bin/jalview/appletgui/SplitFrame.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");
   2 Clazz.load (["jalview.appletgui.EmbmenuFrame"], "jalview.appletgui.SplitFrame", ["awt2swing.Panel", "jalview.analysis.AlignmentUtils", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.structure.StructureSelectionManager", "java.awt.BorderLayout", "$.Dimension", "$.GridLayout"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.topFrame = null;
   5 this.bottomFrame = null;
   6 this.outermost = null;
   7 Clazz.instantialize (this, arguments);
   8 }, jalview.appletgui, "SplitFrame", jalview.appletgui.EmbmenuFrame);
   9 Clazz.makeConstructor (c$,
  10 function (af1, af2) {
  11 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.SplitFrame, []);
  12 this.topFrame = af1;
  13 this.bottomFrame = af2;
  14 this.init ();
  15 }, "jalview.appletgui.AlignFrame,jalview.appletgui.AlignFrame");
  16 Clazz.defineMethod (c$, "init",
  17 function () {
  18 var $private = Clazz.checkPrivateMethod (arguments);
  19 if ($private != null) {
  20 return $private.apply (this, arguments);
  21 }
  22 this.constructSplit ();
  23 var topViewport = this.topFrame.viewport;
  24 var bottomViewport = this.bottomFrame.viewport;
  25 var topAlignment = topViewport.getAlignment ();
  26 var bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment ();
  27 var cdna = topAlignment.isNucleotide () ? topViewport : (bottomAlignment.isNucleotide () ? bottomViewport : null);
  28 var protein = !topAlignment.isNucleotide () ? topViewport : (!bottomAlignment.isNucleotide () ? bottomViewport : null);
  29 var mapped = jalview.analysis.AlignmentUtils.mapProteinToCdna (protein.getAlignment (), cdna.getAlignment ());
  30 if (mapped) {
  31 var ssm = jalview.structure.StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager (topViewport.applet);
  32 ssm.addMappings (protein.getAlignment ().getCodonFrames ());
  33 topViewport.setCodingComplement (bottomViewport);
  34 ssm.addCommandListener (cdna);
  35 ssm.addCommandListener (protein);
  36 }protein.initComplementConsensus ();
  37 var ap = topAlignment.isNucleotide () ? this.bottomFrame.alignPanel : this.topFrame.alignPanel;
  38 protein.updateConsensus (ap);
  39 this.adjustLayout ();
  40 });
  41 Clazz.defineMethod (c$, "constructSplit",
  42 function () {
  43 this.unsetMenuBar ();
  44 this.outermost =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.GridLayout (2, 1));
  45 var topPanel =  new awt2swing.Panel ();
  46 var bottomPanel =  new awt2swing.Panel ();
  47 this.outermost.add (topPanel);
  48 this.outermost.add (bottomPanel);
  49 this.addAlignFrameComponents (this.topFrame, topPanel);
  50 this.addAlignFrameComponents (this.bottomFrame, bottomPanel);
  51 });
  52 Clazz.defineMethod (c$, "adjustLayout",
  53 function () {
  54 var cdna = this.topFrame.getAlignViewport ().getAlignment ().isNucleotide () ? this.topFrame.viewport : this.bottomFrame.viewport;
  55 var protein = cdna === this.topFrame.viewport ? this.bottomFrame.viewport : this.topFrame.viewport;
  56 var w1 = this.topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth ();
  57 var w2 = this.bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth ();
  58 var w3 = Math.max (w1, w2);
  59 if (w1 != w3) {
  60 var d = this.topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize ();
  61 this.topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize ( new java.awt.Dimension (w3, d.height));
  62 }if (w2 != w3) {
  63 var d = this.bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize ();
  64 this.bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize ( new java.awt.Dimension (w3, d.height));
  65 }if (protein != null && cdna != null) {
  66 var vs = protein.getViewStyle ();
  67 var scale = vs.isScaleProteinAsCdna () ? 3 : 1;
  68 vs.setCharWidth (scale * cdna.getViewStyle ().getCharWidth ());
  69 protein.setViewStyle (vs);
  70 }});
  71 Clazz.defineMethod (c$, "addAlignFrameComponents",
  72 ($fz = function (af, panel) {
  73 panel.setLayout ( new java.awt.BorderLayout ());
  74 var menuPanel = af.makeEmbeddedPopupMenu (af.getJMenuBar (), true, false);
  75 panel.add (menuPanel, "North");
  76 panel.add (af.statusBar, "South");
  77 panel.add (af.alignPanel, "Center");
  78 af.setSplitFrame (this);
  79 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.appletgui.AlignFrame,awt2swing.Panel");
  80 Clazz.defineMethod (c$, "addToDisplay",
  81 function (embedded, applet) {
  82 this.createSplitFrameWindow (embedded, applet);
  83 this.validate ();
  84 this.topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight ();
  85 this.topFrame.alignPanel.paintAlignment (true);
  86 this.bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight ();
  87 this.bottomFrame.alignPanel.paintAlignment (true);
  88 }, "~B,jalview.bin.JalviewLite");
  89 Clazz.defineMethod (c$, "createSplitFrameWindow",
  90 function (embed, applet) {
  91 if (embed) {
  92 applet.add (this.outermost);
  93 applet.validate ();
  94 } else {
  95 this.add (this.outermost);
  96 var width = Math.max (this.topFrame.frameWidth, this.bottomFrame.frameWidth);
  97 var height = this.topFrame.frameHeight + this.bottomFrame.frameHeight;
  98 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (this, this.getTitle (), width, height);
  99 }}, "~B,jalview.bin.JalviewLite");
 100 Clazz.defineMethod (c$, "getComplement",
 101 function (af) {
 102 if (this.topFrame === af) {
 103 return this.bottomFrame;
 104 } else if (this.bottomFrame === af) {
 105 return this.topFrame;
 106 }return null;
 107 }, "jalview.appletgui.AlignFrame");
 108 });