bin/jalview/appletgui/AnnotationRowFilter.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "$.Button", "$.Checkbox", "$.Scrollbar", "$.TextField"], "jalview.appletgui.AnnotationRowFilter", ["jalview.util.MessageManager", "java.lang.Float", "java.util.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.av = null;
   5 this.ap = null;
   6 this.annmap = null;
   7 this.enableSeqAss = false;
   8 this.currentAnnotation = null;
   9 this.adjusting = false;
  10 this.currentColours = null;
  11 this.minColour = null;
  12 this.maxColour = null;
  13 this.seqAssociated = null;
  14 this.thresholdIsMin = null;
  15 this.slider = null;
  16 this.thresholdValue = null;
  17 this.frame = null;
  18 this.ok = null;
  19 this.cancel = null;
  20 this.sliderDragging = false;
  21 Clazz.instantialize (this, arguments);
  22 }, jalview.appletgui, "AnnotationRowFilter", awt2swing.Panel);
  23 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  24 this.currentColours =  new awt2swing.Checkbox ();
  25 this.minColour =  new awt2swing.Panel ();
  26 this.maxColour =  new awt2swing.Panel ();
  27 this.seqAssociated =  new awt2swing.Checkbox ();
  28 this.thresholdIsMin =  new awt2swing.Checkbox ();
  29 this.slider =  new awt2swing.Scrollbar (0);
  30 this.thresholdValue =  new awt2swing.TextField (20);
  31 this.ok =  new awt2swing.Button ();
  32 this.cancel =  new awt2swing.Button ();
  33 });
  34 Clazz.makeConstructor (c$,
  35 function (av, ap) {
  36 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationRowFilter, []);
  37 this.av = av;
  38 this.ap = ap;
  39 }, "jalview.appletgui.AlignViewport,jalview.appletgui.AlignmentPanel");
  40 Clazz.makeConstructor (c$,
  41 function () {
  42 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationRowFilter, []);
  43 });
  44 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotationItems",
  45 function (isSeqAssociated) {
  46 var list =  new java.util.Vector ();
  47 var index = 1;
  48 var anmap =  Clazz.newIntArray (this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length, 0);
  49 for (var i = 0; i < this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length; i++) {
  50 if (this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[i].sequenceRef == null) {
  51 if (isSeqAssociated) {
  52 continue;
  53 }} else {
  54 this.enableSeqAss = true;
  55 }var label = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[i].label;
  56 if (!list.contains (label)) {
  57 anmap[list.size ()] = i;
  58 list.add (label);
  59 } else {
  60 if (!isSeqAssociated) {
  61 anmap[list.size ()] = i;
  62 list.add (label + "_" + (index++));
  63 }}}
  64 this.annmap =  Clazz.newIntArray (list.size (), 0);
  65 System.arraycopy (anmap, 0, this.annmap, 0, this.annmap.length);
  66 return list;
  67 }, "~B");
  68 Clazz.defineMethod (c$, "getSelectedThresholdItem",
  69 function (indexValue) {
  70 var selectedThresholdItem = -1;
  71 if (indexValue == 1) {
  72 selectedThresholdItem = 1;
  73 } else if (indexValue == 2) {
  74 selectedThresholdItem = 0;
  75 }return selectedThresholdItem;
  76 }, "~N");
  77 Clazz.defineMethod (c$, "modelChanged",
  78 function () {
  79 this.seqAssociated.setEnabled (this.enableSeqAss);
  80 });
  81 Clazz.defineMethod (c$, "ok_actionPerformed",
  82 function (e) {
  83 this.updateView ();
  84 this.frame.setVisible (false);
  85 }, "java.awt.event.ActionEvent");
  86 Clazz.defineMethod (c$, "cancel_actionPerformed",
  87 function (e) {
  88 this.reset ();
  89 this.ap.paintAlignment (true);
  90 this.frame.setVisible (false);
  91 }, "java.awt.event.ActionEvent");
  92 Clazz.defineMethod (c$, "thresholdCheck_actionPerformed",
  93 function (e) {
  94 this.updateView ();
  95 }, "java.awt.event.ActionEvent");
  96 Clazz.defineMethod (c$, "annotations_actionPerformed",
  97 function (e) {
  98 this.updateView ();
  99 }, "java.awt.event.ActionEvent");
 100 Clazz.defineMethod (c$, "threshold_actionPerformed",
 101 function (e) {
 102 this.updateView ();
 103 }, "java.awt.event.ActionEvent");
 104 Clazz.defineMethod (c$, "thresholdValue_actionPerformed",
 105 function (e) {
 106 try {
 107 var f = Float.parseFloat (this.thresholdValue.getText ());
 108 this.slider.setValue (Clazz.floatToInt (f * 1000));
 109 this.updateView ();
 110 } catch (ex) {
 111 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 112 } else {
 113 throw ex;
 114 }
 115 }
 116 }, "java.awt.event.ActionEvent");
 117 Clazz.defineMethod (c$, "populateThresholdComboBox",
 118 function (threshold) {
 119 threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_no_thereshold"));
 120 threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_above_thereshold"));
 121 threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_below_thereshold"));
 122 }, "awt2swing.Choice");
 123 Clazz.defineMethod (c$, "getCurrentAnnotation",
 124 function () {
 125 return this.currentAnnotation;
 126 });
 127 Clazz.defineMethod (c$, "setCurrentAnnotation",
 128 function (currentAnnotation) {
 129 this.currentAnnotation = currentAnnotation;
 130 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 131 });