bin/jalview/datamodel/Sequence.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.ASequence", "$.SequenceI", "jalview.jsdev.RegExp"], "jalview.datamodel.Sequence", ["jalview.analysis.AlignSeq", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.DBRefEntry", "$.DBRefSource", "$.PDBEntry", "$.SequenceFeature", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "$.StringUtils", "java.lang.StringBuffer", "java.util.ArrayList", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.datasetSequence = null;
   5 this.name = null;
   6 this.sequence = null;
   7 this.description = null;
   8 this.start = 0;
   9 this.end = 0;
  10 this.pdbIds = null;
  11 this.vamsasId = null;
  12 this.dbrefs = null;
  13 this.rna = null;
  14 this.annotation = null;
  15 this.index = -1;
  16 this.sequenceFeatures = null;
  17 this.limitrx = null;
  18 this.endrx = null;
  19 Clazz.instantialize (this, arguments);
  20 }, jalview.datamodel, "Sequence", jalview.datamodel.ASequence, jalview.datamodel.SequenceI);
  21 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  22 this.limitrx = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["[/][0-9]{1,}[-][0-9]{1,}$"]);
  23 this.endrx = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["[0-9]{1,}$"]);
  24 });
  25 Clazz.makeConstructor (c$,
  26 function (name, sequence, start, end) {
  27 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.Sequence, []);
  28 this.initSeqAndName (name, sequence.toCharArray (), start, end);
  29 }, "~S,~S,~N,~N");
  30 Clazz.makeConstructor (c$,
  31 function (name, sequence, start, end) {
  32 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.Sequence, []);
  33 this.initSeqAndName (name, sequence, start, end);
  34 }, "~S,~A,~N,~N");
  35 Clazz.defineMethod (c$, "initSeqAndName",
  36 function (name2, sequence2, start2, end2) {
  37 this.name = name2;
  38 this.sequence = sequence2;
  39 this.start = start2;
  40 this.end = end2;
  41 this.parseId ();
  42 this.checkValidRange ();
  43 }, "~S,~A,~N,~N");
  44 Clazz.defineMethod (c$, "parseId",
  45 function () {
  46 if (this.name == null) {
  47 System.err.println ("POSSIBLE IMPLEMENTATION ERROR: null sequence name passed to constructor.");
  48 this.name = "";
  49 }if (this.limitrx.search (this.name)) {
  50 this.name = this.limitrx.left ();
  51 this.endrx.search (this.limitrx.stringMatched ());
  52 this.setStart (Integer.parseInt (this.limitrx.stringMatched ().substring (1, this.endrx.matchedFrom () - 1)));
  53 this.setEnd (Integer.parseInt (this.endrx.stringMatched ()));
  54 }});
  55 Clazz.defineMethod (c$, "checkValidRange",
  56 function () {
  57 {
  58 var endRes = 0;
  59 for (var j = 0; j < this.sequence.length; j++) {
  60 if (!jalview.util.Comparison.isGap (this.sequence[j])) {
  61 endRes++;
  62 }}
  63 if (endRes > 0) {
  64 endRes += this.start - 1;
  65 }if (this.end < endRes) {
  66 this.end = endRes;
  67 }}});
  68 Clazz.makeConstructor (c$,
  69 function (name, sequence) {
  70 this.construct (name, sequence, 1, -1);
  71 }, "~S,~S");
  72 Clazz.makeConstructor (c$,
  73 function (seq) {
  74 this.construct (seq, seq.getAnnotation ());
  75 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
  76 Clazz.makeConstructor (c$,
  77 function (seq, alAnnotation) {
  78 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.Sequence, []);
  79 this.initSeqFrom (seq, alAnnotation);
