bin/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "$.AdjustmentListener", "$.ItemListener", "$.MouseListener", "awt2swing.Checkbox", "$.Choice", "$.Scrollbar", "$.TextField"], "jalview.appletgui.FeatureColourChooser", ["awt2swing.Label", "jalview.appletgui.JVDialog", "$.PaintRefresher", "$.UserDefinedColours", "jalview.datamodel.GraphLine", "jalview.schemes.GraduatedColor", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Color", "$.Dimension", "$.FlowLayout", "$.Font", "$.GridLayout", "java.awt.event.ActionEvent", "java.lang.Float"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.frame = null;
   5 this.owner = null;
   6 this.fr = null;
   7 this.fs = null;
   8 this.cs = null;
   9 this.oldcs = null;
  10 this.oldgroupColours = null;
  11 this.adjusting = false;
  12 this.min = 0;
  13 this.max = 0;
  14 this.type = null;
  15 this.af = null;
  16 this.minColour = null;
  17 this.maxColour = null;
  18 this.jPanel1 = null;
  19 this.jPanel2 = null;
  20 this.threshold = null;
  21 this.jPanel3 = null;
  22 this.jPanel4 = null;
  23 this.slider = null;
  24 this.thresholdValue = null;
  25 this.thresholdIsMin = null;
  26 this.colourFromLabel = null;
  27 this.threshline = null;
  28 Clazz.instantialize (this, arguments);
  29 }, jalview.appletgui, "FeatureColourChooser", awt2swing.Panel, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.AdjustmentListener, java.awt.event.ItemListener, java.awt.event.MouseListener]);
  30 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  31 this.minColour =  new awt2swing.Panel ();
  32 this.maxColour =  new awt2swing.Panel ();
  33 this.jPanel1 =  new awt2swing.Panel ();
  34 this.jPanel2 =  new awt2swing.Panel ();
  35 this.threshold =  new awt2swing.Choice ();
  36 this.jPanel3 =  new awt2swing.Panel ();
  37 this.jPanel4 =  new awt2swing.Panel ();
  38 this.slider =  new awt2swing.Scrollbar (0);
  39 this.thresholdValue =  new awt2swing.TextField (20);
  40 this.thresholdIsMin =  new awt2swing.Checkbox ();
  41 this.colourFromLabel =  new awt2swing.Checkbox ();
  42 });
  43 Clazz.makeConstructor (c$,
  44 function (af, type) {
  45 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.FeatureColourChooser, []);
  46 this.af = af;
  47 this.init (af.getSeqcanvas ().getFeatureRenderer (), type);
  48 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");
  49 Clazz.makeConstructor (c$,
  50 function (fsettings, type) {
  51 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.FeatureColourChooser, []);
  52 this.fs = fsettings;
  53 this.init (fsettings.fr, type);
  54 }, "jalview.appletgui.FeatureSettings,~S");
  55 Clazz.defineMethod (c$, "init",
  56 ($fz = function (frenderer, type) {
  57 this.type = type;
  58 this.fr = frenderer;
  59 var mm = (this.fr.getMinMax ().get (type))[0];
  60 this.min = mm[0];
  61 this.max = mm[1];
  62 this.oldcs = this.fr.getFeatureColours ().get (type);
  63 if (Clazz.instanceOf (this.oldcs, jalview.schemes.GraduatedColor)) {
  64 this.cs =  new jalview.schemes.GraduatedColor (this.oldcs, this.min, this.max);
  65 } else {
  66 var bl = java.awt.Color.black;
  67 if (Clazz.instanceOf (this.oldcs, java.awt.Color)) {
  68 bl = this.oldcs;
  69 }this.cs =  new jalview.schemes.GraduatedColor (java.awt.Color.white, bl, mm[0], mm[1]);
  70 }this.minColour.setBackground (this.cs.getMinColor ());
  71 this.maxColour.setBackground (this.cs.getMaxColor ());
  72 this.minColour.setForeground (this.cs.getMinColor ());
  73 this.maxColour.setForeground (this.cs.getMaxColor ());
  74 this.colourFromLabel.setState (this.cs.isColourByLabel ());
  75 this.adjusting = true;
  76 try {
  77 this.jbInit ();
  78 } catch (ex) {
  79 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  80 } else {
  81 throw ex;
  82 }
  83 }
  84 this.threshold.select (new Integer (this.cs.getThreshType () == -1 ? 0 : this.cs.getThreshType () == 1 ? 1 : 2));
  85 this.adjusting = false;
  86 this.changeColour ();
  87 this.colourFromLabel.addItemListener (this);
  88 this.slider.addAdjustmentListener (this);
  89 this.slider.addMouseListener (this);
  90 this.owner = (this.af != null) ? this.af : this.fs.frame;
  91 this.frame =  new jalview.appletgui.JVDialog (this.owner, jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.graduated_color_for_params",  Clazz.newArray (-1, [type])), true, 480, 248);
  92 this.frame.setMainPanel (this);
  93 this.validate ();
  94 this.frame.setVisible (true);
  95 if (this.frame.accept) {
  96 this.changeColour ();
  97 } else {
  98 this.reset ();
  99 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.fr.getViewport ().getSequenceSetId ());
