bin/jalview/datamodel/Alignment.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.AlignmentI", "$.HiddenSequences", "java.util.ArrayList", "$.Collections", "$.LinkedHashSet"], "jalview.datamodel.Alignment", ["jalview.analysis.AlignmentUtils", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.CigarArray", "$.SeqCigar", "$.Sequence", "jalview.util.Comparison", "$.MessageManager", "java.lang.Error", "java.util.HashSet", "$.Hashtable", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.dataset = null;
   5 this.sequences = null;
   6 this.groups = null;
   7 this.gapCharacter = '-';
   8 this.type = 1;
   9 this.$hasRNAStructure = false;
  10 this.annotations = null;
  11 this.hiddenSequences = null;
  12 this.alignmentProperties = null;
  13 this.codonFrameList = null;
  14 this.alignmentRefs = 0;
  15 this.seqrep = null;
  16 Clazz.instantialize (this, arguments);
  17 }, jalview.datamodel, "Alignment", null, jalview.datamodel.AlignmentI);
  18 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  19 this.groups = java.util.Collections.synchronizedList ( new java.util.ArrayList ());
  20 this.hiddenSequences =  new jalview.datamodel.HiddenSequences (this);
  21 this.codonFrameList =  new java.util.LinkedHashSet ();
  22 });
  23 Clazz.defineMethod (c$, "initAlignment",
  24 ($fz = function (seqs) {
  25 var i = 0;
  26 if (jalview.util.Comparison.isNucleotide (seqs)) {
  27 this.type = 1;
  28 } else {
  29 this.type = 0;
  30 }this.sequences = java.util.Collections.synchronizedList ( new java.util.ArrayList ());
  31 for (i = 0; i < seqs.length; i++) {
  32 this.sequences.add (seqs[i]);
  33 }
  34 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~A");
  35 Clazz.makeConstructor (c$,
  36 function (al) {
  37 var seqs = al.getSequencesArray ();
  38 for (var i = 0; i < seqs.length; i++) {
  39 seqs[i] =  new jalview.datamodel.Sequence (seqs[i]);
  40 }
  41 this.codonFrameList = (al).codonFrameList;
  42 this.initAlignment (seqs);
  43 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
  44 Clazz.makeConstructor (c$,
  45 function (seqs) {
  46 this.initAlignment (seqs);
  47 }, "~A");
  48 c$.createAlignment = Clazz.defineMethod (c$, "createAlignment",
  49 function (compactAlignment) {
  50 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.alignment_cigararray_not_implemented"));
  51 }, "jalview.datamodel.CigarArray");
  52 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences",
  53 function () {
  54 return this.sequences;
  55 });
  56 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences",
  57 function (hiddenReps) {
  58 return this.sequences;
  59 }, "java.util.Map");
  60 Clazz.defineMethod (c$, "getSequencesArray",
  61 function () {
  62 if (this.sequences == null) {
  63 return null;
  64 }{
  65 return this.sequences.toArray ( new Array (this.sequences.size ()));
  66 }});
  67 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequencesByName",
  68 function () {
  69 return jalview.analysis.AlignmentUtils.getSequencesByName (this);
  70 });
  71 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceAt",
  72 function (i) {
  73 {
  74 if (i > -1 && i < this.sequences.size ()) {
  75 return this.sequences.get (i);
  76 }}return null;
  77 }, "~N");
  78 Clazz.overrideMethod (c$, "addSequence",
  79 function (snew) {
  80 if (this.dataset != null) {
  81 if (snew.getDatasetSequence () != null) {
  82 this.getDataset ().addSequence (snew.getDatasetSequence ());
  83 } else {
  84 var adding = snew.deriveSequence ();
  85 this.getDataset ().addSequence (adding.getDatasetSequence ());
  86 snew = adding;
  87 }}if (this.sequences == null) {
  88 this.initAlignment ( Clazz.newArray (-1, [snew]));
