bin/jalview/appletgui/FeatureRenderer.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer"], "jalview.appletgui.FeatureRenderer", ["awt2swing.Button", "$.Choice", "$.Label", "$.ScrollPane", "$.TextArea", "$.TextField", "jalview.appletgui.FeatureColourChooser", "$.JVDialog", "$.UserDefinedColours", "jalview.datamodel.SearchResults", "jalview.io.FeaturesFile", "jalview.schemes.GraduatedColor", "$.UserColourScheme", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.BorderLayout", "$.Color", "$.Font", "$.GridLayout", "java.awt.event.ActionListener", "$.ItemListener", "$.MouseAdapter", "java.lang.Error"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.featureLinks = null;\r
   5 this.featureIndex = 0;\r
   6 this.deleteFeature = false;\r
   7 this.colourPanel = null;\r
   8 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureRenderer.FeatureColourPanel")) {\r
   9 jalview.appletgui.FeatureRenderer.$FeatureRenderer$FeatureColourPanel$ ();\r
  10 }\r
  11 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  12 }, jalview.appletgui, "FeatureRenderer", jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer);\r
  13 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  14 function (av) {\r
  15 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.FeatureRenderer);\r
  16 this.av = av;\r
  17 this.setTransparencyAvailable (!System.getProperty ("java.version").startsWith ("1.1"));\r
  18 }, "jalview.viewmodel.AlignmentViewport");\r
  19 Clazz.defineMethod (c$, "amendFeatures", \r
  20 function (sequences, features, newFeatures, ap) {\r
  21 var bigPanel =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.BorderLayout ());\r
  22 var name =  new awt2swing.TextField (16);\r
  23 var source =  new awt2swing.TextField (16);\r
  24 var description =  new awt2swing.TextArea (3, 35);\r
  25 var start =  new awt2swing.TextField (8);\r
  26 var end =  new awt2swing.TextField (8);\r
  27 var overlaps;\r
  28 var deleteButton =  new awt2swing.Button ("Delete");\r
  29 this.deleteFeature = false;\r
  30 this.colourPanel = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureRenderer.FeatureColourPanel, this, null);\r
  31 this.colourPanel.setSize (110, 15);\r
  32 var fr = this;\r
  33 var panel =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.GridLayout (3, 1));\r
  34 this.featureIndex = 0;\r
  35 var tmp;\r
  36 if (!newFeatures && features.length > 1) {\r
  37 panel =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.GridLayout (4, 1));\r
  38 tmp =  new awt2swing.Panel ();\r
  39 tmp.add ( new awt2swing.Label ("Select Feature: "));\r
  40 overlaps =  new awt2swing.Choice ();\r
  41 for (var i = 0; i < features.length; i++) {\r
  42 var item = features[i].getType () + "/" + features[i].getBegin () + "-" + features[i].getEnd ();\r
  43 if (features[i].getFeatureGroup () != null) {\r
  44 item += " (" + features[i].getFeatureGroup () + ")";\r
  45 }overlaps.addItem (item);\r
  46 }\r
  47 tmp.add (overlaps);\r
  48 overlaps.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureRenderer$1") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureRenderer.$FeatureRenderer$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureRenderer$1, this, Clazz.cloneFinals ("overlaps", overlaps, "name", name, "features", features, "description", description, "source", source, "start", start, "end", end, "sequences", sequences, "ap", ap))));\r
  49 panel.add (tmp);\r
  50 }tmp =  new awt2swing.Panel ();\r
  51 panel.add (tmp);\r
  52 tmp.add ( new awt2swing.Label ("Name: ", 4));\r
  53 tmp.add (name);\r
  54 tmp =  new awt2swing.Panel ();\r
  55 panel.add (tmp);\r
  56 tmp.add ( new awt2swing.Label ("Group: ", 4));\r
  57 tmp.add (source);\r
  58 tmp =  new awt2swing.Panel ();\r
