bin/jalview/datamodel/SecondaryStructureAnnotation.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.AlignmentAnnotation"], "jalview.datamodel.SecondaryStructureAnnotation", ["jalview.datamodel.Annotation"], function () {
   3 c$ = Clazz.declareType (jalview.datamodel, "SecondaryStructureAnnotation", jalview.datamodel.AlignmentAnnotation);
   4 Clazz.makeConstructor (c$,
   5 function (rna) {
   6 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.SecondaryStructureAnnotation, ["Secondary Structure", "Un truc trop cool", jalview.datamodel.SecondaryStructureAnnotation.getAnnotation (rna)]);
   7 jalview.datamodel.SecondaryStructureAnnotation._rna = rna;
   8 }, "fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA");
   9 Clazz.defineMethod (c$, "getRNA",
  10 function () {
  11 return jalview.datamodel.SecondaryStructureAnnotation._rna;
  12 });
  13 c$.getAnnotation = Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotation",
  14 function (rna) {
  15 var ann =  new Array (rna.getSize ());
  16 for (var i = 0; i < ann.length; i++) {
  17 ann[i] =  new jalview.datamodel.Annotation (jalview.datamodel.SecondaryStructureAnnotation._rna.getStructDBN (true), "", ' ', 0);
  18 ;}
  19 return ann;
  20 }, "fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA");
  21 Clazz.defineStatics (c$,
  22 "_rna", null);
  23 });