bin/jalview/datamodel/Mapping.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (["java.util.Iterator"], "jalview.datamodel.Mapping", ["jalview.datamodel.AlignedCodon", "$.IncompleteCodonException", "$.SequenceFeature", "jalview.util.MapList", "java.util.NoSuchElementException", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.datamodel.Mapping.AlignedCodonIterator")) {
   5 jalview.datamodel.Mapping.$Mapping$AlignedCodonIterator$ ();
   6 }
   7 this.map = null;
   8 this.to = null;
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);
  10 }, jalview.datamodel, "Mapping");
  11 Clazz.makeConstructor (c$,
  12 function (map) {
  13 this.map = map;
  14 }, "jalview.util.MapList");
  15 Clazz.makeConstructor (c$,
  16 function (to, map) {
  17 this.construct (map);
  18 this.to = to;
  19 }, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.util.MapList");
  20 Clazz.makeConstructor (c$,
  21 function (to, exon, is, i, j) {
  22 this.construct (to,  new jalview.util.MapList (exon, is, i, j));
  23 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~A,~A,~N,~N");
  24 Clazz.makeConstructor (c$,
  25 function (map2) {
  26 if (map2 !== this && map2 != null) {
  27 if (map2.map != null) {
  28 this.map =  new jalview.util.MapList (map2.map);
  29 }this.to = map2.to;
  30 }}, "jalview.datamodel.Mapping");
  31 Clazz.defineMethod (c$, "getMap",
  32 function () {
  33 return this.map;
  34 });
  35 Clazz.defineMethod (c$, "setMap",
  36 function (map) {
  37 this.map = map;
  38 }, "jalview.util.MapList");
  39 Clazz.overrideMethod (c$, "equals",
  40 function (o) {
  41 if (o == null || !(Clazz.instanceOf (o, jalview.datamodel.Mapping))) {
  42 return false;
  43 }var other = o;
  44 if (other === this) {
  45 return true;
  46 }if (other.to !== this.to) {
  47 return false;
  48 }if ((this.map != null && other.map == null) || (this.map == null && other.map != null)) {
  49 return false;
  50 }if ((this.map == null && other.map == null) || this.map.equals (other.map)) {
  51 return true;
  52 }return false;
  53 }, "~O");
  54 Clazz.defineMethod (c$, "getPosition",
  55 function (mpos) {
  56 if (this.map != null) {
  57 var mp = this.map.shiftTo (mpos);
  58 if (mp != null) {
  59 return mp[0];
  60 }}return mpos;
  61 }, "~N");
  62 Clazz.defineMethod (c$, "getWord",
  63 function (mpos) {
  64 if (this.map != null) {
  65 return this.map.getToWord (mpos);
  66 }return null;
  67 }, "~N");
  68 Clazz.defineMethod (c$, "getWidth",
  69 function () {
  70 if (this.map != null) {
  71 return this.map.getFromRatio ();
  72 }return 1;
  73 });
  74 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedWidth",
  75 function () {
  76 if (this.map != null) {
  77 return this.map.getToRatio ();
  78 }return 1;
  79 });
  80 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedPosition",
  81 function (pos) {
  82 if (this.map != null) {
  83 var mp = this.map.shiftFrom (pos);
  84 if (mp != null) {
  85 return mp[0];
  86 }}return pos;
  87 }, "~N");
  88 Clazz.defineMethod (c$, "getMappedWord",
  89 function (pos) {
  90 if (this.map != null) {
  91 var mp = this.map.shiftFrom (pos);
  92 if (mp != null) {
  93 return  Clazz.newIntArray (-1, [mp[0], mp[0] + mp[2] * (this.map.getToRatio () - 1)]);
  94 }}return null;
  95 }, "~N");
  96 Clazz.defineMethod (c$, "locateFeature",
  97 function (f) {
  98 if (true) {
  99 if (this.map != null) {
 100 var frange = this.map.locateInFrom (f.getBegin (), f.getEnd ());
 101 if (frange == null) {
 102 return null;
 103 }var vf =  new Array (Clazz.doubleToInt (frange.length / 2));
 104 for (var i = 0, v = 0; i < frange.length; i += 2, v++) {
 105 vf[v] =  new jalview.datamodel.SequenceFeature (f);
 106 vf[v].setBegin (frange[i]);
 107 vf[v].setEnd (frange[i + 1]);