  89 } else {
  90 {
  91 this.sequences.add (snew);
  92 }}if (this.hiddenSequences != null) {
  93 this.hiddenSequences.adjustHeightSequenceAdded ();
  94 }}, "jalview.datamodel.SequenceI");
  95 Clazz.overrideMethod (c$, "setSequenceAt",
  96 function (i, snew) {
  97 {
  98 this.deleteSequence (i);
  99 this.sequences.set (i, snew);
 100 }}, "~N,jalview.datamodel.SequenceI");
 101 Clazz.defineMethod (c$, "getGroups",
 102 function () {
 103 return this.groups;
 104 });
 105 Clazz.overrideMethod (c$, "finalize",
 106 function () {
 107 if (this.getDataset () != null) {
 108 this.getDataset ().removeAlignmentRef ();
 109 }this.dataset = null;
 110 this.sequences = null;
 111 this.groups = null;
 112 this.annotations = null;
 113 this.hiddenSequences = null;
 114 });
 115 Clazz.defineMethod (c$, "removeAlignmentRef",
 116 ($fz = function () {
 117 if (--this.alignmentRefs == 0) {
 118 this.finalize ();
 119 }}, $fz.isPrivate = true, $fz));
 120 Clazz.defineMethod (c$, "deleteSequence",
 121 function (s) {
 122 this.deleteSequence (this.findIndex (s));
 123 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 124 Clazz.defineMethod (c$, "deleteSequence",
 125 function (i) {
 126 if (i > -1 && i < this.getHeight ()) {
 127 {
 128 this.sequences.remove (i);
 129 this.hiddenSequences.adjustHeightSequenceDeleted (i);
 130 }}}, "~N");
 131 Clazz.overrideMethod (c$, "findGroup",
 132 function (s) {
 133 {
 134 for (var i = 0; i < this.groups.size (); i++) {
 135 var sg = this.groups.get (i);
 136 if (sg.getSequences (null).contains (s)) {
 137 return sg;
 138 }}
 139 }return null;
 140 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 141 Clazz.overrideMethod (c$, "findAllGroups",
 142 function (s) {
 143 var temp =  new java.util.ArrayList ();
 144 {
 145 var gSize = this.groups.size ();
 146 for (var i = 0; i < gSize; i++) {
 147 var sg = this.groups.get (i);
 148 if (sg == null || sg.getSequences () == null) {
 149 this.deleteGroup (sg);
 150 gSize--;
 151 continue;
 152 }if (sg.getSequences ().contains (s)) {
 153 temp.add (sg);
 154 }}
 155 }var ret =  new Array (temp.size ());
 156 return temp.toArray (ret);
 157 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 158 Clazz.overrideMethod (c$, "addGroup",
 159 function (sg) {
 160 {
 161 if (!this.groups.contains (sg)) {
 162 if (this.hiddenSequences.getSize () > 0) {
 163 var i;
 164 var iSize = sg.getSize ();
 165 for (i = 0; i < iSize; i++) {
 166 if (!this.sequences.contains (sg.getSequenceAt (i))) {
 167 sg.deleteSequence (sg.getSequenceAt (i), false);
 168 iSize--;
 169 i--;
 170 }}
 171 if (sg.getSize () < 1) {
 172 return;
 173 }}sg.setContext (this);
 174 this.groups.add (sg);
 175 }}}, "jalview.datamodel.SequenceGroup");
 176 Clazz.defineMethod (c$, "removeAnnotationForGroup",
 177 ($fz = function (gp) {
 178 if (this.annotations == null || this.annotations.length == 0) {
 179 return;
 180 }var t;
 181 var todelete =  new Array (this.annotations.length);
 182 var tokeep =  new Array (this.annotations.length);
 183 var i;
 184 var p;
 185 var k;
 186 if (gp == null) {
 187 for (i = 0, p = 0, k = 0; i < this.annotations.length; i++) {
 188 if (this.annotations[i].groupRef != null) {
 189 todelete[p++] = this.annotations[i];
 190 } else {
 191 tokeep[k++] = this.annotations[i];
 192 }}
 193 } else {
 194 for (i = 0, p = 0, k = 0; i < this.annotations.length; i++) {
 195 if (this.annotations[i].groupRef === gp) {
 196 todelete[p++] = this.annotations[i];
 197 } else {
 198 tokeep[k++] = this.annotations[i];
 199 }}
 200 }if (p > 0) {
 201 for (i = 0; i < p; i++) {
 202 this.unhookAnnotation (todelete[i]);
 203 todelete[i] = null;
