bin/jalview/datamodel/CigarArray.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.CigarBase"], "jalview.datamodel.CigarArray", ["jalview.datamodel.CigarCigar", "$.SeqCigar", "java.lang.StringBuffer", "java.util.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.refCigars = null;\r
   5 this.seqcigararray = false;\r
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   7 }, jalview.datamodel, "CigarArray", jalview.datamodel.CigarBase);\r
   8 Clazz.defineMethod (c$, "isSeqCigarArray", \r
   9 function () {\r
  10 return this.seqcigararray;\r
  11 });\r
  12 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  13 function (cigars) {\r
  14 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.CigarArray);\r
  15 this.seqcigararray = true;\r
  16 if (cigars != null && cigars.length > 0) {\r
  17 this.refCigars =  new Array (cigars.length);\r
  18 for (var c = 0; c < cigars.length; c++) {\r
  19 this.refCigars[c] = cigars[c];\r
  20 if (!((Clazz.instanceOf (cigars[c], jalview.datamodel.SeqCigar)) || Clazz.instanceOf (cigars[c], jalview.datamodel.CigarCigar))) {\r
  21 this.seqcigararray = false;\r
  22 }}\r
  23 }}, "~A");\r
  24 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  25 function (alignment, columnSelection, selectionGroup) {\r
  26 this.construct (jalview.datamodel.CigarArray.constructSeqCigarArray (alignment, selectionGroup));\r
  27 this.constructFromAlignment (alignment, columnSelection != null ? columnSelection.getHiddenColumns () : null, selectionGroup);\r
  28 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.ColumnSelection,jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
  29 c$._calcStartEndBounds = Clazz.defineMethod (c$, "_calcStartEndBounds", \r
  30 ($fz = function (alignment, selectionGroup) {\r
  31 var startend =  Clazz.newIntArray (-1, [0, 0, 0]);\r
  32 if (selectionGroup != null) {\r
  33 startend[0] = selectionGroup.getSize ();\r
  34 startend[1] = selectionGroup.getStartRes ();\r
  35 startend[2] = selectionGroup.getEndRes ();\r
  36 } else {\r
  37 startend[0] = alignment.getHeight ();\r
  38 startend[2] = alignment.getWidth () - 1;\r
  39 }return startend;\r
  40 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
  41 c$.constructSeqCigarArray = Clazz.defineMethod (c$, "constructSeqCigarArray", \r
  42 function (alignment, selectionGroup) {\r
  43 var seqs = null;\r
  44 var i;\r
  45 var iSize;\r
  46 var _startend = jalview.datamodel.CigarArray._calcStartEndBounds (alignment, selectionGroup);\r
  47 var start = _startend[1];\r
  48 var end = _startend[2];\r
  49 if (selectionGroup != null) {\r
  50 iSize = selectionGroup.getSize ();\r
  51 seqs = selectionGroup.getSequencesInOrder (alignment);\r
  52 start = selectionGroup.getStartRes ();\r
  53 end = selectionGroup.getEndRes ();\r
  54 } else {\r
  55 iSize = alignment.getHeight ();\r
  56 seqs = alignment.getSequencesArray ();\r
  57 end = alignment.getWidth () - 1;\r
  58 }var selseqs =  new Array (iSize);\r
  59 for (i = 0; i < iSize; i++) {\r
  60 selseqs[i] =  new jalview.datamodel.SeqCigar (seqs[i], start, end);\r
  61 }\r
  62 return selseqs;\r
  63 }, "jalview.datamodel.AlignmentI,jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
  64 Clazz.defineMethod (c$, "constructFromAlignment", \r
  65 ($fz = function (alignment, list, selectionGroup) {\r
  66 var _startend = jalview.datamodel.CigarArray._calcStartEndBounds (alignment, selectionGroup);\r
  67 var start = _startend[1];\r
  68 var end = _startend[2];\r
  69 if (list != null) {\r
  70 var region;\r
  71 var hideStart;\r
  72 var hideEnd;\r
  73 var last = start;\r
  74 for (var j = 0;  new Boolean (last < end & j < list.size ()).valueOf (); j++) {\r
  75 region = list.get (j);\r
  76 hideStart = region[0];\r
  77 hideEnd = region[1];\r
  78 if (hideStart < last) {\r
  79 if (hideEnd > last) {\r
  80 hideStart = last;\r
  81 } else {\r
  82 continue;\r
  83 }}if (hideStart > end) {\r