  80 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~A");
  81 Clazz.defineMethod (c$, "initSeqFrom",
  82 function (seq, alAnnotation) {
  83 this.initSeqAndName (seq.getName (), seq.getSequence (), seq.getStart (), seq.getEnd ());
  84 this.description = seq.getDescription ();
  85 if (seq.getSequenceFeatures () != null) {
  86 var sf = seq.getSequenceFeatures ();
  87 for (var i = 0; i < sf.length; i++) {
  88 this.addSequenceFeature ( new jalview.datamodel.SequenceFeature (sf[i]));
  89 }
  90 }this.setDatasetSequence (seq.getDatasetSequence ());
  91 if (this.datasetSequence == null && seq.getDBRef () != null) {
  92 var dbr = seq.getDBRef ();
  93 for (var i = 0; i < dbr.length; i++) {
  94 this.addDBRef ( new jalview.datamodel.DBRefEntry (dbr[i]));
  95 }
  96 }if (seq.getAnnotation () != null) {
  97 var sqann = seq.getAnnotation ();
  98 for (var i = 0; i < sqann.length; i++) {
  99 if (sqann[i] == null) {
 100 continue;
 101 }var found = (alAnnotation == null);
 102 if (!found) {
 103 for (var apos = 0; !found && apos < alAnnotation.length; apos++) {
 104 found = (alAnnotation[apos] === sqann[i]);
 105 }
 106 }if (found) {
 107 var newann =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (sqann[i]);
 108 this.addAlignmentAnnotation (newann);
 109 }}
 110 }if (seq.getPDBId () != null) {
 111 var ids = seq.getPDBId ();
 112 var e = ids.elements ();
 113 while (e.hasMoreElements ()) {
 114 this.addPDBId ( new jalview.datamodel.PDBEntry (e.nextElement ()));
 115 }
 116 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,~A");
 117 Clazz.defineMethod (c$, "setSequenceFeatures",
 118 function (features) {
 119 this.sequenceFeatures = features;
 120 }, "~A");
 121 Clazz.overrideMethod (c$, "addSequenceFeature",
 122 function (sf) {
 123 if (this.sequenceFeatures == null) {
 124 this.sequenceFeatures =  new Array (0);
 125 }for (var i = 0; i < this.sequenceFeatures.length; i++) {
 126 if (this.sequenceFeatures[i].equals (sf)) {
 127 return;
 128 }}
 129 var temp =  new Array (this.sequenceFeatures.length + 1);
 130 System.arraycopy (this.sequenceFeatures, 0, temp, 0, this.sequenceFeatures.length);
 131 temp[this.sequenceFeatures.length] = sf;
 132 this.sequenceFeatures = temp;
 133 }, "jalview.datamodel.SequenceFeature");
 134 Clazz.overrideMethod (c$, "deleteFeature",
 135 function (sf) {
 136 if (this.sequenceFeatures == null) {
 137 return;
 138 }var index = 0;
 139 for (index = 0; index < this.sequenceFeatures.length; index++) {
 140 if (this.sequenceFeatures[index].equals (sf)) {
 141 break;
 142 }}
 143 if (index == this.sequenceFeatures.length) {
 144 return;
 145 }var sfLength = this.sequenceFeatures.length;
 146 if (sfLength < 2) {
 147 this.sequenceFeatures = null;
 148 } else {
 149 var temp =  new Array (sfLength - 1);
 150 System.arraycopy (this.sequenceFeatures, 0, temp, 0, index);
 151 if (index < sfLength) {
 152 System.arraycopy (this.sequenceFeatures, index + 1, temp, index, this.sequenceFeatures.length - index - 1);
 153 }this.sequenceFeatures = temp;
 154 }}, "jalview.datamodel.SequenceFeature");
 155 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceFeatures",
 156 function () {
 157 var features = this.sequenceFeatures;
 158 var seq = this;
 159 var count = 0;
 160 while (features == null && seq.getDatasetSequence () != null && count++ < 10) {
 161 seq = seq.getDatasetSequence ();