 204 }
 205 t =  new Array (k);
 206 for (i = 0; i < k; i++) {
 207 t[i] = tokeep[i];
 208 }
 209 this.annotations = t;
 210 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.SequenceGroup");
 211 Clazz.overrideMethod (c$, "deleteAllGroups",
 212 function () {
 213 {
 214 if (this.annotations != null) {
 215 this.removeAnnotationForGroup (null);
 216 }for (var sg, $sg = this.groups.iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
 217 sg.setContext (null);
 218 }
 219 this.groups.clear ();
 220 }});
 221 Clazz.overrideMethod (c$, "deleteGroup",
 222 function (g) {
 223 {
 224 if (this.groups.contains (g)) {
 225 this.removeAnnotationForGroup (g);
 226 this.groups.remove (g);
 227 g.setContext (null);
 228 }}}, "jalview.datamodel.SequenceGroup");
 229 Clazz.defineMethod (c$, "findName",
 230 function (name) {
 231 return this.findName (name, false);
 232 }, "~S");
 233 Clazz.defineMethod (c$, "findName",
 234 function (token, b) {
 235 return this.findName (null, token, b);
 236 }, "~S,~B");
 237 Clazz.defineMethod (c$, "findName",
 238 function (startAfter, token, b) {
 239 var i = 0;
 240 var sq = null;
 241 var sqname = null;
 242 if (startAfter != null) {
 243 var matched = false;
 244 while (i < this.sequences.size ()) {
 245 if (this.getSequenceAt (i++) === startAfter) {
 246 matched = true;
 247 break;
 248 }}
 249 if (!matched) {
 250 i = 0;
 251 }}while (i < this.sequences.size ()) {
 252 sq = this.getSequenceAt (i);
 253 sqname = sq.getName ();
 254 if (sqname.equals (token) || (b && (sqname.equalsIgnoreCase (token)))) {
 255 return this.getSequenceAt (i);
 256 }i++;
 257 }
 258 return null;
 259 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,~B");
 260 Clazz.overrideMethod (c$, "findSequenceMatch",
 261 function (name) {
 262 var matches =  new java.util.Vector ();
 263 var i = 0;
 264 while (i < this.sequences.size ()) {
 265 if (this.getSequenceAt (i).getName ().equals (name)) {
 266 matches.addElement (this.getSequenceAt (i));
 267 }i++;
 268 }
 269 var result =  new Array (matches.size ());
 270 for (i = 0; i < result.length; i++) {
 271 result[i] = matches.elementAt (i);
 272 }
 273 return result;
 274 }, "~S");
 275 Clazz.defineMethod (c$, "findIndex",
 276 function (s) {
 277 var i = 0;
 278 while (i < this.sequences.size ()) {
 279 if (s === this.getSequenceAt (i)) {
 280 return i;
 281 }i++;
 282 }
 283 return -1;
 284 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 285 Clazz.defineMethod (c$, "findIndex",
 286 function (results) {
 287 var i = 0;
 288 while (i < this.sequences.size ()) {
 289 if (results.involvesSequence (this.getSequenceAt (i))) {
 290 return i;
 291 }i++;
 292 }
 293 return -1;
 294 }, "jalview.datamodel.SearchResults");
 295 Clazz.overrideMethod (c$, "getHeight",
 296 function () {
 297 return this.sequences.size ();
 298 });
 299 Clazz.overrideMethod (c$, "getWidth",
 300 function () {
 301 var maxLength = -1;
 302 for (var i = 0; i < this.sequences.size (); i++) {
 303 if (this.getSequenceAt (i).getLength () > maxLength) {
 304 maxLength = this.getSequenceAt (i).getLength ();
 305 }}
 306 return maxLength;
 307 });
 308 Clazz.overrideMethod (c$, "setGapCharacter",
 309 function (gc) {
 310 this.gapCharacter = gc;
 311 {
 312 for (var seq, $seq = this.sequences.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 313 seq.setSequence (seq.getSequenceAsString ().$replace ('.', gc).$replace ('-', gc).$replace (' ', gc));
 314 }
 315 }}, "~S");
 316 Clazz.defineMethod (c$, "getGapCharacter",
 317 function () {
 318 return this.gapCharacter;
 319 });
 320 Clazz.defineMethod (c$, "isAligned",
 321 function () {
 322 return this.isAligned (false);
 323 });
