bin/jalview/datamodel/AlignmentAnnotation.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (["java.util.HashMap"], "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", ["jalview.analysis.Rna", "jalview.datamodel.Annotation", "$.GraphLine", "jalview.schemes.ResidueProperties", "java.lang.Double", "$.Error", "$.Long", "$.StringBuffer", "$.StringBuilder", "java.util.Collections"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.autoCalculated = false;
   5 this.annotationId = null;
   6 this.sequenceRef = null;
   7 this.label = null;
   8 this.description = null;
   9 this.annotations = null;
  10 this.bps = null;
  11 this._rnasecstr = null;
  12 this.invalidrnastruc = -2;
  13 this.sequenceMapping = null;
  14 this.graphMin = 0;
  15 this.graphMax = 0;
  16 this.score = NaN;
  17 this.$hasScore = false;
  18 this.threshold = null;
  19 this.editable = false;
  20 this.hasIcons = false;
  21 this.hasText = false;
  22 this.visible = true;
  23 this.graphGroup = -1;
  24 this.height = 0;
  25 this.graph = 0;
  26 this.graphHeight = 40;
  27 this.padGaps = false;
  28 this.belowAlignment = true;
  29 this.groupRef = null;
  30 this.showAllColLabels = false;
  31 this.scaleColLabel = false;
  32 this.centreColLabels = false;
  33 this.isrna = false;
  34 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.AnnotCharSequence")) {
  35 jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.$AlignmentAnnotation$AnnotCharSequence$ ();
  36 }
  37 this._lastrnaannot = -1;
  38 this.calcId = "";
  39 this.properties = null;
  40 this._linecolour = null;
  41 Clazz.instantialize (this, arguments);
  42 }, jalview.datamodel, "AlignmentAnnotation");
  43 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  44 this.properties =  new java.util.HashMap ();
  45 });
  46 Clazz.defineMethod (c$, "_updateRnaSecStr",
  47 ($fz = function (RNAannot) {
  48 try {
  49 this._rnasecstr = jalview.analysis.Rna.GetBasePairs (RNAannot);
  50 this.bps = jalview.analysis.Rna.GetModeleBP (RNAannot);
  51 this.invalidrnastruc = -1;
  52 } catch (px) {
  53 if (Clazz.exceptionOf (px, jalview.analysis.WUSSParseException)) {
  54 this.invalidrnastruc = px.getProblemPos ();
  55 } else {
  56 throw px;
  57 }
  58 }
  59 if (this.invalidrnastruc > -1) {
  60 return;
  61 }jalview.analysis.Rna.HelixMap (this._rnasecstr);
  62 if (this._rnasecstr != null && this._rnasecstr.length > 0) {
  63 this.isrna = true;
  64 this.showAllColLabels = true;
  65 this.scaleColLabel = true;
  66 this._markRnaHelices ();
  67 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "CharSequence");
  68 Clazz.defineMethod (c$, "_markRnaHelices",
  69 ($fz = function () {
  70 var mxval = 0;
  71 for (var x = 0; x < this._rnasecstr.length; x++) {
  72 var val = 0;
  73 try {
  74 val = (Integer.$valueOf (this._rnasecstr[x].getFeatureGroup ())).intValue ();
  75 if (mxval < val) {
  76 mxval = val;
  77 }} catch (q) {
  78 if (Clazz.exceptionOf (q, NumberFormatException)) {
  79 } else {
  80 throw q;
  81 }
  82 }
  83 ;this.annotations[this._rnasecstr[x].getBegin ()].value = val;
  84 this.annotations[this._rnasecstr[x].getEnd ()].value = val;
  85 }
  86 this.setScore (mxval);
  87 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
  88 Clazz.defineMethod (c$, "finalize",
  89 function () {
  90 this.sequenceRef = null;
  91 this.groupRef = null;
  92 Clazz.superCall (this, jalview.datamodel.AlignmentAnnotation, "finalize", []);
  93 });
  94 c$.getGraphValueFromString = Clazz.defineMethod (c$, "getGraphValueFromString",
  95 function (string) {
  96 if (string.equalsIgnoreCase ("BAR_GRAPH")) {
  97 return 1;
  98 } else if (string.equalsIgnoreCase ("LINE_GRAPH")) {
  99 return 2;
 100 } else {
 101 return 0;
 102 }}, "~S");
 103 Clazz.defineMethod (c$, "ConcenStru",
 104 function (RNAannot) {
 105 this.bps = jalview.analysis.Rna.GetModeleBP (RNAannot);
 106 }, "CharSequence");
 107 Clazz.makeConstructor (c$,
