bin/jalview/datamodel/Sequence.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.ASequence", "$.SequenceI", "jalview.jsdev.RegExp"], "jalview.datamodel.Sequence", ["jalview.analysis.AlignSeq", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.DBRefEntry", "$.DBRefSource", "$.PDBEntry", "$.SequenceFeature", "jalview.schemes.ResidueProperties", "jalview.util.Comparison", "$.StringUtils", "java.lang.StringBuffer", "java.util.ArrayList", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.datasetSequence = null;\r
   5 this.name = null;\r
   6 this.sequence = null;\r
   7 this.description = null;\r
   8 this.start = 0;\r
   9 this.end = 0;\r
  10 this.pdbIds = null;\r
  11 this.vamsasId = null;\r
  12 this.dbrefs = null;\r
  13 this.rna = null;\r
  14 this.annotation = null;\r
  15 this.index = -1;\r
  16 this.sequenceFeatures = null;\r
  17 this.limitrx = null;\r
  18 this.endrx = null;\r
  19 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  20 }, jalview.datamodel, "Sequence", jalview.datamodel.ASequence, jalview.datamodel.SequenceI);\r
  21 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  22 this.limitrx = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["[/][0-9]{1,}[-][0-9]{1,}$"]);\r
  23 this.endrx = jalview.jsdev.RegExp.newRegex (["[0-9]{1,}$"]);\r
  24 });\r
  25 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  26 function (name, sequence, start, end) {\r
  27 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.Sequence, []);\r
  28 this.initSeqAndName (name, sequence.toCharArray (), start, end);\r
  29 }, "~S,~S,~N,~N");\r
  30 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  31 function (name, sequence, start, end) {\r
  32 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.Sequence, []);\r
  33 this.initSeqAndName (name, sequence, start, end);\r
  34 }, "~S,~A,~N,~N");\r
  35 Clazz.defineMethod (c$, "initSeqAndName", \r
  36 function (name2, sequence2, start2, end2) {\r
  37 this.name = name2;\r
  38 this.sequence = sequence2;\r
  39 this.start = start2;\r
  40 this.end = end2;\r
  41 this.parseId ();\r
  42 this.checkValidRange ();\r
  43 }, "~S,~A,~N,~N");\r
  44 Clazz.defineMethod (c$, "parseId", \r
  45 function () {\r
  46 if (this.name == null) {\r
  47 System.err.println ("POSSIBLE IMPLEMENTATION ERROR: null sequence name passed to constructor.");\r
  48 this.name = "";\r
  49 }if (this.limitrx.search (this.name)) {\r
  50 this.name = this.limitrx.left ();\r
  51 this.endrx.search (this.limitrx.stringMatched ());\r
  52 this.setStart (Integer.parseInt (this.limitrx.stringMatched ().substring (1, this.endrx.matchedFrom () - 1)));\r
  53 this.setEnd (Integer.parseInt (this.endrx.stringMatched ()));\r
  54 }});\r
  55 Clazz.defineMethod (c$, "checkValidRange", \r
  56 function () {\r
  57 {\r
  58 var endRes = 0;\r
  59 for (var j = 0; j < this.sequence.length; j++) {\r
  60 if (!jalview.util.Comparison.isGap (this.sequence[j])) {\r
  61 endRes++;\r
  62 }}\r
  63 if (endRes > 0) {\r
  64 endRes += this.start - 1;\r
  65 }if (this.end < endRes) {\r
  66 this.end = endRes;\r
  67 }}});\r
  68 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  69 function (name, sequence) {\r
