bin/jalview/datamodel/AlignmentView.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.AlignmentView", ["jalview.datamodel.Alignment", "$.CigarArray", "$.ColumnSelection", "$.SeqCigar", "$.SequenceGroup", "jalview.util.MessageManager", "$.ShiftList", "java.lang.Error", "java.util.ArrayList", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.sequences = null;\r
   5 this.contigs = null;\r
   6 this.width = 0;\r
   7 this.firstCol = 0;\r
   8 this.scGroups = null;\r
   9 this.$isNa = false;\r
  10 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.datamodel.AlignmentView.ScGroup")) {\r
  11 jalview.datamodel.AlignmentView.$AlignmentView$ScGroup$ ();\r
  12 }\r
  13 this.selected = null;\r
  14 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  15 }, jalview.datamodel, "AlignmentView");\r
  16 Clazz.defineMethod (c$, "isNa", \r
  17 function () {\r
  18 return this.$isNa;\r
  19 });\r
  20 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  21 function (alignment, columnSelection, selection, hasHiddenColumns, selectedRegionOnly, recordGroups) {\r
  22 this.construct ( new jalview.datamodel.CigarArray (alignment, (hasHiddenColumns ? columnSelection : null), (selectedRegionOnly ? selection : null)), (selectedRegionOnly && selection != null) ? selection.getStartRes () : 0);\r
  23 this.$isNa = alignment.isNucleotide ();\r
  24 var selseqs;\r
  25 if (selection != null && selection.getSize () > 0) {\r
  26 var sel = selection.getSequences (null);\r
  27 this.selected =  new java.util.Vector ();\r
  28 selseqs = selection.getSequencesInOrder (alignment, selectedRegionOnly);\r
  29 } else {\r
  30 selseqs = alignment.getSequencesArray ();\r
  31 }var seqsets =  new java.util.ArrayList ();\r
  32 var grps =  new java.util.ArrayList ();\r
  33 var gg = alignment.getGroups ();\r
  34 grps.addAll (gg);\r
  35 var sgrps = null;\r
  36 var addedgps = null;\r
  37 if (grps != null) {\r
  38 if (selection != null && selectedRegionOnly) {\r
  39 var ssel = selection.getStartRes ();\r
  40 var esel = selection.getEndRes ();\r
  41 var isg =  new java.util.ArrayList ();\r
  42 for (var sg, $sg = grps.iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
  43 if (!(sg.getStartRes () > esel || sg.getEndRes () < ssel)) {\r
  44 if (sg.getStartRes () < ssel) {\r
  45 sg.setStartRes (ssel);\r
  46 }if (sg.getEndRes () > esel) {\r
  47 sg.setEndRes (esel);\r
  48 }sg.setStartRes (sg.getStartRes () - ssel + 1);\r
  49 sg.setEndRes (sg.getEndRes () - ssel + 1);\r
  50 isg.add (sg);\r
  51 }}\r
  52 grps = isg;\r
  53 }sgrps =  new Array (grps.size ());\r
  54 addedgps =  Clazz.newBooleanArray (grps.size (), false);\r
  55 for (var g = 0; g < sgrps.length; g++) {\r
  56 var sg = grps.get (g);\r
  57 sgrps[g] = Clazz.innerTypeInstance (jalview.datamodel.AlignmentView.ScGroup, this, null);\r
  58 sgrps[g].sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (sg);\r
  59 addedgps[g] = false;\r
  60 seqsets.add (sg.getSequences ());\r
  61 }\r
  62 }var csi = 0;\r
  63 for (var i = 0; i < selseqs.length; i++) {\r
  64 if (selseqs[i] != null) {\r
  65 if (selection != null && selection.getSize () > 0 && !selectedRegionOnly) {\r
  66 this.sequences[csi].setGroupMembership (this.selected);\r
  67 this.selected.addElement (this.sequences[csi]);\r
  68 }if (seqsets != null) {\r
