bin/jalview/datamodel/BinarySequence.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.Sequence", "java.lang.Exception"], "jalview.datamodel.BinarySequence", ["jalview.schemes.ResidueProperties"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.datamodel.BinarySequence.InvalidSequenceTypeException")) {
   5 jalview.datamodel.BinarySequence.$BinarySequence$InvalidSequenceTypeException$ ();
   6 }
   7 this.binary = null;
   8 this.dbinary = null;
   9 this.isNa = false;
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);
  11 }, jalview.datamodel, "BinarySequence", jalview.datamodel.Sequence);
  12 Clazz.makeConstructor (c$,
  13 function (s, isNa) {
  14 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.BinarySequence, ["", s, 0, s.length]);
  15 this.isNa = isNa;
  16 }, "~S,~B");
  17 Clazz.defineMethod (c$, "initMatrixGetNoRes",
  18 ($fz = function () {
  19 var nores = (this.isNa) ? 10 : 23;
  20 this.dbinary =  Clazz.newDoubleArray (this.getSequence ().length * nores, 0);
  21 for (var i = 0; i < this.dbinary.length; i++) {
  22 this.dbinary[i] = 0.0;
  23 }
  24 return nores;
  25 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
  26 Clazz.defineMethod (c$, "getSymbolmatrix",
  27 ($fz = function () {
  28 return (this.isNa) ? jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex : jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex;
  29 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
  30 Clazz.defineMethod (c$, "encode",
  31 function () {
  32 var nores = this.initMatrixGetNoRes ();
  33 var sindex = this.getSymbolmatrix ();
  34 for (var i = 0; i < this.getSequence ().length; i++) {
  35 var aanum = nores - 1;
  36 try {
  37 aanum = sindex[this.getCharAt (i).charCodeAt (0)];
  38 } catch (e) {
  39 if (Clazz.exceptionOf (e, NullPointerException)) {
  40 aanum = nores - 1;
  41 } else {
  42 throw e;
  43 }
  44 }
  45 if (aanum >= nores) {
  46 aanum = nores - 1;
  47 }this.dbinary[(i * nores) + aanum] = 1.0;
  48 }
  49 });
  50 Clazz.defineMethod (c$, "matrixEncode",
  51 function (matrix) {
  52 if (this.isNa != matrix.isDNA ()) {
  53 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.datamodel.BinarySequence.InvalidSequenceTypeException, this, null, "matrix " + matrix.getClass ().getCanonicalName () + " is not a valid matrix for " + (this.isNa ? "nucleotide" : "protein") + "sequences");
  54 }this.matrixEncode (matrix.isDNA () ? jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex : jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex, matrix.getMatrix ());
  55 }, "jalview.schemes.ScoreMatrix");
  56 Clazz.defineMethod (c$, "matrixEncode",
  57 ($fz = function (aaIndex, matrix) {
  58 var nores = this.initMatrixGetNoRes ();
  59 for (var i = 0, iSize = this.getSequence ().length; i < iSize; i++) {
  60 var aanum = nores - 1;
  61 try {
  62 aanum = aaIndex[this.getCharAt (i).charCodeAt (0)];
  63 } catch (e) {
  64 if (Clazz.exceptionOf (e, NullPointerException)) {
  65 aanum = nores - 1;
  66 } else {
  67 throw e;
  68 }
  69 }
  70 if (aanum >= nores) {
  71 aanum = nores - 1;
  72 }for (var j = 0; j < nores; j++) {
  73 this.dbinary[(i * nores) + j] = matrix[aanum][j];
  74 }
  75 }
  76 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~A,~A");
  77 Clazz.defineMethod (c$, "toBinaryString",
  78 function () {
  79 var out = "";
  80 for (var i = 0; i < this.binary.length; i++) {
  81 out += ( new Integer (this.binary[i])).toString ();
  82 if (i < (this.binary.length - 1)) {
  83 out += " ";
  84 }}
  85 return out;
  86 });
  87 Clazz.defineMethod (c$, "getDBinary",
  88 function () {
  89 return this.dbinary;
  90 });
  91 c$.$BinarySequence$InvalidSequenceTypeException$ = function () {
  92 Clazz.pu$h ();
  93 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
  94 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
  95 Clazz.instantialize (this, arguments);
  96 }, jalview.datamodel.BinarySequence, "InvalidSequenceTypeException", Exception);
  97 c$ = Clazz.p0p ();
  98 };
  99 });