bin/jalview/appletgui/AnnotationPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "jalview.renderer.AwtRenderPanelI", "java.awt.event.ActionListener", "$.AdjustmentListener", "$.MouseListener", "$.MouseMotionListener", "java.awt.Color"], "jalview.appletgui.AnnotationPanel", ["awt2swing.MenuItem", "$.PopupMenu", "jalview.appletgui.EditNameDialog", "$.UserDefinedColours", "jalview.datamodel.Annotation", "jalview.renderer.AnnotationRenderer", "jalview.util.MessageManager", "$.Platform", "java.awt.Dimension", "java.lang.StringBuffer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.av = null;
   5 this.ap = null;
   6 this.activeRow = -1;
   7 this.HELIX = "Helix";
   8 this.SHEET = "Sheet";
   9 this.STEM = "RNA Helix";
  10 this.LABEL = "Label";
  11 this.REMOVE = "Remove Annotation";
  12 this.COLOUR = "Colour";
  13 this.HELIX_COLOUR = null;
  14 this.SHEET_COLOUR = null;
  15 this.image = null;
  16 this.gg = null;
  17 this.fm = null;
  18 this.imgWidth = 0;
  19 this.$fastPaint = false;
  20 this.graphStretch = -1;
  21 this.graphStretchY = -1;
  22 this.mouseDragging = false;
  23 this.MAC = false;
  24 this.renderer = null;
  25 this.needValidating = false;
  26 this.scrollOffset = 0;
  27 this.$bounds = null;
  28 Clazz.instantialize (this, arguments);
  29 }, jalview.appletgui, "AnnotationPanel", awt2swing.Panel, [jalview.renderer.AwtRenderPanelI, java.awt.event.AdjustmentListener, java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.MouseListener, java.awt.event.MouseMotionListener]);
  30 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  31 this.HELIX_COLOUR = java.awt.Color.red.darker ();
  32 this.SHEET_COLOUR = java.awt.Color.green.darker ().darker ();
  33 this.$bounds =  Clazz.newIntArray (2, 0);
  34 });
  35 Clazz.makeConstructor (c$,
  36 function (ap) {
  37 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationPanel, []);
  38 this.MAC = jalview.util.Platform.isAMac ();
  39 this.ap = ap;
  40 this.av = ap.av;
  41 this.setLayout (null);
  42 var height = this.adjustPanelHeight ();
  43 ap.apvscroll.setValues (0, this.getSize ().height, 0, height);
  44 this.addMouseMotionListener (this);
  45 this.addMouseListener (this);
  46 this.renderer =  new jalview.renderer.AnnotationRenderer ();
  47 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");
  48 Clazz.makeConstructor (c$,
  49 function (av) {
  50 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationPanel, []);
  51 this.av = av;
  52 this.renderer =  new jalview.renderer.AnnotationRenderer ();
  53 }, "jalview.appletgui.AlignViewport");
  54 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged",
  55 function (evt) {
  56 }, "java.awt.event.AdjustmentEvent");
  57 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
  58 function (evt) {
  59 var aa = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
  60 if (aa == null) {
  61 return;
  62 }var anot = aa[this.activeRow].annotations;
  63 if (anot.length < this.av.getColumnSelection ().getMax ()) {
  64 var temp =  new Array (this.av.getColumnSelection ().getMax () + 2);
  65 System.arraycopy (anot, 0, temp, 0, anot.length);
  66 anot = temp;
  67 aa[this.activeRow].annotations = anot;
  68 }var label = "";
  69 if (this.av.getColumnSelection () != null && this.av.getColumnSelection ().size () > 0 && anot[this.av.getColumnSelection ().getMin ()] != null) {
  70 label = anot[this.av.getColumnSelection ().getMin ()].displayCharacter;
  71 }if (evt.getActionCommand ().equals ("Remove Annotation")) {
  72 for (var i = 0; i < this.av.getColumnSelection ().size (); i++) {
  73 anot[this.av.getColumnSelection ().columnAt (i)] = null;
  74 }
  75 } else if (evt.getActionCommand ().equals ("Label")) {
  76 label = this.enterLabel (label, "Enter Label");
  77 if (label == null) {
  78 return;
  79 }if ((label.length > 0) && !aa[this.activeRow].hasText) {