 108 function (label, description, annotations) {
 109 this.setAnnotationId ();
 110 this.editable = true;
 111 this.label = label;
 112 this.description = description;
 113 this.annotations = annotations;
 114 this.validateRangeAndDisplay ();
 115 }, "~S,~S,~A");
 116 Clazz.defineMethod (c$, "areLabelsSecondaryStructure",
 117 function () {
 118 var nonSSLabel = false;
 119 this.isrna = false;
 120 var rnastring =  new StringBuffer ();
 121 var firstChar = String.fromCharCode (0);
 122 for (var i = 0; i < this.annotations.length; i++) {
 123 if (this.annotations[i] == null) {
 124 continue;
 125 }if (this.annotations[i].secondaryStructure == 'H' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'E') {
 126 this.hasIcons = new Boolean (this.hasIcons | true).valueOf ();
 127 } else {
 128 if (this.annotations[i].secondaryStructure == '(' || this.annotations[i].secondaryStructure == '[' || this.annotations[i].secondaryStructure == '<' || this.annotations[i].secondaryStructure == '{' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'A' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'B' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'C' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'D' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'E' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'F' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'G' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'H' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'I' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'J' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'K' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'L' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'M' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'N' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'O' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'P' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'Q' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'R' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'S' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'T' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'U' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'V' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'W' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'X' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'Y' || this.annotations[i].secondaryStructure == 'Z') {
 129 this.hasIcons = new Boolean (this.hasIcons | true).valueOf ();
 130 this.isrna = new Boolean (this.isrna | true).valueOf ();
 131 }}if (this.annotations[i].displayCharacter == null || this.annotations[i].displayCharacter.length == 0) {
 132 rnastring.append ('.');
 133 continue;
 134 }if (this.annotations[i].displayCharacter.length == 1) {
 135 firstChar = this.annotations[i].displayCharacter.charAt (0);
 136 if (this.annotations[i].secondaryStructure != ' ' && !this.hasIcons && firstChar != ' ' && firstChar != '$' && firstChar.charCodeAt (0) != 0xCE && firstChar != '(' && firstChar != '[' && firstChar != '>' && firstChar != '{' && firstChar != 'A' && firstChar != 'B' && firstChar != 'C' && firstChar != 'D' && firstChar != 'E' && firstChar != 'F' && firstChar != 'G' && firstChar != 'H' && firstChar != 'I' && firstChar != 'J' && firstChar != 'K' && firstChar != 'L' && firstChar != 'M' && firstChar != 'N' && firstChar != 'O' && firstChar != 'P' && firstChar != 'Q' && firstChar != 'R' && firstChar != 'S' && firstChar != 'T' && firstChar != 'U' && firstChar != 'V' && firstChar != 'W' && firstChar != 'X' && firstChar != 'Y' && firstChar != 'Z' && firstChar != '-' && firstChar.charCodeAt (0) < jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex.length) {
 137 if (jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[firstChar.charCodeAt (0)] < 23) {
 138 nonSSLabel = true;
 139 }}} else {
 140 rnastring.append (this.annotations[i].displayCharacter.charAt (1));