  70 this.construct (name, sequence, 1, -1);\r
  71 }, "~S,~S");\r
  72 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  73 function (seq) {\r
  74 this.construct (seq, seq.getAnnotation ());\r
  75 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
  76 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  77 function (seq, alAnnotation) {\r
  78 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.Sequence, []);\r
  79 this.initSeqFrom (seq, alAnnotation);\r
  80 }, "jalview.datamodel.SequenceI,~A");\r
  81 Clazz.defineMethod (c$, "initSeqFrom", \r
  82 function (seq, alAnnotation) {\r
  83 this.initSeqAndName (seq.getName (), seq.getSequence (), seq.getStart (), seq.getEnd ());\r
  84 this.description = seq.getDescription ();\r
  85 if (seq.getSequenceFeatures () != null) {\r
  86 var sf = seq.getSequenceFeatures ();\r
  87 for (var i = 0; i < sf.length; i++) {\r
  88 this.addSequenceFeature ( new jalview.datamodel.SequenceFeature (sf[i]));\r
  89 }\r
  90 }this.setDatasetSequence (seq.getDatasetSequence ());\r
  91 if (this.datasetSequence == null && seq.getDBRef () != null) {\r
  92 var dbr = seq.getDBRef ();\r
  93 for (var i = 0; i < dbr.length; i++) {\r
  94 this.addDBRef ( new jalview.datamodel.DBRefEntry (dbr[i]));\r
  95 }\r
  96 }if (seq.getAnnotation () != null) {\r
  97 var sqann = seq.getAnnotation ();\r
  98 for (var i = 0; i < sqann.length; i++) {\r
  99 if (sqann[i] == null) {\r
 100 continue;\r
 101 }var found = (alAnnotation == null);\r
 102 if (!found) {\r
 103 for (var apos = 0; !found && apos < alAnnotation.length; apos++) {\r
 104 found = (alAnnotation[apos] === sqann[i]);\r
 105 }\r
 106 }if (found) {\r
 107 var newann =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (sqann[i]);\r
 108 this.addAlignmentAnnotation (newann);\r
 109 }}\r
 110 }if (seq.getPDBId () != null) {\r
 111 var ids = seq.getPDBId ();\r
 112 var e = ids.elements ();\r
 113 while (e.hasMoreElements ()) {\r
 114 this.addPDBId ( new jalview.datamodel.PDBEntry (e.nextElement ()));\r
 115 }\r
 116 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,~A");\r
 117 Clazz.defineMethod (c$, "setSequenceFeatures", \r
 118 function (features) {\r
 119 this.sequenceFeatures = features;\r
 120 }, "~A");\r
 121 Clazz.overrideMethod (c$, "addSequenceFeature", \r
 122 function (sf) {\r
 123 if (this.sequenceFeatures == null) {\r
 124 this.sequenceFeatures =  new Array (0);\r
 125 }for (var i = 0; i < this.sequenceFeatures.length; i++) {\r
 126 if (this.sequenceFeatures[i].equals (sf)) {\r
 127 return;\r
 128 }}\r
 129 var temp =  new Array (this.sequenceFeatures.length + 1);\r
 130 System.arraycopy (this.sequenceFeatures, 0, temp, 0, this.sequenceFeatures.length);\r
 131 temp[this.sequenceFeatures.length] = sf;\r
 132 this.sequenceFeatures = temp;\r
 133 }, "jalview.datamodel.SequenceFeature");\r
 134 Clazz.overrideMethod (c$, "deleteFeature", \r
 135 function (sf) {\r
 136 if (this.sequenceFeatures == null) {\r
 137 return;\r
 138 }var index = 0;\r
 139 for (index = 0; index < this.sequenceFeatures.length; index++) {\r
 140 if (this.sequenceFeatures[index].equals (sf)) {\r
