons != null) {
  84 this.copy_annotseqtoclipboard (cons);
  85 }}this.refresh ();
  86 }, "java.awt.event.ActionEvent");
  87 Clazz.defineMethod (c$, "refresh",
  88 function () {
  89 this.ap.annotationPanel.adjustPanelHeight ();
  90 this.setSize (this.getSize ().width, this.ap.annotationPanel.getSize ().height);
  91 this.ap.validate ();
  92 this.ap.paintAlignment (true);
  93 });
  94 Clazz.defineMethod (c$, "editLabelDescription",
  95 function (annotation) {
  96 var padGaps =  new awt2swing.Checkbox ("Fill Empty Gaps With \"" + this.ap.av.getGapCharacter () + "\"", annotation.padGaps);
  97 var dialog =  new jalview.appletgui.EditNameDialog (annotation.label, annotation.description, "      Annotation Label", "Annotation Description", this.ap.alignFrame, "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);
  98 var empty =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.FlowLayout ());
  99 empty.add (padGaps);
 100 dialog.add (empty);
 101 dialog.pack ();
 102 dialog.setVisible (true);
 103 if (dialog.accept) {
 104 annotation.label = dialog.getName ();
 105 annotation.description = dialog.getDescription ();
 106 annotation.setPadGaps (padGaps.getState (), this.av.getGapCharacter ());
 107 this.repaint ();
 108 return true;
 109 } else {
 110 return false;
 111 }}, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 112 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved",
 113 function (evt) {
 114 this.resizePanel = evt.getY () < 10 && evt.getX () < 14;
 115 var row = this.getSelectedRow (evt.getY () + this.scrollOffset);
 116 if (row > -1) {
 117 var phb =  new jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks (this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[row].getDescription (true), true, "\n");
 118 if (this.tooltip == null) {
 119 this.tooltip =  new jalview.appletgui.Tooltip (phb.getNonHtmlContent (), this);
 120 } else {
 121 this.tooltip.setTip (phb.getNonHtmlContent ());
 122 }} else if (this.tooltip != null) {
 123 this.tooltip.setTip ("");
 124 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 125 Clazz.defineMethod (c$, "cancelDrag",
 126 function () {
 127 this.dragEvent = null;
 128 this.dragCancelled = true;
 129 });
 130 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged",
 131 function (evt) {
 132 if (this.dragCancelled) {
 133 return;
 134 };this.dragEvent = evt;
 135 if (this.resizePanel) {
 136 var d = this.ap.annotationPanelHolder.getSize ();
 137 var e = this.ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize ();
 138 var f = this.ap.seqPanelHolder.getSize ();
 139 var dif = evt.getY () - this.oldY;
 140 dif /= this.ap.av.getCharHeight ();
 141 dif *= this.ap.av.getCharHeight ();
 142 if ((d.height - dif) > 20 && (f.height + dif) > 20) {
 143 this.ap.annotationPanel.setSize (d.width, d.height - dif);
 144 this.setSize ( new java.awt.Dimension (e.width, d.height - dif));
 145 this.ap.annotationSpaceFillerHolder.setSize ( new java.awt.Dimension (e.width, d.height - dif));
 146 this.ap.annotationPanelHolder.setSize ( new java.awt.Dimension (d.width, d.height - dif));
 147 this.ap.apvscroll.setValues (this.ap.apvscroll.getValue (), d.height - dif, 0, this.av.calcPanelHeight ());
 148 f.height += dif;
 149 this.ap.seqPanelHolder.setPreferredSize (f);
 150 this.ap.setScrollValues (this.av.getStartRes (), this.av.getStartSeq ());
 151 this.ap.validate ();
 152 this.ap.addNotify ();
 153 }} else {
 154 var diff;
 155 if ((diff = 6 - evt.getY ()) > 0) {
 156 this.ap.apvscroll.setValue (this.ap.apvscroll.getValue () - diff);
 157 this.ap.adjustmentValueChanged (null);
 158 } else if ((0 < (diff = 6 - this.ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize ().height + evt.getY ()))) {
 159 this.ap.apvscroll.setValue (this.ap.apvscroll.getValue () + diff);
 160 this.ap.adjustmentValueChanged (null);
 161 }this.repaint ();
 162 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 163 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked",
 164 function (evt) {
 165 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 166 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
 167 function (evt) {
 168 if (!this.resizePanel && !this.dragCancelled) {
 169 var start = this.selectedRow;