 141 }if (this.annotations[i].displayCharacter.length > 0) {
 142 this.hasText = true;
 143 }}
 144 if (nonSSLabel) {
 145 this.hasIcons = false;
 146 for (var j = 0; j < this.annotations.length; j++) {
 147 if (this.annotations[j] != null && this.annotations[j].secondaryStructure != ' ') {
 148 this.annotations[j].displayCharacter = String.valueOf (this.annotations[j].secondaryStructure);
 149 this.annotations[j].secondaryStructure = ' ';
 150 }}
 151 } else {
 152 if (this.isrna) {
 153 this._updateRnaSecStr (Clazz.innerTypeInstance (jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.AnnotCharSequence, this, null));
 154 }}});
 155 Clazz.defineMethod (c$, "getRNAStruc",
 156 function () {
 157 if (this.isrna) {
 158 var rnastruc = Clazz.innerTypeInstance (jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.AnnotCharSequence, this, null).toString ();
 159 if (this._lastrnaannot != rnastruc.hashCode ()) {
 160 this._lastrnaannot = rnastruc.hashCode ();
 161 this._updateRnaSecStr (rnastruc);
 162 }return rnastruc;
 163 }return null;
 164 });
 165 Clazz.makeConstructor (c$,
 166 function (label, description, annotations, min, max, graphType) {
 167 this.setAnnotationId ();
 168 this.editable = graphType == 0;
 169 this.label = label;
 170 this.description = description;
 171 this.annotations = annotations;
 172 this.graph = graphType;
 173 this.graphMin = min;
 174 this.graphMax = max;
 175 this.validateRangeAndDisplay ();
 176 }, "~S,~S,~A,~N,~N,~N");
 177 Clazz.defineMethod (c$, "validateRangeAndDisplay",
 178 function () {
 179 if (this.annotations == null) {
 180 this.visible = false;
 181 return;
 182 }var graphType = this.graph;
 183 var min = this.graphMin;
 184 var max = this.graphMax;
 185 var drawValues = true;
 186 this._linecolour = null;
 187 if (min == max) {
 188 min = 999999999;
 189 for (var i = 0; i < this.annotations.length; i++) {
 190 if (this.annotations[i] == null) {
 191 continue;
 192 }if (drawValues && this.annotations[i].displayCharacter != null && this.annotations[i].displayCharacter.length > 1) {
 193 drawValues = false;
 194 }if (this.annotations[i].value > max) {
 195 max = this.annotations[i].value;
 196 }if (this.annotations[i].value < min) {
 197 min = this.annotations[i].value;
 198 }if (this._linecolour == null && this.annotations[i].colour != null) {
 199 this._linecolour = this.annotations[i].colour;
 200 }}
 201 if (min > 0) {
 202 min = 0;
 203 } else {
 204 if (max < 0) {
 205 max = 0;
 206 }}}this.graphMin = min;
 207 this.graphMax = max;
 208 this.areLabelsSecondaryStructure ();
 209 if (!drawValues && graphType != 0) {
 210 for (var i = 0; i < this.annotations.length; i++) {
 211 if (this.annotations[i] != null) {
 212 this.annotations[i].displayCharacter = "";
 213 }}
 214 }});
 215 Clazz.makeConstructor (c$,
 216 function (annotation) {
 217 this.setAnnotationId ();
 218 this.label =  String.instantialize (annotation.label);
 219 if (annotation.description != null) {
 220 this.description =  String.instantialize (annotation.description);
 221 }this.graphMin = annotation.graphMin;
 222 this.graphMax = annotation.graphMax;
 223 this.graph = annotation.graph;
 224 this.graphHeight = annotation.graphHeight;
 225 this.graphGroup = annotation.graphGroup;
 226 this.groupRef = annotation.groupRef;
 227 this.editable = annotation.editable;
 228 this.autoCalculated = annotation.autoCalculated;
 229 this.hasIcons = annotation.hasIcons;
 230 this.hasText = annotation.hasText;
 231 this.height = annotation.height;
 232 this.label = annotation.label;
 233 this.padGaps = annotation.padGaps;
 234 this.visible = annotation.visible;
 235 this.centreColLabels = annotation.centreColLabels;
 236 this.scaleColLabel = annotation.scaleColLabel;
 237 this.showAllColLabels = annotation.showAllColLabels;
 238 this.calcId = annotation.calcId;
 239 if (annotation.properties != null) {
 240 this.properties =  new java.util.HashMap ();