  59 panel.add (tmp);\r
  60 tmp.add ( new awt2swing.Label ("Colour: ", 4));\r
  61 tmp.add (this.colourPanel);\r
  62 bigPanel.add (panel, "North");\r
  63 panel =  new awt2swing.Panel ();\r
  64 panel.add ( new awt2swing.Label ("Description: ", 4));\r
  65 panel.add ( new awt2swing.ScrollPane ().add (description));\r
  66 if (!newFeatures) {\r
  67 bigPanel.add (panel, "South");\r
  68 panel =  new awt2swing.Panel ();\r
  69 panel.add ( new awt2swing.Label (" Start:", 4));\r
  70 panel.add (start);\r
  71 panel.add ( new awt2swing.Label ("  End:", 4));\r
  72 panel.add (end);\r
  73 bigPanel.add (panel, "Center");\r
  74 } else {\r
  75 bigPanel.add (panel, "Center");\r
  76 }if (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded == null) {\r
  77 if (features[0].type != null) {\r
  78 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded = features[0].type;\r
  79 } else {\r
  80 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded = "feature_1";\r
  81 }}if (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded == null) {\r
  82 if (features[0].featureGroup != null) {\r
  83 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded = features[0].featureGroup;\r
  84 } else {\r
  85 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded = "Jalview";\r
  86 }}var title = newFeatures ? jalview.util.MessageManager.getString ("label.create_new_sequence_features") : jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.amend_delete_features",  Clazz.newArray (-1, [sequences[0].getName ()]));\r
  87 var dialog =  new jalview.appletgui.JVDialog (ap.alignFrame, title, true, 385, 240);\r
  88 dialog.setMainPanel (bigPanel);\r
  89 if (newFeatures) {\r
  90 name.setText (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded);\r
  91 source.setText (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded);\r
  92 } else {\r
  93 dialog.ok.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("label.amend"));\r
  94 dialog.buttonPanel.add (deleteButton, 1);\r
  95 deleteButton.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureRenderer$2") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureRenderer.$FeatureRenderer$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureRenderer$2, this, Clazz.cloneFinals ("dialog", dialog))));\r
  96 name.setText (features[0].getType ());\r
  97 source.setText (features[0].getFeatureGroup ());\r
  98 }start.setText (features[0].getBegin () + "");\r
  99 end.setText (features[0].getEnd () + "");\r
 100 description.setText (features[0].getDescription ());\r
 101 var col = this.getColour (name.getText ());\r
 102 if (col == null) {\r
 103 col =  new jalview.schemes.UserColourScheme ().createColourFromName (name.getText ());\r
 104 }var fcol = this.getFeatureStyle (name.getText ());\r
 105 this.colourPanel.updateColor (fcol);\r
 106 dialog.setResizable (true);\r
 107 this.colourPanel.addMouseListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.FeatureRenderer$3") ? 0 : jalview.appletgui.FeatureRenderer.$FeatureRenderer$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.FeatureRenderer$3, this, Clazz.cloneFinals ("fr", fr, "ap", ap, "name", name, "dialog", dialog))));\r
 108 dialog.setVisible (true);\r
 109 var ffile =  new jalview.io.FeaturesFile ();\r
 110 if (dialog.accept) {\r
 111 this.lastSeq = null;\r
 112 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded = name.getText ().trim ();\r
 113 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded = source.getText ().trim ();\r
 114 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastDescriptionAdded = description.getText ().$replace ('\n', ' ');\r
 115 }if (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded != null && jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded.length < 1) {\r
