bin/jalview/appletgui/IdPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.MouseListener", "$.MouseMotionListener", "java.lang.Thread", "java.util.Vector"], "jalview.appletgui.IdPanel", ["jalview.appletgui.APopupMenu", "$.IdCanvas", "$.PaintRefresher", "$.Tooltip", "jalview.datamodel.SequenceGroup", "jalview.util.UrlLink", "java.awt.BorderLayout", "java.lang.Float", "$.StringBuffer"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.idCanvas = null;\r
   5 this.av = null;\r
   6 this.alignPanel = null;\r
   7 this.scrollThread = null;\r
   8 this.lastid = -1;\r
   9 this.mouseDragging = false;\r
  10 this.links = null;\r
  11 this.tooltip = null;\r
  12 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.IdPanel.ScrollThread")) {\r
  13 jalview.appletgui.IdPanel.$IdPanel$ScrollThread$ ();\r
  14 }\r
  15 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  16 }, jalview.appletgui, "IdPanel", awt2swing.Panel, [java.awt.event.MouseListener, java.awt.event.MouseMotionListener]);\r
  17 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  18 this.links =  new java.util.Vector ();\r
  19 });\r
  20 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  21 function (av, parent) {\r
  22 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.IdPanel, []);\r
  23 this.setName ("idPanel");\r
  24 this.av = av;\r
  25 this.alignPanel = parent;\r
  26 this.idCanvas =  new jalview.appletgui.IdCanvas (av);\r
  27 this.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());\r
  28 this.add (this.idCanvas, "Center");\r
  29 this.idCanvas.addMouseListener (this);\r
  30 this.idCanvas.addMouseMotionListener (this);\r
  31 if (av.applet != null) {\r
  32 av.applet.getLinkParams (this.links);\r
  33 }{\r
  34 var srsPos = this.links.indexOf ("SRS|http://srs.ebi.ac.uk/srsbin/cgi-bin/wgetz?-newId+(([uniprot-all:$SEQUENCE_ID$]))+-view+SwissEntry");\r
  35 if (srsPos > -1) {\r
  36 this.links.setElementAt ("EMBL-EBI Search|http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$", srsPos);\r
  37 }}if (this.links.size () < 1) {\r
  38 this.links =  new java.util.Vector ();\r
  39 this.links.addElement ("EMBL-EBI Search|http://www.ebi.ac.uk/ebisearch/search.ebi?db=allebi&query=$SEQUENCE_ID$");\r
  40 }}, "jalview.appletgui.AlignViewport,jalview.appletgui.AlignmentPanel");\r
  41 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved", \r
  42 function (e) {\r
  43 var seq = this.alignPanel.seqPanel.findSeq (e);\r
  44 var sequence = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq);\r
  45 var tooltiptext =  new StringBuffer ();\r
  46 if (sequence != null) {\r
  47 if (sequence.getDescription () != null) {\r
  48 tooltiptext.append (sequence.getDescription ());\r
  49 tooltiptext.append ("\n");\r
  50 }var sf = sequence.getSequenceFeatures ();\r
  51 for (var sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++) {\r
  52 if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0) {\r
  53 var nl = false;\r
  54 if (sf[sl].getFeatureGroup () != null) {\r
  55 tooltiptext.append (sf[sl].getFeatureGroup ());\r
  56 nl = true;\r
  57 };if (sf[sl].getType () != null) {\r
  58 tooltiptext.append (" ");\r
  59 tooltiptext.append (sf[sl].getType ());\r
  60 nl = true;\r
  61 };if (sf[sl].getDescription () != null) {\r
  62 tooltiptext.append (" ");\r
  63 tooltiptext.append (sf[sl].getDescription ());\r
  64 nl = true;\r
  65 };if (!Float.isNaN (sf[sl].getScore ()) && sf[sl].getScore () != 0) {\r
  66 tooltiptext.append (" Score = ");\r
  67 tooltiptext.append (sf[sl].getScore ());\r
  68 nl = true;\r
  69 };if (sf[sl].getStatus () != null && sf[sl].getStatus ().length > 0) {\r
  70 tooltiptext.append (" (");\r
  71 tooltiptext.append (sf[sl].getStatus ());\r
  72 tooltiptext.append (")");\r
  73 nl = true;\r
  74 };if (nl) {\r
  75 tooltiptext.append ("\n");\r
  76 }}}\r
  77 }if (tooltiptext.length () == 0) {\r
  78 if (this.tooltip != null) {\r
  79 this.tooltip.setVisible (false);\r
  80 }this.tooltip = null;\r
  81 tooltiptext = null;\r
  82 return;\r
  83 }if (this.tooltip == null) {\r
  84 this.tooltip =  new jalview.appletgui.Tooltip (sequence.getDisplayId (true) + "\n" + tooltiptext.toString (), this.idCanvas);\r
  85 } else {\r
  86 this.tooltip.setTip (sequence.getDisplayId (true) + "\n" + tooltiptext.toString ());\r
  87 }tooltiptext = null;\r