 324 Clazz.defineMethod (c$, "isAligned",
 325 function (includeHidden) {
 326 var width = this.getWidth ();
 327 if (this.hiddenSequences == null || this.hiddenSequences.getSize () == 0) {
 328 includeHidden = true;
 329 }for (var i = 0; i < this.sequences.size (); i++) {
 330 if (includeHidden || !this.hiddenSequences.isHidden (this.getSequenceAt (i))) {
 331 if (this.getSequenceAt (i).getLength () != width) {
 332 return false;
 333 }}}
 334 return true;
 335 }, "~B");
 336 Clazz.overrideMethod (c$, "deleteAllAnnotations",
 337 function (includingAutoCalculated) {
 338 var result = false;
 339 for (var alan, $alan = 0, $$alan = this.getAlignmentAnnotation (); $alan < $$alan.length && ((alan = $$alan[$alan]) || true); $alan++) {
 340 if (!alan.autoCalculated || includingAutoCalculated) {
 341 this.deleteAnnotation (alan);
 342 result = true;
 343 }}
 344 return result;
 345 }, "~B");
 346 Clazz.defineMethod (c$, "deleteAnnotation",
 347 function (aa) {
 348 return this.deleteAnnotation (aa, true);
 349 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 350 Clazz.defineMethod (c$, "deleteAnnotation",
 351 function (aa, unhook) {
 352 var aSize = 1;
 353 if (this.annotations != null) {
 354 aSize = this.annotations.length;
 355 }if (aSize < 1) {
 356 return false;
 357 }var temp =  new Array (aSize - 1);
 358 var swap = false;
 359 var tIndex = 0;
 360 for (var i = 0; i < aSize; i++) {
 361 if (this.annotations[i] === aa) {
 362 swap = true;
 363 continue;
 364 }if (tIndex < temp.length) {
 365 temp[tIndex++] = this.annotations[i];
 366 }}
 367 if (swap) {
 368 this.annotations = temp;
 369 if (unhook) {
 370 this.unhookAnnotation (aa);
 371 }}return swap;
 372 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~B");
 373 Clazz.defineMethod (c$, "unhookAnnotation",
 374 ($fz = function (aa) {
 375 if (aa.sequenceRef != null) {
 376 aa.sequenceRef.removeAlignmentAnnotation (aa);
 377 }if (aa.groupRef != null) {
 378 aa.groupRef = null;
 379 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 380 Clazz.defineMethod (c$, "addAnnotation",
 381 function (aa) {
 382 this.addAnnotation (aa, -1);
 383 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 384 Clazz.defineMethod (c$, "addAnnotation",
 385 function (aa, pos) {
 386 if (aa.getRNAStruc () != null) {
 387 this.$hasRNAStructure = true;
 388 }var aSize = 1;
 389 if (this.annotations != null) {
 390 aSize = this.annotations.length + 1;
 391 }var temp =  new Array (aSize);
 392 var i = 0;
 393 if (pos == -1 || pos >= aSize) {
 394 temp[aSize - 1] = aa;
 395 } else {
 396 temp[pos] = aa;
 397 }if (aSize > 1) {
 398 var p = 0;
 399 for (i = 0; i < (aSize - 1); i++, p++) {
 400 if (p == pos) {
 401 p++;
 402 }if (p < temp.length) {
 403 temp[p] = this.annotations[i];
 404 }}
 405 }this.annotations = temp;
 406 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~N");
 407 Clazz.overrideMethod (c$, "setAnnotationIndex",
 408 function (aa, index) {
 409 if (aa == null || this.annotations == null || this.annotations.length - 1 < index) {
 410 return;
 411 }var aSize = this.annotations.length;
 412 var temp =  new Array (aSize);
 413 temp[index] = aa;
 414 for (var i = 0; i < aSize; i++) {
 415 if (i == index) {
 416 continue;
 417 }if (i < index) {
 418 temp[i] = this.annotations[i];
 419 } else {
 420 temp[i] = this.annotations[i - 1];
 421 }}
 422 this.annotations = temp;
 423 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,~N");
 424 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentAnnotation",
 425 function () {
 426 return this.annotations;
 427 });
 428 Clazz.overrideMethod (c$, "setNucleotide",
 429 function (b) {
 430 if (b) {
 431 this.type = 1;