  69 for (var sg = 0; sg < sgrps.length; sg++) {\r
  70 if ((seqsets.get (sg)).contains (selseqs[i])) {\r
  71 this.sequences[csi].setGroupMembership (sgrps[sg]);\r
  72 sgrps[sg].sg.deleteSequence (selseqs[i], false);\r
  73 sgrps[sg].seqs.addElement (this.sequences[csi]);\r
  74 if (!addedgps[sg]) {\r
  75 if (this.scGroups == null) {\r
  76 this.scGroups =  new java.util.ArrayList ();\r
  77 }addedgps[sg] = true;\r
  78 this.scGroups.add (sgrps[sg]);\r
  79 }}}\r
  80 }csi++;\r
  81 }}\r
  82 for (var sg = 0; sg < sgrps.length; sg++) {\r
  83 var sqs = sgrps[sg].sg.getSequencesAsArray (null);\r
  84 for (var si = 0; si < sqs.length; si++) {\r
  85 sgrps[sg].sg.deleteSequence (sqs[si], false);\r
  86 }\r
  87 sgrps[sg] = null;\r
  88 }\r
  89 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.datamodel.SequenceGroup,~B,~B,~B");\r
  90 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  91 function (seqcigararray) {\r
  92 if (!seqcigararray.isSeqCigarArray ()) {\r
  93 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_can_only_make_alignmnet_from_cigararray"));\r
  94 }this.contigs = seqcigararray.getDeletedRegions ();\r
  95 this.sequences = seqcigararray.getSeqCigarArray ();\r
  96 this.width = seqcigararray.getWidth ();\r
  97 }, "jalview.datamodel.CigarArray");\r
  98 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  99 function (sdata, firstcol) {\r
 100 this.construct (sdata);\r
 101 this.firstCol = firstcol;\r
 102 }, "jalview.datamodel.CigarArray,~N");\r
 103 Clazz.defineMethod (c$, "setSequences", \r
 104 function (sequences) {\r
 105 this.sequences = sequences;\r
 106 }, "~A");\r
 107 Clazz.defineMethod (c$, "setContigs", \r
 108 function (contigs) {\r
 109 this.contigs = contigs;\r
 110 }, "~A");\r
 111 Clazz.defineMethod (c$, "getSequences", \r
 112 function () {\r
 113 return this.sequences;\r
 114 });\r
 115 Clazz.defineMethod (c$, "getContigs", \r
 116 function () {\r
 117 return this.contigs;\r
 118 });\r
 119 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentAndColumnSelection", \r
 120 function (gapCharacter) {\r
 121 var colsel =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();\r
 122 return  Clazz.newArray (-1, [jalview.datamodel.SeqCigar.createAlignmentSequences (this.sequences, gapCharacter, colsel, this.contigs), colsel]);\r
 123 }, "~S");\r
 124 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleAlignment", \r
 125 function (c) {\r
 126 var aln = this.getVisibleSeqs (c);\r
 127 var vcal =  new jalview.datamodel.Alignment (aln);\r
 128 this.addPrunedGroupsInOrder (vcal, -1, -1, true);\r
 129 return vcal;\r
 130 }, "~S");\r
 131 Clazz.defineMethod (c$, "addPrunedGroupsInOrder", \r
 132 ($fz = function (vcal, gstart, gend, viscontigs) {\r
 133 var r = false;\r
 134 if (gstart > -1 && gstart <= gend) {\r
 135 r = true;\r
 136 }var aln = vcal.getSequencesArray ();\r
 137 {\r
 138 {\r
 139 var nvg = (this.scGroups != null) ? this.scGroups.size () : 0;\r
 140 if (nvg > 0) {\r
 141 var nsg =  new Array (nvg);\r
 142 for (var g = 0; g < nvg; g++) {\r
 143 var sg = this.scGroups.get (g).sg;\r
 144 if (r) {\r
 145 if (sg.getStartRes () > gend || sg.getEndRes () < gstart) {\r
 146 nsg[g] = null;\r
 147 continue;\r
 148 }}nsg[g] =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (sg);\r
 149 if (r && !viscontigs) {\r
