bin/jalview/datamodel/SeqCigar.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.CigarSimple"], "jalview.datamodel.SeqCigar", ["jalview.analysis.AlignSeq", "$.SeqsetUtils", "jalview.datamodel.Sequence", "jalview.util.Comparison", "$.MessageManager", "$.ShiftList", "java.lang.Error", "$.StringBuffer", "java.util.Hashtable"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.start = 0;
   5 this.end = 0;
   6 this.refseq = null;
   7 this.seqProps = null;
   8 this.selGroups = null;
   9 Clazz.instantialize (this, arguments);
  10 }, jalview.datamodel, "SeqCigar", jalview.datamodel.CigarSimple);
  11 Clazz.defineMethod (c$, "getRefSeq",
  12 function () {
  13 return this.refseq;
  14 });
  15 Clazz.defineMethod (c$, "getStart",
  16 function () {
  17 return this.start;
  18 });
  19 Clazz.defineMethod (c$, "getEnd",
  20 function () {
  21 return this.end;
  22 });
  23 Clazz.overrideMethod (c$, "getSequenceString",
  24 function (GapChar) {
  25 return (this.length == 0) ? "" : this.getSequenceAndDeletions (this.refseq.getSequenceAsString (this.start, this.end), GapChar)[0];
  26 }, "~S");
  27 Clazz.defineMethod (c$, "getSeq",
  28 function (GapChar) {
  29 var seq;
  30 if (this.refseq == null || this.length == 0) {
  31 return null;
  32 }var edit_result = this.getSequenceAndDeletions (this.refseq.getSequenceAsString (this.start, this.end), GapChar);
  33 if (edit_result == null) {
  34 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions"));
  35 }var bounds = edit_result[1];
  36 seq =  new jalview.datamodel.Sequence (this.refseq.getName (), edit_result[0], this.refseq.getStart () + this.start + bounds[0], this.refseq.getStart () + this.start + ((bounds[2] == 0) ? -1 : bounds[2]));
  37 seq.setDescription (this.refseq.getDescription ());
  38 var sstart = seq.getStart ();
  39 var send = seq.getEnd ();
  40 if (this.seqProps != null) {
  41 jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterUnhash (seq, this.seqProps);
  42 }seq.setDatasetSequence (this.refseq);
  43 seq.setStart (sstart);
  44 seq.setEnd (send);
  45 return seq;
  46 }, "~S");
  47 Clazz.defineMethod (c$, "_setSeq",
  48 ($fz = function (seq, initialDeletion, _s, _e) {
  49 var hasgaps = false;
  50 if (seq == null) {
  51 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_set_seq_null"));
  52 }if (_s < 0) {
  53 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.implementation_error_s",  Clazz.newArray (-1, [Integer.$valueOf (_s).toString ()])));
  54 }var seq_string = seq.getSequenceAsString ();
  55 if (_e == 0 || _e < _s || _e > seq_string.length) {
  56 _e = seq_string.length;
  57 }this.start = seq.findPosition (_s) - seq.getStart ();
  58 this.end = seq.findPosition (_e) - seq.getStart ();
  59 var l_ungapped = this.end - this.start;
  60 var ds = seq.getDatasetSequence ();
  61 if (ds == null) {
  62 var ungapped = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars,  String.instantialize (seq_string));
  63 l_ungapped = ungapped.length;
  64 if (l_ungapped == seq.getLength ()) {
  65 ds = seq;
  66 } else {
  67 ds =  new jalview.datamodel.Sequence (seq.getName (), ungapped, seq.getStart (), seq.getStart () + ungapped.length - 1);
  68 }}if (ds.getStart () < seq.getStart ()) {
  69 var offset = seq.getStart () - ds.getStart ();
  70 if (initialDeletion) {
  71 this.addDeleted (_s + offset);
  72 this.start = 0;
  73 this.end += offset;
  74 } else {
  75 this.start += offset;
  76 this.end += offset;
  77 }}if (l_ungapped != (_e - _s)) {
  78 hasgaps = true;
  79 }this.refseq = ds;
  80 this.seqProps = jalview.analysis.SeqsetUtils.SeqCharacterHash (seq);
  81 if (this.end > ds.getLength ()) {
  82 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_seqcigar_possible"));
  83 }return hasgaps;
