bin/jalview/appletgui/RedundancyPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["jalview.appletgui.SliderPanel", "java.awt.event.WindowListener", "java.util.Stack"], "jalview.appletgui.RedundancyPanel", ["awt2swing.Frame", "jalview.analysis.AlignSeq", "jalview.appletgui.PaintRefresher", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.commands.EditCommand", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.event.AdjustmentListener", "java.lang.Thread", "java.util.ArrayList", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.historyList = null;
   5 this.redundancy = null;
   6 this.originalSequences = null;
   7 this.frame = null;
   8 this.redundantSeqs = null;
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);
  10 }, jalview.appletgui, "RedundancyPanel", jalview.appletgui.SliderPanel, [Runnable, java.awt.event.WindowListener]);
  11 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  12 this.historyList =  new java.util.Stack ();
  13 });
  14 Clazz.makeConstructor (c$,
  15 function (ap) {
  16 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.RedundancyPanel, [ap, 0, false, null]);
  17 this.redundantSeqs =  new java.util.Vector ();
  18 this.ap = ap;
  19 this.undoButton.setVisible (true);
  20 this.applyButton.setVisible (true);
  21 this.allGroupsCheck.setVisible (false);
  22 this.label.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.enter_redundancy_threshold"));
  23 this.valueField.setText ("100");
  24 this.slider.setVisibleAmount (1);
  25 this.slider.setMinimum (0);
  26 this.slider.setMaximum (100 + this.slider.getVisibleAmount ());
  27 this.slider.setValue (100);
  28 this.slider.addAdjustmentListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.RedundancyPanel$1") ? 0 : jalview.appletgui.RedundancyPanel.$RedundancyPanel$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.RedundancyPanel$1, this, null)));
  29 this.frame =  new awt2swing.Frame ();
  30 this.frame.add (this);
  31 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this.frame, jalview.util.MessageManager.getString ("label.redundancy_threshold_selection"), 400, 100);
  32 this.frame.addWindowListener (this);
  33 var worker =  new Thread (this);
  34 worker.start ();
  35 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");
  36 Clazz.overrideMethod (c$, "run",
  37 function () {
  38 this.label.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.calculating"));
  39 this.slider.setVisible (false);
  40 this.applyButton.setEnabled (false);
  41 this.valueField.setVisible (false);
  42 this.validate ();
  43 var omitHidden = null;
  44 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();
  45 var height;
  46 var start;
  47 var end;
  48 if ((sg != null) && (sg.getSize () >= 1)) {
  49 this.originalSequences = sg.getSequencesInOrder (this.ap.av.getAlignment ());
  50 start = sg.getStartRes ();
  51 end = sg.getEndRes ();
  52 } else {
  53 this.originalSequences = this.ap.av.getAlignment ().getSequencesArray ();
  54 start = 0;
  55 end = this.ap.av.getAlignment ().getWidth ();
  56 }height = this.originalSequences.length;
  57 this.redundancy = jalview.analysis.AlignSeq.computeRedundancyMatrix (this.originalSequences, omitHidden, start, end, false);
  58 this.label.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.enter_redundancy_threshold"));
  59 this.slider.setVisible (true);
  60 this.applyButton.setEnabled (true);
  61 this.valueField.setVisible (true);
  62 this.validate ();
  63 this.sliderValueChanged ();
  64 });
  65 Clazz.defineMethod (c$, "sliderValueChanged",
  66 function () {
  67 if (this.redundancy == null) {
  68 return;
  69 }var value = this.slider.getValue ();
  70 var redundantSequences =  new java.util.ArrayList ();
  71 for (var i = 0; i < this.redundancy.length; i++) {
  72 if (value <= this.redundancy[i]) {
  73 redundantSequences.add (this.originalSequences[i]);
  74 }}