 170 var end = this.getSelectedRow (evt.getY () + this.scrollOffset);
 171 if (start > -1 && start != end) {
 172 var startAA = this.ap.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[start];
 173 if (end == -1) {
 174 end = this.ap.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length - 1;
 175 }var endAA = this.ap.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[end];
 176 this.ap.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[end] = startAA;
 177 this.ap.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[start] = endAA;
 178 }}this.resizePanel = false;
 179 this.dragEvent = null;
 180 this.dragCancelled = false;
 181 this.repaint ();
 182 this.ap.annotationPanel.repaint ();
 183 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 184 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered",
 185 function (evt) {
 186 if (evt.getY () < 10 && evt.getX () < 14) {
 187 this.resizePanel = true;
 188 this.repaint ();
 189 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 190 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited",
 191 function (evt) {
 192 this.dragCancelled = false;
 193 if (this.dragEvent == null) {
 194 this.resizePanel = false;
 195 } else {
 196 if (!this.resizePanel) {
 197 this.dragEvent = null;
 198 }}this.repaint ();
 199 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 200 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
 201 function (evt) {
 202 this.oldY = evt.getY ();
 203 if (this.resizePanel) {
 204 return;
 205 }this.dragCancelled = false;
 206 this.selectedRow = this.getSelectedRow (evt.getY () + this.scrollOffset);
 207 var aa = this.ap.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
 208 if ((evt.getModifiers () & 4) == 4) {
 209 var popup =  new awt2swing.PopupMenu (jalview.util.MessageManager.getString ("label.annotations"));
 210 var item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.appletgui.AnnotationLabels.ADDNEW);
 211 item.addActionListener (this);
 212 popup.add (item);
 213 if (this.selectedRow < 0) {
 214 if (this.hasHiddenRows) {
 215 item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.appletgui.AnnotationLabels.SHOWALL);
 216 item.addActionListener (this);
 217 popup.add (item);
 218 }this.add (popup);
 219 popup.show (this, evt.getX (), evt.getY ());
 220 return;
 221 }item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.appletgui.AnnotationLabels.EDITNAME);
 222 item.addActionListener (this);
 223 popup.add (item);
 224 item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.appletgui.AnnotationLabels.HIDE);
 225 item.addActionListener (this);
 226 popup.add (item);
 227 if (this.selectedRow < aa.length) {
 228 if (aa[this.selectedRow].sequenceRef != null) {
 229 var label = aa[this.selectedRow].label;
 230 var hideType =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.hide_all") + " " + label);
 231 hideType.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$1") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$1, this, Clazz.cloneFinals ("label", label))));
 232 popup.add (hideType);
 233 }}if (this.hasHiddenRows) {
 234 item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.appletgui.AnnotationLabels.SHOWALL);
 235 item.addActionListener (this);
 236 popup.add (item);
 237 }this.add (popup);
 238 item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.appletgui.AnnotationLabels.OUTPUT_TEXT);
 239 item.addActionListener (this);
 240 popup.add (item);
 241 if (this.selectedRow < aa.length) {
 242 if (aa[this.selectedRow].autoCalculated) {
 243 if (aa[this.selectedRow].label.indexOf ("Consensus") > -1) {
 244 popup.addSeparator ();
 245 var cbmi =  new awt2swing.CheckboxMenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.ignore_gaps_consensus"), (aa[this.selectedRow].groupRef != null) ? aa[this.selectedRow].groupRef.getIgnoreGapsConsensus () : this.ap.av.isIgnoreGapsConsensus ());
 246 var aaa = aa[this.selectedRow];
 247 cbmi.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$2") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$2, this, Clazz.cloneFinals ("aaa", aaa, "cbmi", cbmi))));
 248 popup.add (cbmi);
 249 if (aaa.groupRef != null) {
