bin/jalview/appletgui/SliderPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "$.AdjustmentListener", "$.MouseListener", "awt2swing.Button", "$.Checkbox", "$.Label", "$.Scrollbar", "$.TextField", "java.awt.BorderLayout", "$.FlowLayout"], "jalview.appletgui.SliderPanel", ["awt2swing.Frame", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Color", "$.Font", "java.awt.event.WindowAdapter"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.ap = null;
   5 this.forConservation = true;
   6 this.cs = null;
   7 this.slider = null;
   8 this.valueField = null;
   9 this.label = null;
  10 this.jPanel1 = null;
  11 this.jPanel2 = null;
  12 this.applyButton = null;
  13 this.undoButton = null;
  14 this.flowLayout1 = null;
  15 this.allGroupsCheck = null;
  16 this.borderLayout1 = null;
  17 this.borderLayout2 = null;
  18 this.flowLayout2 = null;
  19 Clazz.instantialize (this, arguments);
  20 }, jalview.appletgui, "SliderPanel", awt2swing.Panel, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.AdjustmentListener, java.awt.event.MouseListener]);
  21 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  22 this.slider =  new awt2swing.Scrollbar ();
  23 this.valueField =  new awt2swing.TextField ();
  24 this.label =  new awt2swing.Label ();
  25 this.jPanel1 =  new awt2swing.Panel ();
  26 this.jPanel2 =  new awt2swing.Panel ();
  27 this.applyButton =  new awt2swing.Button ();
  28 this.undoButton =  new awt2swing.Button ();
  29 this.flowLayout1 =  new java.awt.FlowLayout ();
  30 this.allGroupsCheck =  new awt2swing.Checkbox ();
  31 this.borderLayout1 =  new java.awt.BorderLayout ();
  32 this.borderLayout2 =  new java.awt.BorderLayout ();
  33 this.flowLayout2 =  new java.awt.FlowLayout ();
  34 });
  35 c$.setConservationSlider = Clazz.defineMethod (c$, "setConservationSlider",
  36 function (ap, cs, source) {
  37 var sp = null;
  38 if (jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider == null) {
  39 sp =  new jalview.appletgui.SliderPanel (ap, cs.getConservationInc (), true, cs);
  40 jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider =  new awt2swing.Frame ();
  41 jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider.add (sp);
  42 } else {
  43 sp = jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider.getComponent (0);
  44 sp.cs = cs;
  45 }jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider.setTitle (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.conservation_colour_increment",  Clazz.newArray (-1, [source])));
  46 if (ap.av.getAlignment ().getGroups () != null) {
  47 sp.setAllGroupsCheckEnabled (true);
  48 } else {
  49 sp.setAllGroupsCheckEnabled (false);
  50 }return sp.getValue ();
  51 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,jalview.schemes.ColourSchemeI,~S");
  52 c$.showConservationSlider = Clazz.defineMethod (c$, "showConservationSlider",
  53 function () {
  54 try {
  55 jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider.setVisible (false);
  56 jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider = null;
  57 } catch (ex) {
  58 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  59 } else {
  60 throw ex;
  61 }
  62 }
  63 if (!jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider.isVisible ()) {
  64 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider, jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider.getTitle (), 420, 100);
  65 jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider.addWindowListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.SliderPanel$1") ? 0 : jalview.appletgui.SliderPanel.$SliderPanel$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.SliderPanel$1, this, null)));
  66 }});
  67 c$.setPIDSliderSource = Clazz.defineMethod (c$, "setPIDSliderSource",
  68 function (ap, cs, source) {
  69 var pid = null;
  70 if (jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider == null) {
  71 pid =  new jalview.appletgui.SliderPanel (ap, 50, false, cs);
  72 jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider =  new awt2swing.Frame ();
  73 jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider.add (pid);
  74 } else {
  75 pid = jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider.getComponent (0);
  76 pid.cs = cs;