 150 if (nsg[g].getStartRes () < gstart) {\r
 151 nsg[g].setStartRes (0);\r
 152 } else {\r
 153 nsg[g].setStartRes (nsg[g].getStartRes () - gstart);\r
 154 nsg[g].setEndRes (nsg[g].getEndRes () - gstart);\r
 155 }if (nsg[g].getEndRes () > (gend - gstart)) {\r
 156 nsg[g].setEndRes (gend - gstart);\r
 157 }}}\r
 158 if (viscontigs) {\r
 159 if (this.contigs != null) {\r
 160 var p = 0;\r
 161 var prune =  new jalview.util.ShiftList ();\r
 162 if (r) {\r
 163 prune.addShift (gstart, -gstart);\r
 164 }for (var h = 0; h < this.contigs.length; h += 3) {\r
 165 {\r
 166 prune.addShift (p + this.contigs[h + 1], this.contigs[h + 2] - this.contigs[h + 1]);\r
 167 }p = this.contigs[h + 1] + this.contigs[h + 2];\r
 168 }\r
 169 for (var g = 0; g < nsg.length; g++) {\r
 170 if (nsg[g] != null) {\r
 171 var s = nsg[g].getStartRes ();\r
 172 var t = nsg[g].getEndRes ();\r
 173 var w = 1 + t - s;\r
 174 if (r) {\r
 175 if (s < gstart) {\r
 176 s = gstart;\r
 177 }if (t > gend) {\r
 178 t = gend;\r
 179 }}s = prune.shift (s);\r
 180 t = prune.shift (t);\r
 181 nsg[g].setStartRes (s);\r
 182 nsg[g].setEndRes (t);\r
 183 }}\r
 184 }}for (var nsq = 0; nsq < aln.length; nsq++) {\r
 185 for (var g = 0; g < nvg; g++) {\r
 186 if (nsg[g] != null && this.sequences[nsq].isMemberOf (this.scGroups.get (g))) {\r
 187 nsg[g].addSequence (aln[nsq], false);\r
 188 }}\r
 189 }\r
 190 for (var g = 0; g < nvg; g++) {\r
 191 if (nsg[g] != null && nsg[g].getSize () > 0) {\r
 192 vcal.addGroup (nsg[g]);\r
 193 }nsg[g] = null;\r
 194 }\r
 195 }}}}, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.AlignmentI,~N,~N,~B");\r
 196 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleSeqs", \r
 197 ($fz = function (c) {\r
 198 var aln =  new Array (this.sequences.length);\r
 199 for (var i = 0, j = this.sequences.length; i < j; i++) {\r
 200 aln[i] = this.sequences[i].getSeq ('-');\r
 201 }\r
 202 var seqs = this.getSequenceStrings ('-');\r
 203 for (var i = 0, j = aln.length; i < j; i++) {\r
 204 aln[i].setSequence (seqs[i]);\r
 205 }\r
 206 return aln;\r
 207 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~S");\r
 208 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleContigAlignments", \r
 209 function (c) {\r
 210 var nvc = 0;\r
 211 var vcontigs = this.getVisibleContigs ();\r
 212 var contigviews = this.getVisibleContigs (c);\r
 213 var vcals =  new Array (contigviews.length);\r
 214 for (nvc = 0; nvc < contigviews.length; nvc++) {\r
 215 vcals[nvc] =  new jalview.datamodel.Alignment (contigviews[nvc]);\r
 216 if (this.scGroups != null && this.scGroups.size () > 0) {\r
 217 this.addPrunedGroupsInOrder (vcals[nvc], vcontigs[nvc * 2], vcontigs[nvc * 2 + 1], true);\r
 218 }}\r
 219 return vcals;\r
 220 }, "~S");\r
 221 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceStrings", \r
 222 function (c) {\r
 223 var seqs =  new Array (this.sequences.length);\r
 224 for (var n = 0; n < this.sequences.length; n++) {\r
 225 var fullseq = this.sequences[n].getSequenceString (c);\r
 226 if (this.contigs != null) {\r
 227 seqs[n] = "";\r
 228 var p = 0;\r
 229 for (var h = 0; h < this.contigs.length; h += 3) {\r
 230 seqs[n] += fullseq.substring (p, this.contigs[h + 1]);\r
 231 p = this.contigs[h + 1] + this.contigs[h + 2];\r
 232 }\r
 233 seqs[n] += fullseq.substring (p);\r
 234 } else {\r