 141 break;\r
 142 }}\r
 143 if (index == this.sequenceFeatures.length) {\r
 144 return;\r
 145 }var sfLength = this.sequenceFeatures.length;\r
 146 if (sfLength < 2) {\r
 147 this.sequenceFeatures = null;\r
 148 } else {\r
 149 var temp =  new Array (sfLength - 1);\r
 150 System.arraycopy (this.sequenceFeatures, 0, temp, 0, index);\r
 151 if (index < sfLength) {\r
 152 System.arraycopy (this.sequenceFeatures, index + 1, temp, index, this.sequenceFeatures.length - index - 1);\r
 153 }this.sequenceFeatures = temp;\r
 154 }}, "jalview.datamodel.SequenceFeature");\r
 155 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceFeatures", \r
 156 function () {\r
 157 var features = this.sequenceFeatures;\r
 158 var seq = this;\r
 159 var count = 0;\r
 160 while (features == null && seq.getDatasetSequence () != null && count++ < 10) {\r
 161 seq = seq.getDatasetSequence ();\r
 162 features = (seq).sequenceFeatures;\r
 163 }\r
 164 return features;\r
 165 });\r
 166 Clazz.overrideMethod (c$, "addPDBId", \r
 167 function (entry) {\r
 168 if (this.pdbIds == null) {\r
 169 this.pdbIds =  new java.util.Vector ();\r
 170 }if (this.pdbIds.contains (entry)) {\r
 171 jalview.datamodel.Sequence.updatePDBEntry (this.pdbIds.get (this.pdbIds.indexOf (entry)), entry);\r
 172 } else {\r
 173 this.pdbIds.addElement (entry);\r
 174 }}, "jalview.datamodel.PDBEntry");\r
 175 c$.updatePDBEntry = Clazz.defineMethod (c$, "updatePDBEntry", \r
 176 ($fz = function (oldEntry, newEntry) {\r
 177 if (newEntry.getFile () != null) {\r
 178 oldEntry.setFile (newEntry.getFile ());\r
 179 }}, $fz.isPrivate = true, $fz), "jalview.datamodel.PDBEntry,jalview.datamodel.PDBEntry");\r
 180 Clazz.defineMethod (c$, "setPDBId", \r
 181 function (id) {\r
 182 this.pdbIds = id;\r
 183 }, "java.util.Vector");\r
 184 Clazz.defineMethod (c$, "getPDBId", \r
 185 function () {\r
 186 return this.pdbIds;\r
 187 });\r
 188 Clazz.overrideMethod (c$, "getDisplayId", \r
 189 function (jvsuffix) {\r
 190 var result =  new StringBuffer (this.name);\r
 191 if (jvsuffix) {\r
 192 result.append ("/" + this.start + "-" + this.end);\r
 193 }return result.toString ();\r
 194 }, "~B");\r
 195 Clazz.overrideMethod (c$, "setName", \r
 196 function (name) {\r
 197 this.name = name;\r
 198 this.parseId ();\r
 199 }, "~S");\r
 200 Clazz.defineMethod (c$, "getName", \r
 201 function () {\r
 202 return this.name;\r
 203 });\r
 204 Clazz.overrideMethod (c$, "setStart", \r
 205 function (start) {\r
 206 this.start = start;\r
 207 }, "~N");\r
 208 Clazz.defineMethod (c$, "getStart", \r
 209 function () {\r
 210 return this.start;\r
 211 });\r
 212 Clazz.overrideMethod (c$, "setEnd", \r
 213 function (end) {\r
 214 this.end = end;\r
 215 }, "~N");\r
 216 Clazz.defineMethod (c$, "getEnd", \r
 217 function () {\r
 218 return this.end;\r
 219 });\r
 220 Clazz.overrideMethod (c$, "getLength", \r
 221 function () {\r
 222 return this.sequence.length;\r
 223 });\r
 224 Clazz.defineMethod (c$, "setSequence", \r
 225 function (seq) {\r
 226 this.sequence = seq.toCharArray ();\r
 227 this.checkValidRange ();\r
 228 }, "~S");\r