  84 }, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.SequenceI,~B,~N,~N");
  85 Clazz.makeConstructor (c$,
  86 function (seq, operation, range) {
  87 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.SeqCigar);
  88 if (seq == null) {
  89 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implmentation_bug_seq_null"));
  90 }if (operation.length != range.length) {
  91 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list"));
  92 }if (operation != null) {
  93 this.operation =  Clazz.newCharArray (operation.length + this._inc_length, '\0');
  94 this.range =  Clazz.newIntArray (operation.length + this._inc_length, 0);
  95 if (this._setSeq (seq, false, 0, 0)) {
  96 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string"));
  97 }for (var i = this.length, j = 0; j < operation.length; i++, j++) {
  98 var op = operation[j];
  99 if (op != 'M' && op != 'I' && op != 'D') {
 100 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.implementation_bug_cigar_operation",  Clazz.newArray (-1, [Integer.$valueOf (j).toString (), Integer.$valueOf (op.charCodeAt (0)).toString (), Integer.$valueOf ('M'.charCodeAt (0)).toString (), Integer.$valueOf ('I'.charCodeAt (0)).toString (), Integer.$valueOf ('D'.charCodeAt (0)).toString ()])));
 101 }this.operation[i] = op;
 102 this.range[i] = range[j];
 103 }
 104 this.length += operation.length;
 105 } else {
 106 this.operation = null;
 107 this.range = null;
 108 this.length = 0;
 109 if (this._setSeq (seq, false, 0, 0)) {
 110 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string"));
 111 }}}, "jalview.datamodel.SequenceI,~A,~A");
 112 Clazz.defineMethod (c$, "addMatch",
 113 function (range) {
 114 this.addOperation ('M', range);
 115 }, "~N");
 116 c$.addSequenceOps = Clazz.defineMethod (c$, "addSequenceOps",
 117 function (cigar, seq, startpos, endpos, initialDeletions) {
 118 var op = '\u0000';
 119 var range = 0;
 120 var p = 0;
 121 var res = seq.getLength ();
 122 if (!initialDeletions) {
 123 p = startpos;
 124 }while (p <= endpos) {
 125 var isGap = (p < res) ? jalview.util.Comparison.isGap (seq.getCharAt (p)) : true;
 126 if ((startpos <= p) && (p <= endpos)) {
 127 if (isGap) {
 128 if (range > 0 && op != 'I') {
 129 cigar.addOperation (op, range);
 130 range = 0;
 131 }op = 'I';
 132 range++;
 133 } else {
 134 if (range > 0 && op != 'M') {
 135 cigar.addOperation (op, range);
 136 range = 0;
 137 }op = 'M';
 138 range++;
 139 }} else {
 140 if (!isGap) {
 141 if (range > 0 && op != 'D') {
 142 cigar.addOperation (op, range);
 143 range = 0;
 144 }op = 'D';
 145 range++;
 146 } else {
 147 }}p++;
 148 }
 149 if (range > 0) {
 150 cigar.addOperation (op, range);
 151 }}, "jalview.datamodel.CigarBase,jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N,~B");
 152 Clazz.makeConstructor (c$,
 153 function (seq) {
 154 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.SeqCigar);
 155 if (seq == null) {
 156 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_for_new_cigar"));
 157 }this._setSeq (seq, false, 0, 0);
 158 jalview.datamodel.SeqCigar.addSequenceOps (this, seq, 0, seq.getLength () - 1, false);
 159 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 160 Clazz.makeConstructor (c$,
 161 function (seq, start, end) {
 162 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.SeqCigar);
 163 if (seq == null) {
 164 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_for_new_cigar"));
 165 }this._setSeq (seq, false, start, end + 1);
 166 jalview.datamodel.SeqCigar.addSequenceOps (this, seq, start, end, false);
 167 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~N,~N");
 168 c$.parseCigar = Clazz.defineMethod (c$, "parseCigar",
 169 function (seq, cigarString) {
 170 var opsandrange = jalview.datamodel.CigarBase.parseCigarString (cigarString);