  77 }jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider.setTitle (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.percentage_identity_thereshold",  Clazz.newArray (-1, [source])));
  78 if (ap.av.getAlignment ().getGroups () != null) {
  79 pid.setAllGroupsCheckEnabled (true);
  80 } else {
  81 pid.setAllGroupsCheckEnabled (false);
  82 }return pid.getValue ();
  83 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,jalview.schemes.ColourSchemeI,~S");
  84 c$.showPIDSlider = Clazz.defineMethod (c$, "showPIDSlider",
  85 function () {
  86 try {
  87 jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider.setVisible (false);
  88 jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider = null;
  89 } catch (ex) {
  90 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
  91 } else {
  92 throw ex;
  93 }
  94 }
  95 if (!jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider.isVisible ()) {
  96 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider, jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider.getTitle (), 420, 100);
  97 jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider.addWindowListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.SliderPanel$2") ? 0 : jalview.appletgui.SliderPanel.$SliderPanel$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.SliderPanel$2, this, null)));
  98 }});
  99 Clazz.makeConstructor (c$,
 100 function (ap, value, forConserve, cs) {
 101 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.SliderPanel, []);
 102 try {
 103 this.jbInit ();
 104 } catch (e) {
 105 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
 106 e.printStackTrace ();
 107 } else {
 108 throw e;
 109 }
 110 }
 111 this.ap = ap;
 112 this.cs = cs;
 113 this.forConservation = forConserve;
 114 this.undoButton.setVisible (false);
 115 this.applyButton.setVisible (false);
 116 if (this.forConservation) {
 117 this.label.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.modify_conservation_visibility"));
 118 this.slider.setMinimum (0);
 119 this.slider.setMaximum (50 + this.slider.getVisibleAmount ());
 120 this.slider.setUnitIncrement (1);
 121 } else {
 122 this.label.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.colour_residues_above_occurence"));
 123 this.slider.setMinimum (0);
 124 this.slider.setMaximum (100 + this.slider.getVisibleAmount ());
 125 this.slider.setBlockIncrement (1);
 126 }this.slider.addAdjustmentListener (this);
 127 this.slider.addMouseListener (this);
 128 this.slider.setValue (value);
 129 this.valueField.setText (value + "");
 130 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,~N,~B,jalview.schemes.ColourSchemeI");
 131 Clazz.defineMethod (c$, "valueChanged",
 132 function (i) {
 133 if (this.cs == null) {
 134 return;
 135 }var toChange = this.cs;
 136 var allGroups = null;
 137 if (this.allGroupsCheck.getState ()) {
 138 allGroups = this.ap.av.getAlignment ().getGroups ().listIterator ();
 139 }while (toChange != null) {
 140 if (this.forConservation) {
 141 toChange.setConservationInc (i);
 142 } else {
 143 toChange.setThreshold (i, this.ap.av.isIgnoreGapsConsensus ());
 144 }if (allGroups != null && allGroups.hasNext ()) {
 145 while ((toChange = allGroups.next ().cs) == null && allGroups.hasNext ()) {
 146 ;}
 147 } else {
 148 toChange = null;
 149 }}
 150 this.ap.seqPanel.seqCanvas.repaint ();
 151 }, "~N");
 152 Clazz.defineMethod (c$, "setAllGroupsCheckEnabled",
 153 function (b) {
 154 this.allGroupsCheck.setEnabled (b);
 155 }, "~B");
 156 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed",
 157 function (evt) {
 158 if (evt.getSource () === this.applyButton) {
 159 this.applyButton_actionPerformed ();
 160 } else if (evt.getSource () === this.undoButton) {
 161 this.undoButton_actionPerformed ();
 162 } else if (evt.getSource () === this.valueField) {
 163 this.valueField_actionPerformed ();
 164 }}, "java.awt.event.ActionEvent");
 165 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged",
 166 function (evt) {
 167 this.valueField.setText (this.slider.getValue () + "");
 168 this.valueChanged (this.slider.getValue ());
 169 }, "java.awt.event.AdjustmentEvent");
 170 Clazz.defineMethod (c$, "valueField_actionPerformed",
 171 function () {
 172 try {
 173 var i = Integer.parseInt (this.valueField.getText ());
