bin/jalview/appletgui/ScalePanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.MouseListener", "$.MouseMotionListener"], "jalview.appletgui.ScalePanel", ["awt2swing.MenuItem", "$.PopupMenu", "jalview.datamodel.SequenceGroup", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Color", "java.awt.event.ActionListener"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.offy = 4;
   5 this.$width = 0;
   6 this.av = null;
   7 this.ap = null;
   8 this.stretchingGroup = false;
   9 this.min = 0;
  10 this.max = 0;
  11 this.mouseDragging = false;
  12 this.reveal = null;
  13 Clazz.instantialize (this, arguments);
  14 }, jalview.appletgui, "ScalePanel", awt2swing.Panel, [java.awt.event.MouseMotionListener, java.awt.event.MouseListener]);
  15 Clazz.makeConstructor (c$,
  16 function (av, ap) {
  17 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.ScalePanel, []);
  18 this.setName ("scalePanel");
  19 this.setLayout (null);
  20 this.av = av;
  21 this.ap = ap;
  22 this.addMouseListener (this);
  23 this.addMouseMotionListener (this);
  24 }, "jalview.appletgui.AlignViewport,jalview.appletgui.AlignmentPanel");
  25 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
  26 function (evt) {
  27 var x = (Clazz.doubleToInt (evt.getX () / this.av.getCharWidth ())) + this.av.getStartRes ();
  28 var res;
  29 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
  30 res = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (x);
  31 } else {
  32 res = x;
  33 }this.min = res;
  34 this.max = res;
  35 if ((evt.getModifiers () & 4) == 4) {
  36 var pop =  new awt2swing.PopupMenu ();
  37 if (this.reveal != null) {
  38 var item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.reveal"));
  39 item.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.ScalePanel$1") ? 0 : jalview.appletgui.ScalePanel.$ScalePanel$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.ScalePanel$1, this, null)));
  40 pop.add (item);
  41 if (this.av.getColumnSelection ().hasManyHiddenColumns ()) {
  42 item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("action.reveal_all"));
  43 item.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.ScalePanel$2") ? 0 : jalview.appletgui.ScalePanel.$ScalePanel$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.ScalePanel$2, this, null)));
  44 pop.add (item);
  45 }this.add (pop);
  46 pop.show (this, evt.getX (), evt.getY ());
  47 } else if (this.av.getColumnSelection ().contains (res)) {
  48 var item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.hide_columns"));
  49 item.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.ScalePanel$3") ? 0 : jalview.appletgui.ScalePanel.$ScalePanel$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.ScalePanel$3, this, Clazz.cloneFinals ("res", res))));
  50 pop.add (item);
  51 this.add (pop);
  52 pop.show (this, evt.getX (), evt.getY ());
  53 }} else {
  54 if (!evt.isControlDown () && !evt.isShiftDown ()) {
  55 this.av.getColumnSelection ().clear ();
  56 }this.av.getColumnSelection ().addElement (res);
  57 var sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();
  58 for (var i = 0; i < this.av.getAlignment ().getSequences ().size (); i++) {
  59 sg.addSequence (this.av.getAlignment ().getSequenceAt (i), false);
  60 }
  61 sg.setStartRes (res);
  62 sg.setEndRes (res);
  63 this.av.setSelectionGroup (sg);
  64 if (evt.isShiftDown ()) {
  65 var min = Math.min (this.av.getColumnSelection ().getMin (), res);
  66 var max = Math.max (this.av.getColumnSelection ().getMax (), res);
  67 for (var i = min; i < max; i++) {
  68 this.av.getColumnSelection ().addElement (i);
  69 }
  70 sg.setStartRes (min);
  71 sg.setEndRes (max);
  72 }}this.ap.paintAlignment (true);
  73 this.av.sendSelection ();
  74 }, "java.awt.event.MouseEvent");
  75 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
  76 function (evt) {
  77 this.mouseDragging = false;
  78 var res = (Clazz.doubleToInt (evt.getX () / this.av.getCharWidth ())) + this.av.getStartRes ();
  79 if (res > this.av.getAlignment ().getWidth ()) {
  80 res = this.av.getAlignment ().getWidth () - 1;
  81 }if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
  82 res = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (res);
  83 }if (!this.stretchingGroup) {
  84 this.ap.paintAlignment (false);
  85 return;
  86 }var sg = this.av.getSelectionGroup ();