 235 seqs[n] = fullseq;\r
 236 }}\r
 237 return seqs;\r
 238 }, "~S");\r
 239 Clazz.defineMethod (c$, "getWidth", \r
 240 function () {\r
 241 return this.width;\r
 242 });\r
 243 Clazz.defineMethod (c$, "setWidth", \r
 244 function (width) {\r
 245 this.width = width;\r
 246 }, "~N");\r
 247 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleContigs", \r
 248 function (gapCharacter) {\r
 249 var smsa;\r
 250 var njobs = 1;\r
 251 if (this.sequences == null || this.width <= 0) {\r
 252 return null;\r
 253 }if (this.contigs != null && this.contigs.length > 0) {\r
 254 var start = 0;\r
 255 njobs = 0;\r
 256 var fwidth = this.width;\r
 257 for (var contig = 0; contig < this.contigs.length; contig += 3) {\r
 258 if ((this.contigs[contig + 1] - start) > 0) {\r
 259 njobs++;\r
 260 }fwidth += this.contigs[contig + 2];\r
 261 start = this.contigs[contig + 1] + this.contigs[contig + 2];\r
 262 }\r
 263 if (start < fwidth) {\r
 264 njobs++;\r
 265 }smsa =  new Array (njobs);\r
 266 start = 0;\r
 267 var j = 0;\r
 268 for (var contig = 0; contig < this.contigs.length; contig += 3) {\r
 269 if (this.contigs[contig + 1] - start > 0) {\r
 270 var mseq =  new Array (this.sequences.length);\r
 271 for (var s = 0; s < mseq.length; s++) {\r
 272 mseq[s] = this.sequences[s].getSeq (gapCharacter).getSubSequence (start, this.contigs[contig + 1]);\r
 273 }\r
 274 smsa[j] = mseq;\r
 275 j++;\r
 276 }start = this.contigs[contig + 1] + this.contigs[contig + 2];\r
 277 }\r
 278 if (start < fwidth) {\r
 279 var mseq =  new Array (this.sequences.length);\r
 280 for (var s = 0; s < mseq.length; s++) {\r
 281 mseq[s] = this.sequences[s].getSeq (gapCharacter).getSubSequence (start, fwidth + 1);\r
 282 }\r
 283 smsa[j] = mseq;\r
 284 j++;\r
 285 }} else {\r
 286 smsa =  new Array (1);\r
 287 smsa[0] =  new Array (this.sequences.length);\r
 288 for (var s = 0; s < this.sequences.length; s++) {\r
 289 smsa[0][s] = this.sequences[s].getSeq (gapCharacter);\r
 290 }\r
 291 }return smsa;\r
 292 }, "~S");\r
 293 Clazz.defineMethod (c$, "getUpdatedView", \r
 294 function (nvismsa, orders, gapCharacter) {\r
 295 if (this.sequences == null || this.width <= 0) {\r
 296 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.empty_view_cannot_be_updated"));\r
 297 }if (nvismsa == null) {\r
 298 throw  new Error ("nvismsa==null. use getAlignmentAndColumnSelection() instead.");\r
 299 }if (this.contigs != null && this.contigs.length > 0) {\r
 300 var alignment =  new Array (this.sequences.length);\r
 301 var columnselection =  new jalview.datamodel.ColumnSelection ();\r
 302 if (this.contigs != null && this.contigs.length > 0) {\r
 303 var start = 0;\r
 304 var nwidth = 0;\r
 305 var owidth = this.width;\r
 306 var j = 0;\r
 307 for (var contig = 0; contig < this.contigs.length; contig += 3) {\r
 308 owidth += this.contigs[contig + 2];\r
 309 if (this.contigs[contig + 1] - start > 0) {\r
 310 var swidth = 0;\r
 311 if (nvismsa[j] != null) {\r
 312 var mseq = nvismsa[j];\r
 313 var order = (orders == null) ? null : orders[j];\r
 314 j++;\r
 315 if (mseq.length != this.sequences.length) {\r
 316 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block",  Clazz.newArray (-1, [Integer.$valueOf (j).toString (), Integer.$valueOf (mseq.length).toString (), Integer.$valueOf (this.sequences.length).toString ()])));\r