 241 for (var val, $val = annotation.properties.entrySet ().iterator (); $val.hasNext () && ((val = $val.next ()) || true);) {
 242 this.properties.put (val.getKey (), val.getValue ());
 243 }
 244 }if (this.$hasScore = annotation.$hasScore) {
 245 this.score = annotation.score;
 246 }if (annotation.threshold != null) {
 247 this.threshold =  new jalview.datamodel.GraphLine (annotation.threshold);
 248 }var ann = annotation.annotations;
 249 if (annotation.annotations != null) {
 250 this.annotations =  new Array (ann.length);
 251 for (var i = 0; i < ann.length; i++) {
 252 if (ann[i] != null) {
 253 this.annotations[i] =  new jalview.datamodel.Annotation (ann[i]);
 254 if (this._linecolour != null) {
 255 this._linecolour = this.annotations[i].colour;
 256 }}}
 257 }if (annotation.sequenceRef != null) {
 258 this.sequenceRef = annotation.sequenceRef;
 259 if (annotation.sequenceMapping != null) {
 260 var p = null;
 261 this.sequenceMapping =  new java.util.HashMap ();
 262 var pos = annotation.sequenceMapping.keySet ().iterator ();
 263 while (pos.hasNext ()) {
 264 p = pos.next ();
 265 var a = annotation.sequenceMapping.get (p);
 266 if (a == null) {
 267 continue;
 268 }if (ann != null) {
 269 for (var i = 0; i < ann.length; i++) {
 270 if (ann[i] === a) {
 271 this.sequenceMapping.put (p, this.annotations[i]);
 272 }}
 273 }}
 274 } else {
 275 this.sequenceMapping = null;
 276 }}{
 277 }this.validateRangeAndDisplay ();
 278 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 279 Clazz.defineMethod (c$, "restrict",
 280 function (startRes, endRes) {
 281 if (this.annotations == null) {
 282 return;
 283 }if (startRes < 0) {
 284 startRes = 0;
 285 }if (startRes >= this.annotations.length) {
 286 startRes = this.annotations.length - 1;
 287 }if (endRes >= this.annotations.length) {
 288 endRes = this.annotations.length - 1;
 289 }if (this.annotations == null) {
 290 return;
 291 }var temp =  new Array (endRes - startRes + 1);
 292 if (startRes < this.annotations.length) {
 293 System.arraycopy (this.annotations, startRes, temp, 0, endRes - startRes + 1);
 294 }if (this.sequenceRef != null) {
 295 var spos = this.sequenceRef.findPosition (startRes);
 296 var epos = this.sequenceRef.findPosition (endRes);
 297 if (this.sequenceMapping != null) {
 298 var newmapping =  new java.util.HashMap ();
 299 var e = this.sequenceMapping.keySet ().iterator ();
 300 while (e.hasNext ()) {
 301 var pos = e.next ();
 302 if (pos.intValue () >= spos && pos.intValue () <= epos) {
 303 newmapping.put (pos, this.sequenceMapping.get (pos));
 304 }}
 305 this.sequenceMapping.clear ();
 306 this.sequenceMapping = newmapping;
 307 }}this.annotations = temp;
 308 }, "~N,~N");
 309 Clazz.defineMethod (c$, "padAnnotation",
 310 function (length) {
 311 if (this.annotations == null) {
 312 return true;
 313 }if (this.annotations.length < length) {
 314 var na =  new Array (length);
 315 System.arraycopy (this.annotations, 0, na, 0, this.annotations.length);
 316 this.annotations = na;
 317 return true;
 318 }return this.annotations.length > length;
 319 }, "~N");
 320 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
 321 function () {
 322 var buffer =  new StringBuilder (256);
 323 for (var i = 0; i < this.annotations.length; i++) {
 324 if (this.annotations[i] != null) {
 325 if (this.graph != 0) {
 326 buffer.append (this.annotations[i].value);
 327 } else if (this.hasIcons) {
 328 buffer.append (this.annotations[i].secondaryStructure);
 329 } else {
 330 buffer.append (this.annotations[i].displayCharacter);
 331 }}buffer.append (", ");
 332 }
 333 if (this.label.indexOf ("Consensus") == 0) {
 334 buffer.append ("\n");
 335 for (var i = 0; i < this.annotations.length; i++) {
 336 if (this.annotations[i] != null) {
 337 buffer.append (this.annotations[i].description);
 338 }buffer.append (", ");
 339 }
 340 }return buffer.toString ();
 341 });
 342 Clazz.defineMethod (c$, "setThreshold",
