bin/jalview/appletgui/IdCanvas.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel"], "jalview.appletgui.IdCanvas", ["jalview.appletgui.AnnotationLabels", "$.AnnotationPanel", "$.PaintRefresher", "java.awt.Color", "$.Font"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.av = null;
   5 this.showScores = true;
   6 this.maxIdLength = -1;
   7 this.maxIdStr = null;
   8 this.image = null;
   9 this.gg = null;
  10 this.imgHeight = 0;
  11 this.$fastPaint = false;
  12 this.searchResults = null;
  13 this.avcharHeight = 0;
  14 Clazz.instantialize (this, arguments);
  15 }, jalview.appletgui, "IdCanvas", awt2swing.Panel);
  16 Clazz.makeConstructor (c$,
  17 function (av) {
  18 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.IdCanvas, []);
  19 this.setLayout (null);
  20 this.av = av;
  21 jalview.appletgui.PaintRefresher.Register (this, av.getSequenceSetId ());
  22 }, "jalview.appletgui.AlignViewport");
  23 Clazz.defineMethod (c$, "drawIdString",
  24 function (gg, hiddenRows, s, i, starty, ypos) {
  25 var charHeight = this.av.getCharHeight ();
  26 if (this.searchResults != null && this.searchResults.contains (s)) {
  27 gg.setColor (java.awt.Color.black);
  28 gg.fillRect (0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, this.getSize ().width, charHeight);
  29 gg.setColor (java.awt.Color.white);
  30 } else if (this.av.getSelectionGroup () != null && this.av.getSelectionGroup ().getSequences (null).contains (s)) {
  31 gg.setColor (java.awt.Color.lightGray);
  32 gg.fillRect (0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, this.getSize ().width, charHeight);
  33 gg.setColor (java.awt.Color.white);
  34 } else {
  35 gg.setColor (this.av.getSequenceColour (s));
  36 gg.fillRect (0, ((i - starty) * charHeight) + ypos, this.getSize ().width, charHeight);
  37 gg.setColor (java.awt.Color.black);
  38 }gg.drawString (s.getDisplayId (this.av.getShowJVSuffix ()), 0, ((i - starty) * charHeight) + ypos + charHeight - (Clazz.doubleToInt (charHeight / 5)));
  39 if (hiddenRows) {
  40 this.drawMarker (i, starty, ypos);
  41 }}, "java.awt.Graphics,~B,jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N,~N");
  42 Clazz.defineMethod (c$, "fastPaint",
  43 function (vertical) {
  44 if (this.gg == null) {
  45 this.repaint ();
  46 return;
  47 }this.gg.copyArea (0, 0, this.getSize ().width, this.imgHeight, 0, -vertical * this.av.getCharHeight ());
  48 var ss = this.av.startSeq;
  49 var es = this.av.endSeq;
  50 var transY = 0;
  51 if (vertical > 0) {
  52 ss = es - vertical;
  53 if (ss < this.av.startSeq) {
  54 ss = this.av.startSeq;
  55 } else {
  56 transY = this.imgHeight - vertical * this.av.getCharHeight ();
  57 }} else if (vertical < 0) {
  58 es = ss - vertical;
  59 if (es > this.av.endSeq) {
  60 es = this.av.endSeq;
  61 }}this.gg.translate (0, transY);
  62 this.drawIds (ss, es);
  63 this.gg.translate (0, -transY);
  64 this.$fastPaint = true;
  65 this.repaint ();
  66 }, "~N");
  67 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent",
  68 function (g) {
  69 if (this.getSize ().height < 0 || this.getSize ().width < 0) {
  70 return;
  71 }if (this.$fastPaint) {
  72 this.$fastPaint = false;
  73 g.drawImage (this.image, 0, 0, this);
  74 return;
  75 }this.imgHeight = this.getSize ().height;
  76 this.imgHeight -= this.imgHeight % this.av.getCharHeight ();
  77 if (this.imgHeight < 1) {
  78 return;
  79 }if (this.image == null || this.imgHeight != this.image.getHeight (this)) {
  80 this.image = this.createImage (this.getSize ().width, this.imgHeight);
  81 this.gg = this.image.getGraphics ();
  82 this.gg.setFont (this.av.getFont ());
  83 }this.gg.setColor (java.awt.Color.white);
  84 var italic =  new java.awt.Font (this.av.getFont ().getName (), 2, this.av.getFont ().getSize ());
  85 this.gg.setFont (italic);
  86 this.gg.fillRect (0, 0, this.getSize ().width, this.getSize ().height);
  87 this.drawIds (this.av.startSeq, this.av.endSeq);
  88 g.drawImage (this.image, 0, 0, this);
  89 }, "java.awt.Graphics");
  90 Clazz.defineMethod (c$, "drawIds",
  91 function (starty, endy) {
  92 var italic =  new java.awt.Font (this.av.getFont ().getName (), 2, this.av.getFont ().getSize ());
  93 this.avcharHeight = this.av.getCharHeight ();
  94 this.gg.setFont (italic);
  95 var currentColor = java.awt.Color.white;
  96 var currentTextColor = java.awt.Color.black;
  97 var doHiddenCheck = this.av.isDisplayReferenceSeq () || this.av.hasHiddenRows ();
  98 var hiddenRows = this.av.hasHiddenRows () && this.av.getShowHiddenMarkers ();
  99 if (this.av.getWrapAlignment ()) {
