bin/jalview/appletgui/SliderPanel.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "$.AdjustmentListener", "$.MouseListener", "awt2swing.Button", "$.Checkbox", "$.Label", "$.Scrollbar", "$.TextField", "java.awt.BorderLayout", "$.FlowLayout"], "jalview.appletgui.SliderPanel", ["awt2swing.Frame", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.util.MessageManager", "java.awt.Color", "$.Font", "java.awt.event.WindowAdapter"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.ap = null;\r
   5 this.forConservation = true;\r
   6 this.cs = null;\r
   7 this.slider = null;\r
   8 this.valueField = null;\r
   9 this.label = null;\r
  10 this.jPanel1 = null;\r
  11 this.jPanel2 = null;\r
  12 this.applyButton = null;\r
  13 this.undoButton = null;\r
  14 this.flowLayout1 = null;\r
  15 this.allGroupsCheck = null;\r
  16 this.borderLayout1 = null;\r
  17 this.borderLayout2 = null;\r
  18 this.flowLayout2 = null;\r
  19 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  20 }, jalview.appletgui, "SliderPanel", awt2swing.Panel, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.AdjustmentListener, java.awt.event.MouseListener]);\r
  21 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  22 this.slider =  new awt2swing.Scrollbar ();\r
  23 this.valueField =  new awt2swing.TextField ();\r
  24 this.label =  new awt2swing.Label ();\r
  25 this.jPanel1 =  new awt2swing.Panel ();\r
  26 this.jPanel2 =  new awt2swing.Panel ();\r
  27 this.applyButton =  new awt2swing.Button ();\r
  28 this.undoButton =  new awt2swing.Button ();\r
  29 this.flowLayout1 =  new java.awt.FlowLayout ();\r
  30 this.allGroupsCheck =  new awt2swing.Checkbox ();\r
  31 this.borderLayout1 =  new java.awt.BorderLayout ();\r
  32 this.borderLayout2 =  new java.awt.BorderLayout ();\r
  33 this.flowLayout2 =  new java.awt.FlowLayout ();\r
  34 });\r
  35 c$.setConservationSlider = Clazz.defineMethod (c$, "setConservationSlider", \r
  36 function (ap, cs, source) {\r
  37 var sp = null;\r
  38 if (jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider == null) {\r
  39 sp =  new jalview.appletgui.SliderPanel (ap, cs.getConservationInc (), true, cs);\r
  40 jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider =  new awt2swing.Frame ();\r
  41 jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider.add (sp);\r
  42 } else {\r
  43 sp = jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider.getComponent (0);\r
  44 sp.cs = cs;\r
  45 }jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider.setTitle (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.conservation_colour_increment",  Clazz.newArray (-1, [source])));\r
  46 if (ap.av.getAlignment ().getGroups () != null) {\r
  47 sp.setAllGroupsCheckEnabled (true);\r
  48 } else {\r
  49 sp.setAllGroupsCheckEnabled (false);\r
  50 }return sp.getValue ();\r
  51 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,jalview.schemes.ColourSchemeI,~S");\r
  52 c$.showConservationSlider = Clazz.defineMethod (c$, "showConservationSlider", \r
  53 function () {\r
  54 try {\r
  55 jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider.setVisible (false);\r
  56 jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider = null;\r
  57 } catch (ex) {\r
  58 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
  59 } else {\r
  60 throw ex;\r
  61 }\r
  62 }\r
  63 if (!jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider.isVisible ()) {\r
  64 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider, jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider.getTitle (), 420, 100);\r
  65 jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider.addWindowListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.SliderPanel$1") ? 0 : jalview.appletgui.SliderPanel.$SliderPanel$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.SliderPanel$1, this, null)));\r
  66 }});\r
  67 c$.setPIDSliderSource = Clazz.defineMethod (c$, "setPIDSliderSource", \r
  68 function (ap, cs, source) {\r
  69 var pid = null;\r
  70 if (jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider == null) {\r
  71 pid =  new jalview.appletgui.SliderPanel (ap, 50, false, cs);\r
  72 jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider =  new awt2swing.Frame ();\r
  73 jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider.add (pid);\r
  74 } else {\r
  75 pid = jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider.getComponent (0);\r
  76 pid.cs = cs;\r