 250 var chist =  new awt2swing.CheckboxMenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_group_histogram"), aa[this.selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram ());
 251 chist.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$3") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$3, this, Clazz.cloneFinals ("aaa", aaa, "chist", chist))));
 252 popup.add (chist);
 253 var cprofl =  new awt2swing.CheckboxMenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_group_logo"), aa[this.selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo ());
 254 cprofl.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$4") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$4$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$4, this, Clazz.cloneFinals ("aaa", aaa, "cprofl", cprofl))));
 255 popup.add (cprofl);
 256 var cprofn =  new awt2swing.CheckboxMenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.normalise_group_logo"), aa[this.selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo ());
 257 cprofn.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$5") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$5$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$5, this, Clazz.cloneFinals ("aaa", aaa, "cprofn", cprofn))));
 258 popup.add (cprofn);
 259 } else {
 260 var chist =  new awt2swing.CheckboxMenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_histogram"), this.av.isShowConsensusHistogram ());
 261 chist.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$6") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$6$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$6, this, Clazz.cloneFinals ("chist", chist))));
 262 popup.add (chist);
 263 var cprof =  new awt2swing.CheckboxMenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_logo"), this.av.isShowSequenceLogo ());
 264 cprof.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$7") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$7$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$7, this, Clazz.cloneFinals ("cprof", cprof))));
 265 popup.add (cprof);
 266 var cprofn =  new awt2swing.CheckboxMenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.normalise_logo"), this.av.isNormaliseSequenceLogo ());
 267 cprofn.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$8") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$8$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$8, this, Clazz.cloneFinals ("cprofn", cprofn))));
 268 popup.add (cprofn);
 269 }item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.appletgui.AnnotationLabels.COPYCONS_SEQ);
 270 item.addActionListener (this);
 271 popup.add (item);
 272 }}}popup.show (this, evt.getX (), evt.getY ());
 273 } else {
 274 if (this.selectedRow > -1 && this.selectedRow < aa.length) {
 275 if (aa[this.selectedRow].groupRef != null) {
 276 if (evt.getClickCount () >= 2) {
 277 this.ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults (null);
 278 this.ap.av.setSelectionGroup (aa[this.selectedRow].groupRef);
 279 this.ap.av.sendSelection ();
 280 this.ap.paintAlignment (false);
 281 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this.ap, this.ap.av.getSequenceSetId ());
 282 } else {
 283 this.ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults (aa[this.selectedRow].groupRef.getSequences (null));
 284 }return;
 285 } else if (aa[this.selectedRow].sequenceRef != null) {
 286 if (evt.getClickCount () == 1) {
 287 this.ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults (java.util.Arrays.asList ( Clazz.newArray (-1, [aa[this.selectedRow].sequenceRef])));
 288 } else if (evt.getClickCount () >= 2) {
 289 this.ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults (null);
 290 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();
 291 if (sg != null) {
 292 if (!(evt.isControlDown () || evt.isShiftDown ())) {
 293 sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (sg);
 294 sg.clear ();
 295 sg.addSequence (aa[this.selectedRow].sequenceRef, false);
 296 } else {
 297 if (evt.isControlDown ()) {
 298 sg.addOrRemove (aa[this.selectedRow].sequenceRef, true);
 299 } else {
 300 sg.addSequence (aa[this.selectedRow].sequenceRef, true);
 301 }}} else {
 302 sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();
 303 sg.setStartRes (0);