 343 function (line) {
 344 this.threshold = line;
 345 }, "jalview.datamodel.GraphLine");
 346 Clazz.defineMethod (c$, "getThreshold",
 347 function () {
 348 return this.threshold;
 349 });
 350 Clazz.defineMethod (c$, "createSequenceMapping",
 351 function (seqRef, startRes, alreadyMapped) {
 352 if (seqRef == null) {
 353 return;
 354 }this.sequenceRef = seqRef;
 355 if (this.annotations == null) {
 356 return;
 357 }this.sequenceMapping =  new java.util.HashMap ();
 358 var seqPos;
 359 for (var i = 0; i < this.annotations.length; i++) {
 360 if (this.annotations[i] != null) {
 361 if (alreadyMapped) {
 362 seqPos = seqRef.findPosition (i);
 363 } else {
 364 seqPos = i + startRes;
 365 }this.sequenceMapping.put ( new Integer (seqPos), this.annotations[i]);
 366 }}
 367 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~B");
 368 Clazz.defineMethod (c$, "adjustForAlignment",
 369 function () {
 370 if (this.sequenceRef == null) {
 371 return;
 372 }if (this.annotations == null) {
 373 return;
 374 }var a = 0;
 375 var aSize = this.sequenceRef.getLength ();
 376 if (aSize == 0) {
 377 return;
 378 }var position;
 379 var temp =  new Array (aSize);
 380 var index;
 381 for (a = this.sequenceRef.getStart (); a <= this.sequenceRef.getEnd (); a++) {
 382 index =  new Integer (a);
 383 if (this.sequenceMapping.containsKey (index)) {
 384 position = this.sequenceRef.findIndex (a) - 1;
 385 temp[position] = this.sequenceMapping.get (index);
 386 }}
 387 this.annotations = temp;
 388 });
 389 Clazz.defineMethod (c$, "compactAnnotationArray",
 390 function () {
 391 var i = 0;
 392 var iSize = this.annotations.length;
 393 while (i < iSize) {
 394 if (this.annotations[i] == null) {
 395 if (i + 1 < iSize) {
 396 System.arraycopy (this.annotations, i + 1, this.annotations, i, iSize - i - 1);
 397 }iSize--;
 398 } else {
 399 i++;
 400 }}
 401 var ann = this.annotations;
 402 this.annotations =  new Array (i);
 403 System.arraycopy (ann, 0, this.annotations, 0, i);
 404 ann = null;
 405 return iSize;
 406 });
 407 Clazz.defineMethod (c$, "setSequenceRef",
 408 function (sequenceI) {
 409 if (sequenceI != null) {
 410 if (this.sequenceRef != null) {
 411 var rIsDs = this.sequenceRef.getDatasetSequence () == null;
 412 var tIsDs = sequenceI.getDatasetSequence () == null;
 413 if (this.sequenceRef !== sequenceI && (rIsDs && !tIsDs && this.sequenceRef !== sequenceI.getDatasetSequence ()) && (!rIsDs && tIsDs && this.sequenceRef.getDatasetSequence () !== sequenceI) && (!rIsDs && !tIsDs && this.sequenceRef.getDatasetSequence () !== sequenceI.getDatasetSequence ()) && !this.sequenceRef.equals (sequenceI)) {
 414 this.sequenceRef = null;
 415 if (this.sequenceMapping != null) {
 416 this.sequenceMapping = null;
 417 }this.createSequenceMapping (sequenceI, 1, true);
 418 this.adjustForAlignment ();
 419 } else {
 420 this.sequenceRef = sequenceI;
 421 }} else {
 422 this.createSequenceMapping (sequenceI, 1, true);
 423 this.adjustForAlignment ();
 424 }} else {
 425 this.sequenceMapping = null;
 426 this.sequenceRef = null;
 427 }}, "jalview.datamodel.SequenceI");
 428 Clazz.defineMethod (c$, "getScore",
 429 function () {
 430 return this.score;
 431 });
 432 Clazz.defineMethod (c$, "setScore",
 433 function (score) {
 434 this.$hasScore = true;
 435 this.score = score;
 436 }, "~N");
 437 Clazz.defineMethod (c$, "hasScore",
 438 function () {
 439 return this.$hasScore || !Double.isNaN (this.score);
 440 });
 441 Clazz.makeConstructor (c$,
 442 function (label, description, score) {
 443 this.construct (label, description, null);
 444 this.setScore (score);
 445 }, "~S,~S,~N");
 446 Clazz.makeConstructor (c$,
 447 function (alignmentAnnotation, colSel) {
 448 this.construct (alignmentAnnotation);
 449 if (this.annotations == null) {
 450 return;
 451 }colSel.makeVisibleAnnotation (this);
 452 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation,jalview.datamodel.ColumnSelection");
