bin/jalview/io/AlignFile.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.io");
   2 Clazz.load (["jalview.io.FileParse"], "jalview.io.AlignFile", ["jalview.datamodel.Sequence", "jalview.util.MessageManager", "java.io.IOException", "java.lang.Error", "java.util.ArrayList", "$.Hashtable", "$.Vector"], function () {
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {
   4 this.noSeqs = 0;
   5 this.maxLength = 0;
   6 this.seqs = null;
   7 this.annotations = null;
   8 this.seqGroups = null;
   9 this.properties = null;
  10 this.start = 0;
  11 this.end = 0;
  12 this.jvSuffix = true;
  13 this.parseCalled = false;
  14 this.newickStrings = null;
  15 Clazz.instantialize (this, arguments);
  16 }, jalview.io, "AlignFile", jalview.io.FileParse);
  17 Clazz.makeConstructor (c$,
  18 function () {
  19 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.AlignFile, []);
  20 this.initData ();
  21 });
  22 Clazz.makeConstructor (c$,
  23 function (inFile, type) {
  24 this.construct (true, inFile, type);
  25 }, "~S,~S");
  26 Clazz.makeConstructor (c$,
  27 function (parseImmediately, inFile, type) {
  28 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.AlignFile, [inFile, type]);
  29 this.initData ();
  30 if (parseImmediately) {
  31 this.doParse ();
  32 }}, "~B,~S,~S");
  33 Clazz.makeConstructor (c$,
  34 function (source) {
  35 this.construct (true, source);
  36 }, "jalview.io.FileParse");
  37 Clazz.makeConstructor (c$,
  38 function (parseImmediately, source) {
  39 Clazz.superConstructor (this, jalview.io.AlignFile, [source]);
  40 this.initData ();
  41 if (parseImmediately) {
  42 this.doParse ();
  43 }}, "~B,jalview.io.FileParse");
  44 Clazz.defineMethod (c$, "doParse",
  45 function () {
  46 if (this.parseCalled) {
  47 throw  new java.io.IOException ("Implementation error: Parser called twice for same data.\nNeed to call initData() again before parsing can be reattempted.");
  48 }this.parseCalled = true;
  49 this.parse ();
  50 for (var i = 0, c = this.seqs.size (); i < c; i++) {
  51 this.seqs.get (i).setIndex (i);
  52 }
  53 });
  54 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqs",
  55 function () {
  56 return this.seqs;
  57 });
  58 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqGroups",
  59 function () {
  60 return this.seqGroups;
  61 });
  62 Clazz.defineMethod (c$, "getSeqsAsArray",
  63 function () {
  64 var s =  new Array (this.seqs.size ());
  65 for (var i = 0; i < this.seqs.size (); i++) {
  66 s[i] = this.seqs.elementAt (i);
  67 }
  68 return s;
  69 });
  70 Clazz.defineMethod (c$, "addAnnotations",
  71 function (al) {
  72 this.addProperties (al);
  73 for (var i = 0; i < this.annotations.size (); i++) {
  74 var an = this.annotations.elementAt (i);
  75 an.validateRangeAndDisplay ();
  76 al.addAnnotation (an);
  77 }
  78 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
  79 Clazz.defineMethod (c$, "addSeqGroups",
  80 function (al) {
  81 this.seqGroups = al.getGroups ();
  82 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
  83 Clazz.defineMethod (c$, "addProperties",
  84 function (al) {
  85 if (this.properties != null && this.properties.size () > 0) {
  86 var keys = this.properties.keys ();
  87 var vals = this.properties.elements ();
  88 while (keys.hasMoreElements ()) {
  89 al.setProperty (keys.nextElement (), vals.nextElement ());
  90 }
  91 }}, "jalview.datamodel.AlignmentI");
  92 Clazz.defineMethod (c$, "setAlignmentProperty",
  93 function (key, value) {
  94 if (key == null) {
  95 throw  new Error (jalview.util.MessageManager.getString ("error.implementation_error_cannot_have_null_alignment"));
  96 }if (value == null) {
  97 return;
  98 }if (this.properties == null) {
  99 this.properties =  new java.util.Hashtable ();
 100 }this.properties.put (key, value);
 101 }, "~O,~O");
 102 Clazz.defineMethod (c$, "getAlignmentProperty",
 103 function (key) {
 104 if (this.properties != null && key != null) {
 105 return this.properties.get (key);
 106 }return null;
 107 }, "~O");
 108 Clazz.defineMethod (c$, "initData",
 109 function () {
 110 this.seqs =  new java.util.Vector ();
 111 this.annotations =  new java.util.Vector ();
 112 this.seqGroups =  new java.util.ArrayList ();
 113 this.parseCalled = false;
 114 });
 115 Clazz.defineMethod (c$, "setSeqs",
 116 function (s) {
 117 this.seqs =  new java.util.Vector ();
 118 for (var i = 0; i < s.length; i++) {
 119 this.seqs.addElement (s[i]);
 120 }
 121 }, "~A");
 122 Clazz.defineMethod (c$, "addJVSuffix",
 123 function (b) {
 124 this.jvSuffix = b;
 125 }, "~B");
 126 Clazz.defineMethod (c$, "parseId",
 127 function (id) {
 128 var seq = null;
 129 id = id.trim ();
 130 var space = id.indexOf (" ");
 131 if (space > -1) {
 132 seq =  new jalview.datamodel.Sequence (id.substring (0, space), "");
 133 seq.setDescription (id.substring (space + 1));
 134 } else {
 135 seq =  new jalview.datamodel.Sequence (id, "");
 136 }return seq;
 137 }, "~S");
 138 Clazz.defineMethod (c$, "printId",
 139 function (seq) {
 140 return seq.getDisplayId (this.jvSuffix);
 141 }, "jalview.datamodel.SequenceI");
 142 Clazz.defineMethod (c$, "addNewickTree",
 143 function (treeName, newickString) {
 144 if (this.newickStrings == null) {
 145 this.newickStrings =  new java.util.Vector ();
 146 }this.newickStrings.addElement ( Clazz.newArray (-1, [treeName, newickString]));
 147 }, "~S,~S");
 148 Clazz.defineMethod (c$, "getTreeCount",
 149 function () {
 150 return this.newickStrings == null ? 0 : this.newickStrings.size ();
 151 });
 152 Clazz.defineMethod (c$, "addGroups",
 153 function (al) {
 154 for (var sg, $sg = this.getSeqGroups ().iterator (); $sg.hasNext () && ((sg = $sg.next ()) || true);) {
 155 al.addGroup (sg);
 156 }
 157 }, "jalview.datamodel.AlignmentI");
 158 });