 432 } else {
 433 this.type = 0;
 434 }}, "~B");
 435 Clazz.defineMethod (c$, "isNucleotide",
 436 function () {
 437 if (this.type == 1) {
 438 return true;
 439 } else {
 440 return false;
 441 }});
 442 Clazz.overrideMethod (c$, "hasRNAStructure",
 443 function () {
 444 return this.$hasRNAStructure;
 445 });
 446 Clazz.overrideMethod (c$, "setDataset",
 447 function (data) {
 448 if (this.dataset == null && data == null) {
 449 var seqs =  new Array (this.getHeight ());
 450 var currentSeq;
 451 for (var i = 0; i < this.getHeight (); i++) {
 452 currentSeq = this.getSequenceAt (i);
 453 if (currentSeq.getDatasetSequence () != null) {
 454 seqs[i] = currentSeq.getDatasetSequence ();
 455 } else {
 456 seqs[i] = currentSeq.createDatasetSequence ();
 457 }}
 458 this.dataset =  new jalview.datamodel.Alignment (seqs);
 459 } else if (this.dataset == null && data != null) {
 460 this.dataset = data;
 461 for (var i = 0; i < this.getHeight (); i++) {
 462 var currentSeq = this.getSequenceAt (i);
 463 var dsq = currentSeq.getDatasetSequence ();
 464 if (dsq == null) {
 465 dsq = currentSeq.createDatasetSequence ();
 466 this.dataset.addSequence (dsq);
 467 } else {
 468 while (dsq.getDatasetSequence () != null) {
 469 dsq = dsq.getDatasetSequence ();
 470 }
 471 if (this.dataset.findIndex (dsq) == -1) {
 472 this.dataset.addSequence (dsq);
 473 }}}
 474 }this.dataset.addAlignmentRef ();
 475 }, "jalview.datamodel.Alignment");
 476 Clazz.defineMethod (c$, "addAlignmentRef",
 477 ($fz = function () {
 478 this.alignmentRefs++;
 479 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 480 Clazz.overrideMethod (c$, "getDataset",
 481 function () {
 482 return this.dataset;
 483 });
 484 Clazz.overrideMethod (c$, "padGaps",
 485 function () {
 486 var modified = false;
 487 var maxLength = -1;
 488 var current;
 489 for (var i = 0; i < this.sequences.size (); i++) {
 490 current = this.getSequenceAt (i);
 491 for (var j = current.getLength (); j > maxLength; j--) {
 492 if (j > maxLength && !jalview.util.Comparison.isGap (current.getCharAt (j))) {
 493 maxLength = j;
 494 break;
 495 }}
 496 }
 497 maxLength++;
 498 var cLength;
 499 for (var i = 0; i < this.sequences.size (); i++) {
 500 current = this.getSequenceAt (i);
 501 cLength = current.getLength ();
 502 if (cLength < maxLength) {
 503 current.insertCharAt (cLength, maxLength - cLength, this.gapCharacter);
 504 modified = true;
 505 } else if (current.getLength () > maxLength) {
 506 current.deleteChars (maxLength, current.getLength ());
 507 }}
 508 return modified;
 509 });
 510 Clazz.overrideMethod (c$, "justify",
 511 function (right) {
 512 var modified = false;
 513 var maxLength = -1;
 514 var ends =  Clazz.newIntArray (this.sequences.size () * 2, 0);
 515 var current;
 516 for (var i = 0; i < this.sequences.size (); i++) {
 517 current = this.getSequenceAt (i);
 518 ends[i * 2] = current.findIndex (current.getStart ());
 519 ends[i * 2 + 1] = current.findIndex (current.getStart () + current.getLength ());
 520 var hitres = false;
 521 for (var j = 0, rs = 0, ssiz = current.getLength (); j < ssiz; j++) {
 522 if (!jalview.util.Comparison.isGap (current.getCharAt (j))) {
 523 if (!hitres) {
 524 ends[i * 2] = j;
 525 hitres = true;
 526 } else {
 527 ends[i * 2 + 1] = j;
 528 if (j - ends[i * 2] > maxLength) {
 529 maxLength = j - ends[i * 2];
 530 }}}}
 531 }
 532 maxLength++;
 533 var cLength;
 534 var extent;
 535 var diff;
 536 for (var i = 0; i < this.sequences.size (); i++) {
 537 current = this.getSequenceAt (i);
 538 cLength = 1 + ends[i * 2 + 1] - ends[i * 2];
 539 diff = maxLength - cLength;
 540 extent = current.getLength ();
 541 if (right) {