 229 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceAsString", \r
 230 function () {\r
 231 return  String.instantialize (this.sequence);\r
 232 });\r
 233 Clazz.defineMethod (c$, "getSequenceAsString", \r
 234 function (start, end) {\r
 235 return  String.instantialize (this.getSequence (start, end));\r
 236 }, "~N,~N");\r
 237 Clazz.defineMethod (c$, "getSequence", \r
 238 function () {\r
 239 return this.sequence;\r
 240 });\r
 241 Clazz.defineMethod (c$, "getSequence", \r
 242 function (start, end) {\r
 243 if (start < 0) {\r
 244 start = 0;\r
 245 }if (start >= this.sequence.length) {\r
 246 return  Clazz.newCharArray (0, '\0');\r
 247 }if (end >= this.sequence.length) {\r
 248 end = this.sequence.length;\r
 249 }var reply =  Clazz.newCharArray (end - start, '\0');\r
 250 System.arraycopy (this.sequence, start, reply, 0, end - start);\r
 251 return reply;\r
 252 }, "~N,~N");\r
 253 Clazz.overrideMethod (c$, "getSubSequence", \r
 254 function (start, end) {\r
 255 if (start < 0) {\r
 256 start = 0;\r
 257 }var seq = this.getSequence (start, end);\r
 258 if (seq.length == 0) {\r
 259 return null;\r
 260 }var nstart = this.findPosition (start);\r
 261 var nend = this.findPosition (end) - 1;\r
 262 var nseq =  new jalview.datamodel.Sequence (this.getName (), seq, nstart, nend);\r
 263 nseq.setDescription (this.description);\r
 264 if (this.datasetSequence != null) {\r
 265 nseq.setDatasetSequence (this.datasetSequence);\r
 266 } else {\r
 267 nseq.setDatasetSequence (this);\r
 268 }return nseq;\r
 269 }, "~N,~N");\r
 270 Clazz.overrideMethod (c$, "getCharAt", \r
 271 function (i) {\r
 272 if (i < this.sequence.length) {\r
 273 return this.sequence[i];\r
 274 } else {\r
 275 return ' ';\r
 276 }}, "~N");\r
 277 Clazz.defineMethod (c$, "setDescription", \r
 278 function (desc) {\r
 279 this.description = desc;\r
 280 }, "~S");\r
 281 Clazz.defineMethod (c$, "getDescription", \r
 282 function () {\r
 283 return this.description;\r
 284 });\r
 285 Clazz.overrideMethod (c$, "findIndex", \r
 286 function (pos) {\r
 287 var j = this.start;\r
 288 var i = 0;\r
 289 while ((i < this.sequence.length) && (j <= this.end) && (j <= pos)) {\r
 290 if (!jalview.util.Comparison.isGap (this.sequence[i])) {\r
 291 j++;\r
 292 }i++;\r
 293 }\r
 294 if ((j == this.end) && (j < pos)) {\r
 295 return this.end + 1;\r
 296 } else {\r
 297 return i;\r
 298 }}, "~N");\r
 299 Clazz.overrideMethod (c$, "findPosition", \r
 300 function (i) {\r
 301 var j = 0;\r
 302 var pos = this.start;\r
 303 var seqlen = this.sequence.length;\r
 304 while ((j < i) && (j < seqlen)) {\r
 305 if (!jalview.util.Comparison.isGap (this.sequence[j])) {\r
 306 pos++;\r
 307 }j++;\r
 308 }\r
 309 return pos;\r
 310 }, "~N");\r
 311 Clazz.overrideMethod (c$, "gapMap", \r
 312 function () {\r
 313 var seq = jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars,  String.instantialize (this.sequence));\r
 314 var map =  Clazz.newIntArray (seq.length, 0);\r
 315 var j = 0;\r
 316 var p = 0;\r
 317 while (j < this.sequence.length) {\r
 318 if (!jalview.util.Comparison.isGap (this.sequence[j])) {\r
 319 map[p++] = j;\r
 320 }j++;\r
 321 }\r
 322 return map;\r
