bin/jalview/datamodel/Annotation.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.Annotation", ["java.lang.Float", "$.StringBuffer"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.displayCharacter = "";
   5 this.description = "";
   6 this.secondaryStructure = ' ';
   7 this.value = 0;
   8 this.colour = null;
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);
  10 }, jalview.datamodel, "Annotation");
  11 Clazz.makeConstructor (c$,
  12 function (displayChar, desc, ss, val) {
  13 this.displayCharacter = displayChar;
  14 this.description = desc;
  15 this.secondaryStructure = ss;
  16 this.value = val;
  17 }, "~S,~S,~S,~N");
  18 Clazz.makeConstructor (c$,
  19 function (displayChar, desc, ss, val, colour) {
  20 this.construct (displayChar, desc, ss, val);
  21 this.colour = colour;
  22 }, "~S,~S,~S,~N,java.awt.Color");
  23 Clazz.makeConstructor (c$,
  24 function (that) {
  25 if (that == null || this === that) {
  26 return;
  27 }if (that.displayCharacter != null) this.displayCharacter =  String.instantialize (that.displayCharacter);
  28 if (that.description != null) this.description =  String.instantialize (that.description);
  29 this.secondaryStructure = that.secondaryStructure;
  30 this.value = that.value;
  31 this.colour = that.colour;
  32 }, "jalview.datamodel.Annotation");
  33 Clazz.makeConstructor (c$,
  34 function (val) {
  35 this.construct (null, null, ' ', val, null);
  36 }, "~N");
  37 Clazz.overrideMethod (c$, "toString",
  38 function () {
  39 var sb =  new StringBuffer ();
  40 if (this.displayCharacter != null) {
  41 sb.append ("\'");
  42 sb.append (this.displayCharacter);
  43 sb.append ("\'");
  44 }{
  45 sb.append (",");
  46 }if (this.secondaryStructure.charCodeAt (0) != 0 && !("" + this.displayCharacter).equals ("" + this.secondaryStructure)) {
  47 sb.append ("\'");
  48 sb.append (this.secondaryStructure);
  49 sb.append ("\'");
  50 }{
  51 sb.append (",");
  52 }if (this.description != null && this.description.length > 0) {
  53 sb.append ("\"");
  54 sb.append (this.description);
  55 sb.append ("\"");
  56 }{
  57 sb.append (",");
  58 }if (!Float.isNaN (this.value)) {
  59 sb.append (this.value);
  60 }if (this.colour != null) {
  61 if (sb.length () > 0) {
  62 sb.append (",");
  63 }sb.append ("[");
  64 sb.append ("" + this.colour.getRed ());
  65 sb.append (",");
  66 sb.append ("" + this.colour.getGreen ());
  67 sb.append (",");
  68 sb.append ("" + this.colour.getBlue ());
  69 sb.append ("]");
  70 }return sb.toString ();
  71 });
  72 });