  87 if (res > sg.getStartRes ()) {
  88 sg.setEndRes (res);
  89 } else if (res < sg.getStartRes ()) {
  90 sg.setStartRes (res);
  91 }this.stretchingGroup = false;
  92 this.ap.paintAlignment (false);
  93 this.av.sendSelection ();
  94 }, "java.awt.event.MouseEvent");
  95 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged",
  96 function (evt) {
  97 this.mouseDragging = true;
  98 var res = (Clazz.doubleToInt (evt.getX () / this.av.getCharWidth ())) + this.av.getStartRes ();
  99 if (res < 0) {
 100 res = 0;
 101 }if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 102 res = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (res);
 103 }if (res > this.av.getAlignment ().getWidth ()) {
 104 res = this.av.getAlignment ().getWidth () - 1;
 105 }if (res < this.min) {
 106 this.min = res;
 107 }if (res > this.max) {
 108 this.max = res;
 109 }var sg = this.av.getSelectionGroup ();
 110 if (sg != null) {
 111 this.stretchingGroup = true;
 112 if (!this.av.getColumnSelection ().contains (res)) {
 113 this.av.getColumnSelection ().addElement (res);
 114 }if (res > sg.getStartRes ()) {
 115 sg.setEndRes (res);
 116 }if (res < sg.getStartRes ()) {
 117 sg.setStartRes (res);
 118 }var col;
 119 for (var i = this.min; i <= this.max; i++) {
 120 col = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (i);
 121 if ((col < sg.getStartRes ()) || (col > sg.getEndRes ())) {
 122 this.av.getColumnSelection ().removeElement (col);
 123 } else {
 124 this.av.getColumnSelection ().addElement (col);
 125 }}
 126 this.ap.paintAlignment (false);
 127 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 128 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered",
 129 function (evt) {
 130 if (this.mouseDragging) {
 131 this.ap.seqPanel.scrollCanvas (null);
 132 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 133 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited",
 134 function (evt) {
 135 if (this.mouseDragging) {
 136 this.ap.seqPanel.scrollCanvas (evt);
 137 }}, "java.awt.event.MouseEvent");
 138 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked",
 139 function (evt) {
 140 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 141 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved",
 142 function (evt) {
 143 if (!this.av.hasHiddenColumns ()) {
 144 return;
 145 }var res = (Clazz.doubleToInt (evt.getX () / this.av.getCharWidth ())) + this.av.getStartRes ();
 146 res = this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (res);
 147 this.reveal = null;
 148 for (var region, $region = this.av.getColumnSelection ().getHiddenColumns ().iterator (); $region.hasNext () && ((region = $region.next ()) || true);) {
 149 if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1]) {
 150 this.reveal = region;
 151 break;
 152 }}
 153 this.repaint ();
 154 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 155 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent",
 156 function (g) {
 157 if (this.av.getWrapAlignment ()) return;
 158 this.drawScale (g, this.av.getStartRes (), this.av.getEndRes (), this.getSize ().width, this.getSize ().height);
 159 }, "java.awt.Graphics");
 160 Clazz.defineMethod (c$, "drawScale",
 161 function (gg, startx, endx, width, height) {
 162 gg.setFont (this.av.getFont ());
 163 gg.setColor (java.awt.Color.white);
 164 gg.fillRect (0, 0, width, height);
 165 gg.setColor (java.awt.Color.black);
 166 var cs = this.av.getColumnSelection ();
 167 gg.setColor ( new java.awt.Color (220, 0, 0));
 168 var avcharWidth = this.av.getCharWidth ();
 169 var avcharHeight = this.av.getCharHeight ();
 170 for (var i = 0; i < cs.size (); i++) {
 171 var sel = cs.columnAt (i);
 172 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 173 sel = this.av.getColumnSelection ().findColumnPosition (sel);
 174 }if ((sel >= startx) && (sel <= endx)) {
 175 gg.fillRect ((sel - startx) * avcharWidth, 0, avcharWidth, this.getSize ().height);
 176 }}
 177 gg.setColor (java.awt.Color.black);
 178 var scalestartx = (Clazz.doubleToInt (startx / 10)) * 10;
 179 var fm = gg.getFontMetrics (this.av.getFont ());
 180 var y = avcharHeight - fm.getDescent ();
 181 if ((scalestartx % 10) == 0) {
 182 scalestartx += 5;
 183 }var string;
 184 var maxX = 0;
 185 for (var i = scalestartx; i < endx; i += 5) {
 186 if ((i % 10) == 0) {
 187 string = String.valueOf (this.av.getColumnSelection ().adjustForHiddenColumns (i));
