bin/jalview/datamodel/SequenceFeature.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (null, "jalview.datamodel.SequenceFeature", ["java.util.Hashtable", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.begin = 0;
   5 this.end = 0;
   6 this.score = 0;
   7 this.type = null;
   8 this.description = null;
   9 this.otherDetails = null;
  10 this.links = null;
  11 this.featureGroup = null;
  12 Clazz.instantialize (this, arguments);
  13 }, jalview.datamodel, "SequenceFeature");
  14 Clazz.makeConstructor (c$,
  15 function () {
  16 });
  17 Clazz.makeConstructor (c$,
  18 function (cpy) {
  19 if (cpy != null) {
  20 this.begin = cpy.begin;
  21 this.end = cpy.end;
  22 this.score = cpy.score;
  23 if (cpy.type != null) {
  24 this.type =  String.instantialize (cpy.type);
  25 }if (cpy.description != null) {
  26 this.description =  String.instantialize (cpy.description);
  27 }if (cpy.featureGroup != null) {
  28 this.featureGroup =  String.instantialize (cpy.featureGroup);
  29 }if (cpy.otherDetails != null) {
  30 try {
  31 this.otherDetails = cpy.otherDetails.clone ();
  32 } catch (e) {
  33 if (Clazz.exceptionOf (e, Exception)) {
  34 } else {
  35 throw e;
  36 }
  37 }
  38 }if (cpy.links != null && cpy.links.size () > 0) {
  39 this.links =  new java.util.Vector ();
  40 for (var i = 0, iSize = cpy.links.size (); i < iSize; i++) {
  41 this.links.addElement (cpy.links.elementAt (i));
  42 }
  43 }}}, "jalview.datamodel.SequenceFeature");
  44 Clazz.makeConstructor (c$,
  45 function (type, desc, status, begin, end, featureGroup) {
  46 this.type = type;
  47 this.description = desc;
  48 this.setValue ("status", status);
  49 this.begin = begin;
  50 this.end = end;
  51 this.featureGroup = featureGroup;
  52 }, "~S,~S,~S,~N,~N,~S");
  53 Clazz.makeConstructor (c$,
  54 function (type, desc, begin, end, score, featureGroup) {
  55 this.type = type;
  56 this.description = desc;
  57 this.begin = begin;
  58 this.end = end;
  59 this.score = score;
  60 this.featureGroup = featureGroup;
  61 }, "~S,~S,~N,~N,~N,~S");
  62 Clazz.defineMethod (c$, "equals",
  63 function (sf) {
  64 if (this.begin != sf.begin || this.end != sf.end || this.score != sf.score) {
  65 return false;
  66 }if (!(this.type + this.description + this.featureGroup).equals (sf.type + sf.description + sf.featureGroup)) {
  67 return false;
  68 }return true;
  69 }, "jalview.datamodel.SequenceFeature");
  70 Clazz.defineMethod (c$, "getBegin",
  71 function () {
  72 return this.begin;
  73 });
  74 Clazz.defineMethod (c$, "setBegin",
  75 function (start) {
  76 this.begin = start;
  77 }, "~N");
  78 Clazz.defineMethod (c$, "getEnd",
  79 function () {
  80 return this.end;
  81 });
  82 Clazz.defineMethod (c$, "setEnd",
  83 function (end) {
  84 this.end = end;
  85 }, "~N");
  86 Clazz.defineMethod (c$, "getType",
  87 function () {
  88 return this.type;
  89 });
  90 Clazz.defineMethod (c$, "setType",
  91 function (type) {
  92 this.type = type;
  93 }, "~S");
  94 Clazz.defineMethod (c$, "getDescription",
  95 function () {
  96 return this.description;
  97 });
  98 Clazz.defineMethod (c$, "setDescription",
  99 function (desc) {
 100 this.description = desc;
 101 }, "~S");
 102 Clazz.defineMethod (c$, "getFeatureGroup",
 103 function () {
 104 return this.featureGroup;
 105 });
 106 Clazz.defineMethod (c$, "setFeatureGroup",
 107 function (featureGroup) {
 108 this.featureGroup = featureGroup;
 109 }, "~S");
 110 Clazz.defineMethod (c$, "addLink",
 111 function (labelLink) {
 112 if (this.links == null) {
 113 this.links =  new java.util.Vector ();
 114 }this.links.insertElementAt (labelLink, 0);
 115 }, "~S");
 116 Clazz.defineMethod (c$, "getScore",
 117 function () {
 118 return this.score;
 119 });
 120 Clazz.defineMethod (c$, "setScore",
 121 function (value) {
 122 this.score = value;
 123 }, "~N");
 124 Clazz.defineMethod (c$, "getValue",
 125 function (key) {
 126 if (this.otherDetails == null) {
 127 return null;
 128 } else {
 129 return this.otherDetails.get (key);
 130 }}, "~S");
 131 Clazz.defineMethod (c$, "setValue",
 132 function (key, value) {
 133 if (value != null) {
 134 if (this.otherDetails == null) {
 135 this.otherDetails =  new java.util.Hashtable ();
 136 }this.otherDetails.put (key, value);
 137 }}, "~S,~O");
 138 Clazz.defineMethod (c$, "setStatus",
 139 function (status) {
 140 this.setValue ("status", status);
 141 }, "~S");
 142 Clazz.defineMethod (c$, "getStatus",
 143 function () {
 144 if (this.otherDetails != null) {
 145 var stat = this.otherDetails.get ("status");
 146 if (stat != null) {
 147 return  String.instantialize (stat);
 148 }}return null;
 149 });
 150 Clazz.defineMethod (c$, "setPosition",
 151 function (pos) {
 152 this.begin = pos;
 153 this.end = pos;
 154 }, "~N");
 155 Clazz.defineMethod (c$, "getPosition",
 156 function () {
 157 return this.begin;
 158 });
 159 Clazz.defineMethod (c$, "getStrand",
 160 function () {
 161 var str;
 162 if (this.otherDetails == null || (str = this.otherDetails.get ("STRAND").toString ()) == null) {
 163 return 0;
 164 }if (str.equals ("-")) {
 165 return -1;
 166 }if (str.equals ("+")) {
 167 return 1;
 168 }return 0;
 169 });
 170 });