  88 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
  89 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged", \r
  90 function (e) {\r
  91 this.mouseDragging = true;\r
  92 var seq = Math.max (0, this.alignPanel.seqPanel.findSeq (e));\r
  93 if (seq < this.lastid) {\r
  94 this.selectSeqs (this.lastid - 1, seq);\r
  95 } else if (seq > this.lastid) {\r
  96 this.selectSeqs (this.lastid + 1, seq);\r
  97 }this.lastid = seq;\r
  98 this.alignPanel.paintAlignment (false);\r
  99 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 100 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked", \r
 101 function (e) {\r
 102 if (e.getClickCount () < 2) {\r
 103 return;\r
 104 }var seq = this.alignPanel.seqPanel.findSeq (e);\r
 105 var sq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq);\r
 106 if (sq == null) {\r
 107 return;\r
 108 }var id = sq.getName ();\r
 109 var target = null;\r
 110 var url = null;\r
 111 var i = 0;\r
 112 while (url == null && i < this.links.size ()) {\r
 113 url = this.links.elementAt (i++).toString ();\r
 114 var urlLink = null;\r
 115 try {\r
 116 urlLink =  new jalview.util.UrlLink (url);\r
 117 target = urlLink.getTarget ();\r
 118 } catch (foo) {\r
 119 if (Clazz.exceptionOf (foo, Exception)) {\r
 120 System.err.println ("Exception for URLLink '" + url + "'");\r
 121 foo.printStackTrace ();\r
 122 url = null;\r
 123 continue;\r
 124 } else {\r
 125 throw foo;\r
 126 }\r
 127 }\r
 128 ;if (!urlLink.isValid ()) {\r
 129 System.err.println (urlLink.getInvalidMessage ());\r
 130 url = null;\r
 131 continue;\r
 132 }var urls = urlLink.makeUrls (id, true);\r
 133 if (urls == null || urls[0] == null || urls[0].length < 1) {\r
 134 url = null;\r
 135 continue;\r
 136 }url = urls[1];\r
 137 }\r
 138 try {\r
 139 this.alignPanel.alignFrame.showURL (url, target);\r
 140 } catch (ex) {\r
 141 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 142 ex.printStackTrace ();\r
 143 } else {\r
 144 throw ex;\r
 145 }\r
 146 }\r
 147 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 148 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered", \r
 149 function (e) {\r
 150 if (this.scrollThread != null) {\r
 151 this.scrollThread.running = false;\r
 152 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 153 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited", \r
 154 function (e) {\r
 155 if (this.av.getWrapAlignment ()) {\r
 156 return;\r
 157 }if (this.mouseDragging && e.getY () < 0 && this.av.getStartSeq () > 0) {\r
 158 this.scrollThread = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.IdPanel.ScrollThread, this, null, true);\r
 159 }if (this.mouseDragging && e.getY () >= this.getSize ().height && this.av.getAlignment ().getHeight () > this.av.getEndSeq ()) {\r
 160 this.scrollThread = Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.IdPanel.ScrollThread, this, null, false);\r
 161 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 162 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed", \r
 163 function (e) {\r
 164 if (e.getClickCount () > 1) {\r
 165 return;\r
 166 }var y = e.getY ();\r
 167 if (this.av.getWrapAlignment ()) {\r
 168 y -= 2 * this.av.getCharHeight ();\r
 169 }var seq = this.alignPanel.seqPanel.findSeq (e);\r
 170 if ((e.getModifiers () & 4) == 4) {\r
 171 var sq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq);\r
 172 var nlinks =  new java.util.Vector ();\r
 173 for (var l = 0, lSize = this.links.size (); l < lSize; l++) {\r
 174 nlinks.addElement (this.links.elementAt (l));\r
 175 }\r
 176 var sf = sq == null ? null : sq.getSequenceFeatures ();\r
 177 for (var sl = 0; sf != null && sl < sf.length; sl++) {\r
 178 if (sf[sl].begin == sf[sl].end && sf[sl].begin == 0) {\r
 179 if (sf[sl].links != null && sf[sl].links.size () > 0) {\r
 180 for (var l = 0, lSize = sf[sl].links.size (); l < lSize; l++) {\r
 181 nlinks.addElement (sf[sl].links.elementAt (l));\r
 182 }\r
 183 }}}\r
 184 var popup =  new jalview.appletgui.APopupMenu (this.alignPanel, sq, nlinks);\r
 185 this.add (popup);\r
 186 popup.show (this, e.getX (), e.getY ());\r
 187 return;\r
 188 }if ((this.av.getSelectionGroup () == null) || ((!e.isControlDown () && !e.isShiftDown ()) && this.av.getSelectionGroup () != null)) {\r
 189 this.av.setSelectionGroup ( new jalview.datamodel.SequenceGroup ());\r