 323 });\r
 324 Clazz.overrideMethod (c$, "findPositionMap", \r
 325 function () {\r
 326 var map =  Clazz.newIntArray (this.sequence.length, 0);\r
 327 var j = 0;\r
 328 var pos = this.start;\r
 329 var seqlen = this.sequence.length;\r
 330 while ((j < seqlen)) {\r
 331 map[j] = pos;\r
 332 if (!jalview.util.Comparison.isGap (this.sequence[j])) {\r
 333 pos++;\r
 334 }j++;\r
 335 }\r
 336 return map;\r
 337 });\r
 338 Clazz.overrideMethod (c$, "getInsertions", \r
 339 function () {\r
 340 var map =  new java.util.ArrayList ();\r
 341 var lastj = -1;\r
 342 var j = 0;\r
 343 var pos = this.start;\r
 344 var seqlen = this.sequence.length;\r
 345 while ((j < seqlen)) {\r
 346 if (jalview.util.Comparison.isGap (this.sequence[j])) {\r
 347 if (lastj == -1) {\r
 348 lastj = j;\r
 349 }} else {\r
 350 if (lastj != -1) {\r
 351 map.add ( Clazz.newIntArray (-1, [lastj, j - 1]));\r
 352 lastj = -1;\r
 353 }}j++;\r
 354 }\r
 355 if (lastj != -1) {\r
 356 map.add ( Clazz.newIntArray (-1, [lastj, j - 1]));\r
 357 lastj = -1;\r
 358 }return map;\r
 359 });\r
 360 Clazz.overrideMethod (c$, "deleteChars", \r
 361 function (i, j) {\r
 362 var newstart = this.start;\r
 363 var newend = this.end;\r
 364 if (i >= this.sequence.length || i < 0) {\r
 365 return;\r
 366 }var tmp = jalview.util.StringUtils.deleteChars (this.sequence, i, j);\r
 367 var createNewDs = false;\r
 368 var eindex = -1;\r
 369 var sindex = -1;\r
 370 var ecalc = false;\r
 371 var scalc = false;\r
 372 for (var s = i; s < j; s++) {\r
 373 if (jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex[this.sequence[s].charCodeAt (0)] != 23) {\r
 374 if (createNewDs) {\r
 375 newend--;\r
 376 } else {\r
 377 if (!scalc) {\r
 378 sindex = this.findIndex (this.start) - 1;\r
 379 scalc = true;\r
 380 }if (sindex == s) {\r
 381 newstart = this.findPosition (j);\r
 382 break;\r
 383 } else {\r
 384 if (!ecalc) {\r
 385 eindex = this.findIndex (this.end) - 1;\r
 386 ecalc = true;\r
 387 }if (eindex < j) {\r
 388 newend = this.findPosition (i - 1);\r
 389 break;\r
 390 } else {\r
 391 createNewDs = true;\r
 392 newend--;\r
 393 }}}}}\r
 394 if (createNewDs && this.datasetSequence != null) {\r
 395 var ds =  new jalview.datamodel.Sequence (this.datasetSequence);\r
 396 ds.deleteChars (i, j);\r
 397 this.datasetSequence = ds;\r
 398 }this.start = newstart;\r
 399 this.end = newend;\r
 400 this.sequence = tmp;\r
 401 }, "~N,~N");\r
 402 Clazz.defineMethod (c$, "insertCharAt", \r
 403 function (i, length, c) {\r
 404 var tmp =  Clazz.newCharArray (this.sequence.length + length, '\0');\r
 405 if (i >= this.sequence.length) {\r
 406 System.arraycopy (this.sequence, 0, tmp, 0, this.sequence.length);\r
 407 i = this.sequence.length;\r
 408 } else {\r
 409 System.arraycopy (this.sequence, 0, tmp, 0, i);\r
 410 }var index = i;\r
 411 while (length > 0) {\r
 412 tmp[index++] = c;\r
 413 length--;\r
 414 }\r
 415 if (i < this.sequence.length) {\r
 416 System.arraycopy (this.sequence, i, tmp, index, this.sequence.length - i);\r
 417 }this.sequence = tmp;\r
 418 }, "~N,~N,~S");\r
 419 Clazz.defineMethod (c$, "insertCharAt", \r
 420 function (i, c) {\r