  75 this.ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted (redundantSequences);
  76 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.ap.av.getSequenceSetId (), true, true);
  77 });
  78 Clazz.overrideMethod (c$, "applyButton_actionPerformed",
  79 function () {
  80 var del =  new java.util.Vector ();
  81 this.undoButton.setEnabled (true);
  82 var value = this.slider.getValue ();
  83 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();
  84 for (var i = 0; i < this.redundancy.length; i++) {
  85 if (value <= this.redundancy[i]) {
  86 del.addElement (this.originalSequences[i]);
  87 }}
  88 if (del.size () > 0) {
  89 var deleted =  new Array (del.size ());
  90 var width = 0;
  91 for (var i = 0; i < del.size (); i++) {
  92 deleted[i] = del.elementAt (i);
  93 if (deleted[i].getLength () > width) {
  94 width = deleted[i].getLength ();
  95 }}
  96 var cut =  new jalview.commands.EditCommand (jalview.util.MessageManager.getString ("action.remove_redundancy"), jalview.commands.EditCommand.Action.CUT, deleted, 0, width, this.ap.av.getAlignment ());
  97 var alignment = this.ap.av.getAlignment ();
  98 for (var i = 0; i < del.size (); i++) {
  99 alignment.deleteSequence (deleted[i]);
 100 if (sg != null) {
 101 sg.deleteSequence (deleted[i], false);
 102 }}
 103 this.historyList.push (cut);
 104 this.ap.alignFrame.addHistoryItem (cut);
 105 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this, this.ap.av.getSequenceSetId (), true, true);
 106 this.ap.av.firePropertyChange ("alignment", null, this.ap.av.getAlignment ().getSequences ());
 107 }});
 108 Clazz.overrideMethod (c$, "undoButton_actionPerformed",
 109 function () {
 110 var command = this.historyList.pop ();
 111 command.undoCommand (null);
 112 if (this.ap.av.getHistoryList ().contains (command)) {
 113 this.ap.av.getHistoryList ().remove (command);
 114 this.ap.alignFrame.updateEditMenuBar ();
 115 this.ap.av.firePropertyChange ("alignment", null, this.ap.av.getAlignment ().getSequences ());
 116 }this.ap.paintAlignment (true);
 117 if (this.historyList.size () == 0) {
 118 this.undoButton.setEnabled (false);
 119 }});
 120 Clazz.defineMethod (c$, "valueField_actionPerformed",
 121 function (e) {
 122 try {
 123 var i = Integer.parseInt (this.valueField.getText ());
 124 this.slider.setValue (i);
 125 } catch (ex) {
 126 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 127 this.valueField.setText (this.slider.getValue () + "");
 128 } else {
 129 throw ex;
 130 }
 131 }
 132 }, "java.awt.event.ActionEvent");
 133 Clazz.overrideMethod (c$, "windowOpened",
 134 function (evt) {
 135 }, "java.awt.event.WindowEvent");
 136 Clazz.overrideMethod (c$, "windowClosing",
 137 function (evt) {
 138 this.ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted (null);
 139 }, "java.awt.event.WindowEvent");
 140 Clazz.overrideMethod (c$, "windowClosed",
 141 function (evt) {
 142 }, "java.awt.event.WindowEvent");
 143 Clazz.overrideMethod (c$, "windowActivated",
 144 function (evt) {
 145 }, "java.awt.event.WindowEvent");
 146 Clazz.overrideMethod (c$, "windowDeactivated",
 147 function (evt) {
 148 }, "java.awt.event.WindowEvent");
 149 Clazz.overrideMethod (c$, "windowIconified",
 150 function (evt) {
 151 }, "java.awt.event.WindowEvent");
 152 Clazz.overrideMethod (c$, "windowDeiconified",
 153 function (evt) {
 154 }, "java.awt.event.WindowEvent");
 155 c$.$RedundancyPanel$1$ = function () {
 156 Clazz.pu$h ();
 157 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "RedundancyPanel$1", null, java.awt.event.AdjustmentListener);
 158 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged",
 159 function (evt) {
 160 this.b$["jalview.appletgui.RedundancyPanel"].valueField.setText (this.b$["jalview.appletgui.RedundancyPanel"].slider.getValue () + "");
 161 this.b$["jalview.appletgui.RedundancyPanel"].sliderValueChanged ();
 162 }, "java.awt.event.AdjustmentEvent");
 163 c$ = Clazz.p0p ();
 164 };
 165 });