 453 Clazz.defineMethod (c$, "setPadGaps",
 454 function (padgaps, gapchar) {
 455 this.padGaps = padgaps;
 456 if (padgaps) {
 457 this.hasText = true;
 458 for (var i = 0; i < this.annotations.length; i++) {
 459 if (this.annotations[i] == null) {
 460 this.annotations[i] =  new jalview.datamodel.Annotation (String.valueOf (gapchar), null, ' ', 0, null);
 461 } else if (this.annotations[i].displayCharacter == null || this.annotations[i].displayCharacter.equals (" ")) {
 462 this.annotations[i].displayCharacter = String.valueOf (gapchar);
 463 }}
 464 }}, "~B,~S");
 465 Clazz.defineMethod (c$, "getDescription",
 466 function (seqname) {
 467 if (seqname && this.sequenceRef != null) {
 468 var i = this.description.toLowerCase ().indexOf ("<html>");
 469 if (i > -1) {
 470 return "<html>" + this.sequenceRef.getName () + " : " + this.description.substring (i + 6);
 471 }return this.sequenceRef.getName () + " : " + this.description;
 472 }return this.description;
 473 }, "~B");
 474 Clazz.defineMethod (c$, "isValidStruc",
 475 function () {
 476 return this.invalidrnastruc == -1;
 477 });
 478 Clazz.defineMethod (c$, "getInvalidStrucPos",
 479 function () {
 480 return this.invalidrnastruc;
 481 });
 482 Clazz.defineMethod (c$, "getCalcId",
 483 function () {
 484 return this.calcId;
 485 });
 486 Clazz.defineMethod (c$, "setCalcId",
 487 function (calcId) {
 488 this.calcId = calcId;
 489 }, "~S");
 490 Clazz.defineMethod (c$, "isRNA",
 491 function () {
 492 return this.isrna;
 493 });
 494 Clazz.defineMethod (c$, "liftOver",
 495 function (sq, sp2sq) {
 496 if (sp2sq.getMappedWidth () != sp2sq.getWidth ()) {
 497 throw  new Error ("liftOver currently not implemented for transfer of annotation between different types of seqeunce");
 498 }var mapIsTo = (sp2sq != null) ? (sp2sq.getTo () === sq || sp2sq.getTo () === sq.getDatasetSequence ()) : false;
 499 var mapForsq =  new java.util.HashMap ();
 500 if (this.sequenceMapping != null) {
 501 if (sp2sq != null) {
 502 for (var ie, $ie = this.sequenceMapping.entrySet ().iterator (); $ie.hasNext () && ((ie = $ie.next ()) || true);) {
 503 var mpos = Integer.$valueOf (mapIsTo ? sp2sq.getMappedPosition ((ie.getKey ()).intValue ()) : sp2sq.getPosition ((ie.getKey ()).intValue ()));
 504 if ((mpos).intValue () >= sq.getStart () && (mpos).intValue () <= sq.getEnd ()) {
 505 mapForsq.put (mpos, ie.getValue ());
 506 }}
 507 this.sequenceMapping = mapForsq;
 508 this.sequenceRef = sq;
 509 this.adjustForAlignment ();
 510 } else {
 511 }}}, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.Mapping");
 512 Clazz.defineMethod (c$, "remap",
 513 function (newref, mapping, from, to, idxoffset) {
 514 if (mapping != null) {
 515 var old = this.sequenceMapping;
 516 var remap =  new java.util.HashMap ();
 517 var index = -1;
 518 for (var mp, $mp = 0, $$mp = mapping; $mp < $$mp.length && ((mp = $$mp[$mp]) || true); $mp++) {
 519 if (index++ < 0) {
 520 continue;
 521 }var ann = null;
 522 if (from == -1) {
 523 ann = this.sequenceMapping.get (Integer.$valueOf (idxoffset + index));
 524 } else {
 525 if (mp != null && mp.length > from) {
 526 ann = this.sequenceMapping.get (Integer.$valueOf (mp[from]));
 527 }}if (ann != null) {
 528 if (to == -1) {
 529 remap.put (Integer.$valueOf (idxoffset + index), ann);
 530 } else {
 531 if (to > -1 && to < mp.length) {
 532 remap.put (Integer.$valueOf (mp[to]), ann);
 533 }}}}
 534 this.sequenceMapping = remap;
 535 old.clear ();
 536 if (newref != null) {
 537 this.sequenceRef = newref;
 538 }this.adjustForAlignment ();
 539 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,~A,~N,~N,~N");
 540 Clazz.defineMethod (c$, "getProperty",
 541 function (property) {
 542 if (this.properties == null) {
 543 return null;
 544 }return this.properties.get (property);
 545 }, "~S");
 546 Clazz.defineMethod (c$, "setProperty",
 547 function (property, value) {
 548 if (this.properties == null) {