 100 this.frame.setVisible (false);
 101 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.appletgui.FeatureRenderer,~S");
 102 Clazz.makeConstructor (c$,
 103 function () {
 104 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.FeatureColourChooser, []);
 105 try {
 106 this.jbInit ();
 107 } catch (ex) {
 108 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 109 ex.printStackTrace ();
 110 } else {
 111 throw ex;
 112 }
 113 }
 114 });
 115 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit",
 116 ($fz = function () {
 117 var minLabel =  new awt2swing.Label (jalview.util.MessageManager.getString ("label.min"));
 118 var maxLabel =  new awt2swing.Label (jalview.util.MessageManager.getString ("label.max"));
 119 minLabel.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 120 maxLabel.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 121 this.minColour.setBounds (0, 0, 40, 27);
 122 this.maxColour.setBounds (0, 0, 40, 27);
 123 this.minColour.addMouseListener (this);
 124 this.maxColour.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 125 this.maxColour.addMouseListener (this);
 126 this.thresholdIsMin.addItemListener (this);
 127 this.setLayout ( new java.awt.GridLayout (4, 1));
 128 this.jPanel1.setLayout ( new java.awt.FlowLayout ());
 129 this.jPanel2.setLayout ( new java.awt.FlowLayout ());
 130 this.jPanel3.setLayout ( new java.awt.GridLayout (1, 1));
 131 this.jPanel4.setLayout ( new java.awt.FlowLayout ());
 132 this.jPanel1.setBackground (java.awt.Color.white);
 133 this.jPanel2.setBackground (java.awt.Color.white);
 134 this.jPanel4.setBackground (java.awt.Color.white);
 135 this.threshold.addItemListener (this);
 136 this.threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_no_thereshold"));
 137 this.threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_above_thereshold"));
 138 this.threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_below_thereshold"));
 139 this.thresholdValue.addActionListener (this);
 140 this.slider.setBackground (java.awt.Color.white);
 141 this.slider.setEnabled (false);
 142 this.slider.setSize ( new java.awt.Dimension (93, 21));
 143 this.thresholdValue.setEnabled (false);
 144 this.thresholdValue.setSize ( new java.awt.Dimension (79, 22));
 145 this.thresholdValue.setColumns (5);
 146 this.jPanel3.setBackground (java.awt.Color.white);
 147 this.colourFromLabel.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 148 this.colourFromLabel.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.colour_by_label"));
 149 this.colourFromLabel.setSize ( new java.awt.Dimension (139, 22));
 150 this.thresholdIsMin.setBackground (java.awt.Color.white);
 151 this.thresholdIsMin.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_minmax"));
 152 this.thresholdIsMin.setSize ( new java.awt.Dimension (135, 23));
 153 this.jPanel1.add (minLabel);
 154 this.jPanel1.add (this.minColour);
 155 this.jPanel1.add (maxLabel);
 156 this.jPanel1.add (this.maxColour);
 157 this.jPanel1.add (this.colourFromLabel);
 158 this.jPanel2.add (this.threshold);
 159 this.jPanel3.add (this.slider);
 160 this.jPanel4.add (this.thresholdValue);
 161 this.jPanel4.add (this.thresholdIsMin);
 162 this.add (this.jPanel1);
 163 this.add (this.jPanel2);
 164 this.add (this.jPanel3);
 165 this.add (this.jPanel4);
 166 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 167 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 168 function (evt) {
 169 if (evt.getSource () === this.thresholdValue) {
 170 try {
 171 var f =  new Float (this.thresholdValue.getText ()).floatValue ();
 172 this.slider.setValue (Clazz.floatToInt (f * 1000));
 173 this.adjustmentValueChanged (null);
 174 } catch (ex) {
 175 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {
 176 } else {
 177 throw ex;
 178 }
 179 }
 180 } else if (evt.getSource () === this.minColour) {
 181 this.minColour_actionPerformed (null);
 182 } else if (evt.getSource () === this.maxColour) {
 183 this.maxColour_actionPerformed (null);
 184 } else {
 185 this.changeColour ();
 186 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
 187 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged",
 188 function (evt) {
 189 this.maxColour.setEnabled (!this.colourFromLabel.getState ());
 190 this.minColour.setEnabled (!this.colourFromLabel.getState ());
 191 this.changeColour ();
 192 }, "java.awt.event.ItemEvent");
 193 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged",
 194 function (evt) {
 195 if (!this.adjusting) {
 196 this.thresholdValue.setText ((this.slider.getValue () / 1000) + "");
 197 this.valueChanged ();
 198 }}, "java.awt.event.AdjustmentEvent");