 317 }swidth = mseq[0].getLength ();\r
 318 for (var s = 0; s < mseq.length; s++) {\r
 319 if (alignment[s] == null) {\r
 320 alignment[s] = mseq[s];\r
 321 } else {\r
 322 alignment[s].setSequence (alignment[s].getSequenceAsString () + mseq[s].getSequenceAsString ());\r
 323 if (mseq[s].getStart () <= mseq[s].getEnd ()) {\r
 324 alignment[s].setEnd (mseq[s].getEnd ());\r
 325 }if (order != null) {\r
 326 order.updateSequence (mseq[s], alignment[s]);\r
 327 }}}\r
 328 } else {\r
 329 if (true) {\r
 330 for (var s = 0; s < this.sequences.length; s++) {\r
 331 var oseq = this.sequences[s].getSeq (gapCharacter).getSubSequence (start, this.contigs[contig + 1]);\r
 332 if (swidth < oseq.getLength ()) {\r
 333 swidth = oseq.getLength ();\r
 334 }if (alignment[s] == null) {\r
 335 alignment[s] = oseq;\r
 336 } else {\r
 337 alignment[s].setSequence (alignment[s].getSequenceAsString () + oseq.getSequenceAsString ());\r
 338 if (oseq.getEnd () >= oseq.getStart ()) {\r
 339 alignment[s].setEnd (oseq.getEnd ());\r
 340 }}}\r
 341 }j++;\r
 342 }nwidth += swidth;\r
 343 }start = this.contigs[contig + 1] + this.contigs[contig + 2];\r
 344 for (var s = 0; s < this.sequences.length; s++) {\r
 345 var hseq = this.sequences[s].getSeq (gapCharacter).getSubSequence (this.contigs[contig + 1], start);\r
 346 if (alignment[s] == null) {\r
 347 alignment[s] = hseq;\r
 348 } else {\r
 349 alignment[s].setSequence (alignment[s].getSequenceAsString () + hseq.getSequenceAsString ());\r
 350 if (hseq.getEnd () >= hseq.getStart ()) {\r
 351 alignment[s].setEnd (hseq.getEnd ());\r
 352 }}}\r
 353 columnselection.hideColumns (nwidth, nwidth + this.contigs[contig + 2] - 1);\r
 354 nwidth += this.contigs[contig + 2];\r
 355 }\r
 356 if (j < nvismsa.length) {\r
 357 var swidth = 0;\r
 358 if (nvismsa[j] != null) {\r
 359 var mseq = nvismsa[j];\r
 360 var order = (orders != null) ? orders[j] : null;\r
 361 swidth = mseq[0].getLength ();\r
 362 for (var s = 0; s < mseq.length; s++) {\r
 363 if (alignment[s] == null) {\r
 364 alignment[s] = mseq[s];\r
 365 } else {\r
 366 alignment[s].setSequence (alignment[s].getSequenceAsString () + mseq[s].getSequenceAsString ());\r
 367 if (mseq[s].getEnd () >= mseq[s].getStart ()) {\r
 368 alignment[s].setEnd (mseq[s].getEnd ());\r
 369 }if (order != null) {\r
 370 order.updateSequence (mseq[s], alignment[s]);\r
 371 }}}\r
 372 } else {\r
 373 if (start < owidth) {\r
 374 if (true) {\r
 375 for (var s = 0; s < this.sequences.length; s++) {\r
 376 var oseq = this.sequences[s].getSeq (gapCharacter).getSubSequence (start, owidth + 1);\r
 377 if (swidth < oseq.getLength ()) {\r
 378 swidth = oseq.getLength ();\r
 379 }if (alignment[s] == null) {\r
 380 alignment[s] = oseq;\r
 381 } else {\r
 382 alignment[s].setSequence (alignment[s].getSequenceAsString () + oseq.getSequenceAsString ());\r
 383 if (oseq.getEnd () >= oseq.getStart ()) {\r
 384 alignment[s].setEnd (oseq.getEnd ());\r
 385 }}}\r
 386 nwidth += swidth;\r
 387 } else {\r
 388 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.padding_not_yet_implemented"));\r
 389 }}}}}return  Clazz.newArray (-1, [alignment, columnselection]);\r
 390 } else {\r
 391 if (nvismsa.length != 1) {\r
 392 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view",  Clazz.newArray (-1, [Integer.$valueOf (nvismsa.length).toString ()])));\r
