bin/jalview/appletgui/AnnotationRowFilter.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "$.Button", "$.Checkbox", "$.Scrollbar", "$.TextField"], "jalview.appletgui.AnnotationRowFilter", ["jalview.util.MessageManager", "java.lang.Float", "java.util.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.av = null;\r
   5 this.ap = null;\r
   6 this.annmap = null;\r
   7 this.enableSeqAss = false;\r
   8 this.currentAnnotation = null;\r
   9 this.adjusting = false;\r
  10 this.currentColours = null;\r
  11 this.minColour = null;\r
  12 this.maxColour = null;\r
  13 this.seqAssociated = null;\r
  14 this.thresholdIsMin = null;\r
  15 this.slider = null;\r
  16 this.thresholdValue = null;\r
  17 this.frame = null;\r
  18 this.ok = null;\r
  19 this.cancel = null;\r
  20 this.sliderDragging = false;\r
  21 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  22 }, jalview.appletgui, "AnnotationRowFilter", awt2swing.Panel);\r
  23 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  24 this.currentColours =  new awt2swing.Checkbox ();\r
  25 this.minColour =  new awt2swing.Panel ();\r
  26 this.maxColour =  new awt2swing.Panel ();\r
  27 this.seqAssociated =  new awt2swing.Checkbox ();\r
  28 this.thresholdIsMin =  new awt2swing.Checkbox ();\r
  29 this.slider =  new awt2swing.Scrollbar (0);\r
  30 this.thresholdValue =  new awt2swing.TextField (20);\r
  31 this.ok =  new awt2swing.Button ();\r
  32 this.cancel =  new awt2swing.Button ();\r
  33 });\r
  34 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  35 function (av, ap) {\r
  36 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationRowFilter, []);\r
  37 this.av = av;\r
  38 this.ap = ap;\r
  39 }, "jalview.appletgui.AlignViewport,jalview.appletgui.AlignmentPanel");\r
  40 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  41 function () {\r
  42 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationRowFilter, []);\r
  43 });\r
  44 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotationItems", \r
  45 function (isSeqAssociated) {\r
  46 var list =  new java.util.Vector ();\r
  47 var index = 1;\r
  48 var anmap =  Clazz.newIntArray (this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length, 0);\r
  49 for (var i = 0; i < this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length; i++) {\r
  50 if (this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[i].sequenceRef == null) {\r
  51 if (isSeqAssociated) {\r
  52 continue;\r
  53 }} else {\r
  54 this.enableSeqAss = true;\r
  55 }var label = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[i].label;\r
  56 if (!list.contains (label)) {\r
  57 anmap[list.size ()] = i;\r
  58 list.add (label);\r
  59 } else {\r
  60 if (!isSeqAssociated) {\r
  61 anmap[list.size ()] = i;\r
  62 list.add (label + "_" + (index++));\r
  63 }}}\r
  64 this.annmap =  Clazz.newIntArray (list.size (), 0);\r
  65 System.arraycopy (anmap, 0, this.annmap, 0, this.annmap.length);\r
  66 return list;\r
  67 }, "~B");\r
  68 Clazz.defineMethod (c$, "getSelectedThresholdItem", \r
  69 function (indexValue) {\r
  70 var selectedThresholdItem = -1;\r
  71 if (indexValue == 1) {\r
  72 selectedThresholdItem = 1;\r
  73 } else if (indexValue == 2) {\r
  74 selectedThresholdItem = 0;\r
  75 }return selectedThresholdItem;\r
  76 }, "~N");\r
  77 Clazz.defineMethod (c$, "modelChanged", \r
  78 function () {\r
  79 this.seqAssociated.setEnabled (this.enableSeqAss);\r
  80 });\r
  81 Clazz.defineMethod (c$, "ok_actionPerformed", \r
  82 function (e) {\r
  83 this.updateView ();\r
  84 this.frame.setVisible (false);\r
  85 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
  86 Clazz.defineMethod (c$, "cancel_actionPerformed", \r
  87 function (e) {\r
  88 this.reset ();\r
  89 this.ap.paintAlignment (true);\r
  90 this.frame.setVisible (false);\r
  91 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
  92 Clazz.defineMethod (c$, "thresholdCheck_actionPerformed", \r
  93 function (e) {\r
  94 this.updateView ();\r
  95 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
  96 Clazz.defineMethod (c$, "annotations_actionPerformed", \r
  97 function (e) {\r
  98 this.updateView ();\r
  99 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 100 Clazz.defineMethod (c$, "threshold_actionPerformed", \r
 101 function (e) {\r
 102 this.updateView ();\r
 103 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 104 Clazz.defineMethod (c$, "thresholdValue_actionPerformed", \r
 105 function (e) {\r
 106 try {\r
 107 var f = Float.parseFloat (this.thresholdValue.getText ());\r
 108 this.slider.setValue (Clazz.floatToInt (f * 1000));\r
 109 this.updateView ();\r
 110 } catch (ex) {\r
 111 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 112 } else {\r
 113 throw ex;\r
 114 }\r
 115 }\r
 116 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 117 Clazz.defineMethod (c$, "populateThresholdComboBox", \r
 118 function (threshold) {\r
 119 threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_no_thereshold"));\r
 120 threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_above_thereshold"));\r
 121 threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_below_thereshold"));\r
 122 }, "awt2swing.Choice");\r
 123 Clazz.defineMethod (c$, "getCurrentAnnotation", \r
 124 function () {\r
 125 return this.currentAnnotation;\r
 126 });\r
 127 Clazz.defineMethod (c$, "setCurrentAnnotation", \r
 128 function (currentAnnotation) {\r
 129 this.currentAnnotation = currentAnnotation;\r
 130 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 131 });\r