 304 sg.setEndRes (this.ap.av.getAlignment ().getWidth () - 1);
 305 sg.addSequence (aa[this.selectedRow].sequenceRef, false);
 306 }this.ap.av.setSelectionGroup (sg);
 307 this.ap.paintAlignment (false);
 308 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this.ap, this.ap.av.getSequenceSetId ());
 309 this.ap.av.sendSelection ();
 310 }}}}}, "java.awt.event.MouseEvent");
 311 Clazz.defineMethod (c$, "copy_annotseqtoclipboard",
 312 function (sq) {
 313 if (sq == null || sq.getLength () < 1) {
 314 return;
 315 }jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences =  new StringBuffer ();
 316 jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append (sq.getName () + "\t" + sq.getStart () + "\t" + sq.getEnd () + "\t" + sq.getSequenceAsString () + "\n");
 317 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 318 jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns =  new java.util.Vector ();
 319 for (var region, $region = this.av.getColumnSelection ().getHiddenColumns ().iterator (); $region.hasNext () && ((region = $region.next ()) || true);) {
 320 jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns.addElement ( Clazz.newIntArray (-1, [region[0], region[1]]));
 321 }
 322 }}, "jalview.datamodel.SequenceI");
 323 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent",
 324 function (g) {
 325 if (this.av.getWrapAlignment () || !this.av.isShowAnnotation ()) return;
 326 var w = this.getSize ().width;
 327 var h = this.getSize ().height;
 328 if (this.image == null || w != this.image.getWidth (this) || h != this.image.getHeight (this)) {
 329 this.image = this.createImage (w, this.ap.annotationPanel.getSize ().height);
 330 }this.drawComponent (this.image.getGraphics (), w);
 331 g.drawImage (this.image, 0, 0, this);
 332 }, "java.awt.Graphics");
 333 Clazz.defineMethod (c$, "drawComponent",
 334 function (g, width) {
 335 g.setFont (this.av.getFont ());
 336 var fm = g.getFontMetrics (this.av.getFont ());
 337 g.setColor (java.awt.Color.white);
 338 g.fillRect (0, 0, this.getSize ().width, this.getSize ().height);
 339 g.translate (0, -this.scrollOffset);
 340 g.setColor (java.awt.Color.black);
 341 var aa = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
 342 var y = 0;
 343 var fy = g.getFont ().getSize ();
 344 var x = 0;
 345 var offset;
 346 if (aa != null) {
 347 this.hasHiddenRows = false;
 348 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {
 349 if (!aa[i].visible) {
 350 this.hasHiddenRows = true;
 351 continue;
 352 }x = width - fm.stringWidth (aa[i].label) - 3;
 353 y += aa[i].height;
 354 offset = Clazz.doubleToInt (-(aa[i].height - fy) / 2);
 355 g.drawString (aa[i].label, x, y + offset);
 356 }
 357 }g.translate (0, +this.scrollOffset);
 358 if (this.resizePanel) {
 359 g.setColor (java.awt.Color.red);
 360 g.setPaintMode ();
 361 g.drawLine (2, 8, 5, 2);
 362 g.drawLine (5, 2, 8, 8);
 363 } else if (!this.dragCancelled && this.dragEvent != null && aa != null) {
 364 g.setColor (java.awt.Color.lightGray);
 365 g.drawString (aa[this.selectedRow].label, this.dragEvent.getX (), this.dragEvent.getY ());
 366 }if (!this.av.getWrapAlignment () && ((aa == null) || (aa.length < 1))) {
 367 g.setColor (java.awt.Color.black);
 368 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.right_click"), 2, 8);
 369 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.to_add_annotation"), 2, 18);
 370 }}, "java.awt.Graphics,~N");
 371 c$.$AnnotationLabels$1$ = function () {
 372 Clazz.pu$h ();
 373 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$1", null, java.awt.event.ActionListener);
 374 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 375 function (e) {
 376 jalview.analysis.AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations (this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.av.getAlignment (), java.util.Collections.singleton (this.f$.label), null, false, false);
 377 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].refresh ();
 378 }, "java.awt.event.ActionEvent");
 379 c$ = Clazz.p0p ();
 380 };
 381 c$.$AnnotationLabels$2$ = function () {
 382 Clazz.pu$h ();
 383 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$2", null, java.awt.event.ItemListener);