 171 return  new jalview.datamodel.SeqCigar (seq, opsandrange[0], opsandrange[1]);
 172 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~S");
 173 c$.createAlignmentSequences = Clazz.defineMethod (c$, "createAlignmentSequences",
 174 function (alseqs, gapCharacter, colsel, segments) {
 175 var seqs =  new Array (alseqs.length);
 176 var g_seqs =  new Array (alseqs.length);
 177 var alseqs_string =  new Array (alseqs.length);
 178 var gs_regions =  new Array (alseqs.length);
 179 for (var i = 0; i < alseqs.length; i++) {
 180 alseqs_string[i] = alseqs[i].getRefSeq ().getSequenceAsString (alseqs[i].start, alseqs[i].end);
 181 gs_regions[i] = alseqs[i].getSequenceAndDeletions (alseqs_string[i], gapCharacter);
 182 if (gs_regions[i] == null) {
 183 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.formatMessage ("error.implementation_error_cigar_seq_no_operations",  Clazz.newArray (-1, [Integer.$valueOf (i).toString ()])));
 184 }g_seqs[i] =  new StringBuffer ((gs_regions[i])[0]);
 185 }
 186 var shifts =  new jalview.util.ShiftList ();
 187 for (var i = 0; i < alseqs.length; i++) {
 188 var gs_region = ((gs_regions[i])[2]);
 189 if (gs_region != null) {
 190 for (var hr = 0; hr < gs_region.length; hr++) {
 191 var region = gs_region[hr];
 192 var insert =  Clazz.newCharArray (region[1] - region[0] + 1, '\0');
 193 for (var s = 0; s < insert.length; s++) {
 194 insert[s] = gapCharacter;
 195 }
 196 var inspos = shifts.shift (region[2]);
 197 for (var s = 0; s < alseqs.length; s++) {
 198 if (s != i) {
 199 if (g_seqs[s].length () <= inspos) {
 200 for (var l = inspos - g_seqs[s].length (); l > 0; l--) {
 201 g_seqs[s].append (gapCharacter);
 202 }
 203 }g_seqs[s].insert (inspos, insert);
 204 } else {
 205 g_seqs[s].insert (inspos, alseqs_string[i].substring (region[0], region[1] + 1));
 206 }}
 207 shifts.addShift (region[2], insert.length);
 208 if (segments == null) {
 209 colsel.hideColumns (inspos, inspos + insert.length - 1);
 210 }}
 211 }}
 212 for (var i = 0; i < alseqs.length; i++) {
 213 var bounds = ((gs_regions[i])[1]);
 214 var ref = alseqs[i].getRefSeq ();
 215 seqs[i] =  new jalview.datamodel.Sequence (ref.getName (), g_seqs[i].toString (), ref.getStart () + alseqs[i].start + bounds[0], ref.getStart () + alseqs[i].start + (bounds[2] == 0 ? -1 : bounds[2]));
 216 seqs[i].setDatasetSequence (ref);
 217 seqs[i].setDescription (ref.getDescription ());
 218 }
 219 if (segments != null) {
 220 for (var i = 0; i < segments.length; i += 3) {
 221 colsel.hideColumns (segments[i + 1], segments[i + 1] + segments[i + 2] - 1);
 222 }
 223 }return seqs;
 224 }, "~A,~S,jalview.datamodel.ColumnSelection,~A");
 225 Clazz.defineMethod (c$, "setGroupMembership",
 226 function (group) {
 227 if (this.selGroups == null) {
 228 this.selGroups =  new java.util.Hashtable ();
 229 }this.selGroups.put (group,  Clazz.newIntArray (0, 0));
 230 }, "~O");
 231 Clazz.defineMethod (c$, "removeGroupMembership",
 232 function (group) {
 233 if (this.selGroups != null && this.selGroups.containsKey (group)) {
 234 this.selGroups.remove (group);
 235 return true;
 236 }return false;
 237 }, "~O");
 238 Clazz.defineMethod (c$, "clearMemberships",
 239 function () {
 240 if (this.selGroups != null) {
 241 this.selGroups.clear ();
 242 }this.selGroups = null;
 243 });
 244 Clazz.defineMethod (c$, "getAllMemberships",
 245 function () {
 246 if (this.selGroups == null) {
 247 return null;
 248 }var mmbs =  new Array (this.selGroups.size ());
 249 var en = this.selGroups.keys ();
 250 for (var i = 0; en.hasMoreElements (); i++) {
 251 mmbs[i] = en.nextElement ();
 252 }
 253 return mmbs;
 254 });
 255 Clazz.defineMethod (c$, "isMemberOf",
 256 function (sgr) {
 257 return (this.selGroups != null) && this.selGroups.get (sgr) != null;
 258 }, "~O");
 259 });