 542 if (extent > ends[i * 2 + 1]) {
 543 current.deleteChars (ends[i * 2 + 1] + 1, extent);
 544 modified = true;
 545 }if (ends[i * 2] > diff) {
 546 current.deleteChars (0, ends[i * 2] - diff);
 547 modified = true;
 548 } else {
 549 if (ends[i * 2] < diff) {
 550 current.insertCharAt (0, diff - ends[i * 2], this.gapCharacter);
 551 modified = true;
 552 }}} else {
 553 if (ends[i * 2] > 0) {
 554 current.deleteChars (0, ends[i * 2]);
 555 modified = true;
 556 ends[i * 2 + 1] -= ends[i * 2];
 557 extent -= ends[i * 2];
 558 }if (extent > maxLength) {
 559 current.deleteChars (maxLength + 1, extent);
 560 modified = true;
 561 } else {
 562 if (extent < maxLength) {
 563 current.insertCharAt (extent, maxLength - extent, this.gapCharacter);
 564 modified = true;
 565 }}}}
 566 return modified;
 567 }, "~B");
 568 Clazz.defineMethod (c$, "getHiddenSequences",
 569 function () {
 570 return this.hiddenSequences;
 571 });
 572 Clazz.overrideMethod (c$, "getCompactAlignment",
 573 function () {
 574 {
 575 var alseqs =  new Array (this.sequences.size ());
 576 var i = 0;
 577 for (var seq, $seq = this.sequences.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 578 alseqs[i++] =  new jalview.datamodel.SeqCigar (seq);
 579 }
 580 var cal =  new jalview.datamodel.CigarArray (alseqs);
 581 cal.addOperation ('M', this.getWidth ());
 582 return cal;
 583 }});
 584 Clazz.overrideMethod (c$, "setProperty",
 585 function (key, value) {
 586 if (this.alignmentProperties == null) {
 587 this.alignmentProperties =  new java.util.Hashtable ();
 588 }this.alignmentProperties.put (key, value);
 589 }, "~O,~O");
 590 Clazz.defineMethod (c$, "getProperty",
 591 function (key) {
 592 if (this.alignmentProperties != null) {
 593 return this.alignmentProperties.get (key);
 594 } else {
 595 return null;
 596 }}, "~O");
 597 Clazz.defineMethod (c$, "getProperties",
 598 function () {
 599 return this.alignmentProperties;
 600 });
 601 Clazz.overrideMethod (c$, "addCodonFrame",
 602 function (codons) {
 603 if (codons != null) {
 604 this.codonFrameList.add (codons);
 605 }}, "jalview.datamodel.AlignedCodonFrame");
 606 Clazz.overrideMethod (c$, "getCodonFrame",
 607 function (seq) {
 608 if (seq == null) {
 609 return null;
 610 }var cframes =  new java.util.ArrayList ();
 611 for (var acf, $acf = this.codonFrameList.iterator (); $acf.hasNext () && ((acf = $acf.next ()) || true);) {
 612 if (acf.involvesSequence (seq)) {
 613 cframes.add (acf);
 614 }}
 615 return cframes;
 616 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 617 Clazz.overrideMethod (c$, "setCodonFrames",
 618 function (acfs) {
 619 this.codonFrameList = acfs;
 620 }, "java.util.Set");
 621 Clazz.defineMethod (c$, "getCodonFrames",
 622 function () {
 623 return this.codonFrameList;
 624 });
 625 Clazz.overrideMethod (c$, "removeCodonFrame",
 626 function (codons) {
 627 if (codons == null || this.codonFrameList == null) {
 628 return false;
 629 }return this.codonFrameList.remove (codons);
 630 }, "jalview.datamodel.AlignedCodonFrame");
 631 Clazz.overrideMethod (c$, "append",
 632 function (toappend) {
 633 if (toappend === this) {
 634 System.err.println ("Self append may cause a deadlock.");
 635 }var samegap = toappend.getGapCharacter () == this.getGapCharacter ();
 636 var oldc = toappend.getGapCharacter ();
 637 var hashidden = toappend.getHiddenSequences () != null && toappend.getHiddenSequences ().hiddenSequences != null;
 638 var sqs = (hashidden) ? toappend.getHiddenSequences ().getFullAlignment ().getSequences () : toappend.getSequences ();
 639 if (sqs != null) {
 640 {
 641 for (var addedsq, $addedsq = sqs.iterator (); $addedsq.hasNext () && ((addedsq = $addedsq.next ()) || true);) {
