bin/jalview/datamodel/SearchResults.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (["java.util.ArrayList"], "jalview.datamodel.SearchResults", ["java.lang.StringBuilder", "java.util.Arrays"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.matches = null;\r
   5 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.datamodel.SearchResults.Match")) {\r
   6 jalview.datamodel.SearchResults.$SearchResults$Match$ ();\r
   7 }\r
   8 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
   9 }, jalview.datamodel, "SearchResults");\r
  10 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  11 this.matches =  new java.util.ArrayList ();\r
  12 });\r
  13 Clazz.defineMethod (c$, "addResult", \r
  14 function (seq, start, end) {\r
  15 this.matches.add (Clazz.innerTypeInstance (jalview.datamodel.SearchResults.Match, this, null, seq, start, end));\r
  16 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N");\r
  17 Clazz.defineMethod (c$, "involvesSequence", \r
  18 function (sequence) {\r
  19 var ds = sequence.getDatasetSequence ();\r
  20 for (var m, $m = this.matches.iterator (); $m.hasNext () && ((m = $m.next ()) || true);) {\r
  21 if (m.sequence != null && (m.sequence === sequence || m.sequence === ds)) {\r
  22 return true;\r
  23 }}\r
  24 return false;\r
  25 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
  26 Clazz.defineMethod (c$, "getResults", \r
  27 function (sequence, start, end) {\r
  28 if (this.matches.isEmpty ()) {\r
  29 return null;\r
  30 }var result = null;\r
  31 var tmp = null;\r
  32 var resultLength;\r
  33 var matchStart = 0;\r
  34 var matchEnd = 0;\r
  35 var mfound;\r
  36 for (var m, $m = this.matches.iterator (); $m.hasNext () && ((m = $m.next ()) || true);) {\r
  37 mfound = false;\r
  38 if (m.sequence === sequence) {\r
  39 mfound = true;\r
  40 matchStart = sequence.findIndex (m.start) - 1;\r
  41 matchEnd = sequence.findIndex (m.end) - 1;\r
  42 } else if (m.sequence === sequence.getDatasetSequence ()) {\r
  43 mfound = true;\r
  44 matchStart = sequence.findIndex (m.start) - 1;\r
  45 matchEnd = sequence.findIndex (m.end) - 1;\r
  46 }if (mfound) {\r
  47 if (matchStart <= end && matchEnd >= start) {\r
  48 if (matchStart < start) {\r
  49 matchStart = start;\r
  50 }if (matchEnd > end) {\r
  51 matchEnd = end;\r
  52 }if (result == null) {\r
  53 result =  Clazz.newIntArray (-1, [matchStart, matchEnd]);\r
  54 } else {\r
  55 resultLength = result.length;\r
  56 tmp =  Clazz.newIntArray (resultLength + 2, 0);\r
  57 System.arraycopy (result, 0, tmp, 0, resultLength);\r
  58 result = tmp;\r
  59 result[resultLength] = matchStart;\r
  60 result[resultLength + 1] = matchEnd;\r
  61 }} else {\r
  62 }}}\r
  63 return result;\r
  64 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N");\r
  65 Clazz.defineMethod (c$, "getSize", \r
  66 function () {\r
  67 return this.matches.size ();\r
  68 });\r
  69 Clazz.defineMethod (c$, "getResultSequence", \r
  70 function (index) {\r
  71 return this.matches.get (index).sequence;\r
  72 }, "~N");\r
  73 Clazz.defineMethod (c$, "getResultStart", \r
  74 function (i) {\r
  75 return this.matches.get (i).start;\r
  76 }, "~N");\r
  77 Clazz.defineMethod (c$, "getResultEnd", \r
  78 function (i) {\r
  79 return this.matches.get (i).end;\r
  80 }, "~N");\r
  81 Clazz.defineMethod (c$, "isEmpty", \r
  82 function () {\r
  83 return this.matches.isEmpty ();\r
  84 });\r
  85 Clazz.defineMethod (c$, "getResults", \r
  86 function () {\r
  87 return this.matches;\r
  88 });\r
  89 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
  90 function () {\r
  91 var result =  new StringBuilder (256);\r
  92 for (var m, $m = this.matches.iterator (); $m.hasNext () && ((m = $m.next ()) || true);) {\r
  93 result.append (m.toString ());\r
  94 }\r
  95 return result.toString ();\r
  96 });\r
  97 c$.$SearchResults$Match$ = function () {\r
  98 Clazz.pu$h ();\r
  99 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
 100 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
 101 this.sequence = null;\r
 102 this.start = 0;\r
 103 this.end = 0;\r
 104 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
 105 }, jalview.datamodel.SearchResults, "Match");\r
 106 Clazz.makeConstructor (c$, \r
 107 function (a, b, c) {\r
 108 this.sequence = a;\r
 109 this.start = b;\r
 110 this.end = c;\r
 111 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N");\r
 112 Clazz.defineMethod (c$, "getSequence", \r
 113 function () {\r
 114 return this.sequence;\r
 115 });\r
 116 Clazz.defineMethod (c$, "getStart", \r
 117 function () {\r
 118 return this.start;\r
 119 });\r
 120 Clazz.defineMethod (c$, "getEnd", \r
 121 function () {\r
 122 return this.end;\r
 123 });\r
 124 Clazz.overrideMethod (c$, "toString", \r
 125 function () {\r
 126 var a = this.sequence.getSequence ();\r
 127 var b = Math.max (this.start - 1, 0);\r
 128 var c = Math.min (this.end, a.length + 1);\r
 129 return String.valueOf (java.util.Arrays.copyOfRange (a, b, c));\r
 130 });\r
 131 Clazz.defineMethod (c$, "setSequence", \r
 132 function (a) {\r
 133 this.sequence = a;\r
 134 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 135 c$ = Clazz.p0p ();\r
 136 };\r
 137 });\r