 393 }if (nvismsa[0] != null) {\r
 394 return  Clazz.newArray (-1, [nvismsa[0],  new jalview.datamodel.ColumnSelection ()]);\r
 395 } else {\r
 396 return this.getAlignmentAndColumnSelection (gapCharacter);\r
 397 }}}, "~A,~A,~S");\r
 398 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleContigs", \r
 399 function () {\r
 400 if (this.contigs != null && this.contigs.length > 0) {\r
 401 var start = 0;\r
 402 var nvis = 0;\r
 403 var fwidth = this.width;\r
 404 for (var contig = 0; contig < this.contigs.length; contig += 3) {\r
 405 if ((this.contigs[contig + 1] - start) > 0) {\r
 406 nvis++;\r
 407 }fwidth += this.contigs[contig + 2];\r
 408 start = this.contigs[contig + 1] + this.contigs[contig + 2];\r
 409 }\r
 410 if (start < fwidth) {\r
 411 nvis++;\r
 412 }var viscontigs =  Clazz.newIntArray (nvis * 2, 0);\r
 413 nvis = 0;\r
 414 start = 0;\r
 415 for (var contig = 0; contig < this.contigs.length; contig += 3) {\r
 416 if ((this.contigs[contig + 1] - start) > 0) {\r
 417 viscontigs[nvis] = start;\r
 418 viscontigs[nvis + 1] = this.contigs[contig + 1] - 1;\r
 419 nvis += 2;\r
 420 }start = this.contigs[contig + 1] + this.contigs[contig + 2];\r
 421 }\r
 422 if (start < fwidth) {\r
 423 viscontigs[nvis] = start;\r
 424 viscontigs[nvis + 1] = fwidth;\r
 425 nvis += 2;\r
 426 }return viscontigs;\r
 427 } else {\r
 428 return  Clazz.newIntArray (-1, [0, this.width]);\r
 429 }});\r
 430 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentOrigin", \r
 431 function () {\r
 432 return this.firstCol;\r
 433 });\r
 434 Clazz.defineMethod (c$, "getVisibleContigMapFor", \r
 435 function (gapMap) {\r
 436 var delMap = null;\r
 437 var viscontigs = this.getVisibleContigs ();\r
 438 var spos = 0;\r
 439 var i = 0;\r
 440 if (viscontigs != null) {\r
 441 delMap =  Clazz.newIntArray (gapMap.length, 0);\r
 442 for (var contig = 0; contig < viscontigs.length; contig += 2) {\r
 443 while (spos < gapMap.length && gapMap[spos] < viscontigs[contig]) {\r
 444 spos++;\r
 445 }\r
 446 while (spos < gapMap.length && gapMap[spos] <= viscontigs[contig + 1]) {\r
 447 delMap[i++] = spos++;\r
 448 }\r
 449 }\r
 450 var tmap =  Clazz.newIntArray (i, 0);\r
 451 System.arraycopy (delMap, 0, tmap, 0, i);\r
 452 delMap = tmap;\r
 453 }return delMap;\r
 454 }, "~A");\r
 455 Clazz.defineMethod (c$, "getEditedSequences", \r
 456 function (gc, $delete) {\r
 457 var msf = this.getSequences ();\r
 458 var aln =  new Array (msf.length);\r
 459 for (var i = 0, j = msf.length; i < j; i++) {\r
 460 aln[i] = msf[i].getSeq (gc);\r
 461 }\r
 462 if ($delete) {\r
 463 var sqs = this.getSequenceStrings (gc);\r
 464 for (var i = 0; i < sqs.length; i++) {\r
 465 aln[i].setSequence (sqs[i]);\r
 466 sqs[i] = null;\r
 467 }\r
 468 }return aln;\r
 469 }, "~S,~B");\r
 470 c$.summariseAlignmentView = Clazz.defineMethod (c$, "summariseAlignmentView", \r
 471 function (view, os) {\r
 472 os.print ("View has " + view.sequences.length + " of which ");\r
 473 if (view.selected == null) {\r
 474 os.print ("None");\r
 475 } else {\r
 476 os.print (" " + view.selected.size ());\r
 477 }os.println (" are selected.");\r
 478 os.print ("View is " + view.getWidth () + " columns wide");\r
 479 var viswid = 0;\r
 480 var contigs = view.getContigs ();\r
 481 if (contigs != null) {\r