 549 this.properties =  new java.util.HashMap ();
 550 }this.properties.put (property, value);
 551 }, "~S,~S");
 552 Clazz.defineMethod (c$, "hasProperties",
 553 function () {
 554 return this.properties != null && this.properties.size () > 0;
 555 });
 556 Clazz.defineMethod (c$, "getProperties",
 557 function () {
 558 if (this.properties == null) {
 559 return java.util.Collections.emptyList ();
 560 }return this.properties.keySet ();
 561 });
 562 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotationForPosition",
 563 function (position) {
 564 return this.sequenceMapping == null ? null : this.sequenceMapping.get (new Integer (position));
 565 }, "~N");
 566 Clazz.defineMethod (c$, "setAnnotationId",
 567 function () {
 568 this.annotationId = "ann" + Long.toString (jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.nextId ());
 569 });
 570 c$.nextId = Clazz.defineMethod (c$, "nextId",
 571 function () {
 572 return jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.counter++;
 573 });
 574 c$.$AlignmentAnnotation$AnnotCharSequence$ = function () {
 575 Clazz.pu$h ();
 576 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 577 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 578 this.offset = 0;
 579 this.max = 0;
 580 Clazz.instantialize (this, arguments);
 581 }, jalview.datamodel.AlignmentAnnotation, "AnnotCharSequence", null, CharSequence);
 582 Clazz.makeConstructor (c$,
 583 function () {
 584 this.construct (0, this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations.length);
 585 });
 586 Clazz.makeConstructor (c$,
 587 function (a, b) {
 588 this.offset = a;
 589 this.max = b;
 590 }, "~N,~N");
 591 Clazz.overrideMethod (c$, "subSequence",
 592 function (a, b) {
 593 return Clazz.innerTypeInstance (jalview.datamodel.AlignmentAnnotation.AnnotCharSequence, this, null, this.offset + a, this.offset + b);
 594 }, "~N,~N");
 595 Clazz.overrideMethod (c$, "length",
 596 function () {
 597 return this.max - this.offset;
 598 });
 599 Clazz.overrideMethod (c$, "charAt",
 600 function (a) {
 601 return ((a + this.offset < 0) || (a + this.offset) >= this.max || this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[a + this.offset] == null || (this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[a + this.offset].secondaryStructure <= ' ') ? ' ' : this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[a + this.offset].displayCharacter == null || this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[a + this.offset].displayCharacter.length == 0 ? this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[a + this.offset].secondaryStructure : this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[a + this.offset].displayCharacter.charAt (0));
 602 }, "~N");
 603 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
 604 function () {
 605 var a =  Clazz.newCharArray (this.max - this.offset, '\0');
 606 var b = this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations.length;
 607 for (var c = this.offset; c < b; c++) {
 608 a[c] = (this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[c] == null || ((this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[c].secondaryStructure).charCodeAt (0) <= 32)) ? ' ' : (this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[c].displayCharacter == null || this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[c].displayCharacter.length == 0 ? this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[c].secondaryStructure : this.b$["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"].annotations[c].displayCharacter.charAt (0));
 609 }
 610 return  String.instantialize (a);
 611 });
 612 c$ = Clazz.p0p ();
 613 };
 614 Clazz.defineStatics (c$,
 615 "ANNOTATION_ID_PREFIX", "ann",
 616 "SEQUENCE_PROFILE", 0,
 617 "STRUCTURE_PROFILE", 1,
 618 "CDNA_PROFILE", 2,
 619 "counter", 0,
 620 "NO_GRAPH", 0,
 621 "BAR_GRAPH", 1,
 622 "LINE_GRAPH", 2);
 623 });