 421 this.insertCharAt (i, 1, c);\r
 422 }, "~N,~S");\r
 423 Clazz.overrideMethod (c$, "getVamsasId", \r
 424 function () {\r
 425 return this.vamsasId;\r
 426 });\r
 427 Clazz.overrideMethod (c$, "setVamsasId", \r
 428 function (id) {\r
 429 this.vamsasId = id;\r
 430 }, "~S");\r
 431 Clazz.defineMethod (c$, "setDBRef", \r
 432 function (dbref) {\r
 433 this.dbrefs = dbref;\r
 434 }, "~A");\r
 435 Clazz.defineMethod (c$, "getDBRef", \r
 436 function () {\r
 437 if (this.dbrefs == null && this.datasetSequence != null && this !== this.datasetSequence) {\r
 438 return this.datasetSequence.getDBRef ();\r
 439 }return this.dbrefs;\r
 440 });\r
 441 Clazz.overrideMethod (c$, "addDBRef", \r
 442 function (entry) {\r
 443 if (this.dbrefs == null) {\r
 444 this.dbrefs =  new Array (0);\r
 445 }var i;\r
 446 var iSize = this.dbrefs.length;\r
 447 for (i = 0; i < iSize; i++) {\r
 448 if (this.dbrefs[i].equalRef (entry)) {\r
 449 if (entry.getMap () != null) {\r
 450 if (this.dbrefs[i].getMap () == null) {\r
 451 this.dbrefs[i] = entry;\r
 452 }}return;\r
 453 }}\r
 454 var temp =  new Array (iSize + 1);\r
 455 System.arraycopy (this.dbrefs, 0, temp, 0, iSize);\r
 456 temp[temp.length - 1] = entry;\r
 457 this.dbrefs = temp;\r
 458 }, "jalview.datamodel.DBRefEntry");\r
 459 Clazz.defineMethod (c$, "setDatasetSequence", \r
 460 function (seq) {\r
 461 this.datasetSequence = seq;\r
 462 }, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 463 Clazz.defineMethod (c$, "getDatasetSequence", \r
 464 function () {\r
 465 return this.datasetSequence;\r
 466 });\r
 467 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotation", \r
 468 function () {\r
 469 return this.annotation == null ? null : this.annotation.toArray ( new Array (this.annotation.size ()));\r
 470 });\r
 471 Clazz.overrideMethod (c$, "hasAnnotation", \r
 472 function (ann) {\r
 473 return this.annotation == null ? false : this.annotation.contains (ann);\r
 474 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 475 Clazz.defineMethod (c$, "addAlignmentAnnotation", \r
 476 function (annotation) {\r
 477 if (this.annotation == null) {\r
 478 this.annotation =  new java.util.Vector ();\r
 479 }if (!this.annotation.contains (annotation)) {\r
 480 this.annotation.addElement (annotation);\r
 481 }annotation.setSequenceRef (this);\r
 482 }, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 483 Clazz.overrideMethod (c$, "removeAlignmentAnnotation", \r
 484 function (annotation) {\r
 485 if (this.annotation != null) {\r
 486 this.annotation.removeElement (annotation);\r
 487 if (this.annotation.size () == 0) {\r
 488 this.annotation = null;\r
 489 }}}, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 490 Clazz.defineMethod (c$, "isValidDatasetSequence", \r
 491 ($fz = function () {\r
 492 if (this.datasetSequence != null) {\r
 493 return false;\r
 494 }for (var i = 0; i < this.sequence.length; i++) {\r
 495 if (jalview.util.Comparison.isGap (this.sequence[i])) {\r
 496 return false;\r
 497 }}\r
 498 return true;\r
 499 }, $fz.isPrivate = true, $fz));\r
 500 Clazz.overrideMethod (c$, "deriveSequence", \r
 501 function () {\r
