bin/jalview/appletgui/FeatureColourChooser.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "$.AdjustmentListener", "$.ItemListener", "$.MouseListener", "awt2swing.Checkbox", "$.Choice", "$.Scrollbar", "$.TextField"], "jalview.appletgui.FeatureColourChooser", ["awt2swing.Label", "jalview.appletgui.JVDialog", "$.PaintRefresher", "$.UserDefinedColours", "jalview.datamodel.GraphLine", "jalview.schemes.GraduatedColor", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Color", "$.Dimension", "$.FlowLayout", "$.Font", "$.GridLayout", "java.awt.event.ActionEvent", "java.lang.Float"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.frame = null;\r
   5 this.owner = null;\r
   6 this.fr = null;\r
   7 this.fs = null;\r
   8 this.cs = null;\r
   9 this.oldcs = null;\r
  10 this.oldgroupColours = null;\r
  11 this.adjusting = false;\r
  12 this.min = 0;\r
  13 this.max = 0;\r
  14 this.type = null;\r
  15 this.af = null;\r
  16 this.minColour = null;\r
  17 this.maxColour = null;\r
  18 this.jPanel1 = null;\r
  19 this.jPanel2 = null;\r
  20 this.threshold = null;\r
  21 this.jPanel3 = null;\r
  22 this.jPanel4 = null;\r
  23 this.slider = null;\r
  24 this.thresholdValue = null;\r
  25 this.thresholdIsMin = null;\r
  26 this.colourFromLabel = null;\r
  27 this.threshline = null;\r
  28 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  29 }, jalview.appletgui, "FeatureColourChooser", awt2swing.Panel, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.AdjustmentListener, java.awt.event.ItemListener, java.awt.event.MouseListener]);\r
  30 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  31 this.minColour =  new awt2swing.Panel ();\r
  32 this.maxColour =  new awt2swing.Panel ();\r
  33 this.jPanel1 =  new awt2swing.Panel ();\r
  34 this.jPanel2 =  new awt2swing.Panel ();\r
  35 this.threshold =  new awt2swing.Choice ();\r
  36 this.jPanel3 =  new awt2swing.Panel ();\r
  37 this.jPanel4 =  new awt2swing.Panel ();\r
  38 this.slider =  new awt2swing.Scrollbar (0);\r
  39 this.thresholdValue =  new awt2swing.TextField (20);\r
  40 this.thresholdIsMin =  new awt2swing.Checkbox ();\r
  41 this.colourFromLabel =  new awt2swing.Checkbox ();\r
  42 });\r
  43 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  44 function (af, type) {\r
  45 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.FeatureColourChooser, []);\r
  46 this.af = af;\r
  47 this.init (af.getSeqcanvas ().getFeatureRenderer (), type);\r
  48 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,~S");\r
  49 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  50 function (fsettings, type) {\r
  51 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.FeatureColourChooser, []);\r
  52 this.fs = fsettings;\r
  53 this.init (fsettings.fr, type);\r
  54 }, "jalview.appletgui.FeatureSettings,~S");\r
  55 Clazz.defineMethod (c$, "init", \r
  56 ($fz = function (frenderer, type) {\r
  57 this.type = type;\r
  58 this.fr = frenderer;\r
  59 var mm = (this.fr.getMinMax ().get (type))[0];\r
  60 this.min = mm[0];\r
  61 this.max = mm[1];\r
  62 this.oldcs = this.fr.getFeatureColours ().get (type);\r
  63 if (Clazz.instanceOf (this.oldcs, jalview.schemes.GraduatedColor)) {\r
  64 this.cs =  new jalview.schemes.GraduatedColor (this.oldcs, this.min, this.max);\r
  65 } else {\r
  66 var bl = java.awt.Color.black;\r
  67 if (Clazz.instanceOf (this.oldcs, java.awt.Color)) {\r
  68 bl = this.oldcs;\r
  69 }this.cs =  new jalview.schemes.GraduatedColor (java.awt.Color.white, bl, mm[0], mm[1]);\r
  70 }this.minColour.setBackground (this.cs.getMinColor ());\r
  71 this.maxColour.setBackground (this.cs.getMaxColor ());\r
  72 this.minColour.setForeground (this.cs.getMinColor ());\r
  73 this.maxColour.setForeground (this.cs.getMaxColor ());\r
  74 this.colourFromLabel.setState (this.cs.isColourByLabel ());\r
  75 this.adjusting = true;\r
  76 try {\r
  77 this.jbInit ();\r
  78 } catch (ex) {\r
  79 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
  80 } else {\r
  81 throw ex;\r
  82 }\r
  83 }\r
  84 this.threshold.select (new Integer (this.cs.getThreshType () == -1 ? 0 : this.cs.getThreshType () == 1 ? 1 : 2));\r
  85 this.adjusting = false;\r
  86 this.changeColour ();\r
  87 this.colourFromLabel.addItemListener (this);\r
  88 this.slider.addAdjustmentListener (this);\r
  89 this.slider.addMouseListener (this);\r
  90 this.owner = (this.af != null) ? this.af : this.fs.frame;\r
  91 this.frame =  new jalview.appletgui.JVDialog (this.owner, jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.graduated_color_for_params",  Clazz.newArray (-1, [type])), true, 480, 248);\r
  92 this.frame.setMainPanel (this);\r
  93 this.validate ();\r
  94 this.frame.setVisible (true);\r
  95 if (this.frame.accept) {\r
  96 this.changeColour ();\r
  97 } else {\r
  98 this.reset ();\r
  99 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.fr.getViewport ().getSequenceSetId ());\r