 108 if (frange.length > 2) {
 109 vf[v].setDescription (f.getDescription () + "\nPart " + (v + 1));
 110 }}
 111 return vf;
 112 }}if (false) {
 113 var word = this.getWord (f.getBegin ());
 114 if (word[0] < word[1]) {
 115 f.setBegin (word[0]);
 116 } else {
 117 f.setBegin (word[1]);
 118 }word = this.getWord (f.getEnd ());
 119 if (word[0] > word[1]) {
 120 f.setEnd (word[0]);
 121 } else {
 122 f.setEnd (word[1]);
 123 }}return  Clazz.newArray (-1, [f]);
 124 }, "jalview.datamodel.SequenceFeature");
 125 Clazz.defineMethod (c$, "locateRange",
 126 function (from, to) {
 127 if (this.map != null) {
 128 if (from <= to) {
 129 from = (this.map.getToLowest () < from) ? from : this.map.getToLowest ();
 130 to = (this.map.getToHighest () > to) ? to : this.map.getToHighest ();
 131 if (from > to) {
 132 return null;
 133 }} else {
 134 from = (this.map.getToHighest () > from) ? from : this.map.getToHighest ();
 135 to = (this.map.getToLowest () < to) ? to : this.map.getToLowest ();
 136 if (from < to) {
 137 return null;
 138 }}return this.map.locateInFrom (from, to);
 139 }return  Clazz.newIntArray (-1, [from, to]);
 140 }, "~N,~N");
 141 Clazz.defineMethod (c$, "locateMappedRange",
 142 function (from, to) {
 143 if (this.map != null) {
 144 if (from <= to) {
 145 from = (this.map.getFromLowest () < from) ? from : this.map.getFromLowest ();
 146 to = (this.map.getFromHighest () > to) ? to : this.map.getFromHighest ();
 147 if (from > to) {
 148 return null;
 149 }} else {
 150 from = (this.map.getFromHighest () > from) ? from : this.map.getFromHighest ();
 151 to = (this.map.getFromLowest () < to) ? to : this.map.getFromLowest ();
 152 if (from < to) {
 153 return null;
 154 }}return this.map.locateInTo (from, to);
 155 }return  Clazz.newIntArray (-1, [from, to]);
 156 }, "~N,~N");
 157 Clazz.defineMethod (c$, "intersectVisContigs",
 158 function (viscontigs) {
 159 var copy =  new jalview.datamodel.Mapping (this);
 160 if (this.map != null) {
 161 var vpos = 0;
 162 var apos = 0;
 163 var toRange =  new java.util.Vector ();
 164 var fromRange =  new java.util.Vector ();
 165 for (var vc = 0; vc < viscontigs.length; vc += 2) {
 166 var mpr = this.locateMappedRange (1 + viscontigs[vc], viscontigs[vc + 1] - 1);
 167 if (mpr != null) {
 168 for (var m = 0; m < mpr.length; m += 2) {
 169 toRange.addElement ( Clazz.newIntArray (-1, [mpr[m], mpr[m + 1]]));
 170 var xpos = this.locateRange (mpr[m], mpr[m + 1]);
 171 for (var x = 0; x < xpos.length; x += 2) {
 172 fromRange.addElement ( Clazz.newIntArray (-1, [xpos[x], xpos[x + 1]]));
 173 }
 174 }
 175 }}
 176 var from =  Clazz.newIntArray (fromRange.size () * 2, 0);
 177 var to =  Clazz.newIntArray (toRange.size () * 2, 0);
 178 var r;
 179 for (var f = 0, fSize = fromRange.size (); f < fSize; f++) {
 180 r = fromRange.elementAt (f);
 181 from[f * 2] = r[0];
 182 from[f * 2 + 1] = r[1];
 183 }
 184 for (var f = 0, fSize = toRange.size (); f < fSize; f++) {
 185 r = toRange.elementAt (f);
 186 to[f * 2] = r[0];
 187 to[f * 2 + 1] = r[1];
 188 }
 189 copy.setMap ( new jalview.util.MapList (from, to, this.map.getFromRatio (), this.map.getToRatio ()));
 190 }return copy;
 191 }, "~A");
 192 Clazz.defineMethod (c$, "getTo",
 193 function () {
 194 return this.to;
 195 });
 196 Clazz.defineMethod (c$, "setTo",
 197 function (tto) {
 198 this.to = tto;
 199 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 200 Clazz.defineMethod (c$, "finalize",
 201 function () {
 202 this.map = null;
 203 this.to = null;
 204 Clazz.superCall (this, jalview.datamodel.Mapping, "finalize", []);
 205 });
 206 Clazz.defineMethod (c$, "getCodonIterator",
 207 function (seq, gapChar) {
 208 return Clazz.innerTypeInstance (jalview.datamodel.Mapping.AlignedCodonIterator, this, null, seq.getSequence (), gapChar);