 190 this.av.getSelectionGroup ().setStartRes (0);\r
 191 this.av.getSelectionGroup ().setEndRes (this.av.getAlignment ().getWidth () - 1);\r
 192 }if (e.isShiftDown () && this.lastid != -1) {\r
 193 this.selectSeqs (this.lastid, seq);\r
 194 } else {\r
 195 this.selectSeq (seq);\r
 196 }this.alignPanel.paintAlignment (false);\r
 197 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 198 Clazz.defineMethod (c$, "selectSeq", \r
 199 function (seq) {\r
 200 this.lastid = seq;\r
 201 var pickedSeq = this.av.getAlignment ().getSequenceAt (seq);\r
 202 this.av.getSelectionGroup ().addOrRemove (pickedSeq, true);\r
 203 }, "~N");\r
 204 Clazz.defineMethod (c$, "selectSeqs", \r
 205 function (start, end) {\r
 206 this.lastid = start;\r
 207 if (end >= this.av.getAlignment ().getHeight ()) {\r
 208 end = this.av.getAlignment ().getHeight () - 1;\r
 209 }if (end < start) {\r
 210 var tmp = start;\r
 211 start = end;\r
 212 end = tmp;\r
 213 this.lastid = end;\r
 214 }if (this.av.getSelectionGroup () == null) {\r
 215 this.av.setSelectionGroup ( new jalview.datamodel.SequenceGroup ());\r
 216 }for (var i = start; i <= end; i++) {\r
 217 this.av.getSelectionGroup ().addSequence (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i), i == end);\r
 218 }\r
 219 }, "~N,~N");\r
 220 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased", \r
 221 function (e) {\r
 222 if (this.scrollThread != null) {\r
 223 this.scrollThread.running = false;\r
 224 }if (this.av.getSelectionGroup () != null) {\r
 225 this.av.getSelectionGroup ().recalcConservation ();\r
 226 }this.mouseDragging = false;\r
 227 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.av.getSequenceSetId ());\r
 228 this.av.sendSelection ();\r
 229 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 230 Clazz.defineMethod (c$, "highlightSearchResults", \r
 231 function (list) {\r
 232 this.idCanvas.setHighlighted (list);\r
 233 if (list == null) {\r
 234 return;\r
 235 }var index = this.av.getAlignment ().findIndex (list.get (0));\r
 236 if (this.av.getStartSeq () > index || this.av.getEndSeq () < index) {\r
 237 this.alignPanel.setScrollValues (this.av.getStartRes (), index);\r
 238 }}, "java.util.List");\r
 239 c$.$IdPanel$ScrollThread$ = function () {\r
 240 Clazz.pu$h ();\r
 241 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 242 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 243 this.running = false;\r
 244 this.up = true;\r
 245 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 246 }, jalview.appletgui.IdPanel, "ScrollThread", Thread);\r
 247 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 248 function (a) {\r
 249 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.IdPanel.ScrollThread, []);\r
 250 this.up = a;\r
 251 this.start ();\r
 252 }, "~B");\r
 253 Clazz.defineMethod (c$, "stopScrolling", \r
 254 function () {\r
 255 this.running = false;\r
 256 });\r
 257 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
 258 function () {\r
 259 this.running = true;\r
 260 while (this.running) {\r
 261 if (this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].alignPanel.scrollUp (this.up)) {\r
 262 var a = this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].av.getStartSeq ();\r
 263 if (!this.up) {\r
 264 a = this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].av.getEndSeq ();\r
 265 }if (a < this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].lastid) {\r
 266 this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].selectSeqs (this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].lastid - 1, a);\r
 267 } else if (a > this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].lastid && a < this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].av.getAlignment ().getHeight ()) {\r
 268 this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].selectSeqs (this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].lastid + 1, a);\r
 269 }this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].lastid = a;\r
 270 } else {\r
 271 this.running = false;\r
 272 }this.b$["jalview.appletgui.IdPanel"].alignPanel.paintAlignment (true);\r
 273 try {\r
 274 Thread.sleep (100);\r
 275 } catch (ex) {\r
 276 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 277 } else {\r
 278 throw ex;\r
 279 }\r
 280 }\r
 281 }\r
 282 });\r
 283 c$ = Clazz.p0p ();\r
 284 };\r
 285 });\r