 100 this.frame.setVisible (false);\r
 101 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.appletgui.FeatureRenderer,~S");\r
 102 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 103 function () {\r
 104 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.FeatureColourChooser, []);\r
 105 try {\r
 106 this.jbInit ();\r
 107 } catch (ex) {\r
 108 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 109 ex.printStackTrace ();\r
 110 } else {\r
 111 throw ex;\r
 112 }\r
 113 }\r
 114 });\r
 115 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit", \r
 116 ($fz = function () {\r
 117 var minLabel =  new awt2swing.Label (jalview.util.MessageManager.getString ("label.min"));\r
 118 var maxLabel =  new awt2swing.Label (jalview.util.MessageManager.getString ("label.max"));\r
 119 minLabel.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));\r
 120 maxLabel.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));\r
 121 this.minColour.setBounds (0, 0, 40, 27);\r
 122 this.maxColour.setBounds (0, 0, 40, 27);\r
 123 this.minColour.addMouseListener (this);\r
 124 this.maxColour.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));\r
 125 this.maxColour.addMouseListener (this);\r
 126 this.thresholdIsMin.addItemListener (this);\r
 127 this.setLayout ( new java.awt.GridLayout (4, 1));\r
 128 this.jPanel1.setLayout ( new java.awt.FlowLayout ());\r
 129 this.jPanel2.setLayout ( new java.awt.FlowLayout ());\r
 130 this.jPanel3.setLayout ( new java.awt.GridLayout (1, 1));\r
 131 this.jPanel4.setLayout ( new java.awt.FlowLayout ());\r
 132 this.jPanel1.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 133 this.jPanel2.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 134 this.jPanel4.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 135 this.threshold.addItemListener (this);\r
 136 this.threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_no_thereshold"));\r
 137 this.threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_above_thereshold"));\r
 138 this.threshold.addItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_feature_below_thereshold"));\r
 139 this.thresholdValue.addActionListener (this);\r
 140 this.slider.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 141 this.slider.setEnabled (false);\r
 142 this.slider.setSize ( new java.awt.Dimension (93, 21));\r
 143 this.thresholdValue.setEnabled (false);\r
 144 this.thresholdValue.setSize ( new java.awt.Dimension (79, 22));\r
 145 this.thresholdValue.setColumns (5);\r
 146 this.jPanel3.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 147 this.colourFromLabel.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));\r
 148 this.colourFromLabel.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.colour_by_label"));\r
 149 this.colourFromLabel.setSize ( new java.awt.Dimension (139, 22));\r
 150 this.thresholdIsMin.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 151 this.thresholdIsMin.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.threshold_minmax"));\r
 152 this.thresholdIsMin.setSize ( new java.awt.Dimension (135, 23));\r
 153 this.jPanel1.add (minLabel);\r
 154 this.jPanel1.add (this.minColour);\r
 155 this.jPanel1.add (maxLabel);\r
 156 this.jPanel1.add (this.maxColour);\r
 157 this.jPanel1.add (this.colourFromLabel);\r
 158 this.jPanel2.add (this.threshold);\r
 159 this.jPanel3.add (this.slider);\r
 160 this.jPanel4.add (this.thresholdValue);\r
 161 this.jPanel4.add (this.thresholdIsMin);\r
 162 this.add (this.jPanel1);\r
 163 this.add (this.jPanel2);\r
 164 this.add (this.jPanel3);\r
 165 this.add (this.jPanel4);\r
 166 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 167 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 168 function (evt) {\r
 169 if (evt.getSource () === this.thresholdValue) {\r
 170 try {\r
 171 var f =  new Float (this.thresholdValue.getText ()).floatValue ();\r
 172 this.slider.setValue (Clazz.floatToInt (f * 1000));\r
 173 this.adjustmentValueChanged (null);\r
 174 } catch (ex) {\r
 175 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 176 } else {\r
 177 throw ex;\r
 178 }\r
 179 }\r
 180 } else if (evt.getSource () === this.minColour) {\r
 181 this.minColour_actionPerformed (null);\r
 182 } else if (evt.getSource () === this.maxColour) {\r
 183 this.maxColour_actionPerformed (null);\r
 184 } else {\r
 185 this.changeColour ();\r
 186 }}, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 187 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 188 function (evt) {\r
 189 this.maxColour.setEnabled (!this.colourFromLabel.getState ());\r
 190 this.minColour.setEnabled (!this.colourFromLabel.getState ());\r
 191 this.changeColour ();\r
 192 }, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 193 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged", \r
 194 function (evt) {\r
 195 if (!this.adjusting) {\r
 196 this.thresholdValue.setText ((this.slider.getValue () / 1000) + "");\r