  84 break;\r
  85 }if (hideEnd > end) {\r
  86 hideEnd = end;\r
  87 }if (hideStart > hideEnd) {\r
  88 break;\r
  89 }if (last < hideStart) {\r
  90 this.addOperation ('M', hideStart - last);\r
  91 }this.addOperation ('D', 1 + hideEnd - hideStart);\r
  92 last = hideEnd + 1;\r
  93 }\r
  94 if (last < end) {\r
  95 this.addOperation ('M', end - last + 1);\r
  96 }} else {\r
  97 this.addOperation ('M', end - start + 1);\r
  98 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.AlignmentI,java.util.List,jalview.datamodel.SequenceGroup");\r
  99 Clazz.defineMethod (c$, "getArrayofSequenceAndDeletions", \r
 100 function (GapChar) {\r
 101 if (this.refCigars == null || this.refCigars.length == 0 || this.length == 0) {\r
 102 return null;\r
 103 }var sqanddels =  new Array (this.refCigars.length);\r
 104 for (var c = 0; c < this.refCigars.length; c++) {\r
 105 var refString = this.refCigars[c].getSequenceString (GapChar);\r
 106 if (refString != null) {\r
 107 sqanddels[c] = this.getSequenceAndDeletions (refString, GapChar);\r
 108 } else {\r
 109 sqanddels[c] = null;\r
 110 }}\r
 111 return sqanddels;\r
 112 }, "~S");\r
 113 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceString", \r
 114 function (GapChar) {\r
 115 if (this.length == 0 || this.refCigars == null) {\r
 116 return "";\r
 117 }var seqStrings =  new StringBuffer ();\r
 118 var sqanddels = this.getArrayofSequenceAndDeletions (GapChar);\r
 119 for (var c = 0; c < this.refCigars.length; c++) {\r
 120 if (sqanddels[c] != null) {\r
 121 seqStrings.append (sqanddels[c][0]);\r
 122 sqanddels[c][0] = null;\r
 123 }seqStrings.append ('\n');\r
 124 }\r
 125 return seqStrings.toString ();\r
 126 }, "~S");\r
 127 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceStrings", \r
 128 function (GapChar) {\r
 129 if (this.length == 0 || this.refCigars == null || this.refCigars.length == 0) {\r
 130 return null;\r
 131 }var sqanddels = this.getArrayofSequenceAndDeletions (GapChar);\r
 132 var seqs =  new Array (sqanddels.length);\r
 133 for (var c = 0; c < this.refCigars.length; c++) {\r
 134 seqs[c] = sqanddels[c][0];\r
 135 }\r
 136 return seqs;\r
 137 }, "~S");\r
 138 Clazz.defineMethod (c$, "applyDeletions", \r
 139 function () {\r
 140 var delpos = null;\r
 141 if (this.length == 0) {\r
 142 return null;\r
 143 }var cursor = 0;\r
 144 var vcursor = 0;\r
 145 var offset = 0;\r
 146 var i = 0;\r
 147 while (i < this.length) {\r
 148 if (this.operation[i] != 'D') {\r
 149 if (this.operation[i] == 'M') {\r
 150 cursor += this.range[i];\r
 151 }vcursor += this.range[i++];\r
 152 } else {\r
 153 if (delpos == null) {\r
 154 delpos =  new java.util.Vector ();\r
 155 }var delstart = cursor;\r
 156 var delend = cursor + this.range[i] - 1;\r
 157 delpos.addElement ( Clazz.newIntArray (-1, [vcursor + offset, this.range[i]]));\r
 158 offset += this.range[i] - 1;\r
 159 System.arraycopy (this.operation, i + 1, this.operation, i, this.length - i);\r
 160 System.arraycopy (this.range, i + 1, this.range, i, this.length - i);\r
 161 this.length--;\r
 162 for (var s = 0; s < this.refCigars.length; s++) {\r
 163 var d = this.refCigars[s].deleteRange (delstart, delend);\r
 164 }\r
 165 }}\r
 166 if (delpos != null) {\r
 167 var pos =  Clazz.newIntArray (delpos.size () * 2, 0);\r
 168 for (var k = 0, l = delpos.size (); k < l; k++) {\r
 169 var dr = (delpos.elementAt (k));\r
 170 pos[k * 2] = dr[0];\r
 171 pos[k * 2 + 1] = dr[1];\r
 172 delpos.setElementAt (null, k);\r
 173 }\r
 174 delpos = null;\r
 175 return pos;\r
 176 }return null;\r
 177 });\r
 178 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqCigarArray", \r
 179 function () {\r
 180 if (!this.isSeqCigarArray ()) {\r
 181 return null;\r
 182 }var sa =  new Array (this.refCigars.length);\r
 183 for (var i = 0; i < this.refCigars.length; i++) {\r
 184 sa[i] = this.refCigars[i];\r
 185 }\r
 186 return sa;\r
 187 });\r
 188 });\r