 162 features = (seq).sequenceFeatures;
 163 }
 164 return features;
 165 });
 166 Clazz.overrideMethod (c$, "addPDBId",
 167 function (entry) {
 168 if (this.pdbIds == null) {
 169 this.pdbIds =  new java.util.Vector ();
 170 }if (this.pdbIds.contains (entry)) {
 171 jalview.datamodel.Sequence.updatePDBEntry (this.pdbIds.get (this.pdbIds.indexOf (entry)), entry);
 172 } else {
 173 this.pdbIds.addElement (entry);
 174 }}, "jalview.datamodel.PDBEntry");
 175 c$.updatePDBEntry = Clazz.defineMethod (c$, "updatePDBEntry",
 176 ($fz = function (oldEntry, newEntry) {
 177 if (newEntry.getFile () != null) {
 178 oldEntry.setFile (newEntry.getFile ());
 179 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.PDBEntry,jalview.datamodel.PDBEntry");
 180 Clazz.defineMethod (c$, "setPDBId",
 181 function (id) {
 182 this.pdbIds = id;
 183 }, "java.util.Vector");
 184 Clazz.defineMethod (c$, "getPDBId",
 185 function () {
 186 return this.pdbIds;
 187 });
 188 Clazz.overrideMethod (c$, "getDisplayId",
 189 function (jvsuffix) {
 190 var result =  new StringBuffer (this.name);
 191 if (jvsuffix) {
 192 result.append ("/" + this.start + "-" + this.end);
 193 }return result.toString ();
 194 }, "~B");
 195 Clazz.overrideMethod (c$, "setName",
 196 function (name) {
 197 this.name = name;
 198 this.parseId ();
 199 }, "~S");
 200 Clazz.defineMethod (c$, "getName",
 201 function () {
 202 return this.name;
 203 });
 204 Clazz.overrideMethod (c$, "setStart",
 205 function (start) {
 206 this.start = start;
 207 }, "~N");
 208 Clazz.defineMethod (c$, "getStart",
 209 function () {
 210 return this.start;
 211 });
 212 Clazz.overrideMethod (c$, "setEnd",
 213 function (end) {
 214 this.end = end;
 215 }, "~N");
 216 Clazz.defineMethod (c$, "getEnd",
 217 function () {
 218 return this.end;
 219 });
 220 Clazz.overrideMethod (c$, "getLength",
 221 function () {
 222 return this.sequence.length;
 223 });
 224 Clazz.defineMethod (c$, "setSequence",
 225 function (seq) {
 226 this.sequence = seq.toCharArray ();
 227 this.checkValidRange ();
 228 }, "~S");
 229 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceAsString",
 230 function () {
 231 return  String.instantialize (this.sequence);
 232 });
 233 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceAsString",
 234 function (start, end) {
 235 return  String.instantialize (this.getSequence (start, end));
 236 }, "~N,~N");
 237 Clazz.defineMethod (c$, "getSequence",
 238 function () {
 239 return this.sequence;
 240 });
 241 Clazz.defineMethod (c$, "getSequence",
 242 function (start, end) {
 243 if (start < 0) {
 244 start = 0;
 245 }if (start >= this.sequence.length) {
 246 return  Clazz.newCharArray (0, '\0');
 247 }if (end >= this.sequence.length) {
 248 end = this.sequence.length;
 249 }var reply =  Clazz.newCharArray (end - start, '\0');
 250 System.arraycopy (this.sequence, start, reply, 0, end - start);
 251 return reply;
 252 }, "~N,~N");
 253 Clazz.overrideMethod (c$, "getSubSequence",
 254 function (start, end) {
 255 if (start < 0) {
 256 start = 0;
 257 }var seq = this.getSequence (start, end);
 258 if (seq.length == 0) {
 259 return null;
 260 }var nstart = this.findPosition (start);
 261 var nend = this.findPosition (end) - 1;
 262 var nseq =  new jalview.datamodel.Sequence (this.getName (), seq, nstart, nend);
 263 nseq.setDescription (this.description);
 264 if (this.datasetSequence != null) {