 384 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 385 function (e) {
 386 if (this.f$.aaa.groupRef != null) {
 387 this.f$.aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus (this.f$.cbmi.getState ());
 388 } else {
 389 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.av.setIgnoreGapsConsensus (this.f$.cbmi.getState (), this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap);
 390 }this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.paintAlignment (true);
 391 }, "java.awt.event.ItemEvent");
 392 c$ = Clazz.p0p ();
 393 };
 394 c$.$AnnotationLabels$3$ = function () {
 395 Clazz.pu$h ();
 396 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$3", null, java.awt.event.ItemListener);
 397 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 398 function (e) {
 399 this.f$.aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram (this.f$.chist.getState ());
 400 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.repaint ();
 401 }, "java.awt.event.ItemEvent");
 402 c$ = Clazz.p0p ();
 403 };
 404 c$.$AnnotationLabels$4$ = function () {
 405 Clazz.pu$h ();
 406 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$4", null, java.awt.event.ItemListener);
 407 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 408 function (e) {
 409 this.f$.aaa.groupRef.setshowSequenceLogo (this.f$.cprofl.getState ());
 410 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.repaint ();
 411 }, "java.awt.event.ItemEvent");
 412 c$ = Clazz.p0p ();
 413 };
 414 c$.$AnnotationLabels$5$ = function () {
 415 Clazz.pu$h ();
 416 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$5", null, java.awt.event.ItemListener);
 417 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 418 function (e) {
 419 this.f$.aaa.groupRef.setshowSequenceLogo (true);
 420 this.f$.aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo (this.f$.cprofn.getState ());
 421 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.repaint ();
 422 }, "java.awt.event.ItemEvent");
 423 c$ = Clazz.p0p ();
 424 };
 425 c$.$AnnotationLabels$6$ = function () {
 426 Clazz.pu$h ();
 427 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$6", null, java.awt.event.ItemListener);
 428 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 429 function (e) {
 430 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].av.setShowConsensusHistogram (this.f$.chist.getState ());
 431 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.alignFrame.showConsensusHistogram.setState (this.f$.chist.getState ());
 432 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.repaint ();
 433 }, "java.awt.event.ItemEvent");
 434 c$ = Clazz.p0p ();
 435 };
 436 c$.$AnnotationLabels$7$ = function () {
 437 Clazz.pu$h ();
 438 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$7", null, java.awt.event.ItemListener);
 439 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 440 function (e) {
 441 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].av.setShowSequenceLogo (this.f$.cprof.getState ());
 442 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.alignFrame.showSequenceLogo.setState (this.f$.cprof.getState ());
 443 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.repaint ();
 444 }, "java.awt.event.ItemEvent");
 445 c$ = Clazz.p0p ();
 446 };
 447 c$.$AnnotationLabels$8$ = function () {
 448 Clazz.pu$h ();
 449 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$8", null, java.awt.event.ItemListener);
 450 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 451 function (e) {
 452 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].av.setShowSequenceLogo (true);
 453 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.alignFrame.normSequenceLogo.setState (this.f$.cprofn.getState ());
 454 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].av.setNormaliseSequenceLogo (this.f$.cprofn.getState ());
 455 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.repaint ();
 456 }, "java.awt.event.ItemEvent");
 457 c$ = Clazz.p0p ();
 458 };
 459 Clazz.defineStatics (c$,
 460 "ADDNEW", "Add New Row",
 461 "EDITNAME", "Edit Label/Description",
 462 "HIDE", "Hide This Row",
 463 "SHOWALL", "Show All Hidden Rows",
 464 "OUTPUT_TEXT", "Show Values In Textbox",
 465 "COPYCONS_SEQ", "Copy Consensus Sequence");
 466 });