 642 if (!samegap) {
 643 var oldseq = addedsq.getSequence ();
 644 for (var c = 0; c < oldseq.length; c++) {
 645 if (oldseq[c] == oldc) {
 646 oldseq[c] = this.gapCharacter;
 647 }}
 648 }this.addSequence (addedsq);
 649 }
 650 }}var alan = toappend.getAlignmentAnnotation ();
 651 for (var a = 0; alan != null && a < alan.length; a++) {
 652 this.addAnnotation (alan[a]);
 653 }
 654 this.codonFrameList.addAll (toappend.getCodonFrames ());
 655 var sg = toappend.getGroups ();
 656 if (sg != null) {
 657 for (var _sg, $_sg = sg.iterator (); $_sg.hasNext () && ((_sg = $_sg.next ()) || true);) {
 658 this.addGroup (_sg);
 659 }
 660 }if (toappend.getHiddenSequences () != null) {
 661 var hs = toappend.getHiddenSequences ();
 662 if (this.hiddenSequences == null) {
 663 this.hiddenSequences =  new jalview.datamodel.HiddenSequences (this);
 664 }if (hs.hiddenSequences != null) {
 665 for (var s = 0; s < hs.hiddenSequences.length; s++) {
 666 if (hs.hiddenSequences[s] != null) {
 667 this.hiddenSequences.hideSequence (hs.hiddenSequences[s]);
 668 }}
 669 }}if (toappend.getProperties () != null) {
 670 var key = toappend.getProperties ().keys ();
 671 while (key.hasMoreElements ()) {
 672 var k = key.nextElement ();
 673 var ourval = this.getProperty (k);
 674 var toapprop = toappend.getProperty (k);
 675 if (ourval != null) {
 676 if (ourval.getClass ().equals (toapprop.getClass ()) && !ourval.equals (toapprop)) {
 677 if (Clazz.instanceOf (ourval, String)) {
 678 this.setProperty (k, (ourval) + "; " + (toapprop));
 679 } else {
 680 if (Clazz.instanceOf (ourval, java.util.Vector)) {
 681 var theirv = (toapprop).elements ();
 682 while (theirv.hasMoreElements ()) {
 683 (ourval).addElement (theirv);
 684 }
 685 }}}} else {
 686 this.setProperty (k, toapprop);
 687 }}
 688 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI");
 689 Clazz.overrideMethod (c$, "findOrCreateAnnotation",
 690 function (name, calcId, autoCalc, seqRef, groupRef) {
 691 if (this.annotations != null) {
 692 for (var annot, $annot = 0, $$annot = this.getAlignmentAnnotation (); $annot < $$annot.length && ((annot = $$annot[$annot]) || true); $annot++) {
 693 if (annot.autoCalculated == autoCalc && (name.equals (annot.label)) && (calcId == null || annot.getCalcId ().equals (calcId)) && annot.sequenceRef === seqRef && annot.groupRef === groupRef) {
 694 return annot;
 695 }}
 696 }var annot =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (name, name,  new Array (1), 0, 0, 1);
 697 annot.hasText = false;
 698 annot.setCalcId ( String.instantialize (calcId));
 699 annot.autoCalculated = autoCalc;
 700 if (seqRef != null) {
 701 annot.setSequenceRef (seqRef);
 702 }annot.groupRef = groupRef;
 703 this.addAnnotation (annot);
 704 return annot;
 705 }, "~S,~S,~B,jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.SequenceGroup");
 706 Clazz.overrideMethod (c$, "findAnnotation",
 707 function (calcId) {
 708 var aa =  new java.util.ArrayList ();
 709 for (var a, $a = 0, $$a = this.getAlignmentAnnotation (); $a < $$a.length && ((a = $$a[$a]) || true); $a++) {
 710 if (a.getCalcId () === calcId || (a.getCalcId () != null && calcId != null && a.getCalcId ().equals (calcId))) {
 711 aa.add (a);
 712 }}
 713 return aa;
 714 }, "~S");
 715 Clazz.overrideMethod (c$, "findAnnotations",
 716 function (seq, calcId, label) {
 717 var aa =  new java.util.ArrayList ();
 718 for (var ann, $ann = 0, $$ann = this.getAlignmentAnnotation (); $ann < $$ann.length && ((ann = $$ann[$ann]) || true); $ann++) {
 719 if (ann.getCalcId () != null && ann.getCalcId ().equals (calcId) && ann.sequenceRef != null && ann.sequenceRef === seq && ann.label != null && ann.label.equals (label)) {