  80 aa[this.activeRow].hasText = true;
  81 }for (var i = 0; i < this.av.getColumnSelection ().size (); i++) {
  82 var index = this.av.getColumnSelection ().columnAt (i);
  83 if (!this.av.getColumnSelection ().isVisible (index)) {
  84 continue;
  85 }if (anot[index] == null) {
  86 anot[index] =  new jalview.datamodel.Annotation (label, "", ' ', 0);
  87 }anot[index].displayCharacter = label;
  88 }
  89 } else if (evt.getActionCommand ().equals ("Colour")) {
  90 var udc =  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this, java.awt.Color.black, this.ap.alignFrame);
  91 var col = udc.getColor ();
  92 for (var i = 0; i < this.av.getColumnSelection ().size (); i++) {
  93 var index = this.av.getColumnSelection ().columnAt (i);
  94 if (!this.av.getColumnSelection ().isVisible (index)) {
  95 continue;
  96 }if (anot[index] == null) {
  97 anot[index] =  new jalview.datamodel.Annotation ("", "", ' ', 0);
  98 }anot[index].colour = col;
  99 }
 100 } else {
 101 var type = String.fromCharCode (0);
 102 var symbol = "\u03B1";
 103 if (evt.getActionCommand ().equals ("Helix")) {
 104 type = 'H';
 105 } else if (evt.getActionCommand ().equals ("Sheet")) {
 106 type = 'E';
 107 symbol = "\u03B2";
 108 } else if (evt.getActionCommand ().equals ("RNA Helix")) {
 109 type = 'S';
 110 symbol = "\u03C3";
 111 }if (!aa[this.activeRow].hasIcons) {
 112 aa[this.activeRow].hasIcons = true;
 113 }label = this.enterLabel (symbol, "Enter Label");
 114 if (label == null) {
 115 return;
 116 }if ((label.length > 0) && !aa[this.activeRow].hasText) {
 117 aa[this.activeRow].hasText = true;
 118 if (evt.getActionCommand ().equals ("RNA Helix")) {
 119 aa[this.activeRow].showAllColLabels = true;
 120 }}for (var i = 0; i < this.av.getColumnSelection ().size (); i++) {
 121 var index = this.av.getColumnSelection ().columnAt (i);
 122 if (!this.av.getColumnSelection ().isVisible (index)) {
 123 continue;
 124 }if (anot[index] == null) {
 125 anot[index] =  new jalview.datamodel.Annotation (label, "", type, 0);
 126 }anot[index].secondaryStructure = type != 'S' ? type : label.length == 0 ? ' ' : label.charAt (0);
 127 anot[index].displayCharacter = label;
 128 }
 129 }this.av.getAlignment ().validateAnnotation (aa[this.activeRow]);
 130 this.ap.alignmentChanged ();
 131 this.adjustPanelHeight ();
 132 this.repaint ();
 133 return;
 134 }, "java.awt.event.ActionEvent");
 135 Clazz.defineMethod (c$, "enterLabel",
 136 function (text, label) {
 137 var dialog =  new jalview.appletgui.EditNameDialog (text, null, label, null, this.ap.alignFrame, "Enter Label", 400, 200, true);
 138 if (dialog.accept) {
 139 return dialog.getName ();
 140 } else {
 141 return null;
 142 }}, "~S,~S");
 143 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
 144 function (evt) {
 145 var aa = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
 146 if (aa == null) {
 147 return;
 148 }var height = -this.scrollOffset;
 149 this.activeRow = -1;
 150 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {
 151 if (aa[i].visible) {
 152 height += aa[i].height;
 153 }if (evt.getY () < height) {
 154 if (aa[i].editable) {
 155 this.activeRow = i;
 156 } else if (aa[i].graph > 0) {
 157 this.graphStretch = i;
 158 this.graphStretchY = evt.getY ();
 159 }break;
 160 }}
 161 if ((evt.getModifiers () & 4) == 4 && this.activeRow != -1) {
 162 if (this.av.getColumnSelection () == null) {
 163 return;
 164 }var pop =  new awt2swing.PopupMenu (jalview.util.MessageManager.getString ("label.structure_type"));
 165 var item;
 166 if (this.av.getAlignment ().isNucleotide () == true) {
 167 item =  new awt2swing.MenuItem ("RNA Helix");
 168 item.addActionListener (this);
 169 pop.add (item);
 170 } else {
 171 item =  new awt2swing.MenuItem ("Helix");
 172 item.addActionListener (this);
 173 pop.add (item);
 174 item =  new awt2swing.MenuItem ("Sheet");