  77 }jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider.setTitle (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("label.percentage_identity_thereshold",  Clazz.newArray (-1, [source])));\r
  78 if (ap.av.getAlignment ().getGroups () != null) {\r
  79 pid.setAllGroupsCheckEnabled (true);\r
  80 } else {\r
  81 pid.setAllGroupsCheckEnabled (false);\r
  82 }return pid.getValue ();\r
  83 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,jalview.schemes.ColourSchemeI,~S");\r
  84 c$.showPIDSlider = Clazz.defineMethod (c$, "showPIDSlider", \r
  85 function () {\r
  86 try {\r
  87 jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider.setVisible (false);\r
  88 jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider = null;\r
  89 } catch (ex) {\r
  90 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
  91 } else {\r
  92 throw ex;\r
  93 }\r
  94 }\r
  95 if (!jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider.isVisible ()) {\r
  96 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider, jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider.getTitle (), 420, 100);\r
  97 jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider.addWindowListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.SliderPanel$2") ? 0 : jalview.appletgui.SliderPanel.$SliderPanel$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.SliderPanel$2, this, null)));\r
  98 }});\r
  99 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 100 function (ap, value, forConserve, cs) {\r
 101 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.SliderPanel, []);\r
 102 try {\r
 103 this.jbInit ();\r
 104 } catch (e) {\r
 105 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 106 e.printStackTrace ();\r
 107 } else {\r
 108 throw e;\r
 109 }\r
 110 }\r
 111 this.ap = ap;\r
 112 this.cs = cs;\r
 113 this.forConservation = forConserve;\r
 114 this.undoButton.setVisible (false);\r
 115 this.applyButton.setVisible (false);\r
 116 if (this.forConservation) {\r
 117 this.label.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.modify_conservation_visibility"));\r
 118 this.slider.setMinimum (0);\r
 119 this.slider.setMaximum (50 + this.slider.getVisibleAmount ());\r
 120 this.slider.setUnitIncrement (1);\r
 121 } else {\r
 122 this.label.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.colour_residues_above_occurence"));\r
 123 this.slider.setMinimum (0);\r
 124 this.slider.setMaximum (100 + this.slider.getVisibleAmount ());\r
 125 this.slider.setBlockIncrement (1);\r
 126 }this.slider.addAdjustmentListener (this);\r
 127 this.slider.addMouseListener (this);\r
 128 this.slider.setValue (value);\r
 129 this.valueField.setText (value + "");\r
 130 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel,~N,~B,jalview.schemes.ColourSchemeI");\r
 131 Clazz.defineMethod (c$, "valueChanged", \r
 132 function (i) {\r
 133 if (this.cs == null) {\r
 134 return;\r
 135 }var toChange = this.cs;\r
 136 var allGroups = null;\r
 137 if (this.allGroupsCheck.getState ()) {\r
 138 allGroups = this.ap.av.getAlignment ().getGroups ().listIterator ();\r
 139 }while (toChange != null) {\r
 140 if (this.forConservation) {\r
 141 toChange.setConservationInc (i);\r
 142 } else {\r
 143 toChange.setThreshold (i, this.ap.av.isIgnoreGapsConsensus ());\r
 144 }if (allGroups != null && allGroups.hasNext ()) {\r
 145 while ((toChange = allGroups.next ().cs) == null && allGroups.hasNext ()) {\r
 146 ;}\r
 147 } else {\r
 148 toChange = null;\r
 149 }}\r
 150 this.ap.seqPanel.seqCanvas.repaint ();\r
 151 }, "~N");\r
 152 Clazz.defineMethod (c$, "setAllGroupsCheckEnabled", \r
 153 function (b) {\r
 154 this.allGroupsCheck.setEnabled (b);\r
 155 }, "~B");\r
 156 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 157 function (evt) {\r
 158 if (evt.getSource () === this.applyButton) {\r
 159 this.applyButton_actionPerformed ();\r
 160 } else if (evt.getSource () === this.undoButton) {\r
 161 this.undoButton_actionPerformed ();\r
 162 } else if (evt.getSource () === this.valueField) {\r
 163 this.valueField_actionPerformed ();\r
 164 }}, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 165 Clazz.overrideMethod (c$, "adjustmentValueChanged", \r
 166 function (evt) {\r
 167 this.valueField.setText (this.slider.getValue () + "");\r
 168 this.valueChanged (this.slider.getValue ());\r
 169 }, "java.awt.event.AdjustmentEvent");\r
 170 Clazz.defineMethod (c$, "valueField_actionPerformed", \r
 171 function () {\r
 172 try {\r