 502 var seq =  new jalview.datamodel.Sequence (this);\r
 503 if (this.datasetSequence != null) {\r
 504 seq.setDatasetSequence (this.datasetSequence);\r
 505 } else {\r
 506 if (this.isValidDatasetSequence ()) {\r
 507 seq.setDatasetSequence (this);\r
 508 } else {\r
 509 var ds = seq;\r
 510 ds.setSequence (jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars,  String.instantialize (this.sequence)));\r
 511 this.setDatasetSequence (ds);\r
 512 ds.setSequenceFeatures (this.getSequenceFeatures ());\r
 513 seq = this;\r
 514 }}return seq;\r
 515 });\r
 516 Clazz.overrideMethod (c$, "createDatasetSequence", \r
 517 function () {\r
 518 if (this.datasetSequence == null) {\r
 519 this.datasetSequence =  new jalview.datamodel.Sequence (this.getName (), jalview.analysis.AlignSeq.extractGaps (jalview.util.Comparison.GapChars, this.getSequenceAsString ()), this.getStart (), this.getEnd ());\r
 520 this.datasetSequence.setSequenceFeatures (this.getSequenceFeatures ());\r
 521 this.datasetSequence.setDescription (this.getDescription ());\r
 522 this.setSequenceFeatures (null);\r
 523 this.datasetSequence.setDBRef (this.getDBRef ());\r
 524 this.setDBRef (null);\r
 525 this.datasetSequence.setPDBId (this.getPDBId ());\r
 526 this.setPDBId (null);\r
 527 this.datasetSequence.updatePDBIds ();\r
 528 if (this.annotation != null) {\r
 529 for (var aa, $aa = this.annotation.iterator (); $aa.hasNext () && ((aa = $aa.next ()) || true);) {\r
 530 var _aa =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation (aa);\r
 531 _aa.sequenceRef = this.datasetSequence;\r
 532 _aa.adjustForAlignment ();\r
 533 this.datasetSequence.addAlignmentAnnotation (_aa);\r
 534 }\r
 535 }}return this.datasetSequence;\r
 536 });\r
 537 Clazz.overrideMethod (c$, "setAlignmentAnnotation", \r
 538 function (annotations) {\r
 539 if (this.annotation != null) {\r
 540 this.annotation.removeAllElements ();\r
 541 }if (annotations != null) {\r
 542 for (var i = 0; i < annotations.length; i++) {\r
 543 if (annotations[i] != null) {\r
 544 this.addAlignmentAnnotation (annotations[i]);\r
 545 }}\r
 546 }}, "~A");\r
 547 Clazz.defineMethod (c$, "getAnnotation", \r
 548 function (label) {\r
 549 if (this.annotation == null || this.annotation.size () == 0) {\r
 550 return null;\r
 551 }var subset =  new java.util.Vector ();\r
 552 var e = this.annotation.elements ();\r
 553 while (e.hasMoreElements ()) {\r
 554 var ann = e.nextElement ();\r
 555 if (ann.label != null && ann.label.equals (label)) {\r
 556 subset.addElement (ann);\r
 557 }}\r
 558 if (subset.size () == 0) {\r
 559 return null;\r
 560 }var anns =  new Array (subset.size ());\r
 561 var i = 0;\r
 562 e = subset.elements ();\r
 563 while (e.hasMoreElements ()) {\r
 564 anns[i++] = e.nextElement ();\r
 565 }\r
 566 subset.removeAllElements ();\r
 567 return anns;\r
 568 }, "~S");\r
 569 Clazz.defineMethod (c$, "updatePDBIds", \r
 570 function () {\r
 571 if (this.datasetSequence != null) {\r
 572 return this.datasetSequence.updatePDBIds ();\r
 573 }if (this.dbrefs == null || this.dbrefs.length == 0) {\r
 574 return false;\r
 575 }var newpdb =  new java.util.Vector ();\r