 116 jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded = null;\r
 117 }if (!newFeatures) {\r
 118 var sf = features[this.featureIndex];\r
 119 if (dialog.accept) {\r
 120 sf.type = jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded;\r
 121 sf.featureGroup = jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded;\r
 122 sf.description = jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastDescriptionAdded;\r
 123 if (!this.colourPanel.isGcol) {\r
 124 this.setColour (sf.type, this.colourPanel.getBackground ());\r
 125 }try {\r
 126 sf.begin = Integer.parseInt (start.getText ());\r
 127 sf.end = Integer.parseInt (end.getText ());\r
 128 } catch (ex) {\r
 129 if (Clazz.exceptionOf (ex, NumberFormatException)) {\r
 130 } else {\r
 131 throw ex;\r
 132 }\r
 133 }\r
 134 ffile.parseDescriptionHTML (sf, false);\r
 135 this.setVisible (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded);\r
 136 }if (this.deleteFeature) {\r
 137 sequences[0].deleteFeature (sf);\r
 138 }} else {\r
 139 if (dialog.accept && name.getText ().length > 0) {\r
 140 for (var i = 0; i < sequences.length; i++) {\r
 141 features[i].type = jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded;\r
 142 features[i].featureGroup = jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded;\r
 143 features[i].description = jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastDescriptionAdded;\r
 144 sequences[i].addSequenceFeature (features[i]);\r
 145 ffile.parseDescriptionHTML (features[i], false);\r
 146 }\r
 147 var newColour = this.colourPanel.getBackground ();\r
 148 if (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded != null) {\r
 149 this.setGroupVisibility (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureGroupAdded, true);\r
 150 }this.setColour (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded, newColour);\r
 151 this.setVisible (jalview.appletgui.FeatureRenderer.lastFeatureAdded);\r
 152 this.findAllFeatures (false);\r
 153 } else {\r
 154 return false;\r
 155 }}if ((this.av).featureSettings != null) {\r
 156 (this.av).featureSettings.refreshTable ();\r
 157 }ap.paintAlignment (true);\r
 158 return true;\r
 159 }, "~A,~A,~B,jalview.appletgui.AlignmentPanel");\r
 160 c$.$FeatureRenderer$FeatureColourPanel$ = function () {\r
 161 Clazz.pu$h ();\r
 162 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 163 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 164 this.label = "";\r
 165 this.maxCol = null;\r
 166 this.isColourByLabel = false;\r
 167 this.isGcol = false;\r
 168 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 169 }, jalview.appletgui.FeatureRenderer, "FeatureColourPanel", awt2swing.Panel);\r
 170 Clazz.defineMethod (c$, "updateColor", \r
 171 function (a) {\r
 172 var b;\r
 173 var c = null;\r
 174 var d = null;\r
 175 var e = "";\r
 176 if (Clazz.instanceOf (a, java.awt.Color)) {\r
 177 this.isGcol = false;\r
 178 c = a;\r
 179 d = null;\r
 180 } else if (Clazz.instanceOf (a, jalview.schemes.GraduatedColor)) {\r
 181 this.isGcol = true;\r
 182 d = a;\r
 183 c = null;\r
 184 } else {\r
 185 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.invalid_colour_for_mycheckbox"));\r
 186 }if (c != null) {\r
 187 this.setBackground (b = c);\r
 188 } else {\r
 189 if (d.getThreshType () != -1) {\r
 190 e += " " + ((d.getThreshType () == 1) ? "(>)" : "(<)");\r
 191 }if (this.isColourByLabel = d.isColourByLabel ()) {\r
 192 this.setBackground (b = java.awt.Color.white);\r
 193 e += " (by Label)";\r
 194 } else {\r
 195 this.setBackground (b = d.getMinColor ());\r
 196 this.maxCol = d.getMaxColor ();\r
 197 }}this.label = e;\r
 198 this.setBackground (b);\r