 265 nseq.setDatasetSequence (this.datasetSequence);
 266 } else {
 267 nseq.setDatasetSequence (this);
 268 }return nseq;
 269 }, "~N,~N");
 270 Clazz.overrideMethod (c$, "getCharAt",
 271 function (i) {
 272 if (i < this.sequence.length) {
 273 return this.sequence[i];
 274 } else {
 275 return ' ';
 276 }}, "~N");
 277 Clazz.defineMethod (c$, "setDescription",
 278 function (desc) {
 279 this.description = desc;
 280 }, "~S");
 281 Clazz.defineMethod (c$, "getDescription",
 282 function () {
 283 return this.description;
 284 });
 285 Clazz.overrideMethod (c$, "findIndex",
 286 function (pos) {
 287 var j = this.start;
 288 var i = 0;
 289 while ((i < this.sequence.length) && (j <= this.end) && (j <= pos)) {
 290 if (!jalview.util.Comparison.isGap (this.sequence[i])) {
 291 j++;
 292 }i++;
 293 }
 294 if ((j == this.end) && (j < pos)) {
 295 return this.end + 1;
 296 } else {
 297 return i;
 298 }}, "~N");
 299 Clazz.overrideMethod (c$, "findPosition",
 300 function (i) {
 301 var j = 0;
 302 var pos = this.start;
 303 var seqlen = this.sequence.length;
 304 while ((j < i) && (j < seqlen)) {
 305 if (!jalview.util.Comparison.isGap (this.sequence[j])) {
 306 pos++;
 307 }j++;
 308 }
 309 return pos;
 310 }, "~N");
 311 Clazz.overrideMethod (c$, "gapMap",
 312 function () {
 313 var seq = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars,  String.instantialize (this.sequence));
 314 var map =  Clazz.newIntArray (seq.length, 0);
 315 var j = 0;
 316 var p = 0;
 317 while (j < this.sequence.length) {
 318 if (!jalview.util.Comparison.isGap (this.sequence[j])) {
 319 map[p++] = j;
 320 }j++;
 321 }
 322 return map;
 323 });
 324 Clazz.overrideMethod (c$, "findPositionMap",
 325 function () {
 326 var map =  Clazz.newIntArray (this.sequence.length, 0);
 327 var j = 0;
 328 var pos = this.start;
 329 var seqlen = this.sequence.length;
 330 while ((j < seqlen)) {
 331 map[j] = pos;
 332 if (!jalview.util.Comparison.isGap (this.sequence[j])) {
 333 pos++;
 334 }j++;
 335 }
 336 return map;
 337 });
 338 Clazz.overrideMethod (c$, "getInsertions",
 339 function () {
 340 var map =  new java.util.ArrayList ();
 341 var lastj = -1;
 342 var j = 0;
 343 var pos = this.start;
 344 var seqlen = this.sequence.length;
 345 while ((j < seqlen)) {
 346 if (jalview.util.Comparison.isGap (this.sequence[j])) {
 347 if (lastj == -1) {
 348 lastj = j;
 349 }} else {
 350 if (lastj != -1) {
 351 map.add ( Clazz.newIntArray (-1, [lastj, j - 1]));
 352 lastj = -1;
 353 }}j++;
 354 }
 355 if (lastj != -1) {
 356 map.add ( Clazz.newIntArray (-1, [lastj, j - 1]));
 357 lastj = -1;
 358 }return map;
 359 });
 360 Clazz.overrideMethod (c$, "deleteChars",
 361 function (i, j) {
 362 var newstart = this.start;
 363 var newend = this.end;
 364 if (i >= this.sequence.length || i < 0) {
 365 return;
 366 }var tmp = jalview.util.StringUtils.deleteChars (this.sequence, i, j);
 367 var createNewDs = false;
 368 var eindex = -1;
 369 var sindex = -1;
 370 var ecalc = false;
 371 var scalc = false;
 372 for (var s = i; s < j; s++) {
 373 if (jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[this.sequence[s].charCodeAt (0)] != 23) {
 374 if (createNewDs) {
 375 newend--;
 376 } else {
 377 if (!scalc) {
 378 sindex = this.findIndex (this.start) - 1;
 379 scalc = true;
 380 }if (sindex == s) {
 381 newstart = this.findPosition (j);
 382 break;
 383 } else {