 174 this.slider.setValue (i);
 175 } catch (ex) {
 176 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {
 177 this.valueField.setText (this.slider.getValue () + "");
 178 } else {
 179 throw ex;
 180 }
 181 }
 182 });
 183 Clazz.defineMethod (c$, "setValue",
 184 function (value) {
 185 this.slider.setValue (value);
 186 }, "~N");
 187 Clazz.defineMethod (c$, "getValue",
 188 function () {
 189 return Integer.parseInt (this.valueField.getText ());
 190 });
 191 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit",
 192 ($fz = function () {
 193 this.setLayout (this.borderLayout2);
 194 this.slider.setBackground (java.awt.Color.white);
 195 this.slider.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 196 this.slider.setOrientation (0);
 197 this.valueField.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 198 this.valueField.setText ("   ");
 199 this.valueField.addActionListener (this);
 200 this.valueField.setColumns (3);
 201 this.label.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 202 this.label.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.set_this_label_text"));
 203 this.jPanel1.setLayout (this.borderLayout1);
 204 this.jPanel2.setLayout (this.flowLayout1);
 205 this.applyButton.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 206 this.applyButton.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.apply"));
 207 this.applyButton.addActionListener (this);
 208 this.undoButton.setEnabled (false);
 209 this.undoButton.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 210 this.undoButton.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.undo"));
 211 this.undoButton.addActionListener (this);
 212 this.allGroupsCheck.setEnabled (false);
 213 this.allGroupsCheck.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));
 214 this.allGroupsCheck.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.apply_threshold_all_groups"));
 215 this.allGroupsCheck.setName (jalview.util.MessageManager.getString ("action.apply_all_groups"));
 216 this.setBackground (java.awt.Color.white);
 217 this.setForeground (java.awt.Color.black);
 218 this.jPanel2.add (this.label, null);
 219 this.jPanel2.add (this.applyButton, null);
 220 this.jPanel2.add (this.undoButton, null);
 221 this.jPanel2.add (this.allGroupsCheck);
 222 this.jPanel1.add (this.valueField, "East");
 223 this.jPanel1.add (this.slider, "Center");
 224 this.add (this.jPanel1, "South");
 225 this.add (this.jPanel2, "Center");
 226 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 227 Clazz.defineMethod (c$, "applyButton_actionPerformed",
 228 function () {
 229 });
 230 Clazz.defineMethod (c$, "undoButton_actionPerformed",
 231 function () {
 232 });
 233 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed",
 234 function (evt) {
 235 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 236 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased",
 237 function (evt) {
 238 this.ap.paintAlignment (true);
 239 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 240 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked",
 241 function (evt) {
 242 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 243 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered",
 244 function (evt) {
 245 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 246 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited",
 247 function (evt) {
 248 }, "java.awt.event.MouseEvent");
 249 c$.$SliderPanel$1$ = function () {
 250 Clazz.pu$h ();
 251 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "SliderPanel$1", java.awt.event.WindowAdapter);
 252 Clazz.overrideMethod (c$, "windowClosing",
 253 function (e) {
 254 jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider = null;
 255 }, "java.awt.event.WindowEvent");
 256 c$ = Clazz.p0p ();
 257 };
 258 c$.$SliderPanel$2$ = function () {
 259 Clazz.pu$h ();
 260 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "SliderPanel$2", java.awt.event.WindowAdapter);
 261 Clazz.overrideMethod (c$, "windowClosing",
 262 function (e) {
 263 jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider = null;
 264 }, "java.awt.event.WindowEvent");
 265 c$ = Clazz.p0p ();
 266 };
 267 Clazz.defineStatics (c$,
 268 "conservationSlider", null,
 269 "PIDSlider", null);
 270 });