 720 aa.add (ann);
 721 }}
 722 return aa;
 723 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S,~S");
 724 Clazz.overrideMethod (c$, "moveSelectedSequencesByOne",
 725 function (sg, map, up) {
 726 {
 727 if (up) {
 728 for (var i = 1, iSize = this.sequences.size (); i < iSize; i++) {
 729 var seq = this.sequences.get (i);
 730 if (!sg.getSequences (map).contains (seq)) {
 731 continue;
 732 }var temp = this.sequences.get (i - 1);
 733 if (sg.getSequences (null).contains (temp)) {
 734 continue;
 735 }this.sequences.set (i, temp);
 736 this.sequences.set (i - 1, seq);
 737 }
 738 } else {
 739 for (var i = this.sequences.size () - 2; i > -1; i--) {
 740 var seq = this.sequences.get (i);
 741 if (!sg.getSequences (map).contains (seq)) {
 742 continue;
 743 }var temp = this.sequences.get (i + 1);
 744 if (sg.getSequences (map).contains (temp)) {
 745 continue;
 746 }this.sequences.set (i, temp);
 747 this.sequences.set (i + 1, seq);
 748 }
 749 }}}, "jalview.datamodel.SequenceGroup,java.util.Map,~B");
 750 Clazz.overrideMethod (c$, "validateAnnotation",
 751 function (alignmentAnnotation) {
 752 alignmentAnnotation.validateRangeAndDisplay ();
 753 if (this.isNucleotide () && alignmentAnnotation.isValidStruc ()) {
 754 this.$hasRNAStructure = true;
 755 }}, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 756 Clazz.overrideMethod (c$, "getSeqrep",
 757 function () {
 758 return this.seqrep;
 759 });
 760 Clazz.overrideMethod (c$, "setSeqrep",
 761 function (seqrep) {
 762 this.seqrep = seqrep;
 763 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 764 Clazz.overrideMethod (c$, "hasSeqrep",
 765 function () {
 766 return this.seqrep != null;
 767 });
 768 Clazz.overrideMethod (c$, "getEndRes",
 769 function () {
 770 return this.getWidth () - 1;
 771 });
 772 Clazz.overrideMethod (c$, "getStartRes",
 773 function () {
 774 return 0;
 775 });
 776 Clazz.overrideMethod (c$, "getContext",
 777 function () {
 778 return this.dataset;
 779 });
 780 Clazz.defineMethod (c$, "alignAs",
 781 function (al) {
 782 return this.alignAs (al, false, true);
 783 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
 784 Clazz.defineMethod (c$, "alignAs",
 785 function (al, preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps) {
 786 var count = 0;
 787 var thisIsNucleotide = this.isNucleotide ();
 788 var thatIsProtein = !al.isNucleotide ();
 789 if (!thatIsProtein && !thisIsNucleotide) {
 790 return jalview.analysis.AlignmentUtils.alignProteinAsDna (this, al);
 791 }var thisGapChar = this.getGapCharacter ();
 792 var gap = thisIsNucleotide && thatIsProtein ? String.valueOf ( Clazz.newCharArray (-1, [thisGapChar, thisGapChar, thisGapChar])) : String.valueOf (thisGapChar);
 793 for (var alignTo, $alignTo = this.getSequences ().iterator (); $alignTo.hasNext () && ((alignTo = $alignTo.next ()) || true);) {
 794 count += jalview.analysis.AlignmentUtils.alignSequenceAs (alignTo, al, gap, preserveMappedGaps, preserveUnmappedGaps) ? 1 : 0;
 795 }
 796 return count;
 797 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,~B,~B");
 798 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceNames",
 799 function () {
 800 var names =  new java.util.HashSet ();
 801 for (var seq, $seq = this.getSequences ().iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
 802 names.add (seq.getName ());
 803 }
 804 return names;
 805 });
 806 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
 807 function () {
 808 var seq = this.getSequencesArray ();
 809 {
 810 return "" + JSON.stringify(seq);
 811 }});
 812 Clazz.defineStatics (c$,
 813 "PROTEIN", 0,
 814 "NUCLEOTIDE", 1);
 815 });