 384 if (!ecalc) {
 385 eindex = this.findIndex (this.end) - 1;
 386 ecalc = true;
 387 }if (eindex < j) {
 388 newend = this.findPosition (i - 1);
 389 break;
 390 } else {
 391 createNewDs = true;
 392 newend--;
 393 }}}}}
 394 if (createNewDs && this.datasetSequence != null) {
 395 var ds =  new jalview.datamodel.Sequence (this.datasetSequence);
 396 ds.deleteChars (i, j);
 397 this.datasetSequence = ds;
 398 }this.start = newstart;
 399 this.end = newend;
 400 this.sequence = tmp;
 401 }, "~N,~N");
 402 Clazz.defineMethod (c$, "insertCharAt",
 403 function (i, length, c) {
 404 var tmp =  Clazz.newCharArray (this.sequence.length + length, '\0');
 405 if (i >= this.sequence.length) {
 406 System.arraycopy (this.sequence, 0, tmp, 0, this.sequence.length);
 407 i = this.sequence.length;
 408 } else {
 409 System.arraycopy (this.sequence, 0, tmp, 0, i);
 410 }var index = i;
 411 while (length > 0) {
 412 tmp[index++] = c;
 413 length--;
 414 }
 415 if (i < this.sequence.length) {
 416 System.arraycopy (this.sequence, i, tmp, index, this.sequence.length - i);
 417 }this.sequence = tmp;
 418 }, "~N,~N,~S");
 419 Clazz.defineMethod (c$, "insertCharAt",
 420 function (i, c) {
 421 this.insertCharAt (i, 1, c);
 422 }, "~N,~S");
 423 Clazz.overrideMethod (c$, "getVamsasId",
 424 function () {
 425 return this.vamsasId;
 426 });
 427 Clazz.overrideMethod (c$, "setVamsasId",
 428 function (id) {
 429 this.vamsasId = id;
 430 }, "~S");
 431 Clazz.defineMethod (c$, "setDBRef",
 432 function (dbref) {
 433 this.dbrefs = dbref;
 434 }, "~A");
 435 Clazz.defineMethod (c$, "getDBRef",
 436 function () {
 437 if (this.dbrefs == null && this.datasetSequence != null && this !== this.datasetSequence) {
 438 return this.datasetSequence.getDBRef ();
 439 }return this.dbrefs;
 440 });
 441 Clazz.overrideMethod (c$, "addDBRef",
 442 function (entry) {
 443 if (this.dbrefs == null) {
 444 this.dbrefs =  new Array (0);
 445 }var i;
 446 var iSize = this.dbrefs.length;
 447 for (i = 0; i < iSize; i++) {
 448 if (this.dbrefs[i].equalRef (entry)) {
 449 if (entry.getMap () != null) {
 450 if (this.dbrefs[i].getMap () == null) {
 451 this.dbrefs[i] = entry;
 452 }}return;
 453 }}
 454 var temp =  new Array (iSize + 1);
 455 System.arraycopy (this.dbrefs, 0, temp, 0, iSize);
 456 temp[temp.length - 1] = entry;
 457 this.dbrefs = temp;
 458 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry");
 459 Clazz.defineMethod (c$, "setDatasetSequence",
 460 function (seq) {
 461 this.datasetSequence = seq;
 462 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 463 Clazz.defineMethod (c$, "getDatasetSequence",
 464 function () {
 465 return this.datasetSequence;
 466 });
 467 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotation",
 468 function () {
 469 return this.annotation == null ? null : this.annotation.toArray ( new Array (this.annotation.size ()));
 470 });
 471 Clazz.overrideMethod (c$, "hasAnnotation",
 472 function (ann) {
 473 return this.annotation == null ? false : this.annotation.contains (ann);
 474 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 475 Clazz.defineMethod (c$, "addAlignmentAnnotation",
 476 function (annotation) {
 477 if (this.annotation == null) {
 478 this.annotation =  new java.util.Vector ();
 479 }if (!this.annotation.contains (annotation)) {
 480 this.annotation.addElement (annotation);
 481 }annotation.setSequenceRef (this);