 482 viswid = view.width;\r
 483 for (var i = 0; i < contigs.length; i += 3) {\r
 484 viswid += contigs[i + 2];\r
 485 }\r
 486 os.println ("with " + viswid + " visible columns spread over " + Clazz.doubleToInt (contigs.length / 3) + " regions.");\r
 487 } else {\r
 488 viswid = view.width;\r
 489 os.println (".");\r
 490 }if (view.scGroups != null) {\r
 491 os.println ("There are " + view.scGroups.size () + " groups defined on the view.");\r
 492 for (var g = 0; g < view.scGroups.size (); g++) {\r
 493 var sgr = view.scGroups.get (g);\r
 494 os.println ("Group " + g + ": Name = " + sgr.sg.getName () + " Contains " + sgr.seqs.size () + " Seqs.");\r
 495 os.println ("This group runs from " + sgr.sg.getStartRes () + " to " + sgr.sg.getEndRes ());\r
 496 for (var s = 0; s < sgr.seqs.size (); s++) {\r
 497 if (!(sgr.seqs.elementAt (s)).isMemberOf (sgr)) {\r
 498 os.println ("** WARNING: sequence " + (sgr.seqs.elementAt (s)).toString () + " is not marked as member of group.");\r
 499 }}\r
 500 }\r
 501 var visal = view.getVisibleAlignment ('-');\r
 502 if (visal != null) {\r
 503 os.println ("Vis. alignment is " + visal.getWidth () + " wide and has " + visal.getHeight () + " seqs.");\r
 504 if (visal.getGroups () != null && visal.getGroups ().size () > 0) {\r
 505 var i = 1;\r
 506 for (var sg, $sg = visal.getGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {\r
 507 os.println ("Group " + (i++) + " begins at column " + sg.getStartRes () + " and ends at " + sg.getEndRes ());\r
 508 }\r
 509 }}}}, "jalview.datamodel.AlignmentView,java.io.PrintStream");\r
 510 c$.testSelectionViews = Clazz.defineMethod (c$, "testSelectionViews", \r
 511 function (alignment, csel, selection) {\r
 512 System.out.println ("Testing standard view creation:\n");\r
 513 var view = null;\r
 514 try {\r
 515 System.out.println ("View with no hidden columns, no limit to selection, no groups to be collected:");\r
 516 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, false, false, false);\r
 517 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);\r
 518 } catch (e) {\r
 519 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 520 e.printStackTrace ();\r
 521 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection but no groups marked.");\r
 522 } else {\r
 523 throw e;\r
 524 }\r
 525 }\r
 526 try {\r
 527 System.out.println ("View with no hidden columns, no limit to selection, and all groups to be collected:");\r
 528 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, false, false, true);\r
 529 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);\r
 530 } catch (e) {\r
 531 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 532 e.printStackTrace ();\r
 533 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection marked but no groups marked.");\r
 534 } else {\r
 535 throw e;\r
 536 }\r
 537 }\r
 538 try {\r
 539 System.out.println ("View with no hidden columns, limited to selection and no groups to be collected:");\r
 540 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, false, true, false);\r
 541 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);\r
 542 } catch (e) {\r
 543 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 544 e.printStackTrace ();\r
 545 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection restricted but no groups marked.");\r