 173 var i = Integer.parseInt (this.valueField.getText ());\r
 174 this.slider.setValue (i);\r
 175 } catch (ex) {\r
 176 if (Clazz.exceptionOf (ex, Exception)) {\r
 177 this.valueField.setText (this.slider.getValue () + "");\r
 178 } else {\r
 179 throw ex;\r
 180 }\r
 181 }\r
 182 });\r
 183 Clazz.defineMethod (c$, "setValue", \r
 184 function (value) {\r
 185 this.slider.setValue (value);\r
 186 }, "~N");\r
 187 Clazz.defineMethod (c$, "getValue", \r
 188 function () {\r
 189 return Integer.parseInt (this.valueField.getText ());\r
 190 });\r
 191 Clazz.defineMethod (c$, "jbInit", \r
 192 ($fz = function () {\r
 193 this.setLayout (this.borderLayout2);\r
 194 this.slider.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 195 this.slider.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));\r
 196 this.slider.setOrientation (0);\r
 197 this.valueField.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));\r
 198 this.valueField.setText ("   ");\r
 199 this.valueField.addActionListener (this);\r
 200 this.valueField.setColumns (3);\r
 201 this.label.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));\r
 202 this.label.setText (jalview.util.MessageManager.getString ("label.set_this_label_text"));\r
 203 this.jPanel1.setLayout (this.borderLayout1);\r
 204 this.jPanel2.setLayout (this.flowLayout1);\r
 205 this.applyButton.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));\r
 206 this.applyButton.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.apply"));\r
 207 this.applyButton.addActionListener (this);\r
 208 this.undoButton.setEnabled (false);\r
 209 this.undoButton.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));\r
 210 this.undoButton.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.undo"));\r
 211 this.undoButton.addActionListener (this);\r
 212 this.allGroupsCheck.setEnabled (false);\r
 213 this.allGroupsCheck.setFont ( new java.awt.Font ("Verdana", 0, 11));\r
 214 this.allGroupsCheck.setLabel (jalview.util.MessageManager.getString ("action.apply_threshold_all_groups"));\r
 215 this.allGroupsCheck.setName (jalview.util.MessageManager.getString ("action.apply_all_groups"));\r
 216 this.setBackground (java.awt.Color.white);\r
 217 this.setForeground (java.awt.Color.black);\r
 218 this.jPanel2.add (this.label, null);\r
 219 this.jPanel2.add (this.applyButton, null);\r
 220 this.jPanel2.add (this.undoButton, null);\r
 221 this.jPanel2.add (this.allGroupsCheck);\r
 222 this.jPanel1.add (this.valueField, "East");\r
 223 this.jPanel1.add (this.slider, "Center");\r
 224 this.add (this.jPanel1, "South");\r
 225 this.add (this.jPanel2, "Center");\r
 226 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 227 Clazz.defineMethod (c$, "applyButton_actionPerformed", \r
 228 function () {\r
 229 });\r
 230 Clazz.defineMethod (c$, "undoButton_actionPerformed", \r
 231 function () {\r
 232 });\r
 233 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed", \r
 234 function (evt) {\r
 235 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 236 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased", \r
 237 function (evt) {\r
 238 this.ap.paintAlignment (true);\r
 239 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 240 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked", \r
 241 function (evt) {\r
 242 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 243 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered", \r
 244 function (evt) {\r
 245 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 246 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited", \r
 247 function (evt) {\r
 248 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 249 c$.$SliderPanel$1$ = function () {\r
 250 Clazz.pu$h ();\r
 251 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "SliderPanel$1", java.awt.event.WindowAdapter);\r
 252 Clazz.overrideMethod (c$, "windowClosing", \r
 253 function (e) {\r
 254 jalview.appletgui.SliderPanel.conservationSlider = null;\r
 255 }, "java.awt.event.WindowEvent");\r
 256 c$ = Clazz.p0p ();\r
 257 };\r
 258 c$.$SliderPanel$2$ = function () {\r
 259 Clazz.pu$h ();\r
 260 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "SliderPanel$2", java.awt.event.WindowAdapter);\r
 261 Clazz.overrideMethod (c$, "windowClosing", \r
 262 function (e) {\r
 263 jalview.appletgui.SliderPanel.PIDSlider = null;\r
 264 }, "java.awt.event.WindowEvent");\r
 265 c$ = Clazz.p0p ();\r
 266 };\r
 267 Clazz.defineStatics (c$,\r
 268 "conservationSlider", null,\r
 269 "PIDSlider", null);\r
 270 });\r