 482 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 483 Clazz.overrideMethod (c$, "removeAlignmentAnnotation",
 484 function (annotation) {
 485 if (this.annotation != null) {
 486 this.annotation.removeElement (annotation);
 487 if (this.annotation.size () == 0) {
 488 this.annotation = null;
 489 }}}, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");
 490 Clazz.defineMethod (c$, "isValidDatasetSequence",
 491 ($fz = function () {
 492 if (this.datasetSequence != null) {
 493 return false;
 494 }for (var i = 0; i < this.sequence.length; i++) {
 495 if (jalview.util.Comparison.isGap (this.sequence[i])) {
 496 return false;
 497 }}
 498 return true;
 499 }, $fz.isPrivate = true, $fz));
 500 Clazz.overrideMethod (c$, "deriveSequence",
 501 function () {
 502 var seq =  new jalview.datamodel.Sequence (this);
 503 if (this.datasetSequence != null) {
 504 seq.setDatasetSequence (this.datasetSequence);
 505 } else {
 506 if (this.isValidDatasetSequence ()) {
 507 seq.setDatasetSequence (this);
 508 } else {
 509 var ds = seq;
 510 ds.setSequence (jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars,  String.instantialize (this.sequence)));
 511 this.setDatasetSequence (ds);
 512 ds.setSequenceFeatures (this.getSequenceFeatures ());
 513 seq = this;
 514 }}return seq;
 515 });
 516 Clazz.overrideMethod (c$, "createDatasetSequence",
 517 function () {
 518 if (this.datasetSequence == null) {
 519 this.datasetSequence =  new jalview.datamodel.Sequence (this.getName (), jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars, this.getSequenceAsString ()), this.getStart (), this.getEnd ());
 520 this.datasetSequence.setSequenceFeatures (this.getSequenceFeatures ());
 521 this.datasetSequence.setDescription (this.getDescription ());
 522 this.setSequenceFeatures (null);
 523 this.datasetSequence.setDBRef (this.getDBRef ());
 524 this.setDBRef (null);
 525 this.datasetSequence.setPDBId (this.getPDBId ());
 526 this.setPDBId (null);
 527 this.datasetSequence.updatePDBIds ();
 528 if (this.annotation != null) {
 529 for (var aa, $aa = this.annotation.iterator (); $aa.hasNext () && ((aa = $aa.next ()) || true);) {
 530 var _aa =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (aa);
 531 _aa.sequenceRef = this.datasetSequence;
 532 _aa.adjustForAlignment ();
 533 this.datasetSequence.addAlignmentAnnotation (_aa);
 534 }
 535 }}return this.datasetSequence;
 536 });
 537 Clazz.overrideMethod (c$, "setAlignmentAnnotation",
 538 function (annotations) {
 539 if (this.annotation != null) {
 540 this.annotation.removeAllElements ();
 541 }if (annotations != null) {
 542 for (var i = 0; i < annotations.length; i++) {
 543 if (annotations[i] != null) {
 544 this.addAlignmentAnnotation (annotations[i]);
 545 }}
 546 }}, "~A");
 547 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotation",
 548 function (label) {
 549 if (this.annotation == null || this.annotation.size () == 0) {
 550 return null;
 551 }var subset =  new java.util.Vector ();
 552 var e = this.annotation.elements ();
 553 while (e.hasMoreElements ()) {
 554 var ann = e.nextElement ();
 555 if (ann.label != null && ann.label.equals (label)) {
 556 subset.addElement (ann);
 557 }}
 558 if (subset.size () == 0) {
 559 return null;
 560 }var anns =  new Array (subset.size ());
 561 var i = 0;
 562 e = subset.elements ();
 563 while (e.hasMoreElements ()) {