 100 var maxwidth = this.av.getAlignment ().getWidth ();
 101 var alheight = this.av.getAlignment ().getHeight ();
 102 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 103 maxwidth = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (maxwidth) - 1;
 104 }var annotationHeight = 0;
 105 var labels = null;
 106 if (this.av.isShowAnnotation ()) {
 107 var ap =  new jalview.appletgui.AnnotationPanel (this.av);
 108 annotationHeight = ap.adjustPanelHeight ();
 109 labels =  new jalview.appletgui.AnnotationLabels (this.av);
 110 }var hgap = this.avcharHeight;
 111 if (this.av.getScaleAboveWrapped ()) {
 112 hgap += this.avcharHeight;
 113 }var cHeight = alheight * this.avcharHeight + hgap + annotationHeight;
 114 var rowSize = this.av.getEndRes () - this.av.getStartRes ();
 115 for (var ypos = hgap, row = this.av.startRes; (ypos <= this.getSize ().height) && (row < maxwidth); ypos += cHeight, row += rowSize) {
 116 for (var i = starty; i < alheight; i++) {
 117 var s = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i);
 118 this.gg.setFont (italic);
 119 if (doHiddenCheck) {
 120 this.setHiddenFont (s);
 121 }this.drawIdString (this.gg, hiddenRows, s, i, 0, ypos);
 122 }
 123 if (labels != null) {
 124 this.gg.translate (0, ypos + (alheight * this.avcharHeight));
 125 labels.drawComponent (this.gg, this.getSize ().width);
 126 this.gg.translate (0, -ypos - (alheight * this.avcharHeight));
 127 }}
 128 } else {
 129 var seq;
 130 for (var i = starty; i < endy; i++) {
 131 seq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i);
 132 if (seq == null) {
 133 continue;
 134 }this.gg.setFont (italic);
 135 if (doHiddenCheck) {
 136 this.setHiddenFont (seq);
 137 }if ((this.searchResults != null) && this.searchResults.contains (seq)) {
 138 currentColor = java.awt.Color.black;
 139 currentTextColor = java.awt.Color.white;
 140 } else if ((this.av.getSelectionGroup () != null) && this.av.getSelectionGroup ().getSequences (null).contains (seq)) {
 141 currentColor = java.awt.Color.lightGray;
 142 currentTextColor = java.awt.Color.black;
 143 } else {
 144 currentColor = this.av.getSequenceColour (seq);
 145 currentTextColor = java.awt.Color.black;
 146 }this.gg.setColor (currentColor);
 147 this.gg.fillRect (0, (i - starty) * this.avcharHeight, this.getSize ().width, this.avcharHeight);
 148 this.gg.setColor (currentTextColor);
 149 this.gg.drawString (seq.getDisplayId (this.av.getShowJVSuffix ()), 0, (((i - starty) * this.avcharHeight) + this.avcharHeight) - (Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 5)));
 150 if (hiddenRows) {
 151 this.drawMarker (i, starty, 0);
 152 }}
 153 }}, "~N,~N");
 154 Clazz.defineMethod (c$, "setHighlighted",
 155 function (list) {
 156 this.searchResults = list;
 157 this.repaint ();
 158 }, "java.util.List");
 159 Clazz.defineMethod (c$, "drawMarker",
 160 function (i, starty, yoffset) {
 161 var hseqs = this.av.getAlignment ().getHiddenSequences ().hiddenSequences;
 162 var hSize = hseqs.length;
 163 var hiddenIndex = i;
 164 var lastIndex = i - 1;
 165 var nextIndex = i + 1;
 166 for (var j = 0; j < hSize; j++) {
 167 if (hseqs[j] != null) {
 168 if (j - 1 < hiddenIndex) {
 169 hiddenIndex++;
 170 }if (j - 1 < lastIndex) {
 171 lastIndex++;
 172 }if (j - 1 < nextIndex) {
 173 nextIndex++;
 174 }}}
 175 var below = (hiddenIndex > lastIndex + 1);
 176 var above = (nextIndex > hiddenIndex + 1);
 177 this.gg.setColor (java.awt.Color.blue);
 178 if (below) {
 179 this.gg.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [this.getSize ().width - this.avcharHeight, this.getSize ().width - this.avcharHeight, this.getSize ().width]),  Clazz.newIntArray (-1, [(i - starty) * this.avcharHeight + yoffset, (i - starty) * this.avcharHeight + yoffset + Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 4), (i - starty) * this.avcharHeight + yoffset]), 3);
 180 }if (above) {
 181 this.gg.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [this.getSize ().width - this.avcharHeight, this.getSize ().width - this.avcharHeight, this.getSize ().width]),  Clazz.newIntArray (-1, [(i - starty + 1) * this.avcharHeight + yoffset, (i - starty + 1) * this.avcharHeight + yoffset - Clazz.doubleToInt (this.avcharHeight / 4), (i - starty + 1) * this.avcharHeight + yoffset]), 3);
 182 }}, "~N,~N,~N");
 183 Clazz.defineMethod (c$, "setHiddenFont",
 184 function (seq) {
 185 var bold =  new java.awt.Font (this.av.getFont ().getName (), 1, this.av.getFont ().getSize ());
 186 if (this.av.isHiddenRepSequence (seq)) {
 187 this.gg.setFont (bold);
 188 return true;
 189 }return false;
 190 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 191 });