 199 Clazz.defineMethod (c$, "valueChanged",
 200 function () {
 201 this.threshline.value = this.slider.getValue () / 1000;
 202 this.cs.setThresh (this.threshline.value);
 203 this.changeColour ();
 204 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.fr.getViewport ().getSequenceSetId ());
 205 });
 206 Clazz.defineMethod (c$, "minColour_actionPerformed",
 207 function (newCol) {
 208 if (newCol == null) {
 209 var udc =  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this, this.minColour.getBackground (), this.owner, jalview.util.MessageManager.getString ("label.select_colour_minimum_value"));
 210 } else {
 211 this.minColour.setBackground (newCol);
 212 this.minColour.setForeground (newCol);
 213 this.minColour.repaint ();
 214 this.changeColour ();
 215 }}, "java.awt.Color");
 216 Clazz.defineMethod (c$, "maxColour_actionPerformed",
 217 function (newCol) {
 218 if (newCol == null) {
 219 var udc =  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this, this.maxColour.getBackground (), this.owner, jalview.util.MessageManager.getString ("label.select_colour_maximum_value"));
 220 } else {
 221 this.maxColour.setBackground (newCol);
 222 this.maxColour.setForeground (newCol);
 223 this.maxColour.repaint ();
 224 this.changeColour ();
 225 }}, "java.awt.Color");
 226 Clazz.defineMethod (c$, "changeColour",
 227 function () {
 228 if (this.adjusting) {
 229 return;
 230 }var aboveThreshold = -1;
 231 if (this.threshold.getSelectedIndex () == 1) {
 232 aboveThreshold = 1;
 233 } else if (this.threshold.getSelectedIndex () == 2) {
 234 aboveThreshold = 0;
 235 }this.slider.setEnabled (true);
 236 this.thresholdValue.setEnabled (true);
 237 var acg =  new jalview.schemes.GraduatedColor (this.minColour.getBackground (), this.maxColour.getBackground (), this.min, this.max);
 238 acg.setColourByLabel (this.colourFromLabel.getState ());
 239 this.maxColour.setEnabled (!this.colourFromLabel.getState ());
 240 this.minColour.setEnabled (!this.colourFromLabel.getState ());
 241 if (aboveThreshold == -1) {
 242 this.slider.setEnabled (false);
 243 this.thresholdValue.setEnabled (false);
 244 this.thresholdValue.setText ("");
 245 } else if (aboveThreshold != -1 && this.threshline == null) {
 246 this.threshline =  new jalview.datamodel.GraphLine ((this.max - this.min) / 2, "Threshold", java.awt.Color.black);
 247 }if (aboveThreshold != -1) {
 248 this.adjusting = true;
 249 acg.setThresh (this.threshline.value);
 250 var range = this.max * 1000 - this.min * 1000;
 251 this.slider.setMinimum (Clazz.floatToInt (this.min * 1000));
 252 this.slider.setMaximum (Clazz.floatToInt (this.max * 1000));
 253 this.slider.setValue (Clazz.floatToInt (this.threshline.value * 1000));
 254 this.thresholdValue.setText (this.threshline.value + "");
 255 this.slider.setEnabled (true);
 256 this.thresholdValue.setEnabled (true);
 257 this.adjusting = false;
 258 }acg.setThreshType (aboveThreshold);
 259 if (this.thresholdIsMin.getState () && aboveThreshold != -1) {
 260 if (aboveThreshold == 1) {
 261 acg =  new jalview.schemes.GraduatedColor (acg, this.threshline.value, this.max);
 262 } else {
 263 acg =  new jalview.schemes.GraduatedColor (acg, this.min, this.threshline.value);
 264 }}this.fr.setColour (this.type, acg);
 265 this.cs = acg;
 266 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.fr.getViewport ().getSequenceSetId ());
 267 });
 268 Clazz.defineMethod (c$, "reset",
 269 function () {
 270 this.fr.setColour (this.type, this.oldcs);
 271 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.fr.getViewport ().getSequenceSetId ());
 272 });
 273 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked",
 274 function (evt) {
 275 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 276 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
 277 function (evt) {
 278 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 279 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
 280 function (evt) {
 281 if (evt.getSource () === this.minColour || evt.getSource () === this.maxColour) {
 282 this.actionPerformed ( new java.awt.event.ActionEvent (evt.getSource (), 1, "Clicked"));
 283 } else {
 284 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.fr.getViewport ().getSequenceSetId ());
 285 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 286 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered",
 287 function (evt) {
 288 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 289 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited",
 290 function (evt) {
 291 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 292 });