 546 } else {\r
 547 throw e;\r
 548 }\r
 549 }\r
 550 try {\r
 551 System.out.println ("View with no hidden columns, limited to selection, and all groups to be collected:");\r
 552 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, false, true, true);\r
 553 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);\r
 554 } catch (e) {\r
 555 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 556 e.printStackTrace ();\r
 557 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection restricted and groups marked.");\r
 558 } else {\r
 559 throw e;\r
 560 }\r
 561 }\r
 562 try {\r
 563 System.out.println ("View *with* hidden columns, no limit to selection, no groups to be collected:");\r
 564 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, true, false, false);\r
 565 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);\r
 566 } catch (e) {\r
 567 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 568 e.printStackTrace ();\r
 569 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection but no groups marked.");\r
 570 } else {\r
 571 throw e;\r
 572 }\r
 573 }\r
 574 try {\r
 575 System.out.println ("View *with* hidden columns, no limit to selection, and all groups to be collected:");\r
 576 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, true, false, true);\r
 577 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);\r
 578 } catch (e) {\r
 579 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 580 e.printStackTrace ();\r
 581 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection marked but no groups marked.");\r
 582 } else {\r
 583 throw e;\r
 584 }\r
 585 }\r
 586 try {\r
 587 System.out.println ("View *with* hidden columns, limited to selection and no groups to be collected:");\r
 588 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, true, true, false);\r
 589 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);\r
 590 } catch (e) {\r
 591 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 592 e.printStackTrace ();\r
 593 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection restricted but no groups marked.");\r
 594 } else {\r
 595 throw e;\r
 596 }\r
 597 }\r
 598 try {\r
 599 System.out.println ("View *with* hidden columns, limited to selection, and all groups to be collected:");\r
 600 view =  new jalview.datamodel.AlignmentView (alignment, csel, selection, true, true, true);\r
 601 jalview.datamodel.AlignmentView.summariseAlignmentView (view, System.out);\r
 602 } catch (e) {\r
 603 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {\r
 604 e.printStackTrace ();\r
 605 System.err.println ("Failed to generate alignment with selection restricted and groups marked.");\r
 606 } else {\r
 607 throw e;\r
 608 }\r
 609 }\r
 610 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
 611 c$.$AlignmentView$ScGroup$ = function () {\r
 612 Clazz.pu$h ();\r
 613 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 614 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 615 this.seqs = null;\r
 616 this.sg = null;\r
 617 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 618 }, jalview.datamodel.AlignmentView, "ScGroup");\r
 619 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 620 function () {\r
 621 this.seqs =  new java.util.Vector ();\r
 622 });\r
 623 c$ = Clazz.p0p ();\r
 624 };\r
 625 });\r