 175 item.addActionListener (this);
 176 pop.add (item);
 177 }item =  new awt2swing.MenuItem ("Label");
 178 item.addActionListener (this);
 179 pop.add (item);
 180 item =  new awt2swing.MenuItem ("Colour");
 181 item.addActionListener (this);
 182 pop.add (item);
 183 item =  new awt2swing.MenuItem ("Remove Annotation");
 184 item.addActionListener (this);
 185 pop.add (item);
 186 this.ap.alignFrame.add (pop);
 187 pop.show (this, evt.getX (), evt.getY ());
 188 return;
 189 }this.ap.scalePanel.mousePressed (evt);
 190 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 191 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
 192 function (evt) {
 193 this.graphStretch = -1;
 194 this.graphStretchY = -1;
 195 this.mouseDragging = false;
 196 if (this.needValidating) {
 197 this.ap.validate ();
 198 this.needValidating = false;
 199 }this.ap.scalePanel.mouseReleased (evt);
 200 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 201 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked",
 202 function (evt) {
 203 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 204 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged",
 205 function (evt) {
 206 if (this.graphStretch > -1) {
 207 this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[this.graphStretch].graphHeight += this.graphStretchY - evt.getY ();
 208 if (this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[this.graphStretch].graphHeight < 0) {
 209 this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[this.graphStretch].graphHeight = 0;
 210 }this.graphStretchY = evt.getY ();
 211 this.av.calcPanelHeight ();
 212 this.needValidating = true;
 213 this.ap.paintAlignment (true);
 214 } else {
 215 this.ap.scalePanel.mouseDragged (evt);
 216 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 217 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved",
 218 function (evt) {
 219 var aa = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
 220 if (aa == null) {
 221 return;
 222 }var row = -1;
 223 var height = -this.scrollOffset;
 224 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {
 225 if (aa[i].visible) {
 226 height += aa[i].height;
 227 }if (evt.getY () < height) {
 228 row = i;
 229 break;
 230 }}
 231 var res = Clazz.doubleToInt (evt.getX () / this.av.getCharWidth ()) + this.av.getStartRes ();
 232 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 233 res = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (res);
 234 }if (row > -1 && res < aa[row].annotations.length && aa[row].annotations[res] != null) {
 235 var text =  new StringBuffer ("Sequence position " + (res + 1));
 236 if (aa[row].annotations[res].description != null) {
 237 text.append ("  " + aa[row].annotations[res].description);
 238 }this.ap.alignFrame.setStatus (text.toString ());
 239 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 240 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered",
 241 function (evt) {
 242 this.ap.scalePanel.mouseEntered (evt);
 243 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 244 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited",
 245 function (evt) {
 246 this.ap.scalePanel.mouseExited (evt);
 247 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 248 Clazz.defineMethod (c$, "adjustPanelHeight",
 249 function () {
 250 return this.adjustPanelHeight (true);
 251 });
 252 Clazz.defineMethod (c$, "adjustPanelHeight",
 253 function (repaint) {
 254 var height = this.av.calcPanelHeight ();
 255 this.setSize ( new java.awt.Dimension (this.getSize ().width, height));
 256 if (repaint) {
 257 this.repaint ();
 258 }return height;
 259 }, "~B");
 260 Clazz.defineMethod (c$, "addEditableColumn",
 261 function (i) {
 262 if (this.activeRow == -1) {
 263 var aa = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();
 264 if (aa == null) {
 265 return;
 266 }for (var j = 0; j < aa.length; j++) {