 576 for (var i = 0; i < this.dbrefs.length; i++) {\r
 577 if (jalview.datamodel.DBRefSource.PDB.equals (this.dbrefs[i].getSource ())) {\r
 578 var pdbe =  new jalview.datamodel.PDBEntry ();\r
 579 pdbe.setId (this.dbrefs[i].getAccessionId ());\r
 580 if (this.pdbIds == null || this.pdbIds.size () == 0) {\r
 581 newpdb.addElement (pdbe);\r
 582 } else {\r
 583 var en = this.pdbIds.elements ();\r
 584 var matched = false;\r
 585 while (!matched && en.hasMoreElements ()) {\r
 586 var anentry = en.nextElement ();\r
 587 if (anentry.getId ().equals (pdbe.getId ())) {\r
 588 matched = true;\r
 589 }}\r
 590 if (!matched) {\r
 591 newpdb.addElement (pdbe);\r
 592 }}}}\r
 593 if (newpdb.size () > 0) {\r
 594 var en = newpdb.elements ();\r
 595 while (en.hasMoreElements ()) {\r
 596 this.addPDBId (en.nextElement ());\r
 597 }\r
 598 return true;\r
 599 }return false;\r
 600 });\r
 601 Clazz.defineMethod (c$, "transferAnnotation", \r
 602 function (entry, mp) {\r
 603 if (this.datasetSequence != null) {\r
 604 this.datasetSequence.transferAnnotation (entry, mp);\r
 605 return;\r
 606 }if (entry.getDatasetSequence () != null) {\r
 607 this.transferAnnotation (entry.getDatasetSequence (), mp);\r
 608 return;\r
 609 }if (entry.getSequenceFeatures () != null) {\r
 610 var sfs = entry.getSequenceFeatures ();\r
 611 for (var si = 0; si < sfs.length; si++) {\r
 612 var sf = (mp != null) ? mp.locateFeature (sfs[si]) :  Clazz.newArray (-1, [ new jalview.datamodel.SequenceFeature (sfs[si])]);\r
 613 if (sf != null && sf.length > 0) {\r
 614 for (var sfi = 0; sfi < sf.length; sfi++) {\r
 615 this.addSequenceFeature (sf[sfi]);\r
 616 }\r
 617 }}\r
 618 }if (entry.getPDBId () != null) {\r
 619 var e = entry.getPDBId ().elements ();\r
 620 while (e.hasMoreElements ()) {\r
 621 var pdb = e.nextElement ();\r
 622 this.addPDBId (pdb);\r
 623 }\r
 624 }var entryRefs = entry.getDBRef ();\r
 625 if (entryRefs != null) {\r
 626 for (var r = 0; r < entryRefs.length; r++) {\r
 627 var newref =  new jalview.datamodel.DBRefEntry (entryRefs[r]);\r
 628 if (newref.getMap () != null && mp != null) {\r
 629 }this.addDBRef (newref);\r
 630 }\r
 631 }}, "jalview.datamodel.SequenceI,jalview.datamodel.Mapping");\r
 632 Clazz.overrideMethod (c$, "getIndex", \r
 633 function () {\r
 634 return this.index;\r
 635 });\r
 636 Clazz.overrideMethod (c$, "setIndex", \r
 637 function (value) {\r
 638 this.index = value;\r
 639 }, "~N");\r
 640 Clazz.overrideMethod (c$, "setRNA", \r
 641 function (r) {\r
 642 this.rna = r;\r
 643 }, "jalview.jsdev.api.VarnaRNA");\r
 644 Clazz.overrideMethod (c$, "getRNA", \r
 645 function () {\r
 646 return this.rna;\r
 647 });\r
 648 Clazz.overrideMethod (c$, "getAlignmentAnnotations", \r
 649 function (calcId, label) {\r
 650 var result =  new java.util.ArrayList ();\r
 651 if (this.annotation != null) {\r
 652 for (var ann, $ann = this.annotation.iterator (); $ann.hasNext () && ((ann = $ann.next ()) || true);) {\r
 653 if (ann.calcId != null && ann.calcId.equals (calcId) && ann.label != null && ann.label.equals (label)) {\r
 654 result.add (ann);\r
 655 }}\r
 656 }return result;\r
 657 }, "~S,~S");\r
 658 });\r