 188 if ((i - startx - 1) * avcharWidth > maxX) {
 189 gg.drawString (string, (i - startx - 1) * avcharWidth, y);
 190 maxX = (i - startx + 1) * avcharWidth + fm.stringWidth (string);
 191 }gg.drawLine (((i - startx - 1) * avcharWidth) + (Clazz.doubleToInt (avcharWidth / 2)), y + 2, ((i - startx - 1) * avcharWidth) + (Clazz.doubleToInt (avcharWidth / 2)), y + (fm.getDescent () * 2));
 192 } else {
 193 gg.drawLine (((i - startx - 1) * avcharWidth) + (Clazz.doubleToInt (avcharWidth / 2)), y + fm.getDescent (), ((i - startx - 1) * avcharWidth) + (Clazz.doubleToInt (avcharWidth / 2)), y + (fm.getDescent () * 2));
 194 }}
 195 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {
 196 gg.setColor (java.awt.Color.blue);
 197 var res;
 198 if (this.av.getShowHiddenMarkers ()) {
 199 for (var i = 0; i < this.av.getColumnSelection ().getHiddenColumns ().size (); i++) {
 200 res = this.av.getColumnSelection ().findHiddenRegionPosition (i) - startx;
 201 if (res < 0 || res > endx - scalestartx) {
 202 continue;
 203 }gg.fillPolygon ( Clazz.newIntArray (-1, [res * avcharWidth - Clazz.doubleToInt (avcharHeight / 4), res * avcharWidth + Clazz.doubleToInt (avcharHeight / 4), res * avcharWidth]),  Clazz.newIntArray (-1, [y - Clazz.doubleToInt (avcharHeight / 2), y - Clazz.doubleToInt (avcharHeight / 2), y + 8]), 3);
 204 }
 205 }if (this.reveal != null && this.reveal[0] > startx && this.reveal[0] < endx) {
 206 gg.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.reveal_columns"), this.reveal[0] * avcharWidth, 0);
 207 }}}, "java.awt.Graphics,~N,~N,~N,~N");
 208 c$.$ScalePanel$1$ = function () {
 209 Clazz.pu$h ();
 210 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "ScalePanel$1", null, java.awt.event.ActionListener);
 211 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 212 function (e) {
 213 this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].av.showColumn (this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].reveal[0]);
 214 this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].reveal = null;
 215 this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].ap.paintAlignment (true);
 216 if (this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].ap.overviewPanel != null) {
 217 this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].ap.overviewPanel.updateOverviewImage ();
 218 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
 219 c$ = Clazz.p0p ();
 220 };
 221 c$.$ScalePanel$2$ = function () {
 222 Clazz.pu$h ();
 223 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "ScalePanel$2", null, java.awt.event.ActionListener);
 224 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 225 function (e) {
 226 this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].av.showAllHiddenColumns ();
 227 this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].reveal = null;
 228 this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].ap.paintAlignment (true);
 229 if (this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].ap.overviewPanel != null) {
 230 this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].ap.overviewPanel.updateOverviewImage ();
 231 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
 232 c$ = Clazz.p0p ();
 233 };
 234 c$.$ScalePanel$3$ = function () {
 235 Clazz.pu$h ();
 236 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "ScalePanel$3", null, java.awt.event.ActionListener);
 237 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 238 function (e) {
 239 this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].av.hideColumns (this.f$.res, this.f$.res);
 240 if (this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].av.getSelectionGroup () != null && this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].av.getSelectionGroup ().getSize () == this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].av.getAlignment ().getHeight ()) {
 241 this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].av.setSelectionGroup (null);
 242 }this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].ap.paintAlignment (true);
 243 if (this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].ap.overviewPanel != null) {
 244 this.b$["jalview.appletgui.ScalePanel"].ap.overviewPanel.updateOverviewImage ();
 245 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
 246 c$ = Clazz.p0p ();
 247 };
 248 });