 267 if (aa[j].editable) {
 268 this.activeRow = j;
 269 break;
 270 }}
 271 }}, "~N");
 272 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent",
 273 function (g) {
 274 if (this.av.getWrapAlignment () || !this.av.isShowAnnotation ()) return;
 275 var d = this.getSize ();
 276 this.imgWidth = d.width;
 277 if (this.imgWidth < 1 || d.height < 1) {
 278 return;
 279 }if (this.image == null || this.imgWidth != this.image.getWidth (this) || d.height != this.image.getHeight (this)) {
 280 this.image = this.createImage (this.imgWidth, d.height);
 281 this.gg = this.image.getGraphics ();
 282 this.gg.setFont (this.av.getFont ());
 283 this.fm = this.gg.getFontMetrics ();
 284 this.$fastPaint = false;
 285 }if (this.$fastPaint) {
 286 g.drawImage (this.image, 0, 0, this);
 287 this.$fastPaint = false;
 288 return;
 289 }this.gg.setColor (java.awt.Color.white);
 290 this.gg.fillRect (0, 0, this.getSize ().width, this.getSize ().height);
 291 this.drawComponent (this.gg, this.av.startRes, this.av.endRes + 1);
 292 g.drawImage (this.image, 0, 0, this);
 293 }, "java.awt.Graphics");
 294 Clazz.defineMethod (c$, "fastPaint",
 295 function (horizontal) {
 296 if (horizontal == 0 || this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation () == null || this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length < 1) {
 297 this.repaint ();
 298 return;
 299 }this.gg.copyArea (0, 0, this.imgWidth, this.getSize ().height, -horizontal * this.av.getCharWidth (), 0);
 300 var sr = this.av.startRes;
 301 var er = this.av.endRes + 1;
 302 var transX = 0;
 303 if (horizontal > 0) {
 304 transX = (er - sr - horizontal) * this.av.getCharWidth ();
 305 sr = er - horizontal;
 306 } else if (horizontal < 0) {
 307 er = sr - horizontal;
 308 }this.gg.translate (transX, 0);
 309 this.drawComponent (this.gg, sr, er);
 310 this.gg.translate (-transX, 0);
 311 this.$fastPaint = true;
 312 this.repaint ();
 313 }, "~N");
 314 Clazz.defineMethod (c$, "drawComponent",
 315 function (g, startRes, endRes) {
 316 var ofont = this.av.getFont ();
 317 g.setFont (ofont);
 318 g.setColor (java.awt.Color.white);
 319 g.fillRect (0, 0, (endRes - startRes) * this.av.getCharWidth (), this.getSize ().height);
 320 if (this.fm == null) {
 321 this.fm = g.getFontMetrics ();
 322 }if ((this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation () == null) || (this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length < 1)) {
 323 g.setColor (java.awt.Color.white);
 324 g.fillRect (0, 0, this.getSize ().width, this.getSize ().height);
 325 g.setColor (java.awt.Color.black);
 326 if (this.av.validCharWidth) {
 327 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.alignment_has_no_annotations"), 20, 15);
 328 }return;
 329 }g.translate (0, -this.scrollOffset);
 330 this.renderer.drawComponent (this, this.av, g, this.activeRow, startRes, endRes);
 331 g.translate (0, +this.scrollOffset);
 332 }, "java.awt.Graphics,~N,~N");
 333 Clazz.defineMethod (c$, "setScrollOffset",
 334 function (value, repaint) {
 335 this.scrollOffset = value;
 336 if (repaint) {
 337 this.repaint ();
 338 }}, "~N,~B");
 339 Clazz.defineMethod (c$, "getFontMetrics",
 340 function () {
 341 return this.fm;
 342 });
 343 Clazz.overrideMethod (c$, "getFadedImage",
 344 function () {
 345 return this.image;
 346 });
 347 Clazz.overrideMethod (c$, "getFadedImageWidth",
 348 function () {
 349 return this.imgWidth;
 350 });
 351 Clazz.overrideMethod (c$, "getVisibleVRange",
 352 function () {
 353 if (this.ap != null && this.ap.alabels != null) {
 354 var sOffset = -this.ap.alabels.scrollOffset;
 355 var visHeight = sOffset + this.ap.annotationPanelHolder.getHeight ();
 356 this.$bounds[0] = sOffset;
 357 this.$bounds[1] = visHeight;
 358 return this.$bounds;
 359 } else {
 360 return null;
 361 }});
 362 Clazz.defineStatics (c$,
 363 "GRAPH_HEIGHT", 40);
 364 });