 564 anns[i++] = e.nextElement ();
 565 }
 566 subset.removeAllElements ();
 567 return anns;
 568 }, "~S");
 569 Clazz.defineMethod (c$, "updatePDBIds",
 570 function () {
 571 if (this.datasetSequence != null) {
 572 return this.datasetSequence.updatePDBIds ();
 573 }if (this.dbrefs == null || this.dbrefs.length == 0) {
 574 return false;
 575 }var newpdb =  new java.util.Vector ();
 576 for (var i = 0; i < this.dbrefs.length; i++) {
 577 if (jalview.datamodel.DBRefSource.PDB.equals (this.dbrefs[i].getSource ())) {
 578 var pdbe =  new jalview.datamodel.PDBEntry ();
 579 pdbe.setId (this.dbrefs[i].getAccessionId ());
 580 if (this.pdbIds == null || this.pdbIds.size () == 0) {
 581 newpdb.addElement (pdbe);
 582 } else {
 583 var en = this.pdbIds.elements ();
 584 var matched = false;
 585 while (!matched && en.hasMoreElements ()) {
 586 var anentry = en.nextElement ();
 587 if (anentry.getId ().equals (pdbe.getId ())) {
 588 matched = true;
 589 }}
 590 if (!matched) {
 591 newpdb.addElement (pdbe);
 592 }}}}
 593 if (newpdb.size () > 0) {
 594 var en = newpdb.elements ();
 595 while (en.hasMoreElements ()) {
 596 this.addPDBId (en.nextElement ());
 597 }
 598 return true;
 599 }return false;
 600 });
 601 Clazz.defineMethod (c$, "transferAnnotation",
 602 function (entry, mp) {
 603 if (this.datasetSequence != null) {
 604 this.datasetSequence.transferAnnotation (entry, mp);
 605 return;
 606 }if (entry.getDatasetSequence () != null) {
 607 this.transferAnnotation (entry.getDatasetSequence (), mp);
 608 return;
 609 }if (entry.getSequenceFeatures () != null) {
 610 var sfs = entry.getSequenceFeatures ();
 611 for (var si = 0; si < sfs.length; si++) {
 612 var sf = (mp != null) ? mp.locateFeature (sfs[si]) :  Clazz.newArray (-1, [ new jalview.datamodel.SequenceFeature (sfs[si])]);
 613 if (sf != null && sf.length > 0) {
 614 for (var sfi = 0; sfi < sf.length; sfi++) {
 615 this.addSequenceFeature (sf[sfi]);
 616 }
 617 }}
 618 }if (entry.getPDBId () != null) {
 619 var e = entry.getPDBId ().elements ();
 620 while (e.hasMoreElements ()) {
 621 var pdb = e.nextElement ();
 622 this.addPDBId (pdb);
 623 }
 624 }var entryRefs = entry.getDBRef ();
 625 if (entryRefs != null) {
 626 for (var r = 0; r < entryRefs.length; r++) {
 627 var newref =  new jalview.datamodel.DBRefEntry (entryRefs[r]);
 628 if (newref.getMap () != null && mp != null) {
 629 }this.addDBRef (newref);
 630 }
 631 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.Mapping");
 632 Clazz.overrideMethod (c$, "getIndex",
 633 function () {
 634 return this.index;
 635 });
 636 Clazz.overrideMethod (c$, "setIndex",
 637 function (value) {
 638 this.index = value;
 639 }, "~N");
 640 Clazz.overrideMethod (c$, "setRNA",
 641 function (r) {
 642 this.rna = r;
 643 }, "jalview.jsdev.api.VarnaRNA");
 644 Clazz.overrideMethod (c$, "getRNA",
 645 function () {
 646 return this.rna;
 647 });
 648 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignmentAnnotations",
 649 function (calcId, label) {
 650 var result =  new java.util.ArrayList ();
 651 if (this.annotation != null) {
 652 for (var ann, $ann = this.annotation.iterator (); $ann.hasNext () && ((ann = $ann.next ()) || true);) {
 653 if (ann.calcId != null && ann.calcId.equals (calcId) && ann.label != null && ann.label.equals (label)) {
 654 result.add (ann);
 655 }}
 656 }return result;
 657 }, "~S,~S");
 658 });