bin/jalview/appletgui/PaintRefresher.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (null, "jalview.appletgui.PaintRefresher", ["jalview.appletgui.AlignmentPanel", "java.util.Hashtable", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.appletgui, "PaintRefresher");
   4 c$.Register = Clazz.defineMethod (c$, "Register",
   5 function (comp, seqSetId) {
   6 if (jalview.appletgui.PaintRefresher.components == null) {
   7 jalview.appletgui.PaintRefresher.components =  new java.util.Hashtable ();
   8 }if (jalview.appletgui.PaintRefresher.components.containsKey (seqSetId)) {
   9 var comps = jalview.appletgui.PaintRefresher.components.get (seqSetId);
  10 if (!comps.contains (comp)) {
  11 comps.addElement (comp);
  12 }} else {
  13 var vcoms =  new java.util.Vector ();
  14 vcoms.addElement (comp);
  15 jalview.appletgui.PaintRefresher.components.put (seqSetId, vcoms);
  16 }}, "java.awt.Component,~S");
  17 c$.RemoveComponent = Clazz.defineMethod (c$, "RemoveComponent",
  18 function (comp) {
  19 if (jalview.appletgui.PaintRefresher.components == null) {
  20 return;
  21 }var en = jalview.appletgui.PaintRefresher.components.keys ();
  22 while (en.hasMoreElements ()) {
  23 var id = en.nextElement ().toString ();
  24 var comps = jalview.appletgui.PaintRefresher.components.get (id);
  25 comps.removeElement (comp);
  26 if (comps.size () == 0) {
  27 jalview.appletgui.PaintRefresher.components.remove (id);
  28 }}
  29 }, "java.awt.Component");
  30 c$.Refresh = Clazz.defineMethod (c$, "Refresh",
  31 function (source, id) {
  32 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (source, id, false, false);
  33 }, "java.awt.Component,~S");
  34 c$.Refresh = Clazz.defineMethod (c$, "Refresh",
  35 function (source, id, alignmentChanged, validateSequences) {
  36 if (jalview.appletgui.PaintRefresher.components == null) {
  37 return;
  38 }var comp;
  39 var comps = jalview.appletgui.PaintRefresher.components.get (id);
  40 if (comps == null) {
  41 return;
  42 }var e = comps.elements ();
  43 while (e.hasMoreElements ()) {
  44 comp = e.nextElement ();
  45 if (comp === source) {
  46 continue;
  47 }if (!comp.isValid ()) {
  48 comps.removeElement (comp);
  49 } else if (validateSequences && Clazz.instanceOf (comp, jalview.appletgui.AlignmentPanel) && Clazz.instanceOf (source, jalview.appletgui.AlignmentPanel)) {
  50 jalview.appletgui.PaintRefresher.validateSequences ((source).av.getAlignment (), (comp).av.getAlignment ());
  51 }if (Clazz.instanceOf (comp, jalview.appletgui.AlignmentPanel) && alignmentChanged) {
  52 (comp).alignmentChanged ();
  53 }comp.repaint ();
  54 }
  55 }, "java.awt.Component,~S,~B,~B");
  56 c$.validateSequences = Clazz.defineMethod (c$, "validateSequences",
  57 function (source, comp) {
  58 var a1;
  59 if (source.getHiddenSequences ().getSize () > 0) {
  60 a1 = source.getHiddenSequences ().getFullAlignment ().getSequencesArray ();
  61 } else {
  62 a1 = source.getSequencesArray ();
  63 }var a2;
  64 if (comp.getHiddenSequences ().getSize () > 0) {
  65 a2 = comp.getHiddenSequences ().getFullAlignment ().getSequencesArray ();
  66 } else {
  67 a2 = comp.getSequencesArray ();
  68 }var i;
  69 var iSize = a1.length;
  70 var j;
  71 var jSize = a2.length;
  72 if (iSize == jSize) {
  73 return;
  74 }var exists = false;
  75 for (i = 0; i < iSize; i++) {
  76 exists = false;
  77 for (j = 0; j < jSize; j++) {
  78 if (a2[j] === a1[i]) {
  79 exists = true;
  80 break;
  81 }}
  82 if (!exists) {
  83 if (i < comp.getHeight ()) {
  84 var alsq;
  85 {
  86 alsq.add (i, a1[i]);
  87 }} else {
  88 comp.addSequence (a1[i]);
  89 }if (comp.getHiddenSequences ().getSize () > 0) {
  90 a2 = comp.getHiddenSequences ().getFullAlignment ().getSequencesArray ();
  91 } else {
  92 a2 = comp.getSequencesArray ();
  93 }jSize = a2.length;
  94 }}
  95 iSize = a1.length;
  96 jSize = a2.length;
  97 for (j = 0; j < jSize; j++) {
  98 exists = false;
  99 for (i = 0; i < iSize; i++) {
 100 if (a2[j] === a1[i]) {
 101 exists = true;
 102 break;
 103 }}
 104 if (!exists) {
 105 comp.deleteSequence (a2[j]);
 106 }}
 107 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.AlignmentI");
 108 c$.getAssociatedPanels = Clazz.defineMethod (c$, "getAssociatedPanels",
 109 function (id) {
 110 var comps = jalview.appletgui.PaintRefresher.components.get (id);
 111 var tmp =  new java.util.Vector ();
 112 var i;
 113 var iSize = comps.size ();
 114 for (i = 0; i < iSize; i++) {
 115 if (Clazz.instanceOf (comps.elementAt (i), jalview.appletgui.AlignmentPanel)) {
 116 tmp.addElement (comps.elementAt (i));
 117 }}
 118 var result =  new Array (tmp.size ());
 119 for (var ix = 0; ix < result.length; ix++) {
 120 result[ix] = tmp.elementAt (ix);
 121 }
 122 return result;
 123 }, "~S");
 124 Clazz.defineStatics (c$,
 125 "components", null);
 126 });