bin/jalview/datamodel/SequenceNode.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.BinaryNode", "java.awt.Color"], "jalview.datamodel.SequenceNode", null, function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.dist = 0;
   5 this.count = 0;
   6 this.height = 0;
   7 this.ycount = 0;
   8 this.color = null;
   9 this.dummy = false;
  10 this.placeholder = false;
  11 Clazz.instantialize (this, arguments);
  12 }, jalview.datamodel, "SequenceNode", jalview.datamodel.BinaryNode);
  13 Clazz.prepareFields (c$, function () {
  14 this.color = java.awt.Color.black;
  15 });
  16 Clazz.makeConstructor (c$,
  17 function (val, parent, dist, name) {
  18 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.SequenceNode, [val, parent, name]);
  19 this.dist = dist;
  20 }, "~O,jalview.datamodel.SequenceNode,~N,~S");
  21 Clazz.makeConstructor (c$,
  22 function (val, parent, name, dist, bootstrap, dummy) {
  23 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.SequenceNode, [val, parent, name]);
  24 this.dist = dist;
  25 this.bootstrap = bootstrap;
  26 this.dummy = dummy;
  27 }, "~O,jalview.datamodel.SequenceNode,~S,~N,~N,~B");
  28 Clazz.defineMethod (c$, "isDummy",
  29 function () {
  30 return this.dummy;
  31 });
  32 Clazz.defineMethod (c$, "isPlaceholder",
  33 function () {
  34 return this.placeholder;
  35 });
  36 Clazz.defineMethod (c$, "setDummy",
  37 function (newstate) {
  38 var oldstate = this.dummy;
  39 this.dummy = newstate;
  40 return oldstate;
  41 }, "~B");
  42 Clazz.defineMethod (c$, "setPlaceholder",
  43 function (Placeholder) {
  44 this.placeholder = Placeholder;
  45 }, "~B");
  46 Clazz.defineMethod (c$, "AscendTree",
  47 function () {
  48 var c = this;
  49 do {
  50 c = c.parent ();
  51 } while ((c != null) && c.dummy);
  52 return c;
  53 });
  54 Clazz.defineMethod (c$, "isSequenceLabel",
  55 function () {
  56 if (this.name != null && this.name.length > 0) {
  57 for (var c = 0, s = this.name.length; c < s; c++) {
  58 var q = this.name.charAt (c);
  59 if ('0' <= q && q <= '9') continue;
  60 return true;
  61 }
  62 }return false;
  63 });
  64 });