 209 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S");
 210 c$.$Mapping$AlignedCodonIterator$ = function () {
 211 Clazz.pu$h ();
 212 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
 213 Clazz.prepareCallback (this, arguments);
 214 this.gap = '\0';
 215 this.alignedSeq = null;
 216 this.alignedColumn = 0;
 217 this.alignedBases = 0;
 218 this.fromRanges = null;
 219 this.toRanges = null;
 220 this.currentFromRange = null;
 221 this.currentToRange = null;
 222 this.fromPosition = 0;
 223 this.toPosition = 0;
 224 Clazz.instantialize (this, arguments);
 225 }, jalview.datamodel.Mapping, "AlignedCodonIterator", null, java.util.Iterator);
 226 Clazz.makeConstructor (c$,
 227 function (a, b) {
 228 this.alignedSeq = a;
 229 this.gap = b;
 230 this.fromRanges = this.b$["jalview.datamodel.Mapping"].map.getFromRanges ().iterator ();
 231 this.toRanges = this.b$["jalview.datamodel.Mapping"].map.getToRanges ().iterator ();
 232 if (this.fromRanges.hasNext ()) {
 233 this.currentFromRange = this.fromRanges.next ();
 234 this.fromPosition = this.currentFromRange[0];
 235 }if (this.toRanges.hasNext ()) {
 236 this.currentToRange = this.toRanges.next ();
 237 this.toPosition = this.currentToRange[0];
 238 }}, "~A,~S");
 239 Clazz.defineMethod (c$, "hasNext",
 240 function () {
 241 if (this.fromRanges.hasNext ()) {
 242 return true;
 243 }if (this.currentFromRange == null || this.fromPosition >= this.currentFromRange[1]) {
 244 return false;
 245 }return true;
 246 });
 247 Clazz.overrideMethod (c$, "next",
 248 function () {
 249 if (!this.hasNext ()) {
 250 throw  new java.util.NoSuchElementException ();
 251 }var a = this.getNextCodon ();
 252 var b = this.getAlignedCodon (a);
 253 var c = this.getPeptide ();
 254 return  new jalview.datamodel.AlignedCodon (b[0], b[1], b[2], c);
 255 });
 256 Clazz.defineMethod (c$, "getPeptide",
 257 ($fz = function () {
 258 if (this.toPosition <= this.currentToRange[1]) {
 259 var a = this.b$["jalview.datamodel.Mapping"].to.getSequence ()[this.toPosition - 1];
 260 this.toPosition++;
 261 return String.valueOf (a);
 262 }if (!this.toRanges.hasNext ()) {
 263 throw  new java.util.NoSuchElementException ("Ran out of peptide at position " + this.toPosition);
 264 }this.currentToRange = this.toRanges.next ();
 265 this.toPosition = this.currentToRange[0];
 266 return this.getPeptide ();
 267 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 268 Clazz.defineMethod (c$, "getNextCodon",
 269 ($fz = function () {
 270 var a =  Clazz.newIntArray (3, 0);
 271 var b = 0;
 272 while (b < 3) {
 273 if (this.fromPosition <= this.currentFromRange[1]) {
 274 a[b++] = this.fromPosition++;
 275 } else {
 276 if (!this.fromRanges.hasNext ()) {
 277 throw  new jalview.datamodel.IncompleteCodonException ();
 278 }this.currentFromRange = this.fromRanges.next ();
 279 this.fromPosition = this.currentFromRange[0];
 280 }}
 281 return a;
 282 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 283 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignedCodon",
 284 ($fz = function (a) {
 285 var b =  Clazz.newIntArray (a.length, 0);
 286 for (var c = 0; c < a.length; c++) {
 287 b[c] = this.getAlignedColumn (a[c]);
 288 }
 289 return b;
 290 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~A");
 291 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignedColumn",
 292 ($fz = function (a) {
 293 while (this.alignedBases < a && this.alignedColumn < this.alignedSeq.length) {
 294 if (this.alignedSeq[this.alignedColumn++] != this.gap) {
 295 this.alignedBases++;
 296 }}
 297 return this.alignedColumn - 1;
 298 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "~N");
 299 Clazz.overrideMethod (c$, "remove",
 300 function () {
 301 });
 302 c$ = Clazz.p0p ();
 303 };
 304 });