bin/jalview/datamodel/HiddenSequences.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.HiddenSequences", ["jalview.datamodel.Alignment", "java.util.ArrayList"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.hiddenSequences = null;
   5 this.alignment = null;
   6 Clazz.instantialize (this, arguments);
   7 }, jalview.datamodel, "HiddenSequences");
   8 Clazz.makeConstructor (c$,
   9 function (al) {
  10 this.alignment = al;
  11 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
  12 Clazz.defineMethod (c$, "getSize",
  13 function () {
  14 if (this.hiddenSequences == null) {
  15 return 0;
  16 }var count = 0;
  17 for (var i = 0; i < this.hiddenSequences.length; i++) {
  18 if (this.hiddenSequences[i] != null) {
  19 count++;
  20 }}
  21 return count;
  22 });
  23 Clazz.defineMethod (c$, "getWidth",
  24 function () {
  25 var width = 0;
  26 for (var i = 0; i < this.hiddenSequences.length; i++) {
  27 if (this.hiddenSequences[i] != null && this.hiddenSequences[i].getLength () > width) {
  28 width = this.hiddenSequences[i].getLength ();
  29 }}
  30 return width;
  31 });
  32 Clazz.defineMethod (c$, "adjustHeightSequenceDeleted",
  33 function (seqIndex) {
  34 if (this.hiddenSequences == null) {
  35 return;
  36 }var alHeight = this.alignment.getHeight ();
  37 var tmp =  new Array (alHeight + this.getSize ());
  38 var deletionIndex = this.adjustForHiddenSeqs (seqIndex);
  39 for (var i = 0; i < this.hiddenSequences.length; i++) {
  40 if (this.hiddenSequences[i] == null) {
  41 continue;
  42 }if (i > deletionIndex) {
  43 tmp[i - 1] = this.hiddenSequences[i];
  44 } else {
  45 tmp[i] = this.hiddenSequences[i];
  46 }}
  47 this.hiddenSequences = tmp;
  48 }, "~N");
  49 Clazz.defineMethod (c$, "adjustHeightSequenceAdded",
  50 function () {
  51 if (this.hiddenSequences == null) {
  52 return;
  53 }var alHeight = this.alignment.getHeight ();
  54 var tmp =  new Array (alHeight + this.getSize ());
  55 System.arraycopy (this.hiddenSequences, 0, tmp, 0, this.hiddenSequences.length);
  56 this.hiddenSequences = tmp;
  57 });
  58 Clazz.defineMethod (c$, "hideSequence",
  59 function (sequence) {
  60 if (this.hiddenSequences == null) {
  61 this.hiddenSequences =  new Array (this.alignment.getHeight ());
  62 }var alignmentIndex = this.alignment.findIndex (sequence);
  63 alignmentIndex = this.adjustForHiddenSeqs (alignmentIndex);
  64 if (this.hiddenSequences[alignmentIndex] != null) {
  65 System.out.println ("ERROR!!!!!!!!!!!");
  66 }this.hiddenSequences[alignmentIndex] = sequence;
  67 this.alignment.deleteSequence (sequence);
  68 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
  69 Clazz.defineMethod (c$, "showAll",
  70 function (hiddenRepSequences) {
  71 var revealedSeqs =  new java.util.ArrayList ();
  72 for (var i = 0; i < this.hiddenSequences.length; i++) {
  73 if (this.hiddenSequences[i] != null) {
  74 var tmp = this.showSequence (i, hiddenRepSequences);
  75 for (var seq, $seq = tmp.iterator (); $seq.hasNext () && ((seq = $seq.next ()) || true);) {
  76 revealedSeqs.add (seq);
  77 }
  78 }}
  79 return revealedSeqs;
  80 }, "java.util.Map");
  81 Clazz.defineMethod (c$, "showSequence",
  82 function (alignmentIndex, hiddenRepSequences) {
  83 var revealedSeqs =  new java.util.ArrayList ();
  84 var repSequence = this.alignment.getSequenceAt (alignmentIndex);
  85 if (repSequence != null && hiddenRepSequences != null && hiddenRepSequences.containsKey (repSequence)) {
  86 hiddenRepSequences.remove (repSequence);
  87 revealedSeqs.add (repSequence);
  88 }var start = this.adjustForHiddenSeqs (alignmentIndex - 1);
  89 var end = this.adjustForHiddenSeqs (alignmentIndex);
  90 if (end >= this.hiddenSequences.length) {
  91 end = this.hiddenSequences.length - 1;
  92 }var asequences;
  93 {
  94 for (var index = end; index > start; index--) {
  95 var seq = this.hiddenSequences[index];
  96 this.hiddenSequences[index] = null;
  97 if (seq != null) {
  98 if (seq.getLength () > 0) {
  99 revealedSeqs.add (seq);
 100 asequences.add (alignmentIndex, seq);
 101 } else {
 102 System.out.println (seq.getName () + " has been deleted whilst hidden");
 103 }}}
 104 }return revealedSeqs;
 105 }, "~N,java.util.Map");
 106 Clazz.defineMethod (c$, "getHiddenSequence",
 107 function (alignmentIndex) {
 108 return this.hiddenSequences[alignmentIndex];
 109 }, "~N");
 110 Clazz.defineMethod (c$, "findIndexWithoutHiddenSeqs",
 111 function (alignmentIndex) {
 112 var index = 0;
 113 var hiddenSeqs = 0;
 114 if (this.hiddenSequences.length <= alignmentIndex) {
 115 alignmentIndex = this.hiddenSequences.length - 1;
 116 }while (index <= alignmentIndex) {
 117 if (this.hiddenSequences[index] != null) {
 118 hiddenSeqs++;
 119 }index++;
 120 }
 121 ;return (alignmentIndex - hiddenSeqs);
 122 }, "~N");
 123 Clazz.defineMethod (c$, "adjustForHiddenSeqs",
 124 function (alignmentIndex) {
 125 var index = 0;
 126 var hSize = this.hiddenSequences.length;
 127 while (index <= alignmentIndex && index < hSize) {
 128 if (this.hiddenSequences[index] != null) {
 129 alignmentIndex++;
 130 }index++;
 131 }
 132 ;return alignmentIndex;
 133 }, "~N");
 134 Clazz.defineMethod (c$, "getFullAlignment",
 135 function () {
 136 var isize = this.hiddenSequences.length;
 137 var seq =  new Array (isize);
 138 var index = 0;
 139 for (var i = 0; i < this.hiddenSequences.length; i++) {
 140 if (this.hiddenSequences[i] != null) {
 141 seq[i] = this.hiddenSequences[i];
 142 } else {
 143 seq[i] = this.alignment.getSequenceAt (index);
 144 index++;
 145 }}
 146 var fAlignmt =  new jalview.datamodel.Alignment (seq);
 147 fAlignmt.annotations = this.alignment.getAlignmentAnnotation ();
 148 fAlignmt.alignmentProperties = this.alignment.getProperties ();
 149 fAlignmt.groups = this.alignment.getGroups ();
 150 fAlignmt.$hasRNAStructure = this.alignment.hasRNAStructure ();
 151 return fAlignmt;
 152 });
 153 Clazz.defineMethod (c$, "isHidden",
 154 function (seq) {
 155 if (this.hiddenSequences != null) {
 156 for (var i = 0; i < this.hiddenSequences.length; i++) {
 157 if (this.hiddenSequences[i] != null && this.hiddenSequences[i] === seq) {
 158 return true;
 159 }}
 160 }return false;
 161 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 162 });