 199 this.repaint ();\r
 200 }, "~O");\r
 201 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 202 function () {\r
 203 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.FeatureRenderer.FeatureColourPanel, [null]);\r
 204 });\r
 205 Clazz.defineMethod (c$, "PaintComponent", \r
 206 function (a) {\r
 207 var b = this.getSize ();\r
 208 if (this.isGcol) {\r
 209 if (this.isColourByLabel) {\r
 210 a.setColor (java.awt.Color.white);\r
 211 a.fillRect (Clazz.doubleToInt (b.width / 2), 0, Clazz.doubleToInt (b.width / 2), b.height);\r
 212 a.setColor (java.awt.Color.black);\r
 213 var c =  new java.awt.Font ("Verdana", 0, 10);\r
 214 a.setFont (c);\r
 215 a.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.label"), 0, 0);\r
 216 } else {\r
 217 a.setColor (this.maxCol);\r
 218 a.fillRect (Clazz.doubleToInt (b.width / 2), 0, Clazz.doubleToInt (b.width / 2), b.height);\r
 219 }}}, "java.awt.Graphics");\r
 220 c$ = Clazz.p0p ();\r
 221 };\r
 222 c$.$FeatureRenderer$1$ = function () {\r
 223 Clazz.pu$h ();\r
 224 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureRenderer$1", null, java.awt.event.ItemListener);\r
 225 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 226 function (e) {\r
 227 var index = this.f$.overlaps.getSelectedIndex ();\r
 228 if (index != -1) {\r
 229 this.b$["jalview.appletgui.FeatureRenderer"].featureIndex = index;\r
 230 this.f$.name.setText (this.f$.features[index].getType ());\r
 231 this.f$.description.setText (this.f$.features[index].getDescription ());\r
 232 this.f$.source.setText (this.f$.features[index].getFeatureGroup ());\r
 233 this.f$.start.setText (this.f$.features[index].getBegin () + "");\r
 234 this.f$.end.setText (this.f$.features[index].getEnd () + "");\r
 235 var highlight =  new jalview.datamodel.SearchResults ();\r
 236 highlight.addResult (this.f$.sequences[0], this.f$.features[index].getBegin (), this.f$.features[index].getEnd ());\r
 237 this.f$.ap.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults (highlight);\r
 238 }var col = this.b$["jalview.appletgui.FeatureRenderer"].getFeatureStyle (this.f$.name.getText ());\r
 239 if (col == null) {\r
 240 col =  new jalview.schemes.UserColourScheme ().createColourFromName (this.f$.name.getText ());\r
 241 }this.b$["jalview.appletgui.FeatureRenderer"].colourPanel.updateColor (col);\r
 242 }, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 243 c$ = Clazz.p0p ();\r
 244 };\r
 245 c$.$FeatureRenderer$2$ = function () {\r
 246 Clazz.pu$h ();\r
 247 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureRenderer$2", null, java.awt.event.ActionListener);\r
 248 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 249 function (evt) {\r
 250 this.b$["jalview.appletgui.FeatureRenderer"].deleteFeature = true;\r
 251 this.f$.dialog.setVisible (false);\r
 252 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 253 c$ = Clazz.p0p ();\r
 254 };\r
 255 c$.$FeatureRenderer$3$ = function () {\r
 256 Clazz.pu$h ();\r
 257 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "FeatureRenderer$3", java.awt.event.MouseAdapter);\r
 258 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed", \r
 259 function (evt) {\r
 260 if (!this.b$["jalview.appletgui.FeatureRenderer"].colourPanel.isGcol) {\r
 261  new jalview.appletgui.UserDefinedColours (this.f$.fr, this.f$.ap.alignFrame);\r
 262 } else {\r
 263 var fcc =  new jalview.appletgui.FeatureColourChooser (this.f$.ap.alignFrame, this.f$.name.getText ());\r
 264 this.f$.dialog.transferFocus ();\r
 265 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 266 c$ = Clazz.p0p ();\r
 267 };\r
 268 Clazz.defineStatics (c$,\r
 269 "lastFeatureAdded", null,\r
 270 "lastFeatureGroupAdded", null,\r
 271 "lastDescriptionAdded", null);\r
 272 });\r