 197 this.valueChanged ();\r
 198 }}, "java.awt.event.AdjustmentEvent");\r
 199 Clazz.defineMethod (c$, "valueChanged", \r
 200 function () {\r
 201 this.threshline.value = this.slider.getValue () / 1000;\r
 202 this.cs.setThresh (this.threshline.value);\r
 203 this.changeColour ();\r
 204 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.fr.getViewport ().getSequenceSetId ());\r
 205 });\r
 206 Clazz.defineMethod (c$, "minColour_actionPerformed", \r
 207 function (newCol) {\r
 208 if (newCol == null) {\r
 209 var udc =  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this, this.minColour.getBackground (), this.owner, jalview.util.MessageManager.getString ("label.select_colour_minimum_value"));\r
 210 } else {\r
 211 this.minColour.setBackground (newCol);\r
 212 this.minColour.setForeground (newCol);\r
 213 this.minColour.repaint ();\r
 214 this.changeColour ();\r
 215 }}, "java.awt.Color");\r
 216 Clazz.defineMethod (c$, "maxColour_actionPerformed", \r
 217 function (newCol) {\r
 218 if (newCol == null) {\r
 219 var udc =  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this, this.maxColour.getBackground (), this.owner, jalview.util.MessageManager.getString ("label.select_colour_maximum_value"));\r
 220 } else {\r
 221 this.maxColour.setBackground (newCol);\r
 222 this.maxColour.setForeground (newCol);\r
 223 this.maxColour.repaint ();\r
 224 this.changeColour ();\r
 225 }}, "java.awt.Color");\r
 226 Clazz.defineMethod (c$, "changeColour", \r
 227 function () {\r
 228 if (this.adjusting) {\r
 229 return;\r
 230 }var aboveThreshold = -1;\r
 231 if (this.threshold.getSelectedIndex () == 1) {\r
 232 aboveThreshold = 1;\r
 233 } else if (this.threshold.getSelectedIndex () == 2) {\r
 234 aboveThreshold = 0;\r
 235 }this.slider.setEnabled (true);\r
 236 this.thresholdValue.setEnabled (true);\r
 237 var acg =  new jalview.schemes.GraduatedColor (this.minColour.getBackground (), this.maxColour.getBackground (), this.min, this.max);\r
 238 acg.setColourByLabel (this.colourFromLabel.getState ());\r
 239 this.maxColour.setEnabled (!this.colourFromLabel.getState ());\r
 240 this.minColour.setEnabled (!this.colourFromLabel.getState ());\r
 241 if (aboveThreshold == -1) {\r
 242 this.slider.setEnabled (false);\r
 243 this.thresholdValue.setEnabled (false);\r
 244 this.thresholdValue.setText ("");\r
 245 } else if (aboveThreshold != -1 && this.threshline == null) {\r
 246 this.threshline =  new jalview.datamodel.GraphLine ((this.max - this.min) / 2, "Threshold", java.awt.Color.black);\r
 247 }if (aboveThreshold != -1) {\r
 248 this.adjusting = true;\r
 249 acg.setThresh (this.threshline.value);\r
 250 var range = this.max * 1000 - this.min * 1000;\r
 251 this.slider.setMinimum (Clazz.floatToInt (this.min * 1000));\r
 252 this.slider.setMaximum (Clazz.floatToInt (this.max * 1000));\r
 253 this.slider.setValue (Clazz.floatToInt (this.threshline.value * 1000));\r
 254 this.thresholdValue.setText (this.threshline.value + "");\r
 255 this.slider.setEnabled (true);\r
 256 this.thresholdValue.setEnabled (true);\r
 257 this.adjusting = false;\r
 258 }acg.setThreshType (aboveThreshold);\r
 259 if (this.thresholdIsMin.getState () && aboveThreshold != -1) {\r
 260 if (aboveThreshold == 1) {\r
 261 acg =  new jalview.schemes.GraduatedColor (acg, this.threshline.value, this.max);\r
 262 } else {\r
 263 acg =  new jalview.schemes.GraduatedColor (acg, this.min, this.threshline.value);\r
 264 }}this.fr.setColour (this.type, acg);\r
 265 this.cs = acg;\r
 266 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.fr.getViewport ().getSequenceSetId ());\r
 267 });\r
 268 Clazz.defineMethod (c$, "reset", \r
 269 function () {\r
 270 this.fr.setColour (this.type, this.oldcs);\r
 271 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.fr.getViewport ().getSequenceSetId ());\r
 272 });\r
 273 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked", \r
 274 function (evt) {\r
 275 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 276 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed", \r
 277 function (evt) {\r
 278 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 279 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased", \r
 280 function (evt) {\r
 281 if (evt.getSource () === this.minColour || evt.getSource () === this.maxColour) {\r
 282 this.actionPerformed ( new java.awt.event.ActionEvent (evt.getSource (), 1, "Clicked"));\r
 283 } else {\r
 284 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.fr.getViewport ().getSequenceSetId ());\r
 285 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 286 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered", \r
 287 function (evt) {\r
 288 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 289 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited", \r
 290 function (evt) {\r
 291 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 292 });\r