bin/jalview/datamodel/AlignedCodon.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.AlignedCodon", ["java.lang.IllegalArgumentException", "$.StringBuilder"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.pos1 = 0;
   5 this.pos2 = 0;
   6 this.pos3 = 0;
   7 this.product = null;
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);
   9 }, jalview.datamodel, "AlignedCodon");
  10 Clazz.makeConstructor (c$,
  11 function (i, j, k) {
  12 this.construct (i, j, k, null);
  13 }, "~N,~N,~N");
  14 Clazz.makeConstructor (c$,
  15 function (i, j, k, prod) {
  16 this.pos1 = i;
  17 this.pos2 = j;
  18 this.pos3 = k;
  19 this.product = prod;
  20 }, "~N,~N,~N,~S");
  21 Clazz.defineMethod (c$, "getBaseColumn",
  22 function (base) {
  23 if (base < 1 || base > 3) {
  24 throw  new IllegalArgumentException (Integer.toString (base));
  25 }return base == 1 ? this.pos1 : (base == 2 ? this.pos2 : this.pos3);
  26 }, "~N");
  27 Clazz.overrideMethod (c$, "equals",
  28 function (o) {
  29 if (o == null) {
  30 return true;
  31 }if (!(Clazz.instanceOf (o, jalview.datamodel.AlignedCodon))) {
  32 return false;
  33 }var ac = o;
  34 return (this.pos1 == ac.pos1 && this.pos2 == ac.pos2 && this.pos3 == ac.pos3);
  35 }, "~O");
  36 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
  37 function () {
  38 var sb =  new StringBuilder ();
  39 sb.append ("[").append (this.pos1).append (", ").append (this.pos2).append (", ").append (this.pos3).append ("]